McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 9
Текст из файла (страница 9)
ТЬе весопг! )ег)п ассоип)в Гог )Ье )!еГоииа)юп епег8у оГ ча1епсе ап81ев Ье))чееп )Ье соча!еп| Ъопдв )о а 81чеи а)ош, ап)! |Ье )Ь)г)! |епп гергевеп|в |Ье 1и)г)пас г!еГоппа)юп епег8у 1ог )мивПп8 аЬои| ап ах|в йгои8Ь соча1еп|1у Ьоп)!е)1 а)ошв. То8е)Ьег, |Ьеве йгее зшив ассоип| Гог чаНаПопв )п )Ье сочв!еп| ЪопсПп8 епег8у оГ йе пю!еси!е. ТЬе |Ьгее )еггпв 1и |Ье гешаиип8 зшп соггевроп)! гевресПче!у |о )Ье соге гери!зюп, г)1врегв)оп, апд Сои!ошЬ~с ш)егас|юпз Ье))чееп а ра)г оГ а)ошз зерага)ед Ъу а ГПв)апсе г. Ав г!езсг)Ье)! 1и сЬар)ег 2, йезе 1п)егасбопв аге рагйси!аг!у )шпиг)аи) )!ие |о | е ) рас |п8 епв))у |п р и' р в' ври.т„.
р р.р,аа Ве) а Рпаееарагва-м.Ото,.В,.Ы а)г Е1, Ь. а РВЕ, Ьеуопд а сЬовеп )!1в)апсе. СргадиаПу вса!ш8 |Ье ш|егас|юпв )о лего аз а ра)г арргоасЬев йе си|ой' сПв|апсе 1в ивиаПу ргеГегаЫе )о аЬгир| |гипса)юп. ЯсаПп8 у1е!дв а|опис гПв)пЬиПопз йа| аге 8епегаПу с1овег |о |Ьове оЬ)аде)$ в))1)Ь )Ье 1иП росепПа! ГВгоо1)в, Ре|П)) Юг Кагр!ив, 1985) апг) а!во пип)ш)зев вриНоив епег8у Писша)юпв ш г)упаш)са! япш!аПопв ГаррепгПх 3). 1) вЬои16 Ъе по)ед йа| йе )вылепи )и !4.1) 1з ас)иаПу а ро|епПа1 оГ |певи Гогсе ог !гее епег8у га)Ьег |Ьап а в)шр1е ро)еп))а1 епег8у.
ТЬ)в 1вЪесаиве йе гПе!ес)пс сое!Пс)еп) )У г!евсг!Ьев йе ачега8е ейес| оГ апу сЬаг8ев йа) аге по) ехрПсгПу 1ис)и)!ег) ш йе шоде! ш зсгеешп йе Смори~ар|В Ый*рГП В.В Г ЪИЮ1 р « )Ьа) арреаг )п шо)!еТ роТйт)г)а~-Гипс)юив Ге.8., йе Гогсе сопв)ап)в ап)! ес!шПЬпши Ьоп)$1еп8)Ьв) аге 1шПаПу оЪ)а)пег! Ггош ехрепшеп)а! апг! )!иап)иш шесЬашса! зшсПев оГ вшаП шо!еси!ев |Ьа| аге сЬеш)саПу яии!аг )о ве8шеп)в оГ йе пю!еси1е оГ ш)егез|. ТЬеве рагап)е|егв аге ивиаПу гейпег) |о у)е!д соггес) геви1)в Гв)гис)ига!, врес|говсор)с аиг!/ог )Ьепио)!упаш)с) ш са!си!аПопв оп ехрегипеп|аПу )чеП-сЬагас)епхе)1 зув)ешв ЪеГоге са!си!а)юпз оп пе)ч зув)ешв аге а))ешр)ед.
Мог(е( Гйисгголз 41 Еаг1у чегяопв оГ рогепВа1 епег8у Гппсг!опв 1ог тасгото1есп1ез ойеп !пс!пдег$ ап агЫ!г!опа1 Гепп Ьеуопд 1Ьове оГ (4.1), а гепп гЬас ехр!!с!1!у гергевепгег) Ьуг)го8еп Ъопд епег8(ез. ТЫв В !езв сопппоп, аз !г !в 8епега11у а8геег( йаГ Ьудго8еп Ъопдз аге !аг8е1у е!есгговгабс !и па!иге (Рап!ш8, 1960) апг$ сап Ье аг(ег(паве!у гергевепсед Ьу !ийс!опв сЬо!се оГ гЬе р ы~ ~ ~йа ц ~~ з-Гщдр ~ ~ ~с~ ° Йй ~щсььуй ч в~ йв ьй *рь~ р.А .*р Т~уа к Ь а ю~ ° М аЫВЧ2)ЧМ'~ Ы*В згаЫ1!хе рагбсп1аг Ьудго8еп Ьопдв г)пг!п8!аг8е вса1е деГогтаг!опв оГ 1Ье тоде! (РгаЬЬа1сагап е2 Нагчеу, 1985). То сопзегче сотрпгег гезопгсев, Ьудго8еп агота аге вотег!тев !пс1пг(ег! ппр1!сЬ!у Ьу афпг!п8 йе рагагпегегв оГ йе Ьеачу авотв со ччЫсЬ гЬеу аге Ьопоео; йе 1аггег аге 1Ьеп геГеггес$ го аз 'ехгепдед' агота.
1Г ехр1ж!г Ьуйго8еп асотз аге пес изей, апд !Г 1Ье ехвепдед допог апй ассергог авотв Ьаче рагба! сЬаг8ез оГ ГЬе вате я8п, ап ехр1!с!Г Ьуг)го8еп Ьопйп8 гепп В песезвагу Го очегсоте йе е1ессговгаВс гера!вюп. 1п 1Ыв саве, йе рагатесегв оГ йе Ьуйго8еп ЪопгВп8 гегт тазг Ье сЬовеп зо ГЬаг 1Ье вшп оГ гЬе попЪопг)ег! апд Ьудго8еп Ьопйп8 Геппв 8!чез а юе!1 оГ арргорПаве дерГЬ (Сге!!и, 1976; Нагчеу, РгаЬЬа1сагап ег МсСапппоп, 19854). Мог(е! росепВа1 епег8у Гппсгюпв зпсЬ ав гЬаг девспЬег( аЪоче Ьаче вечега! адчапга8ез 1Ьаг ген!1 Ггогп ГЬе!г зппр!е Гппсг!опа! Гоппв. Р5гвг йе епег8у сап Ье сотрпгей чегу гарЫ1у Гог а 8(чеп соп68игабоп оГ агота ТЫз та(гез розяЫе а г)есепп!па!!оп оГ ГЬе ге!аВче згаЫ1!Гу оГ й(Гегепс рова(Ые пю!есп1аг сопГоппапопз. Бесопб, опе сап геай1у оЬса!и апа1уВс ехргеввюпв Гог йе враба! 6епчаВчез оГ 1Ье епег8у.
Т(шв, йе 1огсез асВп8 оп йе агота апд йе 8гайепгв оГ йезе 1огсез сап а!зо Ье сотрпгед чесу гарЫ1у. Р!па!1у, Ьесапве гЬе Гоппз оГ йе чагюиз сеггпз Ьаче оЬч!оив рЬуяса! !пгегргегаВопз, йе росепба1 епег8у сап Ье апа1ухей пяп8 зппр1е в!гас!ага! сопсервв. ТЬеве айчапш8ез Ьаче 1ег) со гЬе иве оГ япп!аг пюре! рогепВа1 ГппсВопз ш гЬе апа1уяз оГ ч!Ьгаг!опа! зресгга апй сопГоппаГ!опв оГ япа!1 пю1есп1ев (%б!зоп, Рес!пв ег Сговз, 1955; Впг$сегГ ег А!11п8ег, 1982) апд ш ГЬе сотригег вппи1аВоп оГ агоппс апй то!есп1аг !щп!дз (чч'оог), 1979). Ег)папоп (4.1) сап Ъе шаде со !пс!аде зо!чаВоп еГГесвв ш Гччо г)1йегепг ччаув. Моге асспгасе, Ьиг а1зо тоге детапгВп8 оГсотригег гезопгсез, В йе ехр11с11 !псогрогаВоп оГ во!чепг то1еси1ев !п йе Ьаяс тоде! (На8!ег й Моп1с, 1978; С1етеп11, Согоп8!и, Зопзвоп й потапе, 1979; Ковйу ег Кагр1ив, 1979; На81ег, Оз8цйогре й КоЪвоп, 1980; С1етепВ й Согоп8!и, 1981; ВечеП08е ег а1., 1984; Неппапв, Вегепг)зеп, чап Сгппввегеп й Ровопа, 1984; Уог8епвеп й Бгчепвеп, 1985; Кпп 8г С1етепй 1985; Мехе(, МеЬговга я Вечегп58е, ! 985).
ТЬе ччавег пю!есп!ез аге ГЬеп 42 76еогегка! пгейой ггеагед оп гЬе вате 1ече! ав 8гоирв чг!1Ып йе Ыоро!утег апд аге гергевепсед Ьу геппз !п (4Л). Г)ега!1ед тоде!в оГ гЫз Ыпд Ьаче Ьееп геГеггед Го аз 'Вогп-ОррепЬеипег 1ече!' тоде1в оГ зо!иг!опз, вшсе Ьой гЬе во!ше апд воЫеп! агота пюче ипдег йе !пГЫепсе оГе(ее!гоп-ачега8ед Гогсев (Рпейпап, 1981). 1п висЬ гподе1в, гЬе д!е1есСг!с соейс!епс Г! !з азв18пед а ге)ап!че)у япа11 ча!це (!п гЬе гап8е 1 со 3) Ьесаиве гЬе та)ог гВе)ссгпо е!Гесг ш ациеоив вуз(ешз, пагпе!у геог!епгаг!оп оГ зо!чепг 61- ро1ев, !з ап !пгг!пгдс раг! оГ !Ье тоде!. ТЬе гевЫиа! гВе!ес!пс е)Гесс, пагпе! у ро1аг)газ!оп оГ гЬе гпо!еси!аг е!ее!гоп с!оцдз, гпау Ье арргох!тагед е)йег Ьу изе оГ а В гЬас !в в1!8Ь!!у!аг8ег гЬап опе, ог Ьу иве оГ,О = 1 !Г арргорпаге ейесг!че сЬаг8ев аге етр!оуед. ТЫз ехр!кЬ арргоасЬ го зо!чадоп а1!оччз дега!!ед апа!увез оГ в!гас!иге апд дупапнсв а! йе Ыоро1утпег зигГасе, Ьш Ьаз Ъееп иг!1!хед ш Ги11 дупаписа! вигш1абопв оГ ргогешз апд пис1е)с асЫз оп1у гесепг1у ав гЬе песевзагу сотригабопа! гевоигсез Ьаче Ьесоте ачадаЫе (чап Оипв!егеп ег а!., 1983; чап Оипвзегеп ез Вегепдвеп, 1984; Кг68ег, Б!гавзЪцг8ег, %о!1тег й чап Оипвзегеп, 1985; Бе!Ье1, Б!п8Ь дг Ко!!тап, 1986; ччоп8 й МсСапипоп, 1986а, Ь).
ТЬе ггагВгюпа! арргоасЬ го зо!чадоп е(Гесса ш вгийев оГ Ыоро1утег дупаписз Ьаз Ьееп Со арргохипаге йезе е!Гас!в ппрИс!!!у ш (4.1). ТЬе оп!у геппз гЬаг йеп арреаг ш (4.1) аге йозе авзос)агед идгЬ йе агота оГ йе Ь!оро!угпег. ТЬе !и!егас!!оп рагатегегз аге тод!Йед ш ап а!гетр! !о та$се (4.1) а во1чепС-ачега8ед рогепда1 оГ теап Гогсе (Ь!Гзоп й ОррепЬепп, 1960). Агпоп8 йе рагатесег ад)ив!шеи!в гЬас Ьаче Ьееп ивед аге йе Го!1оидп8.
Рог йе Сои!отЫс !псегас!юп Ьегчгееп гччо агота, гЬе д!е1есгпс соейс!епг Х> Ьав Ьееп зе! ег)иа1 го !Ье зпа8пЬиде оГ гЬе зерагадоп оГ йе агота ехргевзед ш Ап8вггот ип!гв (1А = пт) (Се1!и, 1976; МсСапипоп ег а!., ! 979). РЬуяса у, ! зз соггезропдз го йе гепдепсу оГ гЬе йе1д 1!пез соппесдп8 шгепог а!огиз го зргеад )пго гЬе Ь!8Ь д!е1есгг!с во1чепг ге8!оп аз йе агота аге дгаъчп арагс. 1п вогпе са!си!аг!опз, гЫв шод!Йсаг!оп Ьав Ьееп зцрр1етепгед Ъу а гедисдоп оГ йе сЬаг8ев оГ агота пеаг гЬе Ьюро!утег зшГасе Ьесаизе йе йе1д 1!пев Ье!гчееп якЬ а!отв аЬчауз ехгепд шго йе во1чепг ге8!оп (ХоггЬгир ег а!., 1981) ог, 1п пис1ек асЫз, Ьесаизе оГ соипгег!оп аззос!аг!оп идгЬ гЬе ро1утег (Нагчеу ег МсСапипоп, 1981). АпогЬег тод!Йсаг!оп гЬа! Ьав оссазюпа!1у Ьееп ивед гв йе е1!т!па!!оп оГ йе ассгаспче д!врага!оп епег8у 1ог попЬопдед шгегасгюпв гЬа! шчо1че а ЬудгорЫЬс 8гоир; гЬе гепза!тп8 пес а!!гас!!оп Ьегччееп ЬудгорЬоЫс Бгоирв ге()есгз йе ехресгед гепдепсу оГ висЬ 8гоирв Го а88ге8азе !п аазег (Мао, Реаг, МсСагпшоп й Оц!осЬо, 19826).
Боте е)Гогг Ьав Ьееп дечогед го гЬе дече!ортепг оГ зойадоп вЬе!1' тоде1в гЬаг тау а11ои а тоге дега!1ед девспргюп оГ гЫз гуре оГ е!Гесг (Рагегвоп Моде! Гйасг!опь 43 ег а!., 1981). Апа!удс ехргевзюпв Гог во1чепг-ехс1идед чо!шпев апд зо1чепс-асеева!Ые вшГасе агеаз Ьаче Ьееп дече1оред гЬаг сои!д Ье ивед го арргохппаге Ьудгаг!оп епег8!ез; япсе йезе ехргеззюпв аге д!(ГегепдаЫе «Ий гевресг го азот(с роз!г!опв, йеу аге вшИаЫе Гог епег8у т!и!пжаг!оп апд ойег пю!еси!аг тодеИп8 вгигИев (В!сЬтопд, 1984; Соппо1!у, 1985). Опе тод!Исадоп оГ гЫв арргоасЬ !в гЬас оГ Е!вепЬег8 дь Мс!.асЫап (1986), ш «ЫсЬ йе зо1чаз!оп епег8у оГ еасЬ а!от !в са!си1агед ав гЬе ргодисГ оГ гЬе зо1чеп! асеева!Ые зшГасе агеа апд а во1чадоп рагатегег. Мов! оГ йе е!есггозгаг(с гподе!з дезспЬед аЪоче аге оп1у г!иаИгадче1у геИаЫе аг Ьевп Ьпргочетпепгв !и гЬе ппрИс!г гергевепгаг!оп оГе!есгговгадс !пгегасг!опв оГ Ьюро!утпегв аге 1йе1у го етег8е !гот оп8ош8 вгид!ев оГ зечега! !дпдз (Вегепдзеп, 1985а).
Рог ехатр!е, зо!иг!опз оГ е1ессгозгадс Ьоипдагу ча1ие ргоЫетз Гог сЬаг8ев етЬеддед ш а 1очч д!е1есгг!с чо!ите (гергевепдп8 а ргозе!и ог пис!е!с асад) виггоипдед Ьу а Ы8Ь гИе1есгпс гпегИшп (гергевепдп8 во1чеп! «агег) зЬои!д у(е1д гпоге асс«гаге дезспрг!опз оГ е(Гесг!че Сои!отЫс !пгегасг!опз гЬаг сои!д Ье !псогрогагед ш ег)иаг!опз зисЬ ав (4.1) гЬгои8Ь арргорпаге гИе1еспдс сое(Ис!епГв (ТапГоп1 дГ К!г1г«сод, 1957; Япге, Напата й Сгигд, 1974; %аг«дс1гег й ЪУагвоп, 1982; Ейпопдь, Во8егз еь БГегпЬег8, 1984; Ко8егв й ВгегпЬег8, 1984; %агвЬе1 дГ Козье!1, 1984; О!!воп, ВавЫп, Р!пе й Ноп!8, 1985; МаЯЬе«, 1985; МагЬе«ег а!., 1985; БЬа«, 1985; Уа«Ьаг й Мог8ап, 1985). Ехгепв!опз оГ висЬ тоде!з Со шс!иде гЬе ейесгв оГ япаП юпз гИвзо1чед !и гЬе во!чепг (е.8., зсгеетп8 оГ Ь!оро1утег сЬаг8е !псегасг!опз, пеигга!!ха!!оп ог !оп!ха!!оп оГ Ь!оро1утег 8гоирв) а1во арреаг рова(Ые, аз !з !пгИсасед ш зоте оГ йе аЪоче геГегепсев апд !п ойегв гЬас аге рптап1у сопсегпед «дй ва!с е(Гесгв (Маптп8, 1979; Вась!ие! дг Вовв1су, 1984; ЕеВгег ег У!тт, 1984; МаяЬе«й К!сЬагдв, 1984; Рас1с й К1еш, 1984; Вошпраяв, 1984; Ргап1с-Катепегз!д1, 1лйазЫп ег АпзЬе!еч!сЬ, 1985; М!1!з, Апдегзоп дг Кесогд, 1985; Мигйу, Васс!ие! й Возз1су, 1985; Весогд ег а1., 1986; Васг!иес й МсСапппоп, 1986).
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
