Frenkel, Smit - Understanding molecular simulation - 2002

Спйегйапй.пд Мо1еси1аг Япш1а6оп Рвот А1~отйЬтз 1о Арр1гса1топз Оаап Ггеп1се1 РОМ !пьйгиге !ог Агогп1с апс1 Мо1еси!аг РЬуа1са, Апь1еЫатп, ТЬе Ь!егЬег1апс1а Пераг1гпепГ о! СЬеписа1 Епе1пеег1пд, Раси!гу о! Вс1епсеа Упп ега11у о! Агпя1егс1агп Агпягегйагп, ТЬе Ь!егЬег!апс1а Вегепд опт Т!ераг1гпеп! о! СЬеписа! Епупеег1щ Раси!!у о! Бс1епсеа 1Зпйега11у о! Апга1егг1агп Апга1егг1атп, ТЬе Ь!егЬег1апг1а АСАРЕМ1С РЕЕББ А ОМыоп оР Нагсоог~, !пс.

Яап Р1едо Бап Ргапспасо Меиг гог1с Воагоп Еопдоп Бус1пеу То!суо ТЬи Ьоо!с Ев рг!пгег! оп асЫ Егее рарег. Соруг!ВЬ! © 2002, 1996 Ьу АСАРЕМ!С РЕЕ55 А!1 К!88!в Кевегчес1. Ь!о раг! оЕ ГП!в рпЫ!саг!оп гпау Ье гергос!цсег! ог ггапвгп!Егес! !п апу Еопп ог Ьу апу гпеапв, е1есггогпс ог гпесЬапка1, Епс!ис!!п8 РЬогосору!п8, гесогс!!п8, ог апу !пЕоггпаг!оп в!ога8е апс1 геГг!еаза! вувгегп, ипг!гоп! регппвяоп !п и'г!г!п8 Егогп ЕЬе рпЪ|!в!гег.

Кециев!в Еог репп!вв!оп !о гпа!се сор!ев оЕ апу раг! оЕ г!ге и ог1с вЬои!й Ъе та!1ес! Ео йе Ео1!ои ЫВ агЫгевя Репшвяопв с1ерагггпепг, Нагсоиг! 1пс., 6277 Веа НагЬог РгЬге, Ог1апг!о, Р!огЫа 32887-6777, 1.БА Асас!егп!с Ргевв А йтвюп о/НагсоигЬ 1пс, 525 В Вггеег, Вшге 1900, Вап О!е8о, СаИоппа 92101-4495, 1/5А Егггр://сии.асас!егп!сргевв.согп Асаг!егп!с Ргевв А йо/в/оп о/НагсоигЬ !ас. НагсоигГ Р! асе, 32 !агпевгои п Рсоас1, 1.опс!оп Ь!!а/1 7В г', !Ж Егггр: / / и и и~.аеас!егп!сргевв.согп 15ВЬ! 0-12-267351-4 1лЬгагу оЕ Соп8гевв Сага1о8 Ь!пгпЬег: 2001091477 А сага1о8пе гесогг! Еог ЙЬ Ъоо1с !в ача!1аЫе Егот Г!ге Вг!Вв!г 1лЬгагу Соиег !11ив!галоп: а 2,5-с!!пге!Ьу!осгапе пю1еси!е швЫе а роге оЕ а ТОЬ! !уре кео1!Ее (68пге Ьу РачЫ РиЬЬе1оат) Туреве! Ьу гпе апгЬогв Рппгег! апг! Ьоипс! !п Сгеа! Вг!Еаш Ъу МРС Воок 1.гс1, Вос1ппп, Согпи а11 02 03 04 05 06 07 МР 9 8 7 6 5 4 3 2 1 Сои!си!в 155 158 160 165 7 аггее 7.1 7.2 7.3 7.4 225 225 233 6.1.3 !х!овй-Ноочег СЬа!пв .

6.2 Мо1еси1аг Рупаписв а! Сопвгап! Ргеввиге 6.3 Оиев6опв ап6 Ехегс!вев Рагг П1 Ргее Епегрев апй Р1гаве Есрп11Ьпа Епег8у Са!си1а6опв ТЬеппойупапис !пге8га6оп . СЬеииса1 Рогеп6а!в 7.2.1 ТЬе Раг6с!е 1пвег6оп МегЬос1...... 7.2.2 ОЕЬег ЕпвегпЫев 7.2.3 Очег!арр!п8 РЬапЬибоп МеЕЬог1 Обгег Ргее Епег8у МеЕЬодв . 7.3.1 Ми!6Р1е Н!вго8гагпв.......... 7.3.2 Ассер!апсе Ка6о МеЕЬой........

РгпЬге!!а 5агпр!!п8 7.4.1 Ыопегрл1!Ьг!игп Ргее Епег8у МеЕЬогЬ . Яиевбопв апс1 Ехегс!вев 8 ТЬе С!ЬЬв ЕпвегпЫе 8.1 ТЬе С!ЬЬв ЕпвегпЫе ТесЬпи!ие 8.2 ТЬе Раг!!6оп Гипс!!оп 8.3 Мопге Саг1о 5!пш!а6опв 8.3.1 Раг6с!е Р!вр!асеигеп! 8.3.2 Чо!игпе СЬап8е . 8.3.3 Раг6с!е ЕхсЬап8е 8.3.4 1гпр1егпепга6оп . 8.3.5 Апа!уа!п8 ЕЬе Ееви!Ев 8.4 АРР1ка6опв . 8.5 Роев!!опв апс1 Ехегс!вев 9 О!Ьег МеЕЬог!в !о Яиг!у Соехгв!епсе 9.1 Беп !Егапй ЕпвегпЫе 9.2 Тгас!п8 СоехЬаепсе Сигчев 10 Егее Епег8!ев оЕ Бо1Ыв 10.1 ТЬеггподупапис !пге8га6оп .

10.2 Ргее Епег8!ев оЕ 5о! Ыв 10.2.1 Агоиис 5о!Ыв гч!ЕЬ Сопбпиоив Рогеппа1в 10.3 Ргее Епег8!ев оЕ Мо!еси!аг 5о1Ыв........... 10.3.1 Агопис 5о1Ыв и !ЕЬ Р!всоп6пиоив Рогепба!в 10.3.2 Сепега! 1гпр1егпепга6оп !ввиев........ 10.4 Часапс!ев апд !пгегв66а!в 167 168 172 173 176 179 183 183 189 192 196 199 201 203 204 205 205 206 208 208 214 220 223 241 242 243 244 245 248 249 263 |х Сов!еи!в Раг1 Ч Аррепйкев 479 481 483 486 488 13.6.1 Сгапд-Сапоп|са! ЕпвегпЪ|е . 13.6.2 С|ЪЪв ЕпвепгЫе 56пи!а6опв 13.7 Кесо|! Сгохч|Ь . 13.7.1 А|8опбпп 13.7.2 |ив66саг!оп оХ !Ье МегЬод 13.8 Осев!!опв апд Ехегс!вев 14 Ассе!ега6п8 Моп!е Саг1о Вагпр!!п8 14.1 Рага1|е! Тегпрег!п8 14.2 НуЬг|6 Мопге Саг|о 14.3 С!ыв!ег Мочев 14.3.1 С!ивгегв 14.3.2 Еаг1у Ее!ес6оп ВсЬегпе 15 Тас!с!!п8 Типе-Вса1е РгоЫегпв 15.1 Сопв!га!пгв .

15.1.1 Сопв|га!пей ап6 1|псопвгга!пей Ачега8ев 15.2 Оп-!Ье-Р!у Орйп|ха6оп: Саг-Рагппе11о АрргоасЬ 15.3 Мо|г|р!е Типе 5герв 16 Еаге Ечеп|в 16.1 ТЬеогебса! Вас|с8гоипд 16.2 Веппе!ЬСЬап6!ег АрргоасЬ .. 16.2.1 Сохиро!а!!опа! Аврес|в 16.3 1И!ыв!че Вагпег Сговв|п8 .. 16.4 Тгапв!6оп Рай ЕпвегпЫе 16.4.1 Рай ЕпвепгЫе 16.4.2 Моп!е Саг1о 5ипи!абопв 16.5 ВеагсЬ|п8 |ог |Ье Ва66!е Ропп . 17 Р!вв!ра!!че Раг6с1е Рупаписв 17.1 Ревспр6оп о| йе ТесЬпкре 17.1.1 |ив61!салоп о! йе Ме!Ьоб 17.1.2 !пхр!епгепгаГ!оп о1 йе Мейос! 17.1.3 РРР апд Епег8у Сопвегчабоп 17.2 Ойег Соагве-Сга|пед ТесЬпн|иев А ЕаВгап8!ап апй Напг!!!оп!ап А.1 !.а8гап8!ап А2 НаппИогбап .

А.З Напб|гоп Рупаппсв ап6 5гаг!вбса! МесЬап|св 365 370 374 376 379 383 389 389 397 399 399 405 409 410 415 421 424 431 432 436 438 443 450 451 454 462 465 466 467 469 473 476 Рге1асе 1о $Ье бесова ЕЙ~6оп 'гч'Ьу дЫ гче в гбе а весопг( ейбоп? А гшпог геч(в(оп о1 ФЬе Пгвг ейбоп ъчои16 Ьаче Ьееп аг(ес(иаге Фо соггесФ ФЬе (асЬпФФФегПу тапу) ФуроегарЫса1 пивга)сев. Ночгечег, тапу о( ФЬе шее сопипепгв ФЬаФ и е гесе?чег1 Фгот вФидепгв апг( соПеаеиев аП)се, епг(ег( тчФФЬ а гетаг1с о1 ФЬе Фуре: "ипФоггипаФе1у, уои 6оп'Ф гФ)всивв Форк х". Апг( Фпг(еес1, тче 1ее1 ФЬаФ, айег оп1у Пче уеагв, ФЬе япш1агюп гчогЫ Ьав сЬапцес( во пшсЬ ФЬаФ ФЬе 611е о( ФЬе Ьоо1с мчав по !опеег сочегес1 Ьу ФЬе сопгепгя ТЬе Йгвг ей6оп агав ит(ФФеп 1п 1995 апд япсе ФЬеп вечега1 пегч ФесЬ- гй(иев Ьаче арреагес1 ог гпагигей МовФ (Ьиг поФ аП) о( ФЬе та!ог сЬащев т ФЬе весопгФ ейбоп г(еа1 ичФЬ ФЬеве певуч Йече1ортепгя 1п рагбси1аг, гче Ьаче Фпс1иг(ес( а весФюп оп: ° Тгапябоп раФЬ ватрПщ апс1 ЖФ(ив(че Ъагпег сговяпд Фо япш1аге гаге ечепув ° Р(вяраФФне рагбс1е купат(с ав а соигве-ега1пег( япш1а6оп ФесЬшг!ие ° Хоче! всЬетев Фо сотриФе ФЬе 1ощ-гапеегФ 1огсев ° Р(всивв(оп оп Напи1Фошап апгФ поп-Напи!Фошап г(упат(св т ФЬе сопФехг о1 сопвгапФ-Фетрегагиге апг( сопвгапФ-ргеввиге Мо1еси1аг Рупагпквяпш1абопв ° Ми16р1е-Фипе-вФер а1догФФЬгпв ав ап а1Фегпа6че Фог сопвгга(пгв ° Ре(есгв 1п во1Ыв ° ТЬе ргипес1-еппсЬес1 КовепЫиФЬ ватрПпе, гесоП егои ФЬ, апгФ сопсеггег( гога6опв 1ог сотр1ех пю1еси1ев ° ГагаПе1 Фетрепщ Фог е1авву Напи1Фошапв Ъуе Ьаче ирс(агес$ воте о( ФЬе ехатр1ев Фо 1пс1ис$е а1во гесепФ ь ог)г.

5ечега1 пегч Ехатр1ев Ьаче Ьееп агЫегФ Фо 61ивггаге гесепФ аррПса6опя ЪЧе Ьаче ФаиеЬФ вечега1 соигвев оп Мо1еси1аг 51ти1а6оп, Ьавей оп ФЬе Пгвг ес66оп о( ФЬ)в Ьоо)с. Ав рагФ о( ФЬеве соигвев, Рг. ТЬФ!в МиЕФ ргерагег( гпапу Циев6опв, Ехегс(вев, апгФ Саяе 5Фийев, гповФ о( вЫсЬ Ьаче Ьееп Фпс1ийег( 1п ФЬе ргевепФ ейбоп. Боте асЫ16опа1 ехегс(вев сап Ье Фоипс( оп г!о Рге~асе го йе Бесопй ЕИЖоп ГЬе ЪЧеЬ. Хе аге ъегу дгаге1п11о ТЬ!1в Ч1пВ1 !ог 6ъе регппвв!оп Го гергобисе 66в гпагепа!. Мапу о! 1Ье асЬ апет Мо1еси1аг Рупапйсв ГесЬп!с1иев бевсг!Ьеб ш 6пв Ьоо1с аге бег!че6 ивюе 1Ье Еаагапа!ап ог Напъбгоп !огпу!а!!опв о! с1авв!са! гпесЬап!св. Нов еъег, агапу сЬегп!вГгу ап6 сЬепбса1 епВ!пеегпъВ вГис1епГв аге по! 1ап61!аг ъъйЬ ГЬеве !оппаВвгпв.

ЧъЬ!!е а 6л11 йевсг!рГ!оп о! с1авв!са! пъесЬап!св !в с1еаг1у Ьеуопй гЬе всоре о! гЬе ргевепг Ьоо!с, и е Ьаме айдекс ап Аррепб!х ГЬаГ вппппаг!лев ГЬе песеввагу еввеп6а1в о! ЬаагапВ1ап апс1 Напь!!гоп!ап гпесЬап!св. Брас!а! ГЬап1св аге 6пе Го Сюъ.апп1 С!ссо16, КоЬ Сгооб Саъ!и Сгоо1св, Т16!в Ч1щ6 апс1 Ре1ег ВоВъшв 1ог ГЬе1г согппъеп!в оп раггв о1 ГЬе геха 1п а6- с1!г!оп, ъъ е 6ъап1с ечегуопе ъъ Ьо ро!пге6 оиг гп!вга1сев апй гуров, Ьъ раг6сц1аг Ргв. 1.В. Ргеипс1, Ръ. АЫсеппапв, апй Р.

МогопЕ Рке1асе ТЫв Ьоо1с 1а по! а сотрпгег япш1абоп соо1гЬоо!с. Опг апп !а Ео ехр!а1п ЕЬе рЬуа!са ЕЬаг Еа Ье16п6 6ле "гес1реа" оЕ пю1еси1аг япш1абоп. ОЕ сошае, ъче а!ао а1че ЕЬе гес!реа ЕЬетве1чев, Ьесаиае объегъч!ве ЕЬе Ъоо1ъ ипил Ье Еоо аЬЯгасг Ео Ье оЕ пшсЬ ргасбса! пае. ТЬе асоре оЕ !ЬЕь Ьоо!с 1в песеаааг1|у 1пшгей ъче гЕо по! апп Ео г$!асиаа а!! ааресга оЕ согпрпгег япш1абоп. лъаЕЬег, ъче Епгепс1 Ео а1че а ип16ес1 ргеаепгаг!оп оЕ ЕЬове согпри!а6опа! !оп!а ЕЬаг аге сиггепЕ!у иве6 Ео вгиъЕу ЕЬе ецп!1!Ъг!шп ргорег11еа апй лп раг6сы1аг, ЕЬе рЬаае ЬеЬачюг оЕ пю1еси1аг апд апргагпо1еси1аг виЪалапсея Могеочег, и е шЕепг!опа1)у геагг1сг ЕЬе йвсиаа!оп Ео а!пш1аг!опа оЕ с!аваЕса1 гпапу-Ьоду ауаЕепю, ел еп ЕЬощЬ воте оЕ ЕЬе ЕесЬп1с!пеа сепг!опт сап Ье аррас! Ео с!папплгп вуаЕепы аа ие11.

АпгЕ, ъч1йзп ЕЬе сопЕехг оЕ с!ааяса! гпапу-Ьойу аувЕетв, ъче геагг!с! оиг йвсиаяоп Ео ЕЬе гпогЕе1шд оЕ ауЯета а6 ог пеаг, егЕш11Ьг1шп. ТЬе ЬооЕь 1а а!ше6 аг геадега и Ьо аге асбче ш согпрп!ег япш!абоп ог аге р!апп!щ Ео Ьесоше ао. Согпригег япш!агогв аге сопбпиопв1у сопЕгопЕес$ и 6Ь сЕпеа11опа сопсегп1па ЕЬе сЬоке оЕ ЕесЬпи!пе, Ьесаиае а Ьеъч11- г!ег1пе чапе!у оЕ согпрпЕаг1опа! Еоо!а ла ача11аЬ!е. Юе Ье1!ече ЕЬа6 Ео гпа1ье а габопа! сЬоке, а лоос! ипгЕегагапйп6 оЕ ЕЬе рЬуа!са Ье1шк1 еасЬ ЕесЬп1сЕие Еа еааеп6а!.

Опг апп Еа Ео ргочЫе ЕЬе геас1ег и ЬЬ Нпь Ьас1сдгоппй Ъуе вЬои16 аЕаЕе аЕ ЕЬе оигве! ЕЬа! ие сопьЫег ногае ЕесЬпп1иеа Ео Ъе пюге иве!и! ЕЬап оЕЬега, апд ЕЬегеЕоге очаг ргевепгабоп !а Ьлааей !и Еасб и е Ье!лече ЕЬаг ГЬе геагЕег !а ъче!! аегче6 Ъу ЕЬе Еас! ЕЬаг и е г!о по! ргеаепг а11 ЕесЬгш1иеа ав егЕп!ча1епЬ Ноиечег, и Ьепечег ие ехргеаа очаг регвопа! ргеЕегепсе, и е Егу Го Ьас1с 6 ир ъчИЬ агепгпепга Ъааей 1п рЬуяся арр11ег1 гпаЕЬепъаг!ся ог ягпр1у ехрепепсе.

1п Еасг, ъче лшх ош ргеаепгаг!оп и ЬЬ ргас6са! ехатр1еа ЕЬаЕ аегче а ГъчоЕо16 ригроае: йгвг, Ео вЬоъч Ьоъч а рчеп ЕесЬп1г1ие и огра ш ргасбсе, апг1 аесопс$, Ео рче ЕЬе геайег а ЕЕачог оЕ ЕЬе Ыпс1 оЕ рЬепогпепа ЕЬал сап Ъе апл61е6 Ьу пшпепса1 япш1а6оп. ТЬе геадег ъч!11 а1ао по6се ЕЬаг Гъчо гор!св аге г$1асиааес1 !и дгеаг бега!1, пагпе1у япш1а6оп ЕесЬпи!пев Ео агпс1у 6гаг-огс1ег рЬаве Егапябопа, ап6 чаг1оив авресга оЕ ЕЬе сопЕ1дпга11опа!-Ь!ав Мопге Саг1о гпеЕЬой ТЬе геааоп и Ьу и е гЕечоге ао пшсЬ арасе Ео ЕЬеае !орка Еа по! ЕЬаг ъче сопаЫег ЕЬет РгеЕасе 1о Ье пюге ипрог1ап1 Иъап ойъег яиЬ)ес)я ЕЬат ае1 1еяя сочегаае, Ьи1 га1Ьег Ьесаияе ъче Еее1 1Ьат, ат ргеяеп1, 1Ье с))ясияяоп оЕ ЬоЕЬ 1оркя 1п ЕЬе 1йегатиге )в га1Ьег Егавшеп1ес1.

ТЬе ргевеп1 )птгос1исйоп )в ъчггйеп Еог 1Ье попехрегт. Хе Ьаъ е Иопе во оп ригрове. ТЬе сотппшш1у оЕ реор1е ъчЬо рег)опп сошрйег япш1айопя )в гарЫ1у ехрапйщ ая сошри1ег ехрепшеп)я Ьесоше а лепета) геяеагсЬ 1оо!. Мапу оЕ 1Ье пеи япш1а1огя ич11 ияе сошри1ег япш1айоп ав а 1оо1 апс1 ич11 по1 Ье рпшап1у штегея1ес1 ш тесЬтис)иев. Уе1, и е Ьоре 1о сопч1псе Иъове геас)егв ъчЬо сопвЫег а сошри1ег яппи)айоп рговгатп а Ь)ас)с Ьох, 1Ьат йте швЫе оЕ йъе Ыас1с Ьох )я )птегевйщ апс1, пюге ипрогтапйу, 1Ьат а Ье11ег ипйегятапй)щ оЕ 1Ье и ог)с)щ оЕ а япш1айоп ргоегатп тпау вгеайу ипргоче ЕЬе еЕИстепсу ъчйЬ ъчЬтсЬ ЕЬе Ыас1с Ъох )в ивей 1п асЫйюп 1о 1Ье Иъеоге6са1 Егатпеъчог1с, ъче йвсияя воше оЕ Ейе ргасйса1 1пс1св апс1 пт1ея оЕ ЕЬшпЬ ЕЬат Ьаче Ьесоше "сопипоп" )споъч)езде )и ЕЬе япш1айоп сопипипйу апд аге гоийпе)у ияей ш а вшш1айоп.