Заключение диссертационного совета (1102328)

Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла

ЗАКЛЮЧЕНИЕ ДИССЕРТАЦИОННОГО СОВЕТА Д 501.002.11,СОЗДАННОГО НА БАЗЕ ФЕДЕРАЛЬНОГО ГОСУДАРСТВЕННОГОБЮДЖЕТНОГО ОБРАЗОВАТЕЛЬНОГО УЧРЕЖДЕНИЯВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ«МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТИМЕНИ М.В. ЛОМОНОСОВА»ПО ДИССЕРТАЦИИНА СОИСКАНИЕ УЧЕНОЙ СТПЕНИ КАНДИДАТА НАУКАттестационное дело № _______________________________Решение диссертационного совета от «17» декабря 2015 г.

№ 25о присуждении Толстовой Анне Павловне, гражданке РоссийскойФедерации, ученой степени кандидата физико-математических наук.Диссертация «Анализ данных атомно-силовой микроскопии с помощьюкомпьютерного моделирования» по специальности 03.01.02 – «Биофизика»принята к защите 9 октября 2015 года, протокол № 23, диссертационнымсоветом Д 501.002.11, созданным на базе Федерального государственногобюджетногообразовательногоучреждениявысшегообразования«Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова»,119991, Российская Федерация, Москва, Ленинские горы, д.1.

в соответствиис приказом о создании диссертационного совета №773/нк от 5 ноября 2013 г.Министерства образования и науки Российской Федерации.Соискатель Толстова Анна Павловна, 1987 года рождения. В 2010 годуокончилафизическийбюджетногофакультетобразовательногоФедеральногоучреждениягосударственноговысшегообразования«Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова» поспециальности «Биохимическая физика» и получила квалификацию «физик».Втомжегодупоступилавочную1аспирантуруФедеральногогосударственногообразованиябюджетногообразовательного«Московский государственныйучреждениявысшегоуниверситет имени М.В.Ломоносова» и окончила ее 30 апреля 2015 года.Диссертация выполнена на кафедре биофизики физического факультетаФедерального государственного бюджетного образовательного учреждениявысшего образования «Московский государственный университет имениМ.В. Ломоносова».Научные руководители:Твердислов Всеволод АлександровичДокторфизико-математическихнаукпоспециальности03.01.02-"Биофизика" профессор, заведующий Кафедрой биофизики Физическогофакультета МГУ имени М.В.

ЛомоносоваДубровин Евгений ВладимировичКандидат физико-математических наук по специальности 02.00.06 Высокомолекулярные соединения (физ.-мат. науки)Старший научный сотрудник Кафедры физики полимеров и кристаллов,Физический факультет МГУ имени М.В. ЛомоносоваОфициальные оппоненты:Мазо Михаил Абрамович,кандидат физико-математических наук по специальности 01.04.19 - "физикаполимеров", старший научный сотрудник, руководитель группыкомпьютерного моделирования Федерального государственного бюджетногоучреждения науки «Института химической физики им.

Н.Н.СеменоваРоссийской академии наук».Быстров Владимир Сергеевич,доктор физико-математических наук по специальности 01.04.07 - "Физикатвердоготела",ведущий научныйсотрудник,руководитель группыкомпьютерного моделирования молекулярных наноструктур и биосистемОПИТ Федерального государственного бюджетного учреждения науки«Института математических проблем биологии Российской академии наук».2Ведущая организация: Федеральное государственное бюджетное учреждениенауки Институт биохимической физики им. Н.М.

Эмануэля Российскойакадемии наук, (ИБХФ РАН), 119334, Российская Федерация, г. Москва, ул.Косыгина, д.4, в своем положительном заключении, подписанномдиректором Института биохимической физики им. Н.М. Эмануэля РАНдоктором химических наук, профессором И.Н. Курочкиным, указала, что:диссертация А.П. Толстовой представляет собой законченное и достаточнополное исследование, результаты и выводы работы обоснованны и нагляднодоказаны, все задачи выполнены;Результаты работы значимы для развития метода атомно-силовоймикроскопии в целом.Выбор ведущей организации и оппонентов обосновывается авторитетностьюи компетентностью назначенных оппонентов и широкой известностьюдостижений ведущей организации в тех областях, которые затрагиваетдиссертация.Соискатель имеет 15 опубликованных работ, в том числе по темедиссертации – 15 работ.

Опубликованных в рецензируемых научныхизданиях, рекомендованных ВАК – 2, в материалах российских имеждународных симпозиумов – 12 работ.В опубликованных работах соискателя отражены все основные результатыдиссертации и положения, выносимые на защиту.Наиболее значимые научные работы по теме диссертации:1. М.Г.

Годзи, А.П. Громова (Толстова), И.В. Оферкин, П.В. Миронов.Можно ли использовать локальную энергетическую минимизацию дляуточнения PDB-структур разного разрешения? // Биофизика , 2009, том54, вып. 4, с. 622-629.2. М.Г. Годзи, А.П. Толстова, И.В. Оферкин. Применение молекулярнойдинамики для интерпретации данных атомно-силовой микроскопии. //Биофизика, 2010, том 55, вып. 3, с. 415-423.3На автореферат диссертации поступили следующие отзывы:1.От доктора физико-математических наук, руководителя группыбиоинформатикиФедеральногогосударственногоучреждения науки Института белка РАН,бюджетногоГалзитской ОксаныВалериановны:«Замечания по автореферату.

Нельзя назвать фибриллой комплекс,состоящий из двух димеров (Рис.6). На рисунке 4 отсутствует рисунок(б), а на рисунке 7 вместо Д приводится рисунок Г. В автореферате несказано какой pdb файл был использован для моделирования лизоцимаи фибриногена»2.От доктора биологических наук, профессора, ведущего научногосотрудникабиологическогофакультетаФедеральногогосударственного бюджетного образовательного учреждения высшегообразования «Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова», Лопиной Ольги Дмитриевны.3.От доктора биологических наук, ведущего научного сотрудникалаборатории биохимии и молекулярной биологии Федеральногогосударственного автономного образовательного учреждения высшегообразования«НациональныйисследовательскийТомскийгосударственный университет» Плесковой Светланы Николаевны.4.Откандидатабиологическихнаук,младшегонаучногосотрудника Федерального государственного бюджетного учреждениянауки «Института фундаментальных проблем биологии Российскойакадемии наук» Абдуллатыпова Азата Вадимовича:«Несмотря на высокий уровень работы, следует сделать ряд замечаний.Во-первых, из автореферата не ясно, чем лимитировалось времявычисления молекулярной динамики.

Во-вторых, хотелось бы узнать,почему в одних случаях было выбрано силовое поле OPLS, а в других силовые поля Amber99 и CHARMM27. Также работа не лишенаопечаток и стилистических ошибок».45.Откандидаталабораториейфизико-математическихмедицинскихнаук,нанотехнологийгосударственногобюджетногоисследовательскийинститутучреждениязаведующегоФедеральногонаукифизико-химической«НаучномедициныФедерального медико-биологического агенства» Клинова ДмитрияВладимировича.6.От кандидата химических наук, научного сотрудника кафедрывысокомолекулярныхФедеральногосоединенийгосударственногоХимическогобюджетногофакультетаобразовательногоучреждения высшего образования «Московский государственныйуниверситет имени М.В.

Ломоносова».Все отзывы положительные, в них отмечается актуальность диссертационнойработы, научная новизна, достоверность, теоретическая и практическаязначимость результатов. Указано, что имеющие место неточности неснижают достоинств работы. Во всех отзывах отмечено, что диссертацияпредставляет собой законченную научно-квалификационную работу иудовлетворяет всем критериям, предъявляемым к диссертациям на соисканиеученой степени кандидата наук, «Положения о присуждении ученыхстепеней», утвержденного постановлением Правительства РФ от 24 сентября2013 г.

№ 842.Диссертационныйсоветотмечает,чтонаоснованиивыполненныхсоискателем исследований:Разработаны:1.МолекулярныеполимеразымоделиE.coli,протофибриллпозволяющиеσ70-субъединицыисследоватьранниеРНКстадииамилоидной полимеризации.2.Уточненныемолекулярныемоделиσ70-субъединицыРНКполимеразы E.coli с восстановленными участками в водной среде при5разных уровнях ионной силы, позволяющие исследовать процесссамоингибирования белка при высоких и низких концентрациях солей.3.Молекулярные модели адсорбированных белков фибриногена илизоцима на поверхности слюды и других исследуемых в АСМподложек. Показано существенное влияние гидрофобных свойствфибриногена на характер адсорбции.4.Молекулярныемоделиподложексвежесколотогографита,графита, покрытого слоем молекул модификатора графита GM,свежесколотой слюды и слюды, покрытой гексаметилдисилозаном,позволяющие проводить моделирование адсорбции белков.Предложен:5.Методполучениятопологииповерхностимолекулярныхмоделей адсорбированных белков.Доказано, что: Энергетическая минимизация не сдвигает структуру белка ближе кнативному состоянию, однако изменяет все белки единообразно, чтопоказывает принципиальную возможность использовать эту процедурудля уточнения структур белков с низким разрешением. При низких концентрациях соли в растворе домен 4.2 белка σ70субъединицы РНК полимеразы E.coli приближается к домену NCR,тогда как при высоких концентрациях соли в растворе эти доменыотстоят друг от друга.Теоретическая значимость исследования обоснована тем, что: Предложен, обоснован и апробирован подход к совместной трактовкеданных атомно-силовой микроскопии и компьютерного моделированияметодом молекулярной динамики. Показано, что данный подход расширяет возможности молекулярнойдинамики по изучению белков с неструктурированными участками.6Применительно к проблематике диссертации результативно (эффективно, тоесть с получением обладающих новизной результатов) использованы: Метод минимизации энергии трехмерной структуры белка, Метод полноатомной молекулярной динамики с использованиемсилового поля Метод атомно-силовой микроскопии белков в жидкости,Подробно изложены все этапы экспериментов in vitro и in silico, а такжеметодика приведения результатов моделирования адсорбции белков кпредставлению данных в атомно-силовой микроскопии.

Описаны параметрысилового поля для предложенных моделей подложек.Изучено влияние ионной силы и ван-дер-ваальсова взаимодействия напроцессы самоингибирования и полимеризации белка σ70-субъединицы РНКполимеразыE.coli,атакженапроцессадсорбциииструктуруадсорбированной молекулы белка фибриногена человека.ПроведенамодернизациясиловогополяAMBER99дляучетапараметризации атомов твердых тел, а именно подложек из свежесколотыхграфита, свежесколотой слюды, а также покрытого модификатором графитаGM графита и модифицированной гексаметилдисилозаном слюды.Значение полученных соискателем результатов исследования для практикиподтверждается тем, что :Разработана и внедрена новая методика совместной трактовкиданных атомно-силовой микроскопии и молекулярной динамики.Предложенымоделииспользуемыхватомно-силовоймикроскопии поверхностей, которые могут быть использованы дляизучения адсорбции других белков.7Создана модель полной σ70-субъединицы РНК полимеразы E.coliдля изучения конформационных преобразований этого белка как всвободной форме так и в составе холофермента.Обнаружена характерная конформация молекулы GM в видешпильки на поверхности графита с характерными размерами 1,8 нм и0,4 нм.Предложенаструктураамилоидогеннойфибриллыσ70-субъединицы РНК полимеразы E.coliПредставлены предложения по дальнейшему совершенствованиюразработанного метода совместной трактовки данных путем ввода всистему модели кантилевера.Достоверность результатов исследования обеспечивается:Хорошим качественным и количественным совпадением данныхатомно-силовой микроскопии, компьютерного моделирования, а такжеданныхдругихэкспериментальныхметодов,полученныхизнезависимых источников.Стабильностью полученных моделей на протяжении всеговремени моделирования.Модели подложек дали совпадение поверхностного заряда сэкспериментом в пределах 3%.Адсорбированные на поверхность графита молекулы GM ифибриноген показали предрасположенность к выстраиванию вдольосей симметрии, что подтверждается экспериментами.Предложенная методология построена на общедоступных данныхи фактах, ее апробация находится в хорошем соответствии сэкспериментальными данными.817 декабря 2015 года9.

Характеристики

Тип файла PDF

PDF-формат наиболее широко используется для просмотра любого типа файлов на любом устройстве. В него можно сохранить документ, таблицы, презентацию, текст, чертежи, вычисления, графики и всё остальное, что можно показать на экране любого устройства. Именно его лучше всего использовать для печати.

Например, если Вам нужно распечатать чертёж из автокада, Вы сохраните чертёж на флешку, но будет ли автокад в пункте печати? А если будет, то нужная версия с нужными библиотеками? Именно для этого и нужен формат PDF - в нём точно будет показано верно вне зависимости от того, в какой программе создали PDF-файл и есть ли нужная программа для его просмотра.

Список файлов диссертации