Диссертация (1145883), страница 35

Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 35)

А. Андрееваhttp://research.stowers-institute.org/cws/Scerevisiae_qPCR_primers.zipBester et al., 2012Проверка делеции HSP104А. Ю. Аксенова(праймеры 1+4)Получение ПЦР-продуктадля замещения CRF1Данная работаПроверка делеции CRF1(праймеры 2+4)180НазваниеF-ADH1-RTR-ADH1-RTF-RPS9A-RTR-RPS9A-RTF-RPS9B-RTR-RPS9B-RTSUP45_FSUP45_RFIT2-qPCR-F1FIT2-qPCR-R1FIG1-F-RTFIG1-R-RTHsp104_F1Hsp104_R1pFA6_CRF1_del_fRPS9A_del_fRPS9A-F-XmaJIRPS9A-R-XhoIHIS7_F_HindIII_HIS7_R_HindIII_AAGTACCTAGGATGCCAAGTACGTCGTTAATCAAATCCTCGAGATTATTCTTCATCGGCCTCATCGTAACAAGCTTTCTTTCCTCTACCACTGCCAAACCATAAGCTTTGGTACAATTTCTCCAAGCTGRPS9A_del_rПолучение ПЦР-продуктадля делеции RPS9AПроверка делеции RPS9A(праймеры 2+4)Проверка замены генов(узнаётпоследовательность в ORF kanMX ;праймер 3)Амплификация RPS9A181RPS9A_inner_fRPS9A_check_rpFA6_inner_fTAAAAACACAAGAAAACTAATACAGCAACAGAAATACAAAAGTATACAACCGGATCCCCGGGTTAATTAATGCCAGTATCGTGATTTCAACACGTAATTAAGAAATAAAAATCAGCACAACATCGATGAATTCGAGCTCGCCCAAGAACATATTCCAAGACTTGTGAATACAACTCCCCTATCGGTTTCTGAAACATGGCAAAGGTAGАмплификация his7-1Приложение БГены с преждевременными стоп-кодонами в геноме штамма 25-25-2В-П3982Хромо- ORFсомаIYAL059WIIIIIIIIIIIФункция продукта или информация об ORFДлина мутантного / Тип стоп- Примечаниенормального белка кодонаECM1Участвует в экспорте пре-60S субъединицы рибосомы 5 / 212UGAв цитоплазмуYAR015WADE1N-сукцинил-5-аминоимидазол-4-карбоксамидриботид- 243 / 306UGAade1-14синтетаза; участвует в пути биосинтеза пуриновыхнуклеотидов de novo; в мутантных клетках накапливается красный пигментYAR028WYAR028WПредположительно мембранный белок из семейства 140 / 234UGADUP240; продукция активирована при обработке метилметансульфонатомYAR030CYAR030CN/A4 / 113UGAYAR031WPRM9Белок из семейства DUP24033 / 298UAGYBL096CYBL096CN/A101 / 102UGAYBR109W-A YBR109W-A N/A64 / 74UAAYBR113WYBR113WN/A17 / 160UGAYBR115CLYS2Альфа-аминоадипат-редуктаза; катализирует восста- 1154 / 1392UGAlys2-87новление альфа-аминоадипиновой кислоты до 6-полуальдегида альфа-аминоадипиновой кислоты (пятая реакция в пути биосинтеза лизина)182IГенYBR248CHIS7IIIIIIYCR022CYCR053WYCR022CTHR4IVIVIVIVYDL242WYDL196WYDR010CYDR515WYDL242WYDL196WYDR010CSLF1VVVIVIVIIVIIYEL020CYER001WYFL015CYFR046CYGR069WYGR249WYEL020CMNN1YFL015CCNN1YGR069WMGA1VIIVIIIYGR290WYHR204WYGR290WMNL1IXIXXIYIR020C-BYIR028WYKL062WYIR020C-BDAL4MSN4Имидазолглицеринфосфат-синтаза; глутамин-амидотрансфераза:циклаза; катализирует пятую реакцию впути биосинтеза гистидина и также производит 5-аминоимидазол-4-карбоксамид-риботид, предшественникв биосинтезе пуриновN/AТреонин-синтаза (катализирует образование треонинаиз O-фосфогомосерина)N/AN/AN/AСвязывающий РНК белок, ассоциированный с полисомами и, возможно, связанный с трансляцией и обменомсолей медиНеизвестнаАльфа-1,3-маннозилтрансферазаN/AБелок кинетохора, схожий с белком CENP-T животныхN/AПри сверхпродукции компенсирует нарушение псевдогифального роста у мутантов по пермеазе аммонияN/AАльфа-1,2-специфическая экзоманнозидаза эндоплазматического ретикулумаN/AПермеаза аллантоинаАктиватор транскрипции в ответ на стресс76 / 552UAAhis7-128 / 114393 / 514UGAUGAthr4-B15106 / 1174 / 1097 / 11052 / 447UAAUGAUGAUAA286 / 560180 / 762151/ 164215 / 36193 / 111409 / 456UGAUAGUAAUAGUAGUAA112 / 147101 / 796UAAUAA134 / 244348 / 635235 / 630UAAUGATAA183IIПСК во многихштаммах ПГЛXIIXIIXIIXIIIXIIIXIIIXIVXIVXIVXVXVXVXVIXVIYLR346CBLS1НеизвестнаСубъединица комплекса BLOC-1, участвующего в созревании эндосомYLR444CYLR444CN/AYML057C-A YML057C-A N/AYMR316W DIA1Неизвестна, однако показана связь с инвазивным ипсевдогифальным ростомYMR316C-A YMR316C-A НеизвестнаYNL285WYNL285WN/AYNL179CYNL179CN/AYNL065WAQR1Транспортер аминокислот, расположенный в цитоплазматической мембране и участвующий в выведении излишних аминокислотYNL040WYNL040WНеизвестнаYOL154WZPS1НеизвестнаYOL134CYOL134CN/AYOR024WYOR024WN/AYOR183WFYV12Неизвестна, однако белок необходим для выживанияпри наличии киллерного токсина K1YOR256CTRE2Схож с рецепторами трансферрина, регулирует (вместес Tre1p) убиквитинирование и деградацию Smf1pYOR300WYOR300WN/AYOR331CYOR331CN/AYPL273WSAM4S-аденозилметионин-гомоцистеин-метилтрансфераза;вместе с Mht1p участвует в регуляции соотношенияS-аденозилметионина и метионинаYPR170CYPR170CN/AN/A — продукция белка не показана.

ПСК — преждевременный стоп-кодон.2 / 10110 / 122UAGUAG55 / 100125 / 129319 / 336UGAUAAUAA26 / 10350/12339 / 145562/586UGAUGAUGAUAG323 / 45638 / 24950 / 12991 / 10741 / 129UGAUAAUGAUAGUAA148 / 809UAG13 / 102144 / 18524 / 325UAGUAGUGA67 / 111UAAПСК во многихштаммах дрожжей184XIVXVXVXVXVYLR346CYLR408C185Приложение ВORF, экспрессия которых различается в клонах Isp+ и Isp–Cписок 1. ORF, экспрессия которых усилена в клонах Isp+ по сравнению склонами Isp– .FIG1, ARG3, RPS9A, PRM6, NRT1, MFA1, BAT2, SSU1, HIS4, FUS1, YGL117W, YDL241W,CPA2, ARN1, TPN1, ASG7, FET3, PRM1, YCL021W-A, SIR2, FIT2, ARG4, TIR3, ATO3, PLB2, AGA2,ARG5,6, TMT1, SIT1, GAS3, FRE3, QDR2, ZRT1, TIS11, PRM2, YLL053C, YLR040C, RDS1, ORT1,MF(ALPHA)1, FRE2, HPF1, INM1, YLR413W, SST2, MMP1, HXT4, SET5, YHR213W, NRK1, IME4,HOM3, CCC2, SAM4, AQY2, ARG7, BNA7, ADH5, GUP2, ARG1, ARN2, YGR109W-A, AGA1, ALD5,YOR012W, MRL1, FRE1, YAL065C, YCR101C, BDH1, CUP9, ARO1, VMR1, YIL169C.Cписок 2.

ORF, экспрессия которых ослаблена в клонах Isp+ по сравнениюс клонами Isp– .SPO22, YIL108W, YBR284W, IML3, EXO5, FLR1, KGD1, YIL024C, YBR056W, UGA2,YBR071W, ECM13, NPL4, PET9, YPS6, MOH1, YBR235W, RFS1, SSM4, SHP1, AXL2, YKL071W,YBL048W, SGN1, ATG8, YBR204C, CSG2, ATP3, CHS2, SWC5, YBL107C, COQ1, ACH1, ACO1,YBR241C, CCT2, PKP1, SAF1, ZSP1, MUD1, ECM4, MIG3, MRPS9, FIS1, RSM25, PPS1, ETR1,YKL070W, UBI4, PTC4, YLR031W, APL3, PET112, QDR3, TKL2, YBR053C, YRO2, ATP1, YBR116C,NTH2, PRX1, YIL067C, COR1, MET18, YPR012W, FAT1, VID24, YIL141W, AMN1, RER2, CAP2,PHM8, AGP2, YPC1, MCM2, SEC24, MCM7, PDB1, YBR139W, SCO2, SHE3, TCM62, DOT5, NEO1,GTT1, UBP14, APN2, OM14, PDH1, PBP2, NAS2, YBP1, YIL029C, DAL7, AST1, MOB1, SSE2, CSH1,KDX1, PRE7, YBL104C, IZH4, BEM1, MRPL16, AAD4, YBL010C, YML131W, CHK1, CKA1, ECM33,YIR024C, KTR4, YTP1, SEC17, MRPS5, MET30, SEC18, HAP3, FUR4, PBY1, MGA2, YIL086C,MNT3, PHO5, IRR1, CDC28, ATG32, RRD1, HIR1, UBX7, AYR1, ECM2, YBL095W, EDS1, DJP1,HSL7, PCS60, RIB1, YGL185C, TAO3, MET28, YBR062C, HSM3, PEX32, RPB3, VBA2, NHP6B,YIL152W, DUG2, PIR3, NDE1, GAL7, MUM2, YIL028W, DMC1, RDH54, RRN6, MIS1, ATG14,SSL2, UBP13, RGD1, RXT2, ZTA1, POP4, DSF2, RPN2, PCI8, ECM38, RIM2, MAG1, ROX3, PTC3,YBR016W, REV7, PSY4, YIA6, GIP1, TDP1, CLD1, MAP2, ICS2, YIL055C, AVT7, MNN2, ARC15,RRT8, RCR1, CIT1, CBP6, YBR063C, ATG19, FKH1, YKL107W, PRM5, ARO10, MSL1, UMP1,IRA1, YBR085C-A, INO1, MCX1, YBL036C, AGE2, YMR090W, ATG12, SDS24, PRP6, YCL049C,ALG3, CKS1, SSA3, TMA108, SDH1, GTT2, TOS3, CCZ1, YOL083W, SIF2, RRN10, BET1, VPS15,PCL7, EHT1, SMP1, SCS22, POT1, SUP45, SHE1, LAP4, NUP170, BCY1, ABD1, YIL161W, KTR7,BIT2, ARC40, NCL1, CSM2, YBR220C, GVP36, TIM44, YRB2, SRB6, IRC24, PGI1, SHQ1, YBR013C,NQM1, SDH2, FMC1, SNP1, ASG1, FZO1, MBA1, YIR016W, CHS3, YIL151C.186Приложение ГСписок биологических процессов (Go biological process), участвующими вкоторых генами обогащены списки DEG в каждом из попарных сравнений1.

Isp+ / Isp– , повышение экспрессии: multi-organism cellular process (GO:0044764), chemicalhomeostasis (GO:0048878), iron coordination entity transport (GO:1901678), ornithine metabolicprocess (GO:0006591), small molecule biosynthetic process (GO:0044283), siderophore transport(GO:0015891), metal ion transport (GO:0030001).2.

sfp1Δ / Isp+ , повышение экспрессии: polysaccharide metabolic process (GO:0005976), responseto external stimulus (GO:0009605), monosaccharide transport (GO:0015749), single-organismprocess (GO:0044699), response to stimulus (GO:0050896), cell wall organization or biogenesis(GO:0071554), catabolic process (GO:0009056), fungal-type cell wall organization or biogenesis(GO:0071852), generation of precursor metabolites and energy (GO:0006091), energy reservemetabolic process (GO:0006112), carbohydrate metabolic process (GO:0005975), purine-containingcompound metabolic process (GO:0072521), dicarboxylic acid metabolic process (GO:0043648),single-organism metabolic process (GO:0044710), organophosphate metabolic process (GO:0019637),oxidation-reduction process (GO:0055114), glycosyl compound metabolic process (GO:1901657),single-organism cellular process (GO:0044763), small molecule metabolic process (GO:0044281),nucleobase-containing small molecule metabolic process (GO:0055086), mitochondrial electrontransport, cytochrome c to oxygen (GO:0006123), cellular response to abiotic stimulus (GO:0071214).3.

Характеристики

Список файлов диссертации