McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids

СОХТЕХТБ Ы Рте~аее 35 35 39 44 47 1 1пггойвсйоп 1.! Рипсгюп оГ рго!е!пз апй пис!ек асЫв 1.2 ЯГгисГиге апд г!упаиисз 1.3 Ясоре оГ !Ь!в Ьоо1с 2 ЯзгвсШге оГ ргоге!пз, пвс1е!с асЫв, апй !Ье1г во!зев! заггоипйпав 2.1 %агег апд аяиеоиз во!и!!опз 2.2 Рговеш вГгисгиге 2.3 Ь!ис!е!с асЫ вггисгиге 2.4 Мо!еси1аг извес!а!!опв 3 Гуупаш!св оГ рго!е!из, пвс1е1с асйЬ, апй ВЬе!г зо1гепг виггоипйпаз 3.1 %агег апй ациеоив во1ийопз 3.2 Рго!еш г!упаписз З.З Хис!е!с асЫ чуваш!св 3.4 Мо1еси1аг азвос!аг!оп г!упаш!св 4 ТЬеогез!са1 шеВЬо!з 4.1 Яигчеу оГ арргоасЬев 4.2 Мог!е1 Гипс!!опз Гог роГеп!!а! епегру ог ригеи!!а! оГ шеап Гогсе 4.3 Ке1аиопзЬ!р Ьемееп епег8у пипишгаг!оп апов шо!еси!аг г!упаш!св 4 4 Еиег8у ш!шпига!!оп б 7 11 1б 22 25 25 28 31 33 РКЕГАСЕ Аг тасговсорк !ече!з, 1Ье цупат)с сЬагасгег оГ ййе 1в огатаг)са!!у зе! Г-ечЫепС. Мо!юп 1в по )евв нпроггапг аг Гйе пю!есц)аг 1ече! оГ Ь)о! оау.

! пг)еео, Гйе таг)гец Ь)осЬеииса1 ейес!в оГ гетрегашге сЬапаев ипр1у 1Ьаг Гйе ас!1ч)гу оГ Ъю!ойка! ию!есц!ев гейесгз Гйе)г !Ьеппа! тоЬ~йгу. Ап арргес)айоп оГ то!есц1аг йеЫЬ!Гйу апо оупат)св 1в еввепйа! 1о Гйе цпйегзгапйпд оГ Гйе асйчгу оГ па!ига!!у оссцгппй пю1есц1ез апц го 1Ье с1ез!ап оГ пегч ию!есц!ев и ЬЬ врес!йео асйийез. Эевя1ег! вгцййев оГ Гйе а!от)с тойоп оГ рговешз апг! пцс)е!с асЫв аге оГ гесса! ог)й)п. ХечеггЬе!евв, Гаг тоге Ьаз а!геайу Ьееп допе 1Ьап сап Ье аде<ра!е!у оевсг)Ьег) ш а япа!е чо!шпе. ТЬе аип оГ ГЬ!в Ьоо1с Ь ассоггйп а!у тодевп %е аяетрГ Го ргочЫе ГЬе геадег чч11Ь а ве! ГсопгЫпео 1п!гойцсйоп го Гйе 1Ьеогейса! авресгв оГ ргоге!п апц пцс!его асЫ дупаиисз.

ТЬе 1ече! оГргезепгай оп!в 1пгепоео го Ье арргорпа1е Гог йгайцаее вгццепгв аз чче!! ав 1ог гевеагсЬ гчог1сегв 1п ЬюрЬув!св, рЬув)са) Ь)осЬетЬггу, апй то!есц!аг Ью!есЬпо1оау. Оцг рг)пс)ра! йоа!в аге (!) го оцгйпе гЬе !Ьеогейса1 тегЬоов апо 1Ье!г сараЬ11рйев, (2) го ргочЫе а вепзе оГ Гйе пашге апй Ь)о!оа)са! ярийсапсе оГ Ьюто!есц!аг оупат)св Ьу геГегепсе го гергевегйайче ГЬеогейса! згцц)ев, апд (3) го 1пййсаве зогпе рговресгв апг! Гйгесйопз !ог Гцгцге ц огас.

Ехрег)теп!а! ч огас 1в сочегео тсЫепга!1у ш соппесйоп цчгЬ 1Ьеогейса! гевц!Гз. ТЬе Ьоо1с гв огдап)лей аепегаПу со ргоагевз 1гот Гцпг!атепга!в со арр!кайопв апо Ггот вЬог! 1ипе вса!ев го ГЬе 1опаег !!те вса1ев сЬагас!епвйс оГ гповг Ью1оа!са) асйчгу. Ргоге)пв апц пцс!ек асЫз аге ггеавед )п ап !пгеагагег! ГазЫоп, Ьц! товйу ш верагаве вес!)опв 1Ьаг сап Ье геаг! зе!есйче1у 1Г 1Ье геаоег вЫев. ТЬе йгзг Гоцг сЬарсегв ргочЫе ап шггойкг)оп !о'сопсер!ца! Гоцпг!а!юпв апц тегЬос$о!оду. СЬар!егв йче ГЬгоцаЬ е)аЬГ ргевепг 1Ье гевц!гв оГ ве1есвег! аррйса!юпв. ТЬеге, чге аяетрГ Со оевсг)Ье 1Ье па!иге оГ ГЬе Гййегеп! !урез оГ то!есц1аг тойоп х1 хй Рге~аее Наив!оп аасГ В1ттГи88ат Уалиагу 1987 и А.

мсс. в. с. н. Фас аге Гоцпс) со оссцг ш Ъю!о8!са) вувгетя ТЬе Ппа! сЬарсег асЫгеввев сиггеиг гевеагсЬ апс) Гц1цге рговресгв. ТЫв сЬаргег вЬоччв 1Ьаг Ыото1- есц!аг Пупаппсв 1з епсепп8 ап ехсП!п8 песч рЬазе, опе сЬас 1в сопсегпес) ичй сЬе 1пвегргесасюи апс1 ргесПсПоп оГ Ыо!о8)са! асПЫсу ав тцсЬ ав ичТЬ рЬуз)са! ргорегПев. ТЬе Ггшгв оГ й!в чгог1с цчП 1пс!цс)е цвеГц! гоо!в 1ог рЬаппасо)о8у, тесПс!пе апс) !пс)цзсгу.

%е Ьоре йас сЫв Ьоо1с ичП 81че сЬе геас)ег а вепве оГ йе зрес1а! сЬаПеп8ев апй геччап1з аввос)агес) ичСЬ йеогеПса! всцсПев оГ ргогеш апс1 ицс!е)с асЫ с)упат!сз. Оие оГ йе сЬаПеп8ев с)епчев 1гот йе Гас! йас 1Ьеве всцсПез шчо1че йе Гцзюп оГ йгее 'ЫБЬ сесЬпо!о8у' агеав, пате!у, то!есц!аг Ью!о8у, сЬетшса! рЬузкв апс) зс)епг)йс сотрцПп8. ТЬе гарЫ расе оГ с1ече!ортепс оГ еасЬ оГ 1Ьеве агеав 1еас)з со тоге йап йе цвиа1 гаге оГ оЬво!евсепсе оГ гевеагсЬ сесЬп)с)иев. БисЬ й!Псц!Пев аге, Ьосчечег, июге йап ойвес Ьу йе ргоииве оГ аевсЬеПс апс) рга8гпас)с гесчагс)з. Аиюп8 йе Гоппег 1в сЬе р!еавцге оГЪпс)81п8 сППегепс зс)еп66с йвс)р!шев, е.8., цяп8 Хеииоп'в ес1цаПопв оГ тогюп го 1исегргег Ьав!с ечепгз 1п Ь)осЬеппзсгу.

ТЬе рга8тас)с гесчагс)з шс1цс)е йе росепПа1 арр)каЪ)ППу оГ йеогеПса! тесЬос)в 1и 1Ье с)ев!8и оГ иечч с)гц8в, епгутев, часе)пев, есс. ТЬе ргевепг Ьоо!с 8геи оцс оГ а геч)есч агПс!е т Яероггв ои Ртодгеев т РЬувкз (МсСаттоп, 1984). %е аге 8гасеуц! со сЬе !пвПсте оГ РЬуясв Гог репшвяоп со цве тасепа! Ггот йаг агПс1е Ьеге.

Боте оГ йе тасепа! оп пцс1е)с асЫз 1з с1гаччп Ггот апойег гесепг геч1ечг агПс!е (Нагчеу, 1986). %е а)во ичвЬ со ас)споц4ес18е оцг соччогЬегв апс) соПеа8иев, яЬо Ьаче тас)е 1пча1цаЫе сопгпЬцПопв со оцг осчи цпс)егзгапс)1п8 оГСЬе июг1с с)езспЪес1 Ьеге)п. Бечега1 соПеа8иев геас1 Пгайз оГ йе тапцзсг!рг апс) тас)е Ье!рКП зц88евгюпв; рагПси!аг!у ча1цаЫе сопипепсв веге ргочЫе6 Ьу РгоГеввогв Р. А. КоПтап апс) В.

М. РеспТЬ апс) Ьу Гуг Т. Р. 1.уЪгапд, Ог М. РгаЪЬа)сагап апс! Ог 1.. 3. Капвот-%п8Ы. Брес)а! йап1св аге с)це со Реп)зе МагвЬаП !ог Ьег вЫ1Пц1 азз)вгапсе т ччогс1 ргосевяп8. ТЬе ацгЬогв' гевеагсЬ )и ргосеш апс) пцс!е)с асЫ с)упат)св Ьав Ьееп вцрроггес) ш рагс Ьу йе ХаПопа! Бс)епсе Роцпс)аПоп, йе ХаПопа! 1пвйцсез оГ Неа)й, йе КоЪег1 А. Чге!сЬ Роцпс)аиоп, апс1 йе Техав АПчаисей ТесЬпо!о8у КевеагсЬ Рго8гат.

1п1гос1исйоп 1Л Рипсяоп оГ рготе1пв апт! пис1е!с ас1т!з Рготешв апт! пис1етс асЫв аге рагт1си!аг1у ргопипепт ашопа йе тпо!еси!ез еввепт1а1 то !1Ге. ТЬетг нпрогтапсе втешв Ггош йе гетпаг1саЫе т11чегв1ту оГ йе1г Гипс!!она! го1ев. ТЬ1в т!1чегяту сап Ье 1!!ивтгатет! Ьу 11в!1па а Гетч оГ !Ье ша1от агоирв тч1!Ь1п еасЬ оГ йеве пю1еси1аг Ганн!тев. Рготе1ив ате пю!еси!ез йат аст то ЬшЫ йе в!гас!ига! е!етпеп1в оГ огаап1япв апт! то ргочЫе тЬе епегау песеввагу Гог 1тТе ргосеззев. Епгушез аге рготе1пв йат сага!ухе ЬтосЬеписа! геаст1опв.

Ряп111аг ехатпр!ев шс!ит!е йе т!1аевт1че епхушев йат т!еагат!е Гост!втийв то внпр!е, авв1ш1!аЬ!е сошроипт!в; йе ЬюзуптЬе6с епкушез йас ЬшЫ соптр!ех пю!еси1ев Ггош йпр!ег сошроипт!з; апт! шиве!е рго!ешз тЬа! ргот!исе шесЬашса! тчог1т Ггош сЬеписа! геас6опз. Тгапзрогт рготе1пз висЬ ав Ьешоа!оЬ1п Гас!!1!ате йе шочешепС оГ шо1еси!аг охуцеп апт! ойег евзепт1а! сошроипт!з то тЬетг ятев оГ ит111хатюп.

Апт1Ьот!1ев аге рготе1пв йат Ь|пт! со апт! пеитгаИге Гоге!пи ша!ет1а!в !Ьа! шау Ье ЬаппГи! Со ап огаап1яп. Ойег рго1е1пв аге тезропяЫе Гог ша1птаиипц йе втгистнгев оГ се!!в, огаапв, апт! огцапшпв, тчЬ1!е в!111 отЬегв р!ау еввепиа1 го!ев 1п пепе!!с ехргеввюп, пегче сопт!истюп, апт! аП ойег Ь1о!оа1са! ргосеввев. Ь!ис!е1с асЫв аге йе шо!еси1ез йат саггу йе 1пГоппат1оп песеввагу Гог рготеш вуптЬез1з; йеу сап Ье сопвЫегет! тЬе ' Ыиерпптв' йат сопта1п тЬе т!ев1ап оГ йе 11ч1па огцапып.

!п Ьой ргосагуотев апт! еисагуотез, йе пепе!!с шГоппат1оп оГ Ьегет!1ту гв сатг1ет! Ггош опе лепета!!оп то йе пехт тп !УХА, М|!е чапоив !урез оГ КХА'з р!ау ч1та! го!ев ш тЬе !тапа!а!!оп оГ йе РХА вет!пенсе оГ еасЬ пепе ш1о йе анино асЫ вес!пенсе оГ йе соггевропт!1па рготе1п. ТЬе геаи!а!!оп оГ тЬе ехргезвюп оГ тИГегепт аепев, тчЬ1сЬ тз ч!та! то йе сон!го! оГ т!ече!ортпепт, аготчтЬ, гера1г, апт! гергот!ист1оп, 1пчо!чев а тч1т1е ганзе оГ 1птегас!1опв Ьеттчееп рготешв апт! пис1етс асЫв. ТЬе Гипстюпа! т1тчетв1ту оГ рготетпв апт! пис!ек асЫв и!1!шаге!у геГ1еств ! 2 1тюИиспол Йе 1аг8е ашониг оГ 1пГопиа6оп Йа| 1в яоге|1 ш |Ьезе пю!есн1ез апд ехргезвед ш Йе)г ш|егасгюпз |ч1|Ь о|Ьег шо!есн!ев 1и |Ье сонгве оГ Ъ)о!о81са! асПЫгу. ТЬе 1пГоппа6оп соп|еп| ап|1 асг)ч!гу оГ а рго|е)п ог пнс!еж асЫ сап Ье чапек очег а 1аг8е гап8е Ъу пихНуш8 Пз шо!есн!аг вине!иге.

ТЬе йчегв!1у оГ паГнгаПу осснгг)п8 шо1есн!ев гергевепгв |Ье сншн!аг)че геен!1 оГ вггнсгнга1 пюг66сагюпв Йа| Ьаче осснггед днпп8 ечо)н6оп. ТЬе гарЫ г!ече!оршепг оГ пю)есн)аг Ъю|есЬпо!о8у 1аг8е)у гебес|з гесеп| гПзсочепев оГ ргоседнгев Гог ргерапп8 вув|еша6саПу шойбег! рго|е|па агЫ пнс1е|с асЫз 1и йе 1аЬога|огу. Ав вн88евгед Ьу Йе ехашр!ев 81чеп ш йе 6гв| рага8гарЬ, ргоге)из апг! пнс!е)с асЫв аге 1аг8е1у гезропяЬ!е Гог йе ехргевяоп апг! |гапвпнввюп оГЬ!о!о81са! шГогшагюп, геврес|1че!у, аИЬон8Ь Й|з г!1ч)в!оп!в по! а йагр опе. Ав пю!есн!аг 'шасЬ1пев', ап ппрог|ап| сЬагас|епв6с оГ рго|ешв 1в |Ье1г врес16с||у оГ Гипс|!оп. А раг6сн!аг епхуп|е чг16 Ь|пг! а врес16с зпЬяга|е шо!есн!е апд сага!ухе а врес16с сЬепнса! |гапвГоппа6оп оГ йе внЬв|га|е.

А раг6сн!аг апПЬо|1у пю!есн1е ччП! Ь)п|! зрес16с ап68епв. Рог шапу рго|е)пз, |Ье врес|6сбу оГ ас6оп |в во пагго|ч!у г)ебпед йа| а япаП сЬап8е |п а 68ап<1 шо!есн!е йа| Ь)пг!в в|гоп81у |о Йе рго|еш Ге.8., гер1асетпеп| оГ а Ьудго8еп а|ош Ьу а шейу) 8гонр) !еадв |о а г!гашаг!с гег!нс11оп ш Ь)пйп8.

ТЬе асг)ч!г!ев оГ а пшпЬег оГ рго|ешв аге.ге8н)агег! Ьу шгегас6опз чч1|Ь ойег шо!есн!ез. Рог ехз|ир!е, йе)г рпшагу асПЫ|у шау Ье 1псгеаве|! ог |!есгеаве|! Ьу Йе Ь~пгПп8 оГврес!6с анхГПагу 'е)Гесгог' 68апг!в. То8е|Ьег |ч)й йе вра6а! ог|1ег)п8 оГ ргопбпв 1шровег! Ъу Йе апа|ошу оГ ап огра|наш, йе вресрбсЬу апг) ге8н!аЪ|Иу оГ рго|е)п Гнпс6оп аге!аг8е! у гевропяЬ!е Гог Йе гег)н)гег! соЬегепсе оГ Ь~осЬепнса! ргосеввез.

8!пи!аг!у, пнс1е|с асЫз Ьаче Ь18Ыу зрес16с ш|егас6опз, Ьой |ч1|Ь опе апойег апг) |ч1|Ь ойег |урез оГ и|о!есн!ев, апг! йеве 1п|егас6опв аге сгнс!а! Гог йе сои!го! оГ шапу аврес|в оГ герПса6оп, ГгапвспрПоп, |гана!а6оп, апг) гесошЬ~паПоп. Ехап|р1ев 1пс!нг!е Йе врес|6сЬу оГ йе гесо8и111оп оГ йе сог!оп оп шеввеп8ег КЬ)А (шКЬ!А) Ьу Йе апг)со|!оп оп йе со8па|е |гапвГег КЬ!А (ЖЬ!А), вбе-врес|6с ш)6агюп апг) геггп)паПоп Ъу КЬ!А ро)ушегаве, апг! Йе гешаг!гаЬ!е зресрбсПу оГ Йе гез|пс6оп епдопнс!еавез. 1.2 Язгисюге ап|! |!упапиев О)чеп |Ье Гипс!)опа! псЬпевв оГ рго|ешв апг! пнс!е)с асЫв, опе |чона ехрес| |о оЬвегче а соггевропгПп8 сошр1ех||у 1п Йе г!егаПег! в|гнои|ге оГйеве пю1есн!ев.

ТЬ)в ехрес|а6оп Ьаз Ьееп сопбггпег! Ъу Х-гау Йбгаспоп вгнйев, вч)ПсЬ Ьаче ргочЫег! йе сгув|а! вггнс1нгез оГпюге Йап 100 рго|ешз ап|! пнс!е)с асЫв |)нг!п8 йе раз| 25 уеагв (Вегпвге1п е| а!., 1977; %сЬагг!зоп, 1981; Пс)гегвоп е| а!., 1982). огпсгиге апгг йупатГсь Ргозешв аге чегу 1аг8е то!еси!ев; ГЬе)г то!еси!аг яе18Ь$в аге оГгеп 1п йе гепв оГ гЬоивапг)в.

ТЬе Ьаяс согпропепг оГ $Ьеве пю1еси!ев 1в йе ро!урергЫе сЬа)п, ап ипЬгапсЬед ро!утег сопв!вВп8 оГ а вег)иепсе оГ апипо асЫ гевЫиев. ТЬеге аге 20 сопипоп! у оссигпп8 апипо аснЬ, апг$ а !урка! сЬЫп ъч1! сопгаш а Ген Ьипг)гег) оГ йеве е1ешепгагу вгпкзига! итзв. Ргогет то!еси!ев сопявг оГ опе ог а япа!! пшпЬег оГ висЬ ро!урерй$е сЬа)пв, сотр! етпеп$ег$ ш воте савев Ьу опе ог тоге рговйеВс 8гоирв (е.8., те!а! юпв ог врес)а! ог8ап)с пю!еси!ев).