Главная » Просмотр файлов » Диссертация

Диссертация (1145883)

Файл №1145883 Диссертация (Анеуплоидия как механизм обратимого изменения супрессорного фенотипа (ISP) у дрожжей saccharomyces cerevisiae)Диссертация (1145883)2019-06-29СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла

САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТНа правах рукописиДроздова Полина БорисовнаАНЕУПЛОИДИЯ КАК МЕХАНИЗМ ОБРАТИМОГОИЗМЕНЕНИЯ СУПРЕССОРНОГО ФЕНОТИПА (ISP) УДРОЖЖЕЙ SACCHAROMYCES CEREVISIAEСпециальность 03.02.07 — «Генетика»Диссертация на соискание учёной степеникандидата биологических наукНаучный руководитель:Доктор биологических наук, доцентГалина Анатольевна ЖуравлеваСанкт-Петербург — 20162ОглавлениеСтр.Введение . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .7Глава 1. Обзор литературыФакторы, обеспечивающие эффективную терминациютрансляции у дрожжей Saccharomyces cerevisiae, и ихвзаимодействие . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101.1. S. cerevisiae как объект генетики . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . 101.2. Общие сведения о процессе трансляции у дрожжей S. cerevisiae . . 151.2.1. Состав рибосомы и регуляция синтеза компонентоврибосомы . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161.2.2. Инициация трансляции . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211.2.3. Элонгация трансляции . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . 231.2.4. Терминация трансляции и рециклирование рибосом . . . . . 251.2.5. Деградация РНК с преждевременным стоп-кодоном . . . . . 261.3. Контроль эффективности терминации трансляции . . . . . . . . . . 281.3.1. Влияние последовательности и стабильности мРНК навероятность считывания стоп-кодона . . .

. . . . . . . . . . 281.3.2. Роль тРНК в считывании стоп-кодонов . . . . . . . . . . . . 291.3.3. Роль рРНК и рибосомных белков в считывании стоп-кодонов 311.3.4. Влияние изменений в белках, принимающих участие втерминации трансляции, на эффективность этого процесса . 321.3.5. Влияние белков, участвующих в других этапахтрансляции, на терминацию трансляции . . . . . . . . . . . . 341.3.6. Другие факторы, влияющие на считывание стоп-кодонов . .

341.4. Прионы дрожжей . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 361.4.1. Разнообразие и общие свойства прионов дрожжей . . . . . . 361.4.2. Связь [PSI + ] с терминацией трансляции . . . . . . . . . . . . 411.4.3. [NSI + ] и терминация трансляции . . . . . . . . . . . . . . . . 421.4.4. MOD5, [MOD+ ] и терминация трансляции . . . . . .

. . . . 4231.4.5. [ISP+ ] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 431.5. Заключение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49Глава 2. Материалы и методы . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 512.1. Штаммы . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 512.2. Среды и методы культивирования . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 532.3. Методы генетики дрожжей . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 552.4. Методы микроскопии . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 552.5. Методы работы с нуклеиновыми кислотами . .

. . . . . . . . . . . 562.5.1. Выделение ДНК . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 562.5.2. Выделение РНК . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 572.5.3. Плазмиды, конструирование и проверка плазмид . . . . . . . 572.5.4. ПЦР, обратная транскрипция и гибридизация ДНК . . . . . 602.5.5. Электрофорез нуклеиновых кислот . . .

. . . . . . . . . . . 612.5.6. Получение делеций генов с помощью гомологичнойрекомбинации . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 622.5.7. Секвенирование ДНК . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 632.6. Методы работы с белками . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 632.6.1. Выделение белков . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. 632.6.2. Определение активности кислой фосфатазы . . . . . . . . . 642.7. Анализ данных . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 642.7.1. Статистические методы . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 642.7.2. Анализ данных ОТ-ПЦР-РВ . . . . . . . . . . . . . . . . . . 652.7.3.

Анализ изображений . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 652.7.4. Обработка данных экспрессии генов, полученных пригибридизации с ДНК-микрочипом . . . . . . . . . . . . . . . 662.7.5. Работа с последовательностями нуклеиновых кислот . . . . 66Глава 3. Результаты . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . 683.1. Общая характеристика особенностей фенотипа и генотипаштамма 25-25-2В-П3982 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 683.1.1. Проверка известных данных об особенностяхгенотипического фона 25-25-2В-П3982 . . . . . . . . . . . . 7043.1.2. Анализ новых данных об особенностях генотипическогофона изучаемого штамма . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . 723.2. Влияние сверхпродукции Q/N-богатых регуляторовтранскрипции на изменение фенотипа клонов с Isp– на Isp+ . . . . . 763.2.1. Сверхпродукция Swi1p, но не другихаспарагин-глутамин-богатых регуляторов транскрипции,увеличивает частоту появления клонов Isp+ в потомствеклонов Isp– . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 773.2.2. Влияние сверхпродукции Swi1p на частоту появленияклонов Isp+ не связано с его агрегацией . . . . . . . . . . . . 793.2.3. Влияние сверхэкспрессии SWI1 на частоту появленияклонов Isp+ не связано с изменением уровня мРНК SFP1 . . 833.2.4. В потомстве трансформантов со сверхэкспрессией SWI1появляются автодиплоидные клоны .

. . . . . . . . . . . . . 843.3. Влияние Isp-статуса штамма и делеции гена SFP1 на экспрессиюбелок-кодирующих генов дрожжей . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 873.3.1. В клетках Isp+ , в отличие от клеток sfp1Δ, не сниженаэкспрессия мишеней Sfp1p . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . 893.3.2. В клетках Isp+ не изменена транскрипция большинствагенов биогенеза рибосом и генов рибосомных белков . . . . 903.3.3. Делеция гена CRF1 не влияет на проявление фенотипа Isp+923.3.4. Делеция и сверхэкспрессия гена RPS9A не влияют напроявление фенотипа Isp+ .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 943.3.5. Транскрипционные факторы, мишени которыхразличаются по уровню экспрессии в клонах Isp+ и Isp–. . 993.3.6. Функциональная классификация генов, экспрессиякоторых изменяется при делеции SFP1 или изменениифенотипа c Isp– на Isp+ .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1013.3.7. В клетках Isp+ активирована транскрипция генов белковклеточной стенки и генов, контролирующих импорт ионовжелеза . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1013.3.8. В клонах Isp– усилена экспрессия генов хромосом II и IX . 1033.4. Сравнительный анализ геномов клонов Isp+ и Isp– . . .

. . . . . . . 10553.4.1. Секвенирование геномов подтверждает данные овариабельной копийности хромосом II и IX . . . . . . . . . . 1053.4.2. Анализ кариотипа независимо полученных клонов Isp+ и Isp– 1063.5. Поиск связи между геном SFP1 и фенотипом Isp+ . . . . . . . . . . 1103.6. Поиск связи между обработкой GuHCl и изменением кариотипа . . 1123.7. Анализ отдельных генов, изменение числа копий которых можетобъяснять различие фенотипов Isp+ и Isp– . . .

. . . . . . . . . . . . 1163.7.1. Введение дополнительной копии his7-1 улучшает ростклонов Isp+ на среде без гистидина . . . . . . . . . . . . . . 1183.7.2. Доза гена sup45-400 не определяет различие фенотиповIsp+ и Isp– . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1183.7.3. Cверхэкспрессия некоторых генов тРНК и гена TEF2увеличивает эффективность нонсенс-супрессии . . . . .

. . 122Глава 4. Обсуждение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1244.1. Фенотип Isp+ и его связь с уровнем экспрессии различных генов . 1244.2. Связь фенотипа Isp– и кариотипа клона . . . . . . . . . . . . . . . . 1264.3. Идентичность штаммов, использованных различнымиисследователями в ходе изучения фенотипа Isp+ . . . . . . . . . . . 1314.4. Влияние GuHCl на появление клонов Isp–в потомстве клонов Isp+ . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1324.5. Участие гена SFP1 в изменении фенотипа с Isp– на Isp+ . . . . . . . 1344.6. Участие гена SWI1 в переходе от фенотипа Isp– к фенотипу Isp+ . . 1384.7. Нестабильность кариотипа исследуемых штаммов . . . . . . . .

. . 1394.8. Заключение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141Глава 5. Выводы . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142Список сокращений и условных обозначений . . . . . . . . . