McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 8
Текст из файла (страница 8)
А1во, !Ье верагагюи оГ асгца! то!!опв !пго йе!г рппс!ра1 поппа1 тог!е сотропепгв тау Ье Ье!рГц! ш гЬе апа1увЫ оГ ргове!и купат!св. ТЬе поппа1 тойте арргоасЬ Ьав вечега! та!ог Йвафапга8ев ге!агпе го йе то!есц!аг г!упат!сз арргоасЬ, Ьоц ечегхТЬа тавпх ещепча!це са!сц!аИопв гЬа! аге гег!ц!гег! Гог ГЫ! г!есеггп!па!!оп оГ йе поппа1 тог1е 6!вр)асетепгв апг! Ггеццепс!ев аге по! розяЫе оп ехжИп8 сотрцгегв Гог то1есц1ев Ьач!п8 тоге йап а Гечч Ьцпдгег! агота.
'$Ыв гИтсц1!у сап Ье с!гсцтчепгед Ьу в!трИГуш8 йе вувгет ог ияп8 врес!а! гесЬпщцев !о ехггас! ве!ее!ей поппа1 токаев. А ~тоге Гцпг!атепга! г!!шсц1гу Ы гЬас апЬаппоп!с е!Гас!в аге Епоччп !о Ье чегу ипрог!ап! (п тасгогпо!есц!аг г!упит!св а! гоот гетрега!цге (сГ. сЬар!ег 5). ТЬас !в, гЬе вувгет пючев оп ге8!опв оГ гЬе ро!епг!а1 вигГасе гЬас аге роог!у арргохппагег( Ьу рагаЬоИс ехггаро1а!!оив Ггот йе ге8!оп оГ апу опе !оса1 пптпппп. ТЫв 1ппИаИоп сап Ье рагИаИу очегсоте Ъу йе цве оГг!цав!Ьаппоп!с тоде1в(Сечу, Бпи!чавап, 01воп ег МсСапипоп, 1984с).
Неге, ап ейесИче ог Ггее епег8у вцгГасе Ы г!егепп!пей Ггот йе а!от!с сИвр!асетепгв оЬвегчег! сйпп8 а г!упат!с в!тц1а!!оп. ТЬе г!цав1- поппа! тог!ев йеп аге гЬове Гог а г!цаг!гав!с арргохипаИоп го йе !гее епег8у (йе ро!епИа! оГ теап Гогсе) шмеаг1 оГ йе ро!епИа! епег8у. ИцсЬ тог!е!в у!е14 ап !тргочег! ИевсПрг!оп оГ !аг8е атрИййе пюИопв (Гог юЫсЬ гЬе Ьаппотс ро!епИа)в гепд !о Ье !ос гев!пс!!че), Ъш вИИ с!о по! гесо8пвве ехрИсЬ)у йе ех!вгепсе оГ гпц!Ир1е пппппа ш йе ггце ро!епиа1 епег8у вцгГасе, Гог ехатр!е.ЖЬ!таге!у, регЬарв йе 8геагевг ййсц!гу цчгЬ !Ье поппа1 пюре арргоасЬ Ы гЬа! !! сап по! аИовч а дега!! еИ ггеагтепг Вигчеу о( арргоас(сев 37 оГ во1чагюп рЬепотепа.
А!йоп8Ь датрш8 еЯесгв сап ш рппс)р!е Ье 1пс!пдед ш а поппа! тоде арргоасЬ, йе геаггап8етпепгв апд д)Япв!опа! пюгюпв оГ йе асгпа! во!чепС пю!есп!ев сап поС Ье. Т1се рптагу Ит1Сагсоп оГ йе згапдагд пю1есп!аг дупаппсв ятп1адоп тейоЖв йаС сС Св гевгпсгес1 Со гайег вЬогС Сипев (8епегаПу Гевв'СИйГТ Яв' оп спггепС! у ачас!аЫе сотрпгегв). Йо иечег, СЬе тейод сап Ье ехгепдед со в!яду рЬепотепа йасахалссппв)са!!у 1авс, ъпс йас ьаче 1оп8 аррагепс йпе вса!ез Ьесапве йеу осспг гаге!у. Рог ехатр1е, тапу геасгюпв апд в!гас!ага! Сгапягюпв Ьаче 1оп8 сЬагасгепздс Сипев Ьесапве СЬеу шчо!че опе ог пюге асдчагед ргосевзев. 1п впсЬ а ргосевв, йе зузгет пшвС впппоппС ап епег8у Ьагпег йаС верагагев вгаЫе Спсда1 апд Япа! вгагез. ТЬе Ьатег сгозлщргасевх1све)Г)заГСепгрпСе.га!и ЬпССЬе.с)техессп)гед Гог гапдот СЬеппа1 ЯСсССцвгюпв елСЫп СЬе зувгегп Со ргодпсе йе 1оса! а!от)с тотепСа гес)п!гед Гог Ьагпег сговв)дсг.тду Ьа„ахг..йе.
огдег оГ тИИвесопдв ог!оп8ег. Ргосеввев оГ йсв Суре сап Ье япш!агед Ъу а Ссчо вгер ргяаедИХЕ, СЬе теСЬод оГ ас((еа(ед исо!еси(аг дуиат(св Гвесгюп 4.9). , 'Рсгвг, йе Ггее епег8у Ъаггсег св са!сп!агед 1гот а вес!пепсе оГ ыпш!агюпв йас аге оГ йе сопчепдопа! суре, ехсерс йас йе зувсет Ы сопзсгашес1 со гпоче оп! у чдСЫп васоева)че ге8!опв а!оп8 йе !гааз)гюп рай |п впссевяче внпп1агюпз !вес!!оп 4.8) бесопд, Сга!есгопев аге соспрпгед вгагдп8 аС а ~а~а ~ьм вуь '.,~~ ь~ зяб~*~~ асдчагюп регюд. БпсЬ ятп!адопв ргочЫе гаге сопвгапгв апд а чгеа1СЬ иггагих~ 'О'~ и .т> Ф ап йр ~~ а~ Ы СЬас, ав чдй СЬе агИаЬадс таррЫ8 тейод, опе тпзС Ьаче аС йе опСзеС воте Ыеа оГ йе )сеу в!гас!ига! сЬап8ев шчо!чед.
А весопд арргоасЬ Со Спсгеаяп8 СЬе е(ГесС!че 1еп8й оГ дупаппс йпп!аС!опв Ы Со в!тр!сТу йе тоде! вузгет сп вогпе сопггоИед Гайюп. Рог ехатр!е, сТ опе 14 спСегевгед сп а!осаИхед ргосевв Ге.8., геасдоп аС ап асдче яге), опе сап верагаге йе вувгегп Спго Ссчо раггв. Опе рагС, счЫсЬ гв ге!адче!у япаИ, сопгашз СЬе агота оГ 8геагевС шгегевС апд св дезспЪед ш воте дегаИ. ТЬе!агцег рагс Св гер!асед Ъ а зпп И ай; йе еЯесгв оГ йе Ьаг арреаг ш йе Гоппв оГ гапдогп!у чагу)п8 Гогсев апд вувгетадс Гпсгюпа! апд гевгопп8 Гогсез СЬаС асС оп йе агота Сп СЬе дегаИед рагС. 1п ойег чгогдв, йе дегегпптвдс тесЬашса! впггоппсИп8в оГ СЬе дегаИед рагС аге гер1асед Ьу а вгосЬавС)с тоде! счсй вгаС)даю!, ргорегС)ев япп!аг Со СЬове оГ йе ог18спа1 впггоцпдсип8в. Тсчо !урез оГ вувгет-ЬаСЬ споде!з Ьаче Ъееп ивера! сп вгпгИев оГБюро)усссву дупаппсз, 1п опе, то1есп1аг дупаппсв са1сц1агюпв Ьаче Ьееп регГогтпед Гог с!пвгегв оГ агота (е.8., ас а ргосесп-во!чепс шсегГасе) йас аге впЬ)есс со в(ос(савг(с Воипдагу сопд(г(оал СвесСюп 4.7).
1п йе ойег, Вгоигс(ап йулатйев са!си(аг(оив (вессюп 4.10) Ьаче Ьееп пвед со ятп!аге СЬе сИЯпяопа1 спогюп оГ 38 ТЬепгебса! глегЬопЬ пзо1еси1ез (е.8., йе епсоип!ег оГ виЬвзгаге апг! епхуте) йаГ точе»лГЫп а з!осЬав!!с тог!е1 во1чепп 1п Ьой сазез, 1оп8ег з!тц1аг!опз сап Ье сагпег) оцг !п а 8!чеп апюип! оГ сотри!ег Пте Ьу ияп8 Ьа!Ь тподе!з 1п р!асс оГ де!а1!ег! тог!е1з Гог йе виггоипйп8з. 1п йе Вгоччп!ап купат!св вппц)а!!опв, Гог ехатр!е, Йпез ш 1Ье т!сгозесопд гап8е аге ассезяЫе.
ТЬе рптагу 1!т!1а!!оп аззос)агег!»8й арргоасЬев оГ ГЫв Суре !з ГЬаг а роог1у сопв!гцсгег! Ьай тос$е! тау 1еаг! 1о агз!Гас!в !и йе гета)п)п8 г!еза!!его тоде!. Рупат!са1 з!тц1аг!оп тегЬог!з сап Ье изег! !о оЬга!и йеппог!упаппс !пГоппагюп оп Ь!ото1еси!аг вузгетв !п аг!йг!оп го г!езсг!рГ!опв оГ !Ье!г гипе ечо!иг!оп.
ТЬе иве оГ„сопвггыпег! то!еси!аг дупааппсв зппп!а!!опв !о са1си!а!е Ггее епег8у чаг!аг!опз а!оп8 !гапз!1!оп райз Ьаз а1геаду Ьееп тепг!опей Апа!о8оиз ргосегйгев сап Ье ивег! Гог попрЬуяса1 Сгапв)1!опв, висЬ аз йе сгеаг!оп ог 1гапвтцзаг!оп оГ агота ог 8гоирв !п а пю!еси1е. ТЬе тейпа ивег! 1ог висЬ са!си)а!!опв апг! йе!г соппесцоп го оЬвегчаЫе ргорегг!ез зисЬ ав Ыпг!!п8 сопв!ап!в аге г!евсг!Ьег! !и зесГ!оп 4.8.
ТЬе зггцс!ига) апг! 1Ьеппог!упат!с ргорегГ!ев оГ а зув!ет сап а1во Ъе ойа!пей Ьу Мопсе Саг!о в!тц!а!!опз (Уа!!еаи 8г 9ГЫя)п8!оп, 1977). 1п !Ьезе, йе агота аге точег! гапг!от!у, Ьцг ассогйп8 го ргоЪаЫ1!зг!с гц1ев» ЫсЬ )еаза го йе 8епегагюп оГ а гергезеп!а!Ые чапе!у оГ зггис!игев Гог 8!чеп !Ьеггпог!упит!с сопгЬцопз Г!етрегагиге, чо!шпе, его.). А!!Ьо»8Ь 1Ыв арргоасЬ Ьав Ьееп рори!аг ш йе в!иг!у оГ 1!г!шг!в, Ь Ьав ве1г!от Ьееп изей го в!иг!у г!ега!!ег! тог!е1з оГрго!е!пв ог пцс!егс асЫз.
Рупаписа! ятц1а!юпв Ьаче Ьееп Гачогег! рптап1у Ьесаизе йеу г)!гесг!у ргоч!де йе йпе ечо1и!!оп оГ азот!с то!!оп. А! зо, то!еси! аг купат!св !з Гаг пюге ейс!епс йап ггаг!!Попа! Мопге Саг1о те!Ьог!в т ргоч!г!!п8 ег)ц!1!Ьг!цт ргорегг!ев оГ!аг8е пю!еси!ез 1ХогГЬгир ег МсСапппоп, 1980а), а1йои8Ь пе»ег Моп!е Саг1о те!Ьог!з тау сЬап8е йгз з!!иаз!оп (вее сЬаргег 9). АП оГ йе г!упит!с з!тц!аг!оп тегЬог!з г!евсг!Ьег! аЬоче !пчо!че 1Ье са)си!а!!оп оГ с)авяса! ав оррозед го г!иапгшп !га3есгог!ев.
Мапу ргосеззев оГ Гипс!!опа1 !пзегевГ !п Ыоро!утегв шчо!че 1Ье то!!оп оГ а!отз Ьеач!ег !Ьап Ьудго8еп ог йе со1!есг!че то!!оп оГ 8гоирз оГ а!отз аг ге!а!!че)у 1о» Ггег!цепс!ез; висЬ ргосеззев аге !гпозчп Го Ье» е11 г!евсг!Ьег! Ъу с!авяса! г!упаппсв (Ег)ейпап, 1985а). Боте Ы8Ьег Ггег!иепсу пюгюпз висЬ аз Ьопг! вггессЫп8 зЬоиЫ ргорег1у Ье г!езспЬед Ьу г)иапгцт г!упит!св. Ечеп Ьеге, йе изе оГс!авз!са! купат!св огг)!пап!у Ьав пе81!8!Ые е$Гес!з оп йе грзапгйев !Ьаг аге оГпювг !пгегев1 Ге.8, та8п!Гиг$ев оГ а!опас г!!зр!асетепгз), Ьесаизе йе ЬЬ8Ь Ггециепсу то!!опв соп!пЪиге! Ь!1е Го йе атр!!!»дев оГ азот!с то!!оп апг! аге оп!у»еа!г!у соир!ед епег8ез!са!!у Го !о» Ггег!иепсу тогюпв.
1Г песезвагу, арргохипаге соггес1юпв Гог циап!шп г!упаписа1 е!Гесгз сап Ъе таг!е ш з!гис!цга1 апг! гЬепподупат1с Моде! Гиасгюиз 39 дага оЫа)пед Ггот пю)еси!аг дупаиисв ятц! агюпв. ВисЬ соггес|юпз сап Ье таде сопчешепИу Ьу регГоптпп8 а Еоипег апа!уз)з оГ |Ье а|опис че!ос)г)ез апд арр!ут8 г!иапгцт овс1!!агог Гоппи!ав |о йе верагасе Ггег!иепсу сотропеп|в (Вегепз, Мас)сау, %Ь11е ег %!!зоп, 1983).
ТЬеге аге, Ьо|чечег, воп|е Ь|о1о8)са! ргосеввев |и вЫсЬ || |в!!)ге!у йа| ииап|цт дупаписв пшя Ъе сопв|дегед ш дега!!. Ранец!аг!у ппрог|ап| аге е!ее|гоп |гапвГег геасдопв Гапд регЬарв воте сочв!еп| Ьопд геаггап8етеп|в) |чЬеге |Ье гегВв|пЬи|юп оГ е!ее|гоп депя|у т а |гапя|юп з|а|е тау Ье в|гоп8!у соир1ед |о йе п|о|юп оГ а !аг8е пшпЪег оГ асотв.
Неге, |Ье е)ес|гопв аге ге1абче!у де!оса!1гед апд Ьепсе вепв111че |о ро!аг)гагюп сЬап8ев ш йе виггоипд)п8 та|еда!. Кесепг дече1ортеп|в ш гесЬп19иез 1ог остригите г!цапгцт ра|Ь )пге8га1в вЬои1д та)се Ь ровыЫе со в|иду йе соир!ед е!ее|готе апд пис)еаг то|юп ш впсЬ вув|етв апд, Гог еха|пр!е, оЫа)п геас|юп гаге сопв|ап|з (СЬапд!ег, 1984; ччо!упез, 1984). 'ччЬеге е1ес|гоп |гапвГег оссигв |и ап ойег|ч)зе с!авяса! вуз|ет, Ь зЬои)д Ье ровяЫе |о иве с)авв)са! то1еси1аг дуиаинсв вппи1а|юп геви!|в |о сопз|гисс гевропве Гипс|юпв со Ье ивед |и йе г!цап!и|и са1си!а|юпз.
4.2 Моде! Гнпсйопв Гог ро|епв!а) епег8у ог розепда1 оГ теап Гогсе Рог де|аВед са!сц!а|юпв оГ йе йех)Ъ|И|у апд дупаппсз оГ Ь|о!о8)са! то1еси!ез, И 1в еввепда! Г|гвг оГ а11 |о 1спо|ч Ьо|ч йе ро|епда! епег8у оГ |Ье то!еси1аг зуте|п чапев |ч)ГЬ йе роз1|юпз оГ Вв сопзйиеп| а|отз. 1п рдпс)р1е, |Ыв ро|епда1 соц!д Ье оЫа)пед Ъу во!чп8 г!иап|шп |песЬашса1 ег!иадопв |о дегепшпе йе 8гоипд з|а|е епег8у оГ |Ье е!ес|гопз апд пис!е) )п йе вув|ет а| еасЬ ровв|Ые зе| оГ пис!еаг роя|юпв. ТЬе гевиРдп8 епег81ев Гопп а сопдпиоив 'Вогп-ОррепЬеппег вцгГасе' ав а 1ипс|юп оГ йе пис!еаг роя|юпв, апд |Ыв вигГасе девспЬез йе ро|епда! епег8у сов| Гог пюз| оГ |Ье )г)пдв оГ а|опис пю|юп соив)дегед Ьеге. Оиап|шп са!си!а|юпв аге, Ьо|чечег, по| уе| ГеаяЫе 1ог п|о1еси1ев сопса)п)п8 0юивапдз оГ агота, еврее)а!!у |чЬеп йе)г во!чеп| зцггоипд)п8з аге а)во сопв)дегед.
Ечеп 1Г вцсЬ са)си1аВопв |чеге ГеаяЫе, Ь |чои)д Ье песеввагу |о 6| а геазопаЫу вппр!е Гипсдоп оГ йе асопис роя|юпз |о |Ье |!иап|ит гези!|в |о а!1о|ч йе гар)д еча1иа|юпв оГ |Ье ро|епда1 апд Ив 8гад)епг йа| аге ге|!и)гед |и дупаписа1 згцд)ев. 1п йе аЬвепсе оГ вш|аЫе с1цапгцт теаЬашса1 Гцпс|юпв, а пи|пЬег оГ д)йегепг |урез оГ тоде! ро|епда! епег8у 1ипс|юп Ьаче Ьееп дече1оред. 1деа1!у, зцс6 а Гиппсбоп |чоцИТтр)поп|1!у |Ыцде а!! оГ йе ш|егас|юпв девспЪед )п сЬар|ег 2. 1п ргасбсе, а 8!чеп Гипс|)оп тау оп1у |пс!иде а виЬве| оГ йеве |п|егасдопв апд Ьаче а соггезропд)п81у 1пп||ед гап8е оГ арр1)саЬ111|у. Мов| йеогедса1 в|ад!ев оГЬ|ото!еси!аг дупаписз Ьаче Ьееп Ъавед оп ро|епда! епег8у Гцпсдопв оГ |Ле 'то!еси!аг тесЬап)св' суре 40 'в))еоге))са! тег!)о<Ь 1Виг)гег) 8ь АПш8ег, 1982). 1п )Ь)в арргоасЬ, опе врес)йев а Гопи Гог йе ро)епПа! Гипс)юп йа) )в а яип оГ )урез оГ Сеппв ойеп иве)! |п йе г)евсг)р))оп оГ випр)ег вув)ешв.
А )ур)са1 шо|)е! ро|епПа! Гипс)юи Ьав йе Гогш )Р = Я) ав; Кь(Ь-Ьо) +!в) 2; КвГО Во) Ьопбв Ьопо апз!ев + Я) 2,' Кв11+ сов (иф — д)) + ~, — — — -1- — '' Г4,1) вппеара) попЬопаеб оГ 1 апв)ев ра1рв ТЬе Пгв| вшп !ис!изчез а |епп Гог ечегу соча!еп| Ьоп)! ш |Ье шо)еси)е. ЕасЬ Ьопг! 1в )геа)е)! ав а впир)е Ноо1|е'в 1а)ч врпп8 чч)й а сЬагас)еНвПс Гогсе сопв|ап) К апг! е)!иП)Ъпшп Ьопг! !еп8й Ье; й|з 1в а чегу.,8оор) арргохииаПоп а| попив! Ью!о81са! |ешрега)игез )чЬеге |Ье Ьопд!ер8й Яис)иаПопз аге )!ш)е яиаП.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
