McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 4
Текст из файла (страница 4)
ТЬеве Гогсез апзе йош'йе'шо(1ойФ е1ес!гопв аЬоиг где а!ош(с пис!е1 1й еасЬ 8гоир. ТЬе шз!ап!апеоив гПро1е пюшеп! оГ опе висЬ 8гоир оГ е!ессгопв апд пис1е( !епдз го ро!апхе апд йив аягасс йе соггезропсПп8 сЬаг8ев оГ пеагЬу 8гоирв. Рог ьчо тейу1 8гоирв !а васио, гПзрегвюп Гогсев 1еад !о а шахипшп з!аЬ!1гха!юп оп йе огдег оГ 0.6Ьу/пю! ас а сагЪоп-сагЬоп оПв!апсе оГ аЬои! 0.4 пш; гедис!п8 !Ыв сПзгапсе Ьу 0.1 пш гехи!!з ш а дев!а!П!ыадоп оп !Ье огдег оГ 10 $су/шо1 дие !о соте очег1ар. А11Ьои8Ь йе.шах(шиш аягасдче гПзрегвюп 1пгегасиоп 1в опе ог пчо огдегз оГ ша8п(гиде чгеа$сег йап гЬа! дие го Ьудго8еп Ьопд(п8, йе !оппег оссигв агпоп8 аП !Ье 8гоирв 1п а ргоге(п. Раг!1у !о сошрепва!е Гог йе 1озв оГ гПврегяоп (п!егасвюпз и41Ь во1чеп1 шо1еси1ев 1п !Ье ГоЫ(п8 ргосевв, !Ье асошв 1п йе ргосеш 1пгедог !епд !о расМ !о8е!Ьег ишГе с!озе!у.
ТЪе йгее гПгпепяопа1 аггап8ешепг оГ 8гоирв ш йе па!1че ргосе(п 1в !еггпед йе !егдагу з!гис!иге оГ!Ье шо1еси1е. ТЬ!в в!гис!иге гергевеп!в !Ье орйпшп Ьа1апсе апюп8 гЬе чагюиз 1п!егасгюпв дезспЬед аЬоче. Тур(са! Геагигев (пс1иде йе с1ив!едп8 оГ ЬудгорЬоЬдс вЫесЬашв 1п вечега1 ге8(опз оГ !Ье рго!еш 1п!егюг.
СЬаг8ед зЫесЬашз !епд го геша(п ехровед !о !Ье во!чеп! ас !Ье рго!е(п вигГасе; !Ье Гев сЬаг8ед 8гоирв оЪвегчед 1п ргогеш 1п!епогз аге изиаПу ра(гед чдй орровПе1у сЬаг8ед 8гоирв. Бес!юпв оГ !Ье ро1урердде Ъас1сЬопе гЬа! аге Ъипед (п йе ргоге(п 1п!епог суркаПу !опп зесопдагу в!гис!иге !о сошрепзасе Гог !Ье 1овв оГ гЬе(г Ьудго8еп Ьопдв чгПЬ зо!чеп! чча!ег шо!еси!ев.
ТЬе расЫп8 депвПу оГ йе а!огиз 1в г(шге ЫПЬ, рагдси1аг1у ш йе ЬудгорЬоЬ!с с!из!егз чгЬеге попврес(йс шгегас!юпз ргедош(паге. ТЬе ГППЬ расЫп8 депя!у 1з с1еаг (п врасе-ПП(п8 гергевеп!адопз оГ рго!е(п в!гис!иге (68иге 2.5). АгЫ!Попа! гПзсизвюп оГ ргосеш в!гис!иге сап Ье Гоипд ш гех!в ог геч(еи в Ьу РдсЬап(в (1977); 8сЬи!г дг Ясйппег (1979); Сап!от й Яс)дпппе1 (1980); МсЬагдзоп (1981); Сге)8Ыап (1983); СЬо!Гда (1984); Раггу ег Ва)гег (1984); Реги!к (1984); РегзЫ (! 985) апд Но! (1985).
2.3 )ч!ис1е(с ас(д зггисивге ТЬе сошровидоп оГ а пис1ек асЫ 1в зресгйед Ьу Пз ргипагу ягисгиге, ю)дсЬ 1з !Ье зеииепсе оГ пис!ео!Ыев а!оп8 йе ро!упис!ео!Ые сЬа(п. 1п йе саве оГ КХА, йеге аге Гоиг сопвП1иеп! пЪопис!еой(ез, пчо и Ьове Ьазев аге риппев (адепояпе апд 8иапояпе) апд ичо юЬозе Ьазев аге рудписПпез (судгПпе апд ипд(пе). 1п йе саве оГ Р!ч!А, йе пюпошепс ип(!в аге деохуПЪопис1еоддев. ТЬе Ьавез аге Ыепдса!, ехсерг гЬас гЬе игасП оГ идгПпе 1з гер!асед Ьу !Ьугп(пе 1п деоху!ЬугпкПпе. ТЬе в!гас!иге оГ а вЬогГ ве8гпепГ оГ а Ьуро!Ьедса! ро1упис!еой)е 1в зЬоюп (п П8иге 2.7.
Гз ис!е!с асЫ ззтисзиге в емо ь о'~ ВАЗЕ М-1 О х о=, 1~ — о О',! 6 ВАЗЕ М О х О= — — О е~ 'ь ВАЗЕ М+1 о в' емп гзЕ. 2.7. Ргввгпепг оГ Ьурогйейса! ро!уппс!еог)де. ЕасЬ ппс!еогЫе сопв!в11 оГ а рЬоврЬаге Егопр, а пЬове, апд а Ьаве (пог вЬозгп). Хпс!еогЫев вге Ип)гег) Ъу 3', 5'-рЬоврЬогйезгег ЬопсЬ. ТЬе веопепсе 1в пшпЬегед Ггопг гйе 5' еаза оГ 1Ье пго1есп!е гомап! 1Ье 3' епг!.
Рог пЬоппс!ек асЫ (КХА), Х = ОН, МЫ!е Гог йеохуг!Ьоппс!е)с ас!Е (Г)ХА), Х = Н. ТЬе Ьас)гЬопе оГ 1Ье гпо!есп!е сопяяв оГ а1сегпайп8 рЬозрЬазе апд Гпгапозе (г!Ъове 1п Гйе саве оГ КХА; оеохуйЪове ш 1Ье саве оГ ЕФИМА) 8гопрв, апд Гйе Ьавез аге агзасЬег! 1Ьгоп8Ь Гйе 8!усову! Ип)гв 1о Гйе С!' а1опгв оГ Гйе Гпгапозе г!пйв. ТЬе !пгппяс йех!Ь1И1у оГ Гйе ГпгаповерЬозрЬа1е ЬасЬЬопе !з вп88евгед Ьу Гйе ргезепсе оГ ях в!п81е Ьопг!з рег ппс1еоИбе. Тогяопа1 го1а1юпв аЬоп! йче оГ Гйеве Ьопг)в аге ге1айче!у ппгев1псгед) 1Ье СЗ' — С4' Ьопг! !в впЬ)есг 1о гевяйсгед гогвгапа! го!а!!Опв Ьесапзе оГ Гйе сусИс !агапова пп8. ТЬе вгапдагд ШРАС погпепс)агпге Гог 1Ьеве Ъас)гЬопе гогвюпв !з Еп'еп 1п 68пге 2.8.
А!во зЬозгп !и 1Ьа1 18 Бгтисгите о!' ргогетв, пис!е)с аскЬ апН во!сел!в с с Р$8. 2.8. ШРАС попгепс$агаге Гог Ьвс)сЬопе зогв1оп ап8!ез, пЬове елйосусИс гогз!опз, влй ГЬе 8$усовЫ$с гогвзоп. ТЬе Ьас$сЬопе согв)оп д $в г$ейпей Ьу ГЬе Гоыг агошз 03'-СЗ'-С4'-С5', иЫ!е ГЬе еп4осусИс пЬове согвюп аЬоаг ГЬе ваше Ьолй В„1з с$е6пе4 Ьу С2'-СЗ'-С4'-04'. ТЬе ргорег 4ейпЖоп оГ г 1в 04'-С!се!-С2 Гог рупппйпев алд 04'-С $ се!9-С4 Гог риппев. Йа8гаш $в ГЬе 81усозу! согяоп ап81е, г, а ЫсЬ г)егеггп)пев ГЬе опепгагюп оГ ГЬе Ьаве ге1аИче со ГЬе Гшапове.
1п вр$$е оГ $Ье Гас! ГЬа$ ппс!е$с асп$в Ьаче пюге аг$$пвгаЫе Ьас$сЬопе Гогвюпа1 ап81ев рег гезЫпе $Ьап до ргогешв (ях рег ппс!еоск$е и. ГЬгее рег апипо асЫ), ппс1ек аси$в до аг)ор$ гесо8п$хаЫе $Ьгее бипепв)опа1 звгпсгпгез, Зпвг аз ргозе!пв г)о. ТЫв 14 раг$1у а сопвеопепсе оГ ехвепвЫе зесоп$$агу в!гас!иге ъчгЬ$п $Ьезе гпо!есп1ев, вЫсЬ гевп$$з Ггош Ьудго8еп Ьопйп8 Ьега ееп Ъавев.
ТЫз Ьопйп8 пвпаИу ГоИозгз $Ье всЬеше ргорозег$ Ьу%агзоп сс Сг)с$с (1953), а ЬегеЬу 8папше Ь|пг)в Го сугов$пе, апг$ аг$еп$пе Ъ|пдз со $Ьупппе $$п !ЗА) ог го пгасИ ($п $$Ь$А). А1$егпаг)че Ьуг)го8еп Ьопйп8 ра$$егпв иеге оЬвеггег$ Ъу Ноо8взеш $1963) ап$$ в!!И огЬегз « еге ргоровег$ Ъу Спс$с (1966). А1$Ьоп8Ь Ъ'а!вол-Спс$с Ьазерйпп8 $в ГЬе шов! сопппоп, оГЬег рыпп8 аггап8ешепгз Ьаие ойеп Ьееп ргоровег$ ш пюг$е! вггысгпгев апг$ Ьаче Ьееп оЬвегвег$ сгувгаИо8гарЫсаИу Гп ЬоГЬ ГКХА (Зас)с, Г.аг)пег ег К!п8, 1976) апд ш $ЗЬГА ГКеппагг$, 1985). А весопг$ гч ис!е$е аеас зстисгате 19 1шрогсап$ Гас!от всаЪ(!Ьдп8 сЬе сЬгее йшепв(опа1 всгиссигев оГ пис!ек асЫв 1в Ьаве ввас)с(п8, вЫсЬ геви!гв Ггош йврегвюп 1огсев апд ЬудгорЬоЬ(с е$Гессз.
А чапе!у оГе!ессговсадс е(Гессв а1зо сопсПЬисе $о сЬе з1аЬ- 1!Ву оГ пис!ек асЫ в!гас!иге. ТЬеве шс1ш$е сЬе вВе-зрес(йс Ь(пйи8 оГ ро!уча!епс садопв, рагдси1аг!у ша8пеяшп апд чагюиз ро1уапипев. ТЬезе садопв (вотпесппез Мй аввос(асес$ чтасет пю!еси1ев) сепс$ $о Ьпс$8е Ьев«ееп пеагЬу пе8аг(че!у сЬаг8ед 8гоирв, еврессаПу рЬоврЬавев. ТЬеге аге а!во ипрогсапс ейесвв Ггош пюпоча!епс сасюпв; йеве 8епегаПу до пос Ъпк1 Гог 1оп8 реподв оГ сапе со врес(йс ясев ЪШ шашГевс сЬе(г ргевепсе сЬгои8Ь 'соипсепоп сопдепвадоп', чтЬетеЬу сЬе всаИвдсаПу ачега8ед ргорегдев оГ йе шоЫ1е с1оид оГ июпоча!епс садопв 1епдз со пеисгаИге сЬе пе$ е!есвговсадс сЬаг8е оГ 1Ье пис1ек асЫ йас адвев Ггогп сЬе Г«$! $ошхас(оп оГ опе рЬозрЬасе рег гезЫие ас пеисга1 рН (Кесогд, Апдегзоп дс $.оЬтпап, 1978; Мапшп8, 1979; Кесогд ет а1., 1986).
ТЬе дупапис пасите оГ соипвегдоп сопдепвадоп геви!1в 1и рагда! оссирапсу оГ врес1- Исадоп вКев а$ ге81опв оГ Ь!ВЬ е!ессговваИс росепда!, апд йе де8гее оГ оссирапсу дереидз оп юшс всгеп8$Ь апд оп йе сопГопиаИоп оГ йе пис1ек асЫ. ТЬе $ивегр1ау оГ йезе ейессв $в опе оГ 1Ье Гассогв сопсПЪис(и8 со йе дерепдепсе оГ соиГопиас)оп оп юшс всгеп8й (р(хшап, 1982; Мас$Ье«й К(сЬатдв, 1984). А Ипа! Гас!от йас всаЫИгев йе йгее йтпепяопа1 зсгиссиге оГ пис1е(с асЫв В в(се-врес)йс ЬудгаИоп. Т1ив 1в раггки1аг1у ечдепг 1и В-Р)ч(А, гчЬеге а зрше оГ «авег пю!еси!ев $и йе пипог 8гооче 1в оЬзегчед сгувгаПо8гарЫсаПу (Р(с(сегвоп, 1983; Кор!са, »гади!, Рте«дс Рк!сегвоп, 1983).
ТЬе дерепдепсе оГ Ьудгадоп в!гас!иге оп «асег асдчсу Ьав Ьееп ровШ!асед со Ье апосЬег Гас!от ш сЬе чапа!(оп оГ РХА в!гас!иге «дсЬ сЬап8ев 1п «авег асдчсу (СаПайпе ас Рте«, 1984). Р)ч(А'в аге доиЫе зсгапдес1 апд доиЫе Ье1ка1 шо!еси1ев, «дсЬ еасЬ Ьазе $часвоп — Спс1с Ьудго8еп Ьопдед со а сошр!етпепсагу Ьаве оп сЬе орроясе в!саид. 81п8!е всгапдед КЬ(А'в а!во сап Гопп ЬеИса1 ввгисвигев, Ьу Го!йп8 1Ье тпо!еси!е 1и висЬ а «ау ав со Ьпп8 1о8есЬег вЬогс ве8шепсв оГ сотпр1ешепсагу вес)иепсев. ТЬгее с!азвев оГ РЬ(А доиЫе ЬеИсев Ьаче Ьееп оЬветчед сгузсаПо8гарЫсаПу. ТЬеве 1пс)иде йе п8Ы-Ьапдед А-РХА (ЗЬа(с(сед ет а1., 1983) апд В-РЬ(А (Ргадпс ет а(., 1982) апс$ йе !еК-Ьапдед У РЬ(А (%ап8 ег а1., 1979).
РоиЫе Ье!ка! Р)ч(А всгисвигез чдй пившассЬед О-Т апд О-А «оЬЫе Ъаверапв Ьаче а!во Ьееп оЬвегчед гесеп$1у (Кеппагд, 1985), а д(гес1 шйсадоп оГЬочт йе Пех(Ые доиЪ|е Ье)(х сап ассошшодасе !оса! в!гас!ига! с1ечадопв. РесаПед сошрагас(че тече«в оГ йеве всгисшгев аге ачаПаЫе е1веч»Ьеге (Рк1сетвоп ег а1., 1982; Баеп8ег, 1984). А пшпЬег оГ сгуяа! всгисшгез Ьаче а(во Ъееп герогсед Гог сКХА'в, Ье8$пйп8 «исЬ сКХА»"' (Рш8!еу ет а1., 1975; $.адпег ет а1., 20 Бгтистиге оГртогетпв, пис!етс астйз аптГ во!септз 3' Епб он а!з сЬ с!з Ро. з!з ! а! с!2 1 — а)т аз — с)з Ассартот атапт й-. Ь зз — а!з 1з — ззт Т т.сор и !пор ! — ззз Т азата азз-ззт-сзз-ззз-сзт вз зз Катз 4 П азата з ! ! ! ! ! стз-атз-отт-азата итсзз- цзз-аи -ата-авз ! ! ! ! атз аа-ззз"азт-сзз азз аозт сп — атГ ~ао.Г 1 2:Тт "т ~ ° 1 азз — аас ат тазг Аппсопоп Воср ппт!соьоа р!8.
2.9. С!очег!еаГ гергезепгат!оп оГ Гпе рг1птату апт! зесопт1агу зттпстнге оГ ттт11Ат"'. 8есопт1ату зтгистиге Ьудгоаеп Ьопдв ате геРгезептед ЬУ во!и1 Ьагз ехсеРт Гот ГЬе Ьопт1в Ьеттчееп Ста апд 1769, вЫсЬ аге!пт!1сатет! Ьу а Ьго1теп Ьаг, втпсе Оиз Ь тЬе оп1у Ьазерыг соппестет! Ьу поп-%а!топ-Спс1т Ьудтоаеп Ьопт1з. 1975). 01Ьег ТАХА'з тчЬове сгувга1 зггнсгнгев Ьаче Ьееп во1чет! Ыс!нде гКХАхзв (Могаз ет а!., 1980), ЖХАо'т (ВгпйЬг ет а!., 1979) апт! 1Ье ннйагог гКХАтитт Ггогп Е. со!т' (йсЬегйгг ет а!., 1979) апт! Ггопт уеавг ( тт'оо, Кое йг тх!сЬ, 1980).
8!псе пптсЬ оГ Гйе тчог1с го Ье дезспЬед тп внЬвет!непс сЬаргегз ге!агев го т)упапнсв тп гКХА"", гЬе Ьаяс е1егпепгз оГ Гйе в!гас!иге оГ Гйаг пю)есн!е ю!1 Ье Ьпейу геч!еатет! Ьеге. ТЬе ЫВЬ гево)нгюп сгузга!!ойгарЫс в!гас!иге оГ уеавг !ВЫ'*"' (Н!пйегву, Вготчп ат зас)с, 1978; %сЬ, 1978) вЬотчв ап В-вЬаред пто!есн!е, «!ГЬ еасЬ апп Ье!п8 а вЬогг вейтпепг оГ т!онЫе Ьейса1 К1ЧА.
ТЬе йонЫе Ье!ка! в!гас!иге гейесгв гЬе ехгепвве Ыггагпо!есн1аг Ьут!гойеп Ьопт!1п8 оГ вЬогв сотар!егпепвагу весйопз ти!ГЫп Гйе пю!есн1е. ТЫв весопоагу З1ГНС1ПГЕ а1нтОВГ СЕГГЫП!у ОССПГВ тн а11 ГК)Ч!А*з. 1Г Птах йтзт ртст!!С!ЕЙ Ьу )час!егс асаГ зггис!иге 2! Т 81егп 1 Т!оор О 1.оор ог 81егп 1егп Ап1!сод 1оор рсЕ 2.10. ЯсЬешаис гергезеп|аСюп оГ йе весов|Сагу аз|С Сегг!агу зсгиссиге оГ уеазс сКХАг"'. ТЬе Ьзс!|Ьопе Ь гергезепсе|С Ьу а сопепиоиз сиЬе, ||16!е сЬе Ьу|Сгоаеп Ьоп|)ша рассе|п оГ сЬе зесопс)агу зСгисСше ы гергезепге|С аз Ьагз. ТЬе рппс|ра1 з|гис|ига1 ГеаСигев инесс!6е|С |и йзиге 2.9 аге !аЬе!е|С Ьеге, |ч!|Ь йе ехсереоп оГ |Ье чаг!аЫе!оор, |чЬеге йе Ьас1|Ьопе !з зЬа| ест.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
