Главная » Просмотр файлов » Диссертация

Диссертация (1150552), страница 5

Файл №1150552 Диссертация (Развитие методов ЯМР для исследования состояния биологических молекул в условиях окислительно-восстановительных процессов) 5 страницаДиссертация (1150552) страница 52019-06-29СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 5)

Моделирование методом Монте-Карло показывает, что энергиявзаимодействия между молекулами воды увеличивается вблизи гидрофобных фрагментовпропионовой кислоты [60]. Campo и др. получены времена жизни молекул воды в окружениифункциональных групп цвиттериона глицина методом молекулярной динамики [65]. Ихрезультаты не предсказывают существенной разницы в жизни молекул воды вблизигидрофобных и гидрофильных остатков и в объемной фазе. Используя молекулярную динамикуBeck и др.

получили время пребывания молекул воды в гидратных оболочках молекулярныхгрупп различных L-аминокислот [64]. Для гидрофобных фрагментов аминокислот онипредсказывают более высокую подвижность молекул воды по сравнению с объемной водой, авблизи гидрофильных функциональных групп – пониженную подвижность. Эти результаты несовпадают с экспериментальными данными, обсужденными выше.Этот короткий обзор результатов, полученных с помощью различных методов,показывает, что понимание микроструктуры растворов органических веществ еще далеко от19желаемого уровня. В этой работе мы представляем подход, в котором гидратная оболочкарастворенной молекулы рассматривается как суперпозиция гидратных оболочек молекулярныхгрупп.Доказывается,чтовпервомприближениигидратныеоболочкиотдельныхфункциональных групп могут быть охарактеризованы как независимые структуры, имеющиеразличную подвижность молекул воды.

Эта модель была применена к водным растворам (D 2O)ω-аминокислот: глицин (GLY), β-аланин (bALA), γ-аминомасляная кислота (GABA) и εаминокапроновая кислота (6ACA). Скорости ЯМР релаксации дейтронов молекул воды вблизиметиленовой CH2, карбоксильной COO- и аммонийной NH3+ (ND3+) групп были получены ипроанализированы, для получения времен корреляции вращательного движения.1.2. Материалы и методыОбразцыОбразцы глицина (+NН3-СН2-СОО-), β-аланина (+NН3-(СН2)2-СОО-), γ-аминомаслянойкислоты(+NН3-(СН2)3-СОО-),ε-аминокапроновойкислоты(+NН3-(СН2)5-СОО-)былиприготовлены путем растворения в D2O соответствующих соединений высокой чистоты (более99%, D2O с дейтерированием 99,9%). Растворы аминокислот имели значение pH* (значение рНбезизотопнойкоррекции),почтиравноеизоэлектрическойточкесоответствующейаминокислоты (6.0 для GLY, 6,9 для bALA, 7,3 для GABA и 7,6 для 6ACA).

рН контролировалиpH-метром Mettler Toledo FEP20. При этих условиях все аминокислоты были в цвиттерионнойформе. Концентрации образцов приведены в единицах аквамоляльности m, числа молейрастворенного вещества на 55,5 молей D2O. Концентрации находились в диапазоне от 0 m допочти предела растворимости (3.1 m для GLY, 8.1 m для bALA, 7 m для GABA, 7 m для 6ACA).ЯМР экспериментыСпектры ЯМР на ядрах 2Н (при 76,8 МГц) и времена спин-решеточной релаксации 2H(1 ) в водных растворах органических молекул были измерены с использованием спектрометраBruker AVANCE III 500 МГц, оборудованного широкополосным инверсным датчиком (BBI).

Врелаксационных измерениях использовался резонанс дейтронов. Это позволило избежатьдлительной процедуры дегазации образцов. Обычно такая процедура необходима для удалениярастворенного парамагнитного кислорода. Температура варьировалась в диапазоне от 2 до 75°Ссиспользованиемнагретогоилиохлажденноговоздушногопотока.Температурастабилизировалась с точностью ± 0,2˚C.

Для измерения 1 использовалась стандартная20импульснаяпоследовательность«инверсия-восстановление».Спектрыобрабатывалисиспользованием Bruker TopSpin 3.2, а кривые релаксации были аппроксимированы с помощьюпрограммного обеспечения Bruker Dynamics Center 2.1.8. Для всех систем наблюдалисьодноэкспоненциальные релаксационные функции. Скорость релаксации дейтронов чистой D 2O10 = 1/10, была определена с точностью 0,7% (результаты согласуются с данными длярелаксации дейтронов чистой D2O, опубликованными в ссылках [47, 68]). Точностьопределения скоростей релаксации дейтронов 1 = 1/1 в растворах органических соединенийбыла выше 0,8%.1.3. Теоретическая частьКак известно, для дейтронов (спин = 1) доминирующий механизм релаксации связан свзаимодействием ядерных квадрупольных моментов с флуктуирующими градиентамиэлектрического поля [42, 45]. В этом случае релаксация описывается одноэкспоненциальнойфункцией.

