Главная » Просмотр файлов » Диссертация

Диссертация (1102344), страница 16

Файл №1102344 Диссертация (Анализ данных атомно-силовой микроскопии с помощью компьютерного моделирования) 16 страницаДиссертация (1102344) страница 162019-03-13СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 16)

Explicit reversibleintegrators for extended systems dynamics // Molecular Physics, - 1996, - v.87, pp.1117–1157[21] Galindo-Murillo R., Roe D.R., Cheatham III T.E. On the absence ofintrahelical DNA dynamics on the μs to ms timescale // Nature Communications, 2014, - v.5, - pp.5152[22] Zhang L., Xiao X.,Yuan Y., Guo Y., Li M. & Pu X. Probing ImmobilizationMechanism of alpha-chymotrypsin onto Carbon Nanotube in Organic Media byMolecular Dynamics Simulation // Scientific Reports, - 2015, - v.5, Articlenumber: 9297[23] Liao C., Zhou J. Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulation of BasicFibroblast Growth Factor Adsorption on Hydroxyapatite // The Journal of PhysicalChemistry B, - 2014, - v.118, - pp.5843-5852[24] Berman H., Henrick K., Nakamura H., Markley J.L.

The worldwide Protein Data Bank (wwPDB): ensuring a single, uniform archive of PDBdata // Nucleic Acids Res. - 2007, - v.35, - pp.D301-D303.[25] Schwede T. Protein Modeling: What Happened to the ‘‘Protein StructureGap’’? // Structure, - 213, - v.21, - pp.1531-1540115[26]Chothia C., Lesk A.M. The relation between the divergence of sequence andstructure in proteins // EMBO J. - 1986, - v.5, - pp.823-826[27]Remmert M., Biegert A., Hauser A., and Soding J. HHblits: lightningfast iterative protein sequence searching by HMM-HMM alignment // Nat.Methods, - 2012, - v.9, - pp.173-175.[28]Zhang Y. Skolnick J.

The protein structure prediction problem could be solvedusing the current PDB library // PNAS, - 2005, - v.102(4), - pp.1029-1034[29]MacCallum J.L., Perez A., Schnieders M.J., Hua L., Jacobson M.P., Dill K.A.Assessment of protein structure refinement in CASP9 // Proteins, - 2011, - v.79 , pp.74-90.[30] Zhang Y. Progress and challenges in protein structure prediction // Curr.Opin.

Struct. Biol. - 2008, - v.18 (3), - pp.342–8.[31] Dill K.A., Ozkan S.B., Weikl T.R., Chodera J.D., Voelz V.A. The proteinfolding problem: when will it be solved? // Curr. Opin. Struct. Biol. - 2007, - v.17,- pp.342–346[32]Janin J. Protein-protein docking tested in blind predictions: the CAPRIexperiment // Mol.Biosyst.

- 2010, - v.6, - pp.2351-2362.[33]Kastritis P.L., Bonvin A.M. On the binding affinity of macromolecularinteractions: daring to ask why proteins interact // J. R. Soc. Interface, - 2013, v.10, - pp.20120835[34] Klepeis J.L., Lindorff-Larsen K., Dror R.O., Shaw D.E. Long-timescalemolecular dynamics simulations of protein structure and function // Curr. Opin.Struct. Biol.- 2009, - v.19, - pp.120–127116[35] Zwierand M.C., Chong L.T. Reaching biological timescales with all-atommolecular dynamics simulations // Current Opinion in Pharmacology, - 2010, v.10, - pp.745–752[36] Бинниг Г., Рорер Г.

Сканирующая зондовая микроскопия – от рожденияк юности // Успехи физических наук, - 1988 , - т.154(2).[37] Kuk Y., Silverman P.J. Scanning tunneling microscope instrumentation //Review Science Instruments, - 1989, - v.60 (2), - pp.165-180.[38] Practical guide to scanning probe microscope. - www.veeco.com, - 2005.[39] Миронов В.Л. Основы сканирующей зондовой микроскопии // Москва,Техносфера, - 2004[40] Bustamante C., Keller D.

Scanning Force Microscopy in Biology // PhysicsToday, - 1995, - pp.32-38[41] Caprick R.W., Salmeron M. Scratching the Surface: FundamentalInvestigations of Tribology with Atomic Force Microscopy // Chemical Review, 1997, - pp.1163-1194,[42] Louder D.R., Parkinson B.A. An Update on Scanning Force Microscopies //Analytical Chemistry, - 1995, - v.67(9), - pp.297-303.[43] Ricci D., Braga P.C. Atomic Force Microscopy, Atomic Force Methods andapplications // Series: Methods in molecular biology , Humana Press, Totowa, N.J.v. 242[44] Галлямов М. О., Яминский И. В.

Сканирующая зондовая микроскопия:основные принципы, анализ искажающих эффектов // Материалы сайтаhttp://spm.genebee.msu.ru.[45]Kiselev G.A., Yaminsky I.V., Scanning Probe Microscopy ofBiomacromolecules: Instrumentation and Experiments // Frontiers of117Multifunctional Integrated Nanosystems, - Ed. by E. Buzaneva, P. Schraff.KluwerAcademic Publishers, - 2003, - pp.221-228.[46] Kiselyova O.I., Yaminsky I.V. Atomic force microscopy of proteincomplexes. Atomic Force Microscopy: Biomedical Methods and Applications //Methods in Molecular Biology, - 2003, -v.242, - pp.217-230.[47] Kiselyova O.I., Galyamov M.O., Nasikan N.S., Yaminsky I.V., KarpovaO.V., Novikov V.K. Scanning probe microscopy of biomacromolecules: nucleicacids, proteins and their complexes // Frontiers of Multifunctional Nanosystems, Eds.

Buzanaeva E.V., Scharff P. - Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, 2002, - pp.321-330 .[48] Matsko, N.B. Atomic force microscopy applied to study macromolecularcontent of embedded biological material // Ultramicroscopy, -2007, - v.107 (2-3), pp.95-105.[49] Lee G.U., Kidwell D.A., Colton R.J. Sensing streptavidin-biotin interactionswith atomic force microscopy // Langmuir, - 1994, - v.10(2), - pp.354-357[50] Moy V.T., Florin E.L., Gaub H.E.

Adhesive forces between ligand receptormeasured by AFM // Colloids and Surfaces A, - 1994, - v.93, - pp.343-348[51] Hinterdorfer P., Baumgartner W., Gruber H.J., Schilcher K., Schilder H.Detection and localization of individual antibody-antigen recognition events byatomic force microscopy // Proceedings of the National Academy of Sciences USA,- 1996, - v.93, - pp.3477-3481[52] Бухараев А.А., Овчинников Д.В., Бухараева А.А.

Диагностикаповерхности с помощью сканирующей силовой микроскопии // Заводскаялаборатория, - 1997, - т.5, - pp.10-27118[53] Галлямов М.О. Сканирующая зондовая микроскопия нуклеиновыхкислот и тонких органических пленок // Диссертация … канд.физ.-мат. наук,МГУ, - 1999, – 227с.[54] Крупянский Ю.Ф., Гольданский В.И., Динамические свойства иэнергетичесий ландшафт простых глобулярных белков // Усп.

Физ. наук, 2002, - т.172 (11), c.1247-1269[55] Summa C.M., Levitt M. Near-native structure refinement using in vacuoenergy minimization // PNAS, - 2007, - v.104 (9), - pp.3177-3182[56] Pandit S., Skolnick J. Fr-TM-align: a new protein structural alignment methodbased on fragment alignments and the TM-score // BMC Bioinformatics , - 2008, v.9 (1), pp.531[57] Carugo O. How root-mean-square distance (r.m.s.d.) values depend on theresolution of protein structures that are compared // Journal of AppliedCrystallography , - 2002, - v.36 (1), 125-128[58] Chopra G., Summa C.M., Levitt M. Solvent dramatically affects proteinstructure refinement // PNAS , - 2008, - v.105 (51), - pp.20239-20244[59] Halgren T.

