отзыв на автореферат к.х.н. Синицынои О.В. (1102339)

Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла

ОТЗЫВ На автореферат диссертации Толстовой Анны Павловны "Анализ данных атомно-силовой микроскопии с помощью компьютерного моделирования", представленной на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук по специальности 03.01.02 - "Биофизика" В диссертации Анны Павловны Толстовой описаны результаты изучения пространственной структуры белков а~~-субъединицы РНК-полимеразы ЕксЬепсл1а сой, фибриногена человека и лизоцима из куриного яйца. Автором были изучены следующие состояния этих белков: 1) Для о"-субъединицы РНКП Ехо!) получены изображения червеобразных и палочкообразных амилоидных фибрилл с помощью атомно-силовой микроскопии 1АСМ), получены модели олигомеров белка, предположительно описывающие начальные стадии образования червеобразных фибрилл, а также модели полноатомной структуры а'"-субъединицы РНКП агой в воде при различных концентрациях соли.

На основе этих данных А.П. Толстова предложила механизм взаимодействия белков в фибрилле а также выяснила роль Х- и С-концевых доменов белка в фибриллообразованйи и самоингибировании в свободном состоянии. 2) Для фибриногена человека были получены АСМ-изображения белка на четырех разных поверхностях, показывающие, что структура белка сильно различается на каждой из них. Были построены стабильные и достоверные атомные модели этих поверхностей и было проведено моделирование адсорбции фибриногена на две из них. По итогам моделирования сравнение размеров белка показало хорошее совпадение с данными АСМ и позволило установить ван-дер-ваальсову природу взаимодействия белка с поверхностью.

Оказалось, что гидрофобность некоторых частей белка имеет большое влияние на его структуру на подложках. 3) Для белка лизоцима из куриного яйца было проведено моделирование начальных стадий адсорбции на поверхность слюды и получены АСМ-изображения отдельных молекул на слюде. Был предложен метод сравнения данных путем имитации зондового сканирования в моделировании. Для адсорбированной молекулы было получено модельное АСМ-изображение, которое сравнивалось с настоящим.

В диссертации предложен метод сравнения данных компьютерного моделирования и атомно-силовой микроскопии. Такой подход к изучению пространственной структуры белка безусловно очень перспективен, так как позволяет учесть недостатки обоих методов, Например, предложенным методом автору удалось существенно уточнить данные АСМ фибриногена, использовав для этого модельное изображение.

В перспективе можно учесть влияние на изображение механических и электростатических свойств образца, его подвижности и взаимодействия с зондом. В свою очередь, в области компьютерного моделирования такой подход открывает для исследования целую группу белков с подвижными участками, трехмерная структура которых не расшифрована.

Высокое качество А СМ-изображений и построенных моделей, а также хорошие результаты сравнения данных этих двух методов не оставляют сомнений в достоверности Научный сотрудник Кафедры высокомолекулярных соединений Химического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова Кандидат химических наук <,.ьц,.р1 Синицына О.В. 27.112015 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Московский государственный университет имени М,В. Ломоносова» Адрес: Москва, 119991, Москва, Ленинские горы, дом 1, строение 3, ГСП-1, МГУ, химический факультет, кафедра ВМС Телефон: +7 (495) 939-10-09 Адрес электронной почты: яп11аупа~а1рпа11.сот результатов работы. Выводы диссертации обоснованы, ясны и вытекают из описанных экспериментов. Результаты работы соответствуют поставленным задачам.

Работа прошла достаточную апробацию на 12 международных конференциях в России и других странах. По результатам работы опубликовано две статьи в рецензируемых изданиях. Безусловно, диссертация А.П. Толстовой представляет собой полный и законченный труд, удовлетворяющий всем требованиям ВАК, предъявляемым к кандидатским диссертациям, а ее автор заслуживает присвоения ей степени кандидата физико-математических наук по специальности 03.01.02 — «Биофизика». .

Характеристики

Тип файла PDF

PDF-формат наиболее широко используется для просмотра любого типа файлов на любом устройстве. В него можно сохранить документ, таблицы, презентацию, текст, чертежи, вычисления, графики и всё остальное, что можно показать на экране любого устройства. Именно его лучше всего использовать для печати.

Например, если Вам нужно распечатать чертёж из автокада, Вы сохраните чертёж на флешку, но будет ли автокад в пункте печати? А если будет, то нужная версия с нужными библиотеками? Именно для этого и нужен формат PDF - в нём точно будет показано верно вне зависимости от того, в какой программе создали PDF-файл и есть ли нужная программа для его просмотра.

Список файлов диссертации