В нашем случае, для всех исследованных растворов реализуется пределэкстремального сужения линии ЯМР, который был подтвержден контрольными измерениямина резонансной частоте 13,8 МГц (скорости спин-решеточной релаксации не зависят отрезонансной частоты). Тогда для = 1 спин-решеточная релаксация 1 описывается формулой[42, 45]:32 21 = (1 + ) () .83ℏ(1.1)Здесь = ( − )/ – параметр асимметрии градиента электрического поля, обозначает вторую производную электрического потенциала V по координатам и xj (ГЭП), - заряд электрона, - ядерный квадрупольный момент, ℏ - приведенная постоянная Планка, τc– время корреляции вращательного движения.

Стоит отметить, что в растворах, которые несодержат компактных многозарядных ионов, времена корреляции как вращательного, так ипоступательного движения почти равны [35]. Величина χ = eQVzz /ℏ называется константойквадрупольной связи. Таким образом, R1 связана с важными динамическими и структурнымипараметрами гидратации: временами корреляции вращательного движения молекул воды иградиентами электрического поля, индуцированными в местах расположении ядер.Молекулы воды в водных растворах органических молекул распределены средиразличных подструктур растворителя, которые характеризуются различными временами21корреляции вращательного движения и константами квадрупольной связи .

Квантово-химические расчеты показали, что в некоторых случаях разница в для объемной воды игидратных оболочек молекул растворенного вещества составляет около 5 ÷ 10% [9, 69, 70].Например, Павлова и Чижик учли эту разницу для точного расчета времен корреляциивращательного движения в гидратных оболочках ионов в растворах электролитов [69]. Длягидратных оболочек органических молекул имеются свидетельства того, что изменение τcзначительно больше 5 ÷ 10% по сравнению с τc для объемной воды [3-8, 10-14, 37]. В концеконцов, вариации скорости релаксации ЯМР R1 в основном обусловлены изменениями временкорреляции вращательного движения.

По этим причинам в дальнейшем ГЭП и параметрыасимметрии для всех субструктур растворов считаются одинаковыми. Для удобства оценкимолекулярной подвижности целесообразно ввести относительные времена корреляции: =1=10 0(1.2)где R10 а также τc0 – скорость релаксации дейтронов и время корреляции вращательногодвижения в структуре чистой воды, соответственно. Уравнение (1.2) также позволяетсравнивать результаты, полученные по данным ЯМР разных ядер.Рассмотрим реакцию обмена дейтронов между несколькими сайтами, отличающимися τcв водных растворах органических молекул:Схема 1.1. Реакция обмена дейтронов между молекулами воды. + + + ⋯ → + + + ⋯На схеме 1.1 реализуется быстрый обмен молекул воды между различными сайтами( ≫ 1 ), и, следовательно, должно быть учтено усреднение наблюдаемой R1 [50]:1 = ∑ 1 ,(1.3)=1где N - количество подструктур, 1 - скорость релаксации в i-й подструктуре, и pi относительная концентрация сайта , с ∑ = 1.

Относительная концентрация молекул воды вконкретном сайте определяется отношением числа молекул воды в этом сайте, к общему числумолекул воды на одну молекулу растворенного вещества = 55.5/:22 ==,55.5(1.4)где - это аквамоляльность раствора и - количество молекул воды в -ом сайте.Относительная концентрация для объемной воды равна (1 − ∑−1=1 ) (объемная вода является й субструктурой растворителя). Формулы (1.3) и (1.4) справедливы в диапазоне концентрацийот 0 до = 55.5/ ∑−1=1 .Анализ скоростей релаксации, как функций концентрации раствора с известнымсоставом, может дать подвижности молекул воды во всех различимых подструктурахрастворителя. Несмотря на относительно узкий диапазон рассматриваемых температур,сохраняется возможность оценить энергию активации переориентационного движения молекулводы в гидратных оболочках функциональных групп аминокислот из температурныхзависимостей скоростей релаксации дейтронов R1 , используя аппроксимацию релаксационныхданных зависимостью Аррениуса:1 ∝ = 0 exp (−)(1.5)1.4 .

Результаты и обсуждение1.4.1. Концентрационные зависимости релаксации дейтронов в водных растворахаминокислотСкорости спин-решеточной ЯМР релаксации дейтронов 1 в водных растворах (D2O)для GLY, bALA, GABA и 6ACA были измерены как функции концентрации. Результаты,определенные при температурах 2, 25 и 55°С, представлены на Рисунок 1.1a, b и c,соответственно.232°C25°C55°CРисунок 1.1. Концентрационные зависимости 1 дейтроновв водных растворах GLY (1,черный), bALA (2, синий), GABA (3, красный) и 6ACA (4, зеленый) при 2°C (a), 25°C (b) и 55°C(с).Все зависимости показывают монотонный ростR1 с концентрацией.

Характеристики

Список файлов диссертации

Свежие статьи
Популярно сейчас
Почему делать на заказ в разы дороже, чем купить готовую учебную работу на СтудИзбе? Наши учебные работы продаются каждый год, тогда как большинство заказов выполняются с нуля. Найдите подходящий учебный материал на СтудИзбе!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
6384
Авторов
на СтудИзбе
308
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее