McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids, страница 5

Но!!еу е| а!. (!965) 1ог СКХА"", СЬе бгзС СКХА Со Ьаче |Сз рпшагу всгиссиге во!чег!. Сегсаш Геасигев оГ вессиепсе аге ргевегчед ш ас! !споъп СКХА всгисшгев, апд йеве аге вишшапгесс !п сЬе всапдаг|1 с!очег!еаГ йаагаш вЬосчп ш 6аиге 2.9. ТЬе йгее д!шепа!опа! Го!йпц оГ СКХАг"' |в вЬо|чп ш 6аиге 2.

10. 1п ай|1!С!оп со йе агогешепеопед с)оиЫе ЬеИса! геи!опз, СЬе п|о1еси1е роввеввев а вЬогс в!пи)е зСгапс!есс ге!С!оп аС СЬе 3' ассерСог сепшпиз, а Ьа!грш 1оор аС йе Ьоссош оГ |Ье апс!со|!оп зсе|п, апд а сошрасс, сошр!!саге|! всгисшге ш йе е!Ьо|ч оГ йе пю!еси1е |чЬеге йе чапаЫе!оор, йе Р !оор, апс) йе Т !оор |пСегасС. ТЬе соп|Ьспаеоп оГ висЬ а Йчегзе гапае оГ в!гас|ига! Геасигез ш а зши!е пю!еси!е, а!опа |ч!1Ь йе ача1!аЬ!1!су оГ а !агае Ьоду оГ ехрепшепса! ечЫепсе Ггоп| ЬюрЬуяса! апд ЬюсЬепнса! в!асс!ев, ша1|ев СКХАг"' ап Ыеа1 зувсеш ш сч)есЬ Со вгис)у пис!е|с асЫ в!гас!иге апд дупаписв.

Опе ойег сопсоппаСюпа! ГеаСиге оГ !по!чЫиа! пис!еоСЫев Ьеагз с)евспЪ!па Ьеге. ТЬе 6че-шешЬегед Гигапове пппб |ч61 пос аепега!!у Ьаче а р1апаг соп6аигаС!оп, Ьесаизе й!з и|оп!д зСгаш СЬе Ъоп|1 апа1ез ас еасЬ асош Ггогп СЬе!г Ыеа! ча!иев, апд Ьесаизе |с и оиЫ а!во р!асс еасЬ оГ йе Согвюпа! апа)ев чч!СЬ!и йе г!па |и йе епегаег!са!!у ипГачогаЫе со сопГоппаСюп.

Моге ГачогаЫе сопГоппа6опв сап Ье асЬ!ечес) Ъу рис1|ег!пи йе ппа |псо а попр! апаг соп6дигас!оп. 6!псе |Ье шо!еси1аг Ьас!|Ьопе 22 Бггисгиге оГргоге|пя, пис!е|с асн(я апгГ яо(иеп|я шс!идея йе СЗ' — С4' Ьопд чч1|Ь(п йе Гцгапове пп8, вц8аг рцс1|ег 1я с1ояе)у ге!а1ег! со йе Ьас)|Ъопе |ог|6оп ап81е о аи|! 1в ап пирог|ап| Гас|ог ш |Ье сопГопиа6оп оГ |Ье Ьас!|Ьопе. То г(евспЬе вц8аг рцсЬег тайета6са!1у, |ио Гцпс6опв аге пеег!ей ТЬе Огв| |в а йпс6оп йа| дезспЬез |чЫсЬ раг| оГ |Ье г)п8 Ьаз йе 8геа|ез| |1еч4аиоп Ггот р!апап|у, апг! |Ье весопг! Оезсг(Ьез |Ье атр!1|цг!е оГ йа| г!еч(а6оп. СопвЫепп8 йа| а рег|цгЬа|юп соц!г! равз агоцпг! й(в с1овег! пп8 ш сус11с ГавЬюп, йе 6гз| Гцпс6оп 1я а рцс1сег рЬаяе ап8!е, Р. ТЬе рцс1|епп8 атр!1|цг!е сап Ье дебпег) ав |Ье гоо| шеап зг!цаге г)еч(аи(оп оГ йе а|от|с роя6опв Ггот а вш|аЫе геГегепсе р)апе, 1и |чЬ|сЬ саяе || 1я г!еиогег! д апг! 1я шеавцгег! ш папоше|егв. А!1егпа11че!у, йе атр!1|цг!е сап Ье дебпед 1и гегшз оГ йе |пахйишп |!еч(а|юп оГ йе епдосусбс |огзюп ап81ез Ггот |Ье с!я соп68цгагюп (О = 0), ш |чЫсЬ саяе |Ье ашр!1|ц|$е |з г!епоге|! 0 апг! |з шеазцгег! |п |!е8геев.

Моге сошр!е|е |!езспргюпз оГ йеве Гцпс6опз аге 81чеп 1и |Ье рптагу 6|ега|цге (А1|опа 8| Вцпйагабп8шп, 1972; Сгегиег 8| Рор!е, 1975; Као, %ев|ЬоГ 8| Бци|!ага)ш8аш, 1981) апг! |п йе гбвсцввюп оп зц8аг рцс!гег г!упаписз |п ГВХА (зес6оп 6.3). Рева!ег! г!еяспр|юпз оГ пцс!ек асЫ я|гас|иге сап Ье Гоци|! |п йе геч(еччв Ьу Р(с)сегвоп ег а6 (!982) апд Ьу Раггу 8| Ва!гег (1984), ап|! ш |Ье |ех|в Ьу Сап|ог ос 8сЫшше! (1980) апг! Ьу 8аеп8ег (1984). Бечега! ехсе!!еп| Ьоо1|з геч(е|ч 1и(опиагюп оп йе в|гас|иге апд Гцпс|юп оГ |гапзГег ВХА (А!ппап, 1978; 8сЫпипе1, Во!1 8| АЬе!зоп, 1979; 8611, АЬе!воп ог 8сЬ|ипие!, 1980). 2.4 Мо1есц!аг аззос!апоиз ТЬе в|гас|иге апг! епег8е6сз оГсошр)ехез Гоппер Ьу йе Ъ|пгбп8 оГпю1есц1ев |о рго|ешз ог пцс!ек асЫв сап Ье !аг8е1у цпг!егзгоо|! ш |епиз оГ |Ье |урез оГ ш|егас|юпз |!езспЬег! 1и йе ргесейп8 зес6опв.

Опе печч Геа|цге 1я а 8епега1 г!есгеазе ш еп|гору |Ьа| гезц!|з Ггош |Ье 1овв оГ ге! а6че пюЬ!В!у оГ|» о ию!есц!ев цроп Ь(пйп8. %Ьеп |и о шо!есц)ев Ь(пд 68Ы!у, |Ье еп|гору оГ |гапв!а|юп апд го|а|юп оГ |Ье г|чо ию!есц1ев 1я гер!асег! Ъу йа| оГ |Ье сои|р!ех. Весацве йеве еп|гор|ез г!ерепг! оп1у |чеаЫу оп пю(есц!аг вие, |Ье |гапв!а|юпа! р!цв го|а6опа! еп|гору оГ|Ье сотр(ех |ч111 Ье оп!у аЪоц| Ьа!Г йа| оГ йе верагагег! шо!есц1ев.

ТЬе ехас| гег!цсгюп ш |Ье еп|гору г!ерепг!я оп |Ье ию!есц!ев шчо(чей, йе(г сопсеп|га6опв, апг! в|а|с чапаЫев зцсЬ ав |ешрега|цге апд ргевзцге. Рог 1аг8е гио(есц!ев а| 1М, йе гегйс6оп !я гоц86!у 200)К 'иго! ' «Вй пеаг!у ег)ца! соп|пЬШюпз Гго|и |гапз!а6оп апг! го|а|юп. ТЫв еп|гору г!есгеаве соггезроп|!в со ап шсгеазе ш Ггее епег8у оГ 60 )сХ/пю! ас ЗОО К.

Апу гедцс6ои оГ |и|егия! гиоЪ|1!|у оГ йе пю1есц1ез цроп Ь|п|6п8 цп1! 1еа|1 |о аи аоо111опа! 1овв оГеп|гору. Мо!еси!аг аззосйи|опз 23 То Гопп а з|аЫе сотр)ех, |Ье цпГачогаЫе Ггее епег8у сЬап8е аале |о |Ье 1озв оГ |гапв1а6опа! апд го|а6опа1 ел|гору пшв| Ье ойве| Ьу о|Ьег Гас|огв. !Г |Ьеге аге во!чеп| пю)есц!ев ог яиа!1 юпв |Ьа| аге 68Ьг!у Ъоцпд со |Ье аввос)а6п8 врес1ев Ьц| йзр!асад |!цпп8 со|пр!ех Гоггпа|юп, |Ьеге »4!! Ье ап ел|гору 8аш 1гот |Ье |по|юп оГ |Ьеве йвр1асе6 гпо1есц!ез. О|Ьег Гас|огв 1пс1цде |Ье |урез оГ ш|егас6оп |Ьа| зфаЬ111ге |Ье г|а6че з|гцс|шев оГ рго|ешз апд пцс)е)с асЫв |Ьетве!чев. гог ехатр!е, ехатша|юп оГ |Ье вцЬцпК ш|егГасев ш рго|еш-рго|еш сотр!ехез 8епега!1у вЬо|чз ГЬа| |Ье рго|еш а|отз аге рас)се6 цц1|е депве!у, |Ьа| ЬудгорЬоЫс зЫесЬа)пз аге с!цз|егед |о8е|Ьег, апд |Ьа| Ьуйго8еп Ьопйп8 апд юп1с 8гоцрв аге аввос)а|ей во аз |о согпрепва|е Гог |Ье 1овв оГ во!чеп| ш|егас6опв прои Гоппа6оп оГ |Ье 1п|егГасе.

Рго|еш-РХА со|пр!ехез аге оГ 8геа| т|ппяс ш|егев| ап|! а!зо ргоч1|$е а 8оод ехатр1е оГ |Ье чапоцз Гас|огв йвсцвзе|1 аЬоче. А гесеп| Х-гау ййгас6оп звиаду оГ |Ье гергезвог рго|е|п оГ со1|рЬа8е 434, Ьоцпд |о а 14 Ьавера|г РХА орега|ог ге81оп гесо8и)хег! Ъу |Ье гергеззог, Ьав Ьееп г)евспЬед Ьу Апдегвоп, Р|азЬпе 8| Нагпзоп (1985).

Атоп8 |Ье )сеу 1п|егас6опв аге Ъпд8ев Гоггпед Ье|» ееп зечега! рго|е|п гев)г)цез (ров16че1у сЬаг8ед ог Ьудго8еп Ъопг! допогв) апд пе8а6че)у сЬаг8ед рЬоврЬа|е 8гоцрз оп |Ье РХА. Боте оГ |Ье а!рЬа Ьебсев 1и ГЬе рго|е)п аге а!во опепгед во |Ьаг |Ье|г з1гаЫе пес йро1е гпотеп|в аге ор|цпа!!у йзрозед »4|Ь гезрес| |о рЬозрЬа|ез. ТЬе сЬаг8е-сЬаг8е |п|егас|юпз ргоЬаЫу тоге |Ьап соп|репза|е Гог |Ье 1озз оГ во!чеп| ш|егас6опз»ч|ЫЬе зерага|ей тасгопю!есц!ев (ЕегвЫ ег а!., !985).

ТЬе ш|егас|юпв ил|Ь рЬоврЬа|ев Ье!р |о опеп| |Ье гергеввог во |Ьа| а зцгГасе а!рЬа Ье!1х 6|в зпц81у !и|о ГЬе та)ог 8гооче оГ |Ье РХА; |6|в та)ог 8гооче Ъ|пйп8 !з а сотпюп Геа|цге оГ тоде!з Гог рго|е|п-РХА цпегас6опв ГраЬо й Бацег, 1984; ч1|еЬег 8| 8|еКх, 1984; Ма11Ье» 8| ОЫепдогГ, 1985) апд |чав а!во оЪвегчед ш |Ье бгв| рго|еш-РХА со-сгуз|а1 (ргедепс1| е| а!., 1984). прес)6й|у оГ Ь|пйп8 арреагз |о Ье де1еппшед рптап! у Ьу сотр1етеп|агу Ьудго8еп Ьопйп8 апд в|епс ш|егас6опв Ье1|чееп ЬеИх з)г)е сЬа)пз апд |Ье Ьаве ра)гв |Ьас оссцг 1и |Ье орегасог вег!цепсев.

Ап ппрог|ап| 8епега! Геа|цге оГ рго|е)и Ъ|пйп8 |о пцс!е!с ас)г)в 1в |Ьа| |Ье Ъ|пйп8 оГеасЬ рго|еш йзр)асез а пшпЬег оГ ва!| юпз 1и |Ье вцггоцпйп8 во!ц6оп; аз а гевц!|, |Ье Ъ|пйп8 ес|ц111Ъпа аге чегу зепя6че |о |Ье гуре ап|$ сопсепггагюп оГ за1| юпз ргевеп| 1и | Ье вув|е|п (Мовяп8 й Кесогй 1985; Кесогд ег а1., ! 986).

ччЬеп |Ье рго|еш 1в Ьоцпд со а РХА ве8шепг |чЬове зег!целее 1в по| |Ье опе гег)ц)ген 1ог яге-зрес16с Ь|пйп8, |Ьеге тау Ье шзцГ6с1епс сотр!етеп|ап|у Гог |Ье ргосеш |о йвр1асе |Ье Ьудгаг)оп !ауег апд |Ье Ъоцпд соцп|епопв. ТЬе рго|е)п 1з !оозе!у сопвгга)пей пеаг |Ье РХА апд сап сййцве а!оп8 К пи|6 |Ье соггес| зеццепсе Гог врес16с Ъ|пйп8 !з Гоцпд 26 ВупатГкл оГртогетв, пцк1е!к ак! Гз апк( зо)вел!в Ъго!кеп к)о«п апд гер1асед «ч!Ь ап 1пк)цсед в!гик!иге. ЯцсЬ чча1егз аге Ъоцпк) ге!аИче1у в!копи!у 1о йе во!цге. Аз ехатр1ез, 1Ье гезЫепсе Итев оГ гчагег то1еси(ез 1п йе соогкИпапоп вЬеИв оГ 1.|+, Ха~к-ап<$-~(: аге аЬоц! 30, 10, апд 5 рз, гевреспче!у.

Рог кИча!еп! юпв, гезЫепсе Ипгев оГ 10 ' з ог тоге аге сопипоп. Ас !Ье !пгегГасе Ье1«ееп йе тдцсед апк! ЬцИс «агег вТгцс!цгев, гЬеге 1з а ге!аг(че!у йвогк1егек( ге!роп оГ во!чеп1, аз гпепГюпед ш сЬарГег 2. ТЬе пюЬ~Иву оГ «авег пю!есц!ев ш 1Ь(з ге!роп 1в вИцЬГ!у !!геаГег йап !Ьа1 1п йе ЬцИк. ТЬе тоЪ|И!у оГ гЬе во!цге то!есц!ез йетзе!чев 1в !пйцепсед Ьу аИ оГ йе Гасгогв оцг!тек! аЬоче. Очег чету вЬогг гппев ( < 0.5 рз), япаИ во!цгез Гур(саИу ех)ИЬИ гап!ша товюпз оГ япаИ атрИг«к(е «чГЬ(п 1Ье!г зо1чаГюп сааев.

