McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 7
Текст из файла (страница 7)
32 Руаагцкз оГргогетз, пас!еГс асГг|з апг|во!еепгз Веьчееп !Ье ехггетев тепг!опт аЬоче, !Ьеге аге йе соПесПче тоПопв оГ 8гоирз оГ а!отв вЬове йпе вса1е |в |пгппясаПу вЬогг, Ьц! юЫсЬ оссиг чегу !пГгег!иепг1у Ьесаиве оГзгег|с геыпсПопв. Ехатр1ев оГ|Ьеве топопв !пс!иде гЬе го!а!!опа! |зопзепга!юп оГ ЬасЬЬопе а!отв апд йе герис|гег|п8 оГ Гигапове г|п8в. 1п йе саве оГ ви8аг рцсЬепп8, Гог ехатр!е, а 8!чеп Гцгапове тау зреем а ге!аг!че1у |оп8 рег!од оРПте овсП!аПп8 аЬои! а! оса! пип!тцт епег8у соп68ига!!оп. ТЬе асПча!юп епег8у Гог г|Пз ргосезв !в гур!саПу оп !Ье огг|ег оГ 10 Ьу/пю1, гейесПп8 йе вгга!и ш Ьопг| !еп8йв апд Ъопд ап81ез !Ьа! !в песеввагу Гог герисЬепп8 гЬе зи8аг. ТЬе ачега8е га!е оГ ви8аг герисЬег!п8 !в сопвециепПу по! дегеггп!пей Ъу йе Пте П ас| цаПу !аЬев го пюче йе агота Ггот опе ви8аг рис1сег сопГогтагюп го апойег, в|псе й!в геоц!гев оп|у аЬои! опе рв Г8!п8Ь, уче!пег й КоПтап, ! 985; Нагчеу 8г РгаЪЬа!гагап, 1986). ТЬе тасговсорк ЫпеПсз аге !пвгеад гПс!агег| Ьу гЬе Гас! !Ьаг йе ассити!а!юп чг|йш йе г|п8 оГ йе епег8у песезвагу Гог очегсопип8 !Ьа! Ьагпег !з а чегу гаге ечепц ОчегаП, йеп„тапу оГ йе сопсер!в ивед ш йе ргечюив вес!!оп го г|евсг!Ъе рго!е!и тоПопв сап Ье 1о8|саПу аррПег| го !пггато!еси!аг то!!опв ш пис!е|с асЫв ав веП.
Рог ЫПИу !осаПхед тоПопв, гЬе дНегепсев Ьецчееп !Ье пчо тасгото!еси1аг вузгетв аге дие !о |Ье|г ГипйатепгаПу Ййегеп!!оса| вггис|игев — м ЬеПсев, ф вЬее!в апд 1оорв Гог ргоге!пв, апд йе ех!епв!че в!асЫп8 оГ агота|к пп8з |и пис!е|с асЫв. 'чч'Ьеп опе сопвЫегз! аг8е вса! е пзоПопв !Ьа! ехгепд очег ге8|опв оГ вечега| пт, цчо Ыпг|в оГ ййегепсез аге апПс|рагед, ТЬе Пгв! оГ йезе цПП Ье дие со е1есггов|аПс е|Гес!в. Ргоге|пв 8епегаПу сапу япаП пе! е!ессгов!аПс сЬаг8ез, йЬегеав пис!е!с асЫв аге ро1уе!ес!го!угев чгЬове!аг8е пе! сЬаг8е тцв! Ье о|Гве! Ъу соипгег|опв; йе !и!егас!!опв Ьецчееп пис!е|с асЫв аист йе зо!чец! аге йегеГоге ехрес!ей !о Ье иц!ге ййегеп! йап ш йе саве оГ рго!е!пв.
ТЬе весопг| ййегепсе апвев !гот !Ье чегу ех!епдег| йаре оГ|аг8е пис1е!с асЫв. Оп1у !и гаге савев сап опе ехрес! йеге !о Ье втц!апПез Ье!ччееп' гЬе Ыпс|в оГ то!!опв оЬвегчед ш 8!оЬи|аг рго!е!пв аист йове оЬвегчед ш пис1е!с асЫв; Ып8е ЪепгПп8 тоПоп оГ !Ье 81оЬи!аг дота!пв оГ !КХА |в опе рова!Ые саве. Моге 8епегаПу, опе иои10 ехрес! пис!е|с асЫ то!!опв !о геветЫе йове оГЙЬгоив ргосе!пв. Яюг! ве8теп!в оГ!Ьеве пю!еси|ев сап Ье ггеагед аз е!авПс года, и Ы!е 1оп8ег р!есев сап Ье тог|е!ед аз и оггпП|ге соПв. Ечеп Ьеге, Ьои ечег, Гипг|атеп!а1 г|ПГегепсев !и ЪеЬачюг сап Ье ехресгей А пис!е!с асЫ |з еззепПаПу а доиЪ|е Ьейса! ЬасЬЬопе ц гаррег| агоипд гЬе оигвЫе оГ а вгасЬ оГ агопзаПс Ъазев.
Р!Ьгоиз ргоге!пв, оп йе о!Ьег Ьапд, По по! Ьаче йе вате Ыпг| оГ соге. СоПа8еп Гог ехатр!е, |в а гг!р!е Ье!Ыа! пю1еси|е цПй йе Ьас1сЪопе оп !Ье !пвЫе. О|Ьег ЙЬгоцв рго|е|пв — Гог ехатр!е, !горотуов!и — аге еввепг!аПу !00/ аЬеПса1, ичгЬ !Ье м ЬеПх соПед !о 8!че а вцрегЬеПх. О|чеп йе Ййегепсев 33 Мо!еси(аг аввос|акоп |Гупат!сз 1п ипг(ег!у)п8 в|гис|иге, П 1в |о Ье ехрес!е|! йа| йе поппа1 шог1ев оГ шо|юп апг( йе е1авПс ргорег||ев оГ ПЬгоив рго|е|пв шау Ье г!и!|е гППегеп| Ггош йове оГ пис1ек асЫв.
ТЬеге аге а пшпЪег оГ 1аг8е вса!е пюПопв |и пис!е)с асЫв |чЬеге оиг !ече! оГип|!егвгапг!1п8 !в вПП чегу Пш)|ег(, апг! йе пюре! в |ог воше оГ |Ьеве |ч)П Ъе геч(е|че|! |и виЬвег!иепг сЬар|егв. ТЬеве 1пс1иг!е йе ше)Пп8 оГ чч'а|воп-Сг)с)с Ьуг!го8еп Ьопг(в, Ьой |гапяепПу (Гог рго|оп ехсЬап8е) апг! реппапеп|1у (Гог |!епагигаг!оп); йе в|гис|иге ап|! пю|юпв оГ яп81е вггапг!е|! пис!е(с асЫв |п во1и|юп; вирегсоП(п8; апг( |Ье ипмпг(!п8 оГ |Ье П8Ы-Ьав!е|! В-ЭХА г(оиЫе ЬеПх, ГоПо|че|! Ьу йе Гоггпаг!оп оГ йе 1еГ|-Ьапг(ег( У,-РХА. 3.4 Мо1еси1аг аввос!аПоп |!упаш(св ТЬе Пгв! в|ер ш Ь|ошо!еси!аг аввос)аПоп В йе ййияопа! епсоип|ег оГ а ра|г оГ пю!еси!ев (Вег8 е| чоп Н|рре1, 1985; Р(с)г)пвоп, 1985; Ке(хег, 1985; МсСапипоп ег а1., 1986Ь).
ТЬе гаге оГ ййияопа1 епсоип|ег г!егегш)пев |Ье очегаП гасе оГ а пшпЬег оГ Ъ(о!о81са! ргосеввев. Рог ехашр!е, а пшпЬег оГ епгушев сага!ухе геас|юпв оГ йе)г виЬв|га|ев а| г!1йияоп сопггоПег! га|ев. БисЬ епхушев аге ваЫ |о Ьаче Ьееп регГесге|! Ьу ечо!и|юп. Весаиве |Ье пес сага!у!|с гаге !в а1геас(у Пппб|! Ьу йе 4Пив(опа1 |гапврог| о!' виЬв|га|ев |о йе асПче в(Ге оГ висЬ ап епхуше, |Ьеге 1в по ве!ес|1че аг!чапга8е аввос(аге|! |ч1|Ь !псгеавег! геасПчПу |и йе епгуше-виЪвггаге со|пр!ех (Кпо|ч1ев 8| А!Ьегу, 1977). ТЬе Гге|!иепсу оГ ййивюпа! епсоип|ег с!еаг!у |!ереп|!в оп |Ье шоЬ~Иу ог гППияоп сопяапгв оГ |Ье шйч(диа! шо1еси!ев. Рог йе аввос|аПоп оГ пю1еси1ев А апг( В, опе |в геаПу сопсегпег! ил|Ь йе ге!а|ее г!1Пияоп сопв|ап|. Хе8!есПп8 |п|егас|юпв Ъе||чееп А апг( В, йе ге!аПче гППивюп сопв|апс Ь яшр!у )9„„= Юв+7)п, |чЬеге .0в апг) Юп аге |Ье г(1йивюп сопвгап|в оГ А апд В, гевресПче!у.
1п|егас|юпв Ьег|чееп А ап|! В сап шсгеаве ог г!есгеаве йе гаге оГ арргоасЬ оГ |Ье г|чо шо!еси!ев. Опе ейес| йа| ж аЬчаув ргевеп| апП |Ьа| аЬчаув в!о|чв йе гаге оГ арргоасЬ В Ьу|!го|!упапис ш|егасПоп. Ав опе оГйе шо!еси!ев шочев, П вепров |о шоче йе виггоипсПп8 во1чеп|. ТЬе во1чеп| шо|юп ш |игп гПвр!асев йе ойег шо!еси!е. ТЬе геви!Пп8 Ьудго|!упаш)с ш|егас|юп сап Ье ехргеввед ш !вггпв оГ а ге!а|!че ГППивюп соешс!епг .0пя(г) йа| г!есгеавев чч!й г(есгеаяп8 гПв|апсе г Ьегччееп йе аввос|аПп8 шо!еси!ев. Рог яшр1е рго|е|па 1п гП!ше во1и|юп, Ьуг!го|!упаш(с 1пгегас|1опв |пау гег!исе |Ье епсоип|ег Ггег!иепсу Ьу 30",Г ог во (чч'о1упев й МсСашпюп, 1977). Моге ппрог|ап| аге йе гПгес| Гогсев (е.8., Сои!ошЪ|с ш|егасПопв) йа| п|ау ас| Ье!ччееп А апг( В. 1Г А ап|! В аге орроя|е!у сЬаг8ег(, |Ье|г Ггег!иепсу оГгППияопа1 епсоип|ег ипП Ъе |псгеавед.
Хопсеп|говупипе|пс сЬаг8е гПв|пЬи|юпв 34 Оупаткз ог ргогетз, пис(ек асЫз аа! зо!еешз тау гепг! го г!га»' И8апг!в зрес!ИсаПу говагг! гесервог Ь!пгИп8 вКев, ог го!асе И8апг!в !пго ргог!исг!че Ь)пеИп8 ог)епга!1опв ав йеу арргоасЬ а гесергог. Весаиве гИгесг !огоев тау сЬап8е аввос)аГ!оп гагез Ъу вечега1 оп$егв оГта8п)гиг)е, К сап Ье ва!г! 1Ьа! пю!еси1аг гесо8п!!!оп геаПу Ье8)пв »Ий еИИияопа! епсоип1ег. ТЬе !п111а! ййив!опа! епсоипгег сопзр!ех !в сур!саПу а !гааз)епг вггиссиге йа! шивг геаггап8е 1о !оггп а пюге в!аЫе сошр!ех. 1п шапу савев, й!в геаггап8етепг»ИП шчо1че соп!оггпагюпа! сЬаи8ев ш !Ье гесер!ог ап6/ог ш йе И8апб. Епгутев висЬ ав !увогуте, рог ехатр!е, Ьаче виЪвгга!е Ь)пгИп8 ягев айаг аге 1осагег! 1п с!ейз»Иове вЫсЬв Писгиа!е гапг)ош) у ав рагс оГ 1Ье поггпа1 гЬеггпа! тогюп оГ йе то1еси!е.
Епггу оГ виЬвггаге то!еси!ев !и!о висЬ ЫпгИп8 вКев шивг Ье ргесейег! Ьу ог сопсеггег!»пгЬ орегип8 оГ 1Ье асИче в!!е с!ей. ЗипПаг1у, йе !пгегса!агюп о!'сегга)п г!ги8 то1еси1ев ш РХА гег!и!гев йе ипввас!г!п8 оГ а4асепС Ьаве ра!гв !п 1Ье Ио»Ые Ье!гх (е.8., СЬа)гев, Раяа8ирса ег СгогЬегв, 1985), апг! йе геасГ!оп ог" сегза)п саге)по8епв»лгЬ РХА гесс!гев рагИа! ипзгас!г1п8 оГ Ьазе раггв (е.8., Раппе, ччевйоГ, Койе!-ЗсЬччагГг й ГисЬв, 1985). 1Г йе 1оса1 Ыпг!!п8 вгер ргосеес!в гар!И!у» Ьеп ви)гаЫе соп!оггпа!!опв Ьаче Ьееп аяа)пей, опе сап !Ып)г ог" йе азвос)а!!оп аз а '8а!есГ гИйияопсопггоПег1 ргосевв (МсСашшоп й Хогйгир, 1981). Капдош !пгегпа! пюИопв г!е!епп!пе ччЬегЬег 1Ье ЫпгИп8 яге !в ачаПаЫе апг! йе И8апд Ьав а сопзр1етеп1агу вЬаре (!.е., »Ьейег йе геасИ»е 8а!е !в ореп) г!иг)п8 а 8!чеп гИПивюпа1 епсоипгег Ье!ччееп И8апг! апг! гесергог.
Ас а тоге г!егаПег!!ече1, гЬе г!упапжв ог" шо!еси!аг аввос)агюп»чП Ье 1пПиепсег) Ьу а чаг)е!у оГ!оса! то!!опв. Кеаггап8етепвв оГ йе во!чав!оп вЬеПв о!' И8апг! апг! гесер!ог аге !Пее1у Го Ье еврее)аПу ппроггапи Рог ехатр1е, ав по!ег$1п вес!юп 3.1, ГЬе гев)г!епсе 1!ше оГ а»агег то1еси1е 1п йе Игвг вЬеП агоипг! сегга)п йча!еп! юпв !в 1 пв ог тоге. ТЬив, гЬе зЬИррш8 оГ во!чепг а1опе тау гевиЬ ш в!очч аввос)аГ!оп !г!пе!!св Гог воте вузгетя 1п ро)уе!ее!го!угев висЬ ав РХА, йе гасе оГ Ыпйп8 оГ!аг8е И8апг!в (е.8., КХА ро!утегаве) сап Ье чегу вепяИ»е го ваИ сопсепггаг)оп.
ТЬеве гаве ейесгв апзе !гот йе еИвр!асетеп! оГюпв врес)йсаПу аввос)агег! чг)гЬ йе ро!уе)ее!го!уге апг! аге пшсЬ!аг8ег йап йе ейесгз апяп8 гогот випр!е ютс всгеешп8 оГ Сои!отЬ)с шгегасИопв Ьегзчееп йе И8апд апд ро1уе!ее!го)уГе (Кесогг! ег а1., 1986). !п аг!йгюп Го висЬ шГг!пас еПесГв, 1Ье вгег)саПу соп8ев!ег! епч)гоптепг оГ тапу ЫпеИп8 в!гев гв И!ге!у го гегагд во!чеп! геаггап8етепи ТЬеогейса1 те1ЬосЬ 4.1 Бигчеу оГ аррюасЬев Он еп йе вггисгиге оГ а ргоге)п ог пис!е!с асЫ Ге.8., Ггот Х-гау ~е ~~ )уй) ~ увги вгаява~~ йыу ~ тегЬог)в гЬаг сап Ье пвег) го вгийу йе Йупаписв оГ йе пю!есЫе.
1п гЬе ргевепг вес!)оп, чче тепг)оп а пшпЬег оГ гЬеве шегЬодв апд ЬпеГ)у 1пйсаге йе)г вггеп8гЬв апд юеаЕпеввев. Моге дега)!ег) г)евспргюпв оГгЬе рогепг)а! Гппсг1опв апд оГ вечега! рагг1си!аг!у 1троггапг г)упат1св тегЬодв аге 81чеп т йе Го!!оМп8 вес!)опв. А ивеГи1, ЬпеГ випииагу оГ воте оГ йеве тегЬодв Ьая Ьееп ргевепсед Ьу чап Оипвгегеп ег Вегепдвеп (1985).
ТЬе виир)евг тегЬог) Гог вгис$у)п8 то!)оп !и Ъюро!утегв !в еввепг)аПу вгаг)с 1п па!иге апд шчо1чев йе сЬагасгегаагюп оГ!очг епег8у рагЬв Гог врес)йс то1юпв. ТЫв 1в йе тегЬод оГ айаЬагГс тарршк (весгюп 4.5). 1п 1Ыв тейод, опе !присев а ргоровед вггисшга1 сЬап8е Ьу Гоге)п8 йе рптагу агота 1ичо)чей го точе а)оп8 а 81чеп рай. ТЬе геша)шп8 агота аге а!1оччег! го точе во ав го гедпсе ог т1пип)ге йе рогепг)а! епег8у оГ йе ччЬо1е вувгет аг еасЬ ро1пг оп йе рай.
ТЬеве епег8)ев аге гаЕеп со арргохииаге йе сЬап8е 1п ачега8е рогепг)а! епег8у гЬаг мои!д оссиг диг)п8 а геа!, вропгапеопв тогюп, Ьесапве йе вЬгТгв !п агопис ров1гюпв дипп8 ге1ахавюп соггевропс$ гои8Ыу Со ввгисвига1 !)исвиасюив йаГ ччоиЫ Гас)1)гасе гЬе пюгюп. ТЬе тегЬой 1в еаву го иве, гес!шгев оп!у тошев! сотрпгаг)опа! роччег, апг) Ьав Ьееп арр11ед 1о в!иду Ьой 1оса! апй !аг8е вса!е в!гас!ига! сЬап8ев. 11 г)сев поГ ргочЫе апу ЙгесГ шГоппаяюп оп !!те вса)ев ог купат)с тесЬапгяив, Ьиг арргохипаге геви!гв сап Ье оЬгашед Ъу ив!п8 йе ге!ахи епег8)ев 1п апа!уг)с пюре!в 1ог гЬе купат)св Ге.8., йе Ьап8еч)п ег!пагюп).
Ойег 1троггапг 11пигагюпв оГ 1Ыв тегЬог) аге гЬе Го!!ов)п8: ТЬе гевп!гв аге дерепг)епг оп йе рай авяшпед 1ог йе шог)оп аГ йе оцввеи !Г ГЬе тоГ)оп оГ)пГегевГ асвиа!!у ргосеег)в ч)а а Ййегепя рай, т)в!еайп8 геяЫгя сап Ъе оЬга)пей Бессик!у, йе тегЬв! !8погев сегга!п 35 36 ТБеотегка! тегЬоаз йеппа1 е(Гас!в. Рог ехатр!е, пеИЬег йе епсгору пог !Ье гетрега!цге дерепдепсе оГ йе епйа!ру аге оггИпап!у оЬга!пей, ечеп гЬоиИЬ йеве аге 8епегаИу !троггап! !о а Ги(1 апа1увЫ оГ йе ЫпеИсв оГ йе вггцсшга! сЬап8е. г!паИу, с!цапИ!аИче еггогв сап апзе ав а гевц!с оГ !псотр!еге ге!ахаг!оп. Рог ехатр1е, йе !пе(Ис!епсу оГепег8у пцпипаагюп а18опйтв !и ге1ахт8 г!е!осаИгег) ягеввев сап !еаза !о очегевйпагев оГ епйа)ру Ьагпегв Гог !оса! в!гас!ига! !гааз!!!опв (сГ.
весИоп 4.5). Тцгтп8 со тап!Гевг1у г!упат!с арргоасЬев, пчо тегЬог!в Ьаче Ьееп илг)е!у изей го в!цг!у а!от!с то!!оп ш Ъюро!угпегз. ТЬе Игв! тегЬог) !в то!есийг йупаггцсз з!ти!аг!оп, !и юЫсЬ гЬе с)авв!са! ес!цаИопз оГ тоИоп Гог йе агота !п йе вув!ет аге во!чей Ьу пцтепса! !есЬп!г!цев Гог !!те !и!егча!з ш йе р!совесопг! го паповесопд гап8е (вес!!оп 4.7). ТЬе весси<1 тегЬог! !в погта! агог!е апа!узы, !и еЫсЬ йе пюИоп !в г!евспЬед ав а вцрегров!Иоп оТЬаггпоп!с ч!Ьгапопв ц Ьове сЬагасгепвИсв аге дегепп!пей Ъу йе зЬаре оГ йе ро!епИа1 вцгГасе пеаг ап епег8у пцпппшп (весгюп 4.6). ТЬе поппа! тойе арргоасЬ Ьав йе аг$чапга8е йаЬ опсе йе тог!ев оГ чИЬга!юп аге г!егепп!пег), тапу йпе ачега8е апг! купат!с ргорегИев сап Ье сотрцгес! еая1у Ьу апа1уИс серпы)цез.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
