McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 6
Текст из файла (страница 6)
ТЬе г!упапцсв оГ !Ье !и!егпа1 то!!оп «л11 гейесг йе з!тц1!апеоив ас(!оп оГ гЬе гапдот Гогсез гЬа! ЙПче пю1еси!аг Й(Гиз!оп апг! йе зузгета6с Гогсез йа! сои!го! во!и!е сопГоппа!!оп. ТЬеве то!!опв сап Ъе сЬагас!епзег! ш тоге г!иап6!абие ГавЫоп Ъу цзе оГ рЬепощепо!о!рса1 тоде!з. БцсЬ тоде!з Ьаче а!опа Ыв!огу !и гЬе апа!уяз оГ!!ицЫз, ро)угпег во)и6опз, апд о!Ьег депве та!еПа1в. Опе висЬ тоде! В зиттапгед Ьу йе Г.апаеч)п ег!цаг!оп оГ то!!оп (СЬапг!гаве1гЬаг, 1943). Рог а з!па!е соогГВпаге (е.а„!Ье Гбз!апсе оГ опе дгоир Ггот !Ье сепгег оГа !агре во! и!е), й(з ег)иа6оп !а)сев гЬе Гопп з(зх Нх гп — = Г(х)-à — +Я(г) г(г' й (3.3) Неге, гп апг! х аге !Ье таза апг! ров!Воп оГ йе агоир, гевресг!че!у, апд г !з йе !ипе.
ТЬе гепп Р(х) гергезеп!з йе ейес6че тесЬатса! гевгоппд Гогсе (!Ье теап Гогсе) ас6пд оп йе агоир. ТЬе !еппв — Г'а(х/й аист г!(г) гергевепг йе Гбгес! ейесгв оГ гарЫ!у чагу!па Гогсев ас!!па оп !Ье !!гоар (е.а., йозе г1ие !о со!1!з!опз); йе 6гз! геггп !в йе ачегаае Гпс!!опа! Гогсе дие !о !Ье ге)а6че то!!оп оГ йе агоир гЬгоиаЬ !!в виггоипг!!пКв (Г'!в йе Гпс6оп соеГ6с!еп!), апг! )!(г) гергевепгз гЬе геша!и!па гапг$от1у 6ис!иаппа Гогсе. ТЫв тог!е!, апд ойег рЬепотепо!оа!са! пюг!е1з (е.а., йе г66из!оп ег!иа6оп, апг! йе Кгатегз апг! ггапвзбоп в!ага йеопез Гог йе сговз!па оГ епегау Ьагпегз) «ч!! Ье сопзЫегед !и пюге г!еса!! 1агег.
АП оГ йезе рЬепотепо!оа(са! тог!е1з !псогрогаге ейес!!че гезгоппа апг! ГпсВопа! Гогсев айпи! аг!етрг!па а г!ега!!ег) девспр!!оп оГ йе писгозсор!с оП6!и оГ !Ьезе Гогсез. ТЬеве пюре!в аге оГ агеа! ча)ие !и йе апа1ув!в оГ то!еси!аг г!упаписв зппп!а6опв. Ву ив!па висЬ тоде(з, опе сап Госиз оп разбои!аг то6опв, азз!дп г!е6тге таатгиг!ев !о гЬе чапоив Гогсев пп о1чег), апг! Йече!ор зппр!!6ег! рЬув!са! р!с!игев !Ьа! Ье1р !о г!еереп оиг цпг!егвгапйпд оГ йе купат!св.
Апа)ув!з оГто)еси!аг г!упат!св Ьу цзе оГ а рЬепотепо!оа!са1 тоде! !в ойеп а Ье!руи! ш!еппербаге вгер ЬеГоге аиа!уяв Ьу иве оГ тоге г!еп6!ег! писговсор!с !ЬеоПев. РЬепотепо1о!рса1 тог1е!в аге а1во оГ ча1ие ав а Ьаз!з Гог в)тр1!6ед г1упаппса! япш1а6опв. Рог ехатр!е, !Г опе Ьаз ача!)аЫе ев!!та!ев оГ !Ье 666цв!оп сопв!ап!з оГ 1геу раг6с(ез т ап очегйатрег! вуз!ет (е.6., Ггот (3.2)), йеп опе сап иепегаге гур!са! пю6опв оГ йеве )сеу раг6с!ев чч!йоиг Ьач!па со Го!!о« ечегу дега!1 оГ !евв !пгегевг!па раг6с!ев !и ГЬе(г зцггоипйпбз. ВцсЬ яосЬаз6с г1упат!св випи1а6оп тегЬог(з чп!! Ье г!евспЬег! гпоге Ги1!у 1п сЬаргег 4. 28 13упапгГсз о(ргогешз, пас!езс асиЬ апй ко!оепгв Адг!!попа! 1пГоггпагюп оп йе ппсгозсор(с дупат1св оГ ~ча1ег апд аг!иеоив во!ц1юпз !в 8(чеп Ьу Е1вепЬег8 8г Кацжпапп (1969); %о!упав (1980); Ггап!гв (1983); апг! 1треу, МасЫеп й МсРопаЫ (1983).
3.2 Ргоге1п йупат(св Ав )в И!ивггагег! 1п 68иге 2.3, а ро!урергЫе сЬа1п сопв(ззз оГ а !аг8е пшпЬег оГ 8гоирз Ип!ген Ьу сочаЪепз Ьопдв 1Ьаз аге тпбпясаИу рептзяче оГ гогаИоп. ТЬе 8гоирз Ип1гед Ъу висЬ Ьопг!в аге гЬетве!чев сотрагаИче)у г!8 д апд сопв61иге йе Гцпг!атепга! г1упат1са! е!степ!в 1п а ргоге)п то!еси!е. Ехатр!ез оГ вцсЬ 8гоирз аге гЬе СОХН рер!Ые 8гоирв гЬаг Ип1с виссезз(че гезЫиез, апд йе пп8 ш 1Ье гугояпе вЫесЬа)п (68цге 2.3). ТЬе 1ур(са! йеппа! пюгюпв оЬвегчед ичгЫп а рго!е1п аге 4отт1па(ег! Ьу йе согвюпа! овс(Иагюпв оГ гЬеве 8гоцрв аЬош йе в(п8!е Ьоп<Ь айаг !пй йет Го8еГЬег.
%1ГЬ)п впсЬ 8гоирз, ой(у япаИ а1опнс Жзр!асетепгз оссиг г!ие го йе !аг8е епег8у соз! оГ г1еГоггп(п8 Ъопг! !еп8йв, Ъопг! ап8!ев, апд ЙЬедга! ап8!ев аЪоиг ти16р(е Ьопдв. ВирегровГИоп оГ йе 68Ы 8гоир йвр)асетепзв у(е)бз а гетаг1саЫу псЬ йупапп'- са! вресГпип йа! гап8ез Ггот ГЬе гарЫ !оса! тозюпв оГ йе )псИчЫиа! 8гоирз го в!ой соИесбче гИвгогбопв оГ )аг8е ге8(опв ипгЬ(п йе то(еси!е.
Богпе оГ йе тогюпв 1Ьаг оссиг аге ши(са1еи 1п саЫе 3.1; гЬезе пю1юпв чч61 Ье сопзЫегег! ш тоге беСаИ ш иЬа! ГоИояз. Весаизе оГ ГЬе Ы8Ь расЫп8 г(епз11у !и ргопбп то!еси!ез, йе(г аГопис пюИоп йвр!аув сег!аш вптц!апИев го гЬа! зееп ш огЬег депзе тагеПа1з. Очег вЬогГ рег(ог!з оГ Гипе (!езв ГЬап 0.5 рв), 1Ье япаИ атрИГцг!е тозюпв оГ йе гевЫиев гИвр!ау зппИаг111ев 1о 1Ье тоГюпв оГ пю!еси)ев ш а !щщЫ. ЕасЬ 8гоир (в зетрогапТу ггаррей, гагг!ш8 (п а са8е гЬаг сопявгз оГ ойег 8гоирв ш йе ргоге)п апд (а1 гЬе вигГасе оГ йе ргоге)п) гпо!еси1ев оГ гЬе зиггоипгИп8 во1чепп ТЬе са8е агота Ггег!иеп11у соИЫе иИЬ 1Ье епса8ег! 8гоир, гаркИу гапдопыш8 Ив гпоИоп. Рог тапу ргосеввев я(ГЬ !оп8ег сЬагасгепвг(с йпев !урез оГ то!юп гЬаг аге гурка1 оГ зо!Ы тагег(а1в арреаг.
ВисЬ то!(опв аге ехресгег(, Ьесаизе йе агота оГ гЬе ргогеш Ьаче г!ебп(ге ачега8е ров(6опз соггевропгИп8 1о 1Ье паИче пю!есц!аг в!гас!иге. Весаизе оГ 1Ье ш1егасгюпз йа1 та)п1а(п 1Ыв в!гас!иге, йе ргоге)п тагг(х гИвр!ауз оп! у 1ип(гег! сотрИапсе т йе 1аг8ег г!еГоппаз!опв йа1 оссиг аг !оп8 йпев. ТЬе зоЯ-)1!ге азрес(в оГ ргоге)п ЬеЬачог арреаг оп Ьой йе !оса! апг! 81оЬа! вса!ев. 1.оса1 8гоир тоИопв оГ 1аг8е япрИгцде аге гур(саИу орровед Ьу виЬз!апба! гезгопп8 Гогсев авзос)агег( «лй йе гИвгогИоп оГ йе са8е виггоипгИп8 гЬе 8гоир.
СопзЫег, Гог ехатр!е, йе го!а!юпа! 1зотепха1юп оГ а 1угозше пп8 (68цге 2.3) соггезропсИп8 го а 180' сЬап8е (п г'. !Г1Ье пп8 1в !осагег! ш йе 1пгеПог оГа ргоге1п, а пшпЬег оГ рго1еш а1огпз аге !оса!ей )п йе чо1ите ГЬа1 ~чои!6 Ье веер! оиг Ьу 30 Эупат!сз оу ргоге!пи, пис!е!с ас!дг апсГ зо!оспя теп|з оГ пе|8ЬЬопп8 асотв аге зп|а!1.
ТЬе рго|е(п сап йеп Ье р|с|игед ав ЬеЬачп8 воте» Ьа| 1йсе а сопйпцоиз, е!азйс та|еда!. Рог а 8!оЬи1аг рго|еш, опе йпр1е ехатр!е |чои!д Ье а 'Ьгеа!Ып8' пюйоп апа!о8оив го йе Гипдатеп|а! тоде оГ гад!а! овей)айоп оГ а врЬеге (де Оеппев Й Рарои!аг, 1969; 8цегаЫ дс Оп, !975). Апойег ехатр!е |з йе Ь!пКе Ьепд(п8 пюйоп йа| оссцгз ш ргосе(пв Ьачп8 г|чо 81оЬи!аг ге81опз |Ьаг аге !ш!сед Ьу а ге8!оп Ьачп8 а япа!!ег сговв весйоп, 1п йезе |урез оГ пюйоп, |Ье ргогеш тау д)вр!ау а ятр!е Ноо)се*в-)а|ч сЬагас|ег.
8исЬ то|юпв гур(са!1у д(ар!ау в!8п!йсапг датр(п8 с)ие со йе во!чепГ зиггоипд!п8 |Ье ргоге)п. 1п а|Ыгйоп го 1Ье !оса! в|гас|ига! ггапягюпв апд 8!оЬа1 е!аз|к пюйопв, ргогешз ипдег8о пюге согпр1|са|ед 81оЬа! |гапя|юпз оп 1оп8 йте вса!ев; йеве |гапяйопз Ьаче Ьееп со|праге|1 |о в!гас|ига! геаггап8е|пепзв |Ьа| оссиг ш 81авву та!еда!в (Оо!дапв!сй, Кгируапв)сй й Р!егоч, 1984; МсСапипоп, 1984; Апвап' ег а!., 1985; 81е!и, 1985). ТЬе па|!че сопГоппа|юп оГ а рго|еш со|прйвез а !аг8е пцтЬег оГ зй8Ь!!у |ййегеп| з|аЫе в|гис|игев ГЬаг соггевропд |о дйуегепг 1оса! пппцпа ш !Ье рогепг(а! епег8у зигГасе оГ йе зув|ет.
Тгапз|йопв апюп8 воте оГ йеве виЬвгаГев аге оГ д!гесс Ыо1о81са! ппрог|апсе. Рог ехатр!е, йе рор||!а!!сих оГ епхуте виЬз1а|ев йа| Ьаче ге!айче!у Ь!8Ь ас!1ч1|у тау Ье шсгеазед Ьу йе Ьгпйп8 оГ а ге8ц!а!осу 1!8апд, Мапу зиЬзгагев, Ьо|чечег, вееп| |о ех!з| аз ап ассЫеп|а1 сопзе|)иепсе оГ йе сотроз!г!оп оГ рго|ешв; йе ех|епв(че попсоча!еп| тгегасйопз |Ьа| вгаЪ|11ге йе паШе сопГоппа!юп аге |о!- егап| оГ в118Ы сИГегепсев ш Ьо|ч 8гоирз аге рас1сед ьо8егйег. ТЬе ' ассЫеп|а! ' зиЬзгагев тау Ье оГ!пд!гес! !троггапсе ш Ь~о!о81са1 Гипсйоп. Рог ехатр1е, йе гед!згПЪигюп оГ виЪвгасе рори1а!!опз ироп Ь~пгйп8 оГ а ге8ц!агогу 118апд тау Ье Ыпейса1!у соцр!ед |о ггапягюпв атоп8 йе ассЫеп|а1 зцЪв|а|ев. Тьг!1Ып а 81чеп рго|е)п, йе епег8у Ьагпегз Гог висЬ !гапяйопз арреаг Го арап а 1аг8е гап8е, Ггот хего |о !епв оГ )сЛДпо1.
ТЬе сотрйса|ед, 8!оЬа! сйагасгег оГ тапу оГ йеве |гапя|юпв !в дие |о йе депве рас1с!п8 оГ йе гевЫиев ш а рго|е(п. Кеаггап8етеп! оГ расЫп8 ш опе ге8!оп тау дерепд оп япа!1 геаггап8етеп|з 1п пе!8ЬЬопп8 ге8!опв, зо йаг йе Ггапв|йопв Ьаче а соорега!1че сЬагас|ег. аоод д)всивяопв оГ йеве 1ввцев Ьаче Ьееп ргочЫед гесса!1 у Ъу Апзап' ег а(. (1985) апд Ьу Б!е!и (1985). Аз Ьав Ьееп тепйопед, Ьо|Ь ГПсйопа1 Гогсев апд тесЬапгса! гев!опп8 1огсез р!ау го!ев ш йе дупаписз оГ ргоТетпз.
ТЬе гйапче ппрог|апсе оГ йеве Гогсев дерепдв оп йе рагйси1аг рЬуяса! ргосевв сопзЫегед. Рог 1оса! овайа|юпв аЪои| а в|аЫе сопГоппаг!оп, ЪоГЬ цпдегдап|ред апд очеп1атред тойопз оссцг. Ехатр!ев шс1цде ипдегдатред чЪга|1опз оГ соча1еп| Ъопдз (а геви1| оГГЬе !аг8е геьгопп8 Гогсев |о8ейег ич|Ь йе япа1! Хис!е!с асЫ Йупаппсв 31 яхе апг! соггевропйп81у япаП Гпс!!опа! ейесгв оГ йе в!гисгига1 ипПв 1пчо1чег!), пеаг!у сггИсаИу г!ашрег! овс!ПаИопз оГ гугов)пе пп8в ге!аПче го !Ье!г са8ев (МсСапмпоп, %о!упев й Кагр!ив, 1979), апг! очеЫвхпрегЗ соПесиче г!!вгог!!опв оГ Ьуг!горЬоЪ|с с1цзгегв»чгЫп а рго!е!и. Сг1оЬа! сИвгогПопв оГ йе Ып8е ЪепсИп8 суре аге сур!саПу очегг!ашрег! Ьесаиве оГ йе 1аг8е вигГасе еИвр!асешеп!в апг$ во1чеп! г!ашр!п8 шчо!чей А йпПаг вресггцш оГ ЪеЬачог оЬ!а)пв !ог вггис!ига! ггапвГПопв Ггош опе вгаЫе сопГогша!!оп го апойег. ТЬе го!аг!опв оГ гугов!пе г!п8в очег гЬе !аг8е Ьагпегв ппровег! Ъу гЬе ргоге!и шаЬИх аге оГ ргег!ош)пап!1у шегИа! сЬагасгег, а!гЬои8Ь Гг!с!юпа! ейес!в гег!исе йе гаге оГ зисЬ ггапв!г!опв (ХоггЬгцр ег а1., 1982а).
Рпсг!опа! е!Гесгв аге ойеп дош!цап! )п сгапяПопв гЬа! !пчо1че 1аг8ег 8гоирв ог япаПег епег8у Ъагпегв. Б!шр)е ехашр1ев !пс!иг!е йе го!аПоп оГ вЫесЬа!пв ас йе ргоге!и вигГасе (~чЬеге йе виЬв!апПа! гев!ог!п8 Гогсев аввос!а!ег!»л!Ь а рго!е)п ша!пх аге аЬвеп!) апг$ !Ье цп»ппг!1п8 оГ ге8!опв оГ йе ро1урер!Ые сЬаш !гош !Ье ргоге)п вигГасе Г!оса! г!епа!ига!!оп). З.З Ь!ис!е!с асЫ Иупапз!св 'ччЬеп гЬе в!гис!ига! г!упаш!св оГ пцс!е!с асЫв аге сошрагег!»л!Ь йове оГ ргоге!пв, виЬ11е ййегепсев аге оЬвегчег), Ьиг !Ье очегаП сошрапвоп сап Ьевг Ье випппаг!лег! Ьу рагарЬгав)п8 а в!асешеп! аиг!Ьигег! Го Уасииев Мопог! ('%Ьа! )в ггце Гог Е.
со!Г )в а1во !гие Гог е!ерЬап!в, оп!у пюге во.'). Рог ЬогЬ гпасгошо1еси!аг вувГешв, йе шов! гарЫ шоПопв аге оГ чегу япаП ашрИ!иг!е. Сггоирв оГ агошв, висЬ ав шсИчЫиа! Ьазев, шоче»лИЬ а гарЫ, )!пег!п8 шо!!оп, гаяИп8 !п са8ев г$ейпег1 Ьу ейесИче 1оса1 рогепИа!в гЬас сЬап8е ге1аПче1у в1о~ч!у. ТЬе шо!!опв оГ 1аг8ев! ашрИ!иг!е аге йове гЬа! шчо!че йе соПесПче йвр1асешеп! оГ шапу асошв.
ТЬеве шоПопв сап Ггег!иеп!!у Ье Ыеп!!Пег! Ъу г!о!п8 а поппи! пюг!е апа!уяв оГ ап а!1-а!ош шог!е! оГ !Ье шо1еси!е, ог Ъу !пчойп8 ап е1авПс сои!!пццш шог!е! Гог йе шо!еси1е. ТЬеве !аг8е, в!о» шог!опв аге 8епегаПу очегг!ашрег! Ьесаиве оГ йе е!Тес!в оГ во)чепг ЫвсовПу, апд йеу сопвег!иеп!1у Ьаче а гИПЬяче гайег гЬап репог!!с па!иге. Ав» ав г!евсг!Ьег! ш !Ье ргечюиз весИоп, П !в Ггеи иеп!1у сопчеп!епс со !Ь!п)с оГ йе шогюпв оГ агошв аЬоиг !Ье!г ачега8е ров!г!опв ав Ье)п8 1щц!с$-1Йе» Ьеп йеу аге оГ япаП ашрИгцг)е апг! гарЫ, Ьесаиве гЬе а!ош!с че!ос!!!ев аге Ггес)цеп!!у галош!хед Ьу соП!в!опв»чгЬ пе!8ЬЬог!п8 р оирв !Ьа! !опп гешрогагу са8ев агоипс$ !Ьеш. Ву согпрапвоп, йе 1аг8ег ашрИ!иг$е, в!обжег шог!опв аге Ггес)иепПу г!евспЬед !п геггпв оГ йе г!еГогшаг!оп оГ а сопПпцоцв е1авПс во1Ы, Ьесацзе !Ье а!ошв апг! 8гоирв оГ агошв Ьаче г!ейп!ге ачега8е ров!Попа, апд виЬвгапИа! гевгопп8 Гогсев оррове гЬе!г шов)опв а» ау Ггогп гЬеве ачега8е рояПопв.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