A. MMFF VII. Characterization of MMFF94, MMFF94s, andother widely available force fields for conformational energies and forintermolecular-interaction energies and geometries // J. Comput. Chem., - 1999, v.20, - pp.730-748[60] Nocedal J., Wright S. J. Numerical Optimization // Springer, - 2006, - pp.

46–48.[61] Ermolaeva M.D., Shaitan K.V. Structural features of the hypersurfaces ofconformation energy levels and the dynamics of polyalanine // Biofizika, - 1996, v.41 (6), - pp.1168119[62] Pirovano W., Heringa J. Protein secondary structure prediction // MethodsMol Biol. - 2010, - v.

609, - pp.327–48[63] Chou P.Y., Fasman G.D. Prediction of protein conformation // Biochemistry ,2002, - v.13 (2), - pp.222–245.[64] Zhang Y. Progress and challenges in protein structure prediction // Curr.Opin. Struct. Biol., - 2008, - v.18 (3), - pp.342–8.[65] Zhang Y., Skolnick J. The protein structure prediction problem could besolved using the current PDB library // Proc Natl Acad Sci USA, - 2005, - v.102(4), - pp.1029–34[66] Samudrala R., Xia Y., Huang E.S., Levitt M. Ab initio prediction of proteinstructure using a combined hierarchical approach // Proteins Suppl , - 1999, -v.3, pp.194-198.[67] Special Issue: Tenth Meeting on the Critical Assessment of Techniques forProtein Structure Prediction // Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics , 2014, - v.82, Issue Supplement S2, - pp.1-230[68] http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~maxcluster/index.html[69] Kabsch, W.

A solution for the best rotation to relate two sets of vectors. ActaCrystallographica Section A, - 11976, - v.32, - pp.922-923.[70] Kabsch W. A discussion of the solution for the best rotation to relate two setsof vectors // Acta Crystallographica Section A, -1978, - v.34, - pp.827-828.[71] Everitt B. Cluster analysis // Chichester, West Sussex, U.K: Wiley, - 2011[72] Ko J., Lee D., Park H., Coutsias E. A., Lee J., Seok C. The FALC-Loop webserver for protein loop modeling // Nucleic Acids Res.

- 2011, - v.39, - pp.W210W214[73] Schwartz E.C., Shekhtman A., Dutta K., Pratt M.R., Cowburn D., Darst S.,120Muir T.W. A full-length group 1 bacterial sigma factor adopts a compact structureincompatible with dna binding // Chemistry & Biology , -2008, -v.15, - pp.1091–1103[74] Dombroski A.J., Walter W.A., Gross C.A. Amino-terminal amino acidsmodulate σ-factor DNA-binding activity // Genes& Development , - 1993, - v.7, pp.2446-2455[75] Camarero J.A., Shekhtman A., Campbell E.A., Chlenov M., Gruber T.M.,Bryant D.A., Darst S.A., Cowburn D., Muir T.W. Autoregulation of a bacterial σfactor explored by using segmental isotopic labeling and NMR // PNAS, -2002, v.99(13), - pp.8536–8541[76] Protopopova A.D., Barinov N.A., Zavyalova E.G., Kopylov A.M., SergienkoV.I., Klinov D.V., Visualization of αC regions in fibrin network formationrevealed by high-resolution AFM // Journal of Thrombosis and Haemostasis, 2015, - v.13(4), - pp.570-9[77] Allen F.H., Kennard O., Watson D.G.

Характеристики

Список файлов диссертации

Анализ данных атомно-силовой микроскопии с помощью компьютерного моделирования
Документы
Свежие статьи
Популярно сейчас
Почему делать на заказ в разы дороже, чем купить готовую учебную работу на СтудИзбе? Наши учебные работы продаются каждый год, тогда как большинство заказов выполняются с нуля. Найдите подходящий учебный материал на СтудИзбе!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
6965
Авторов
на СтудИзбе
263
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее