Диссертация (1145733)
Текст из файла
НИЦ “КУРЧАТОВСКИЙ ИНСТИТУТ”ФГБУ “ПЕТЕРБУРГСКИЙ ИНСТИТУТ ЯДЕРНОЙ ФИЗИКИИМ. Б. П. КОНСТАНТИНОВА”На правах рукописиКАРЛОВ Денис СергеевичРАЗНООБРАЗИЕ БАКТЕРИЙ В ПЕЛАГИЧЕСКОЙ И ПРИДОННОЙЗОНАХ ПРЕСНОВОДНОГО АНТАРКТИЧЕСКОГО ОЗЕРА РАДОК(ОАЗИС ЭЙМЕРИ)Специальность: 03.02.03 – микробиологиядиссертация на соискание ученой степеникандидата биологических наукНаучный руководитель:кандидат биологических наук,Булат Сергей АлексеевичСанкт-Петербург20172ОглавлениеВведение ............................................................................................................................................
51 Обзор литературы ........................................................................................................................ 91.1 Антарктида..................................................................................................................................
91.2 Антарктические оазисы и свободные ото льда участки суши .......... ……………. ............... 91.3 Антарктические поверхностные пресноводные озера ........................................... ............. 121.4 Методы и подходы, применяемые для изучения бактериального разнообразия в антарктических пресноводных озерах ...................................................................................................... 131.5 Физико-химические факторы, влияющие на бактериальное разнообразие в поверхностных пресноводных озерах .............................................................................................................. 171.5.1 Влияние низкой температуры ...............................................................................................
181.5.2 Адаптация к субоптимальным концентрациям питательного субстрата ......................... 191.5.3 Световой режим ..................................................................................................................... 211.6 Бактериальное разнообразие в поверхностных пресноводных озерах различных оазисови свободных ото льда участках суши Антарктиды ...................................................................... 221.6.1 Бактериальное разнообразие в озерах оазисов и Земли Виктория Восточной Антарктиды ...................................................................................................................................................... 221.6.1.1 Оазис Ширмахера ...............................................................................................................
221.6.1.2 Оазис Холмы Ларсеманн ................................................................................................... 271.6.1.3 Оазис Бангера...................................................................................................................... 281.6.1.4 Оазис Вестфолль................................................................................................................. 291.6.1.5 Земля Виктории .................................................................................................................. 311.6.2 Бактериальное разнообразие в озерах Западной Антарктиды, на примере озер островаСигни и района залив Надежды ..................................................................................................... 321.6.2.1 Остров Сигни (Южные Оркнейские острова) .................................................................
321.6.2.2 Залив Надежды (Hope Bay)................................................................................................ 351.7 Физико-географические условия расположения оазиса Эймери ........................................ 361.8 Краткая история изучения озера Радок.................................................................................. 371.9 Биологические исследования озера ........................................................................................ 382 Материалы и методы ................................................................................................................
392.1 Физико-химическая характеристика озера Радок ................................................................. 392.2 Отбор образцов воды ............................................................................................................... 402.3 Обработка образцов воды и определение клеточных концентраций ................................. 402.4 Бактериальное культивирование ............................................................................................ 412.5 . Экстракция геномной ДНК .....................................................................................................
4132.6 Амплификация генов 16S рРНК ............................................................................................. 422.7 Молекулярное клонирование .................................................................................................. 422.8 ПЦР с вектор-специфичными праймерами ........................................................................... 422.9 Приготовление клеточных лизатов ........................................................................................ 432.10 Риботипирование ДНК фрагментов ..................................................................................... 432.11 Очистка ДНК ...........................................................................................................................
432.12 Секвенирование ДНК фрагментов ........................................................................................ 432.13 Анализ нуклеотидных последовательностей ....................................................................... 442.14 Статистический анализ ..........................................................................................................
443 Результаты и обсуждение ......................................................................................................... 463.1 Сравнение двух библиотек 367А и 367В нижнего горизонта по области v3-v5 ............... 463.2 Сравнение двух экспериментальных библиотек 31R и 37R нижнего горизонта по областиv4-v8................................................................................................................................................... 483.3 Анализ микробного разнообразия верхнего горизонта по трем (v3-v5, v4-v8, ПГ) областям гена 16S рРНК .......................................................................................................................... 513.4 Анализ микробного разнообразия 100 м горизонта по двум (v3-v5 и v4-v8) областям гена16S рРНК ..........................................................................................................................................
543.5 Анализ микробного разнообразия 200 м горизонта по двум (v3-v5 и v4-v8) областям гена16S рРНК .......................................................................................................................................... 563.6 Анализ микробного разнообразия нижнего 367 м горизонта по трем (v3-v5, v4-v8, ПГ)областям гена 16S рРНК ................................................................................................................. 583.7 Сравнительный анализ микробного разнообразия 4-х горизонтов озера с использованиемдвух различных областей гена 16S рРНК ..................................................................................... 623.7.1 Сравнение микробного разнообразия 4-х горизонтов по области v3-v5 гена 16S рРНК 623.7.2 Сравнение микробного разнообразия 4-х горизонтов по области v4-v8 гена 16S рРНК 633.7.3 Сравнение микробного разнообразия 4-х горизонтов по объединенным данным областей v3-v5 и v4-v8 гена 16S рРНК ...................................................................................................
653.8 Сравнительный анализ трех (v3-v5, v4-v8, ПГ) областей гена 16S рРНК .......................... 683.9 Молекулярно-биологический анализ дополнительного образца (исток реки Межозерная(глубина 2 м)) по двум (v3-v5 и v4-v8) областям гена 16S рРНК............................................... 713.10 Культивирование бактерий филума Planctomycetes из 4-х горизонтов водного столба озера ...................................................................................................................................................... 733.11 Филогенетический анализ доминантных некультивируемых и культивируемых бактериальных филотипов ........................................................................................................................... 743.12 Значимые находки, имеющие отношение к холодным местообитаниям ..........................
774ЗАКЛЮЧЕНИЕ ............................................................................................................................... 78ВЫВОДЫ ......................................................................................................................................... 81СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОПРЕДЕЛЕНИЙ .......................................................................... 82СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ ...............................................................................................................
83ПРИЛОЖЕНИЕ ............................................................................................................................... 97БЛАГОДАРНОСТИ ...................................................................................................................... 1015ВВЕДЕНИЕАктуальность проблемыОзерные экосистемы в Антарктиде являются уникальными объектами, представляющие изсебя природные лаборатории для проведения фундаментальных исследований в областиизучения связи между климатом, эволюционными процессами и молекулярной адаптациеймикроорганизмов к экстремальным условиям существования (Rogers et al., 2007). Из-за крайненеблагоприятных климатических условий, сложившихся в Антарктиде за последние 14 млн.
Характеристики
Тип файла PDF
PDF-формат наиболее широко используется для просмотра любого типа файлов на любом устройстве. В него можно сохранить документ, таблицы, презентацию, текст, чертежи, вычисления, графики и всё остальное, что можно показать на экране любого устройства. Именно его лучше всего использовать для печати.
Например, если Вам нужно распечатать чертёж из автокада, Вы сохраните чертёж на флешку, но будет ли автокад в пункте печати? А если будет, то нужная версия с нужными библиотеками? Именно для этого и нужен формат PDF - в нём точно будет показано верно вне зависимости от того, в какой программе создали PDF-файл и есть ли нужная программа для его просмотра.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
