McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids, страница 3

ТЬе Ьудгаг!оп садев сопга1п ипад гпо!еси!ев йаг аге пог вЬовп Ьеге. ТЬе садев гЬаг Гопп агоипй попро!аг во1игев ш 1!9иЫ вагег сап Ье гЬоидЬг оГ ав йеппа!1у гдвгоггеб апа!одв оГ ро!уЬейга висЬ ав гЬеве. Гопшпд а саде-П)ге ввгисгиге агоипг) йе во)иге (Пдиге 2.2). ТЬив, йе епгЬа!р!с сопвег!иепсев оГ Йвво!ч!пд а вшаП попро1аг во!иге аге вшаП. ТЬеге !в, Ьоччечег, ап ипГачогаЫе сЬапде ш еп1гору йие 1о ог!епгаг!опа1 гев1г)сг!опв оп йе во!чепг шо1еси)ев. 1п ЬиПс «агег, ГЬе чо1шпе оГЬегичве оссир)ей Ьу йе во!иге «ои!д Ье П!!ег! «лгЬ опе ог пюге вчагег шо!еси!ев. 1п во1и1юп, опепгаПопв оГ йе саде «агегв йаг йоиЫ !еаг) го Ьуг!годеп Ьопйпд ичй йеве пива!пд «агег шо!еси1ев аге епегдедсаду ГогЬЬЫеп «Ьеп йе во1и1е сап по! епдаде ш Ьуг)годеп Ьопг!!пд.

1п Гогш!пд йе во!чадоп вЬеП девсг!Ьед аЬоче, еасЬ «а1ег шо!еси1е вггагЫ!ев а сопчех родоп оГ йе во!иге вигГасе го Гоггп Ьудгодеп Ьопдв «лгЬ йгее ойег юа1ег пю1еси1ев !п йе вЬеП (Пдиге 2.2). Рог 1агде во!иГев, висЬ ввга<Ы!шд Ь по! рова!Ые Гог Пгвг вЬеП ччавегв айаг аге ш сопвас1 «61Ь Па! ог сопсаче раггв оГ йе во!иге вигГасе (1.ее, МсСашпюп ег Ковосу, 1984). ТЬеве «а1егв шау йегеГоге ви)Гег вогпе!овв оГ Ьуг)годеп Ьопйпд.

ТЬе еп1гор)с апй рова)Ь!е епгЬа!р)с Гасгогв оиг!шед аЬоче саиве попро!аг шо!еси1ев го Гепг! !о аддгедаге !и и агег, йегеЬу гадис!пд йе)г сопгасГ агеа «лй йе Ьи!Ь во!чепп ТЬ!в аррагепг аигасбоп Ьевччееп попро1аг шо1еси1ев !п чча1ег !в садег! ГЬе ЬудгорЬоЬ!с ейесд ТЬе Ьуг!гаГ!оп е)Гес1в аге г)и!1е ввгопд; а1 ЗОО К, гегпоча1 оГ а в)пд1е гпейу! дгоир Ггош «гагег го а 10 Яггисгаге о/ргогетз, пис1е1с асй/з ап|Г зоЫеа|л попро!аг еп|6гопп|еп| гевиЬв ш а пе| Ггее епег8у оГ вгаЬП!гаг!оп оГ йе огдег оГ 10 Ьз/то!. Аг ГЬе ойег епд оГ |Ье во1и|е вресггит аге е!есГпсаПу сЬаг8ед во!и|ев. чЧЬегеав ЬудгорЬоЫс во!и|ев гепд |о пюче Ггоп| |чагег !п|о попро!аг епч!гоптепгв, юпв апд ро1аг врес|ев гПвр!ау йе орровПе Гепдепсу |о а Пе8гее йа| шсгеавев чч!|Ь йе!г сЬаг8е депв)Гу. рог юпв |ч1|Ь ЫПЬ сЬаг8е йепв!г!ев (!.е., юпв висЬ ав Ха+ чбй япаП гадй, ог юпв |ч1|Ь сЬаг8ев оГ та8тгиде 8геа|ег йап опе), йе |ча!ег пю!еси!ев пеагев| |Ье юп аге е!ес|говГа6саПу огдегед |и а 68Ы! у Ьоипс$ рптагу Ьубгаг!оп вЬеП.

р!гвг вЬеП ччагегв оГ ров)6че юпв Ьаче Ьой Ьудго8епв ропп!п8 а|чау Ггогп йе юп. 1Г |Ье юп Ы пе8а6че!у сЬаг8ед, йе |часег то!еси1ев т йЫ зЬеП !епд |о Ье ог)епгед чбй |Ье!г Ьудго8еп а|отв ро!п|е|! |о|чагдв йе юп. Ои|вЫе йе рпп|агу вЬеП, йеге тау Ье а 61вогдегед ге81оп 1Ьаг гейесгв Йе сотре66оп Ьег|чееп ГЬе вГп|сп|пп8 Гогсев Ггот |Ье юп ап6 Пв Пгв| вЬеП оп йе опе Ьапд, аист Ггот |Ье виггоип6!п8 ЬиПс |чазег оп йе ойег. ТЬеге |в а пе| аягасгюп Ье1|чееп япаП юпв апд чча|ег.

ТЬе ейесг|че в|аЬз!Ыабоп оГ висЬ ап юп ш ччагег Ы чегу!аг8е, Ьесаиве |ча|ег п|о1еси1ев Ьаче 1аг8е хПро!е |потеп|в апд гепд, дие |о йе!г Ьуйго8еп Ьопб!п8 !пгегасГ!опв, |о геопеп| соПес6че!у ш йе е!есГпс Пе!6 оГ йе юп. ТгапвГег оГ а втаП, яп81у сЬаг8ед юп Гго|п а попро1аг епч)гоптепг |о |ча|ег гевиЬв )п а пе| Ггее епег8у 6есгеаве оГ |поге йап 100 1сХ/пю1; тов| оГ 1Ыв в!аЬ~!Ыа6оп !в дие |о йе ГачогаЫе епйа!ру оГ Гогт!п8 йе рптагу Ьудгаг!оп вЬеП.

ТЬе ргорегбев оГ юпв чч!1Ь 1о|чег сЬаг8е депв!11ев |ИГег !гот ччЬаг Ьав Ьееп девспЬед аЬоче. Модегаге!у 1аг8е ип!ча!епг юпв висЬ ав йе 1аг8ег аП|аП юпв до по! Ьаче |чеП-огбеге6 рптагу Ьудгаг!оп вЬеПв; шв|еад, ГЬе гПвогдеге|1 ге81оп гепйв |о ехгеп<1 1тчагд Го йе вигГасе оГ йе юп.

Чегу !аг8е ро!уасопис юпв %!й япаП сЬаг8ев ойеп ехЫЬ~| ЬудгорЬоЬ~с Ьу|1га6оп. ТЬе !п)егас|1оп оГ ра|гв оГюпз !п ч агег сап Ье г)иаП|а|!че!у ипдегвгоод ш |еппв оГ йе рЬепотепа гевропв!Ые Гог вш81е юп Ьудгаг!оп. ТЬе е!Гес|!че е1ес|гов|а6с !пгегасг!оп Ьегччееп а ра|г оГ юпз ас а 8!чеп верага6оп ш |ча|ег |в птсЬ япаПег Йап |чЬаг П |чои!д Ье ш а попро1аг во!чеп|. ТЬе соПесбче геопеп|а|юп оГ |чагег то)еси!ез ш йе ч)с!п1!у оГ ап юп ейесбче!у гПвяра|ев |Ье Пе!д оГ йе юп, зсгеетп8 Пв |п|егас|юп |ч!й ойег юпв. Рог юпв йа| аге зерагагед Ьу тоге |Ьап аЬои| 1 пп|, |Ье е!Гес!!че ра!г !п|егасбоп вса1ев шчегве! у |ч1Й Йе гПе!ее|по сопв|ап| оГ Йе во!чепп Турка! гПе!ее|по сопвГапзв аге 78.5 Гог |ча|ег апд аЪои| 2-3 Гог 1щшд ЬудгосагЬопв ас 298 К; йе соггевропгПп8 е!ес|гов|а6с ш|егасбопв !ог в!п8!у сЬаг8ед юпв оГ орров!|е в!8п аГ 1 тп верага|юп аге — 1.8 !с)/то! ап6 -70 !с!/то!, геврес|Ые1у. рог юп ра|гз а| верага6опв !евв йап аЬои| 1 тп, йе е!Гес!!че ш|егас|юп епег8у зчП! Ье то|ИПе6 Ргоге(п зггисгиге вошегчЬа1 Ьу 1Ье очег!ар апг$ пшгиа1 реггигЬаПоп оГ 1Ье юпк зо)чаПоп вЬеПв.

ТЬе ейесПче $пгегасПоп оГ а 8$чеп ра(г оГ юпз иП! Ье Гигйег йеа(сепед гТ за!1 $в аПг(ед 1о 1Ье во1иПоп. Ба!1 юпв $епг$1о с1ивзег агоипг$ апу 8$чеп юп оГ орроязе в(8п, гесс(п8 1Ье пе1 ПеЫ (п 1Ье ч(с(п(гу оГ йе 8$чеп юп. $1 (в йогй поПп8 Ьеге йаг йе ейесПче епег8$ев оГ аП оГ 1Ье аЬоче во1чеп1-$пПиепсед ш1егасзюпз Ьеггчееп зо1игев ((.е., йе Ьуг(горЬоЬ(с апй во!чеп1-зсгеепег$ ш1егасзюпв) аге $п Гас! Ггее епег8$ев, в(псе йеу ппрПсП!у геПес1 а дьеппа! ачега8$п8 очег 1Ье розз(Ые рояПопв апд опеп1аПопв оГ йе гез1 оГ1Ье пю1еси!ев $п йе во! иПоп. ТЬеве ейесПче $пгегасПоп епег8$ев аге геггпег$ ро1епПа!з оГ гпеап Гогсе (МсЯиагпе, !976; Рпейпап, 1985а, Ь).

$.$$ге ойег 1гее епег8$ев, 1Ьезе циапП1$ез г(ерепд оп 1егирегазиге апг$ Ьаче епйа!р(с апг$ епггор(с сошропепгв. Моге деза(!ег$ Йвсивзюпв оГ йе вгпкгиге оГ йазег апд ациеоив зо!иПопв оГ япаП пю!еси!ез Ьаче Ьееп 8$чеп Ьу Е(вепЬег8 сз Каигшапп (1969); Вос1сПз сз КегЫу (1970); Веп-Ь(а(ш (1974, 1980); Ковз1су я Кагр1ив (1979); ВПП!п8ег (1980); Сошчау (1981); Рг(ейпап (1981, 1986); Сге(8ег (198!); Рагегвоп, Хеше1Ьу 8г ПсЬега8а (!981); ВечегЫ8е ег аЕ. (1983); Уог8епвеп (1983); 1шреу, Мазеп 8с Мс(уопа!о (1983); %о1Гепг(еп (1983); МагсЬезе ег Вечепд8е (1984); А1а8опа, СзЬ(о я КоПшап (1985); Воипг(в (1985); Уог8епзеп, Оао сз КачпюЬап (1985); Не(пх(п8ег (1985); апд Козв)гу (1985). А 8оод $пггог(ис1огу зигчеу оГй(з агеа $в ргоч(г(ег$ $п йе зЬогг Ьоо$с Ьу Ргап)гз (1983).

2.2 Ргове(п взгисзиге ТЬе в!гас!иге оГ а вЬог1 весПоп оГро1урергЫе сЬаш $в $Пиззгасег$ ш 68иге 2.3. ТЬе ро!урергЫе сЬа)п $в шгПпвкаПу Пех(Ые Ьесаизе шапу оГ 1Ье соча1еп1 Ьопг(в йа1 оссиг ш $1з Ьас)гЬопе апд вЫесЬанзв аге гоза1юпаПу регш(зяче. ТЬе рНпьагу!шигаПопз го 1Ье гап8ев оГ гозаПоп Гог 1Ье Ьас(сЬопе ЙЬег)га! ап81ез ф апд уг апве Ггош попЬопдед $пгегасПопв. ТЬа1 (в, зоше ча1иез оГ ф апд уг аге епег8еПсаПу ипГачогаЫе Ьесаиве йеу 1еаг$1о очег1ар оГ 1Ье гери1з(че согев оГ Ййегепг асошз ('вгепс' гери1зюп).

Рог а !урка! яп81е гезЫие чг(й а Гев агошв агЫег$ го сошр1еге йе рер1Ые 8гоирв ас еасЬ епд, йе взепсаПу ГачогаЫе ге8(опз аге аз вЬойп $п 68иге 2.4. ТЬе гевЫиев оГ йЬ(сЬ йе ро!урерпЫе (в сошрозег$ аге сЬовеп Ггош 1Ье 20 сопипоп1у оссигпп8 апипо асЫя А 8$чеп ргозе(п $в сЬагасгег(хед Ъу а дейп$1е вег)иепсе оГ гевЫиев; 1!Па $з геппеб 1Ье ргппагу з1гисгиге оГ 1Ье сЬаш. ТЬе апппо асЫ гевЫиез аге йз1$п8и(вЬед Ьу йе зггисгигев апг$ сЬеписа1 ргорегПев оГ йе(г вЫесЬа(пв.

ТЬе зЫесЬа(пз сап Ье Йч(г(ед $пго Пчо Ьгоаг( с! авзев, ВЫесЬашз йаг аге ге(аПче1у во!иЬ!е (п ва1ег аге Геггпег( 14 Бггисгиге оГргоге!пв, пис1еГс асйй апд ьо1сепгв р!8. 2.5. Брасе-6!!!пд гергевепгвв!оп оГ ГЬе паиче в!гас!иге оГ в ге!а6че!у вша!! ргоге!и, сугосЬготе с. ТЬе ягев оГ йе агоппс врЬегев соггевроп4 го йе гбвгапсев оГ с!озевг арргоасЬ а!!овге4 Ьу йе соге гери1вгоп !огсев Ъеочееп попЬоп4е4 агошв. (РЬосоагарЬ соиг!еву оГ М! !се Сагвоп.) !спи Со с)ивгег !о8е!Ьег ш гЬе рго!е!и ш!епог. Т)6в е!Гес! 1в ипроггап! Ьесаиве шапу оГ !Ье гевЫиев !и а !урка1 ргоге!и аге ЬудгорЬоЬ!с. Оп йе ойег Ьап<$, сЬаг8е6 8гоирв ш йе рго!е)п и411 !еаза !о оссиру ровЬюпв а! 1Ье ргоге!и вигГасе иЬеге йеу сап еп!оу шах!ша1 Ьудга6оп.

ТЬе 8еошегпс Геагигев оГ рго!е)п Ьудгабоп !п а 168Иу газо!чед сгув!а! в!гис!иге оГ !Ье рго!е!и сгашЪ|п Ьаче Ьееп дезспЬед Ьу Теегег (1984). ТЬе гпов! ргошшед! оГ !Ье ргоге!и — рго!е!и а!!гас!!че !и!егасг!опв !з Ьудго8еп ЬопГВп8 (Ва)гег а НиЬЬап1, 1984). Мапу 8гоирв ш йе ро1урербде сЬа)п аге рогепба! допогз ог ассер!огв оГ Ьу6го8еп Ьоп6в. ТЬеве !пс!иде йе рер6де (СО!ч!Н) 8гоирз ш йе Ъас1гЪопе, апд йе вЫесЬа)пв оГпювг оГ!Ье Ьудгор)6!!с гевЫиез. 1п гЬе пабче в!гас!иге, гЬеве 8гоирз пшв! 1пгегасг и4!Ь опе апойег )п висЬ а ччау !Ьа! йе 1овз оГ Ьус$го8еп Ъопбз го зо!чепг вагег пзо1еси1ез В сошрепва!ед Ъу гЬе 15 Ргоге(п ттгисгиге (в) рщ. 2.6.

Ттто (урез оГ весопдату аттис(иге (Ьат ате о(теп оЬвегчед )п ртотешв. Во(Ь втптститев соптрепзате Гот йе 1озв оГ рердде-ттатет Ьудтоаеп Ьопдв ироп Го!дищ Ъу Гопиадоп оГ рер(Ые-рер(Ые Ьудтоаеп Ьопдв. (а) а Ье!!х, (Ь) Апдрата!!е! ф вЬеет. (а) Гогтпа!1оп оГ 1пгегпа1 Ьудтоаеп Ьопдв-ш (Ье Го1д)па оГ йе рго(е)п. Рог (Ье рго(е!и Ьас)(Ьопе, висЬ агтапаешеп(в оГ(еп гехи!! ш йе 1оппадоп оГ йЬас аге !еппед е1ешеп(з оГ зесопдагу в!птс(ше. А Гапийаг ехагпр1е 1в йе а1рЬа Ьейх, ш вЫсЬ йе рер(Ые охуцеп оГ гевЫие ( Гоппз а Ьудгоаеп Ьопд ид!Ь (Ье рер(Ые п)ггоаеп оГ гезЫие ю'+4 (йулге 2.6(а)). Апо!Ьег ехашр)е 1в !Ье Ьега зЬее! в!гис!иге, 1п чЫсЬ ех!епдед зггапдв оГ йе ро!урердде сЬа)п Ие пехс !о опе апойег апд аге сгозз-1)п)сед Ьу Ьудгоаеп Ъопдв Ьегвтееп !Ье)г рер(1де агоирв (йаше 2.6(Ь)).

Оссаз)опаПу, опе ог а Геи и агег шо1еси!ев оссиру юе11-дейпед !осадопз чай|и рго!ешв апд вегче аз ЬпдВез Ъе(иееп сЬагаед атоирв ог Ьудгоаеп Ьопд допогз апд ассергогв ш йе ро1урердде. !6 $гтасгите оу ртогеши, пас!е(с ас!й апдво!чепгз Сггоирв !Ьаг аге по! Ьудго8еп Ьопдед аге аигасгед го8егЬег Ьу иеа1гег, 1евв д(тес!юпа1 д)врегвюп Гогсев.