Очек!опиег 1ппез, геаггапаетепгв оГ гЬе Ъ«Ик Ьудгоаеп Ъопд1пи пеггчог1с репи(г пюге в!хаЫе гИвр!асетепгз !о оссцг. Раппа зцсЬ йзр1асетепгв, йе пюИоп оГ гЬе во!цге (в сопИпиаИу 1пгеггцргед Ьу гери1з!че соге соИ)яопв апб е!ес1гозГаИс !пГегасгюпв «лГЬ йе Ицсгца11па во! чепг то1есц1ев.

БцсЬ ш1еггцрИопв аге гЬе писговсор(с Ьаяз оГ йе Гпсгюпа! еИесгз гЬа1!ппЬ йе пе1 гаге оГ во!цге ййцвюп. ТЬе гоог-теапзк)цаге таИп(1цде оГ во!ше гИвр!асетепг ахриева 4щцщ а гйпе г 1з' (г')! = (6Юг)1 (3.1) гчЬеге йе апац1аг Ьгас1се1з шйсаГе ап ачегаае очег гИИегепГ во!цге пю!есц!ев, ог очег ЙйегепГ 1ипе 1пгегча!з Гог а япа!е во!цГе то!еси!е.

ТЬе к!цапПГу Р 1в ГЬе кИИияоп сопвГап! оГ !Ье во!цГе. рог зрЬепса1 то!есц1ев, 2) гз а)чеп арргох(таге!у Ъу гЬе ек!иа1юпв (3.2а) (3.2Ъ) «Ьеге /киТ !в 1Ье Во!1гтапп сопвГапГ тц! Г!рИек) Ъу аЪво!цГе гетрегаг иге, д 1в йе вЬеаг ч(асов(Гу оГ ГЬе во!чепГ, апд а 1в йе зо!«Ге гайив. Емца!(оп (3.2а) 1в йе Ешвгеш ге1апопвЫр Ьеггчееп 23 апк( йе Гпсг!оп сое(Ис(епг Г. ТЬе Гпс!!оп сое(Ис(епГ соппесгв йе к)газ Гогсе г оп а в!о«1у точ(пи во!и!е 1о Из че1осИу ч ге!аИче го йе во!чеп! Ьу г = — )ч. ТЬе %о!сев ек!цаг(оп (3.2Ъ) Гог Г(в оЬ!ашек) Ггот Ьус(гос(упаписв 1ог а тасговсор!с зрЬепса1 во!иге, Ьцг ГЬе ек)цаГюп (з арргох(шаве!у ча! Ы Гог впгаИ то!есц1е зо!цвев аз «еИ. Егот (3.1) апд (3 2), гур(са! кИвр!асетепгв оГа гпо!есц1е оГО 2 пт гакИцз «ИИ Ье 0.2 пт к!цг(пи 10 рв апд 0.6 пт дцппа 100 рв. Р(всгерапс(ев Ггот (3.2) йо апзе к(це 1о йе писговсорк к(егаИв оГ йе во1чепг — во1ц1е шгегасИопв, Ьцг гаге1у ехсеек) а Гас1ог оГ !«о ог зо.

Рог ехатр!е, 1Ье ййцяоп сопзгапгв оГ Ь1~ апк( вппИаг юпв аге япаИег йап «Ьаг опе ччоцЫ ехресг Ъазед оп 1Ье гадИ оГ йе Ьаге юпз, рптап!у Ьесацве йе вггопа!у Ьоцпк) соог4йзавиигвЬеНв-)псгеазе йе.е(Гесцкче ягеааГ йеве юпв. И~агег апг( аг)иеоил зо!и!Голл 27 ТЬе !и!егпа1 пюг!опз оГ 6ех!Ые во!ше пю!еси!ез !п «агег сап а!во Ье дезсг!Ьед !п !еппв оГ йе ргесегбпа г!!всцзз!оп. Неге, йе оп!у пе«Геатге В йе ргевепсе оГ гевгоПпа Гогсез (висЬ ав !Ьове оцг1!пес$ !п сЬарСег 2) йа! 1!т!! йе ге!а!!че г!!вр!асетеп1 оГ 666егепг раг!в оГ йе во!и!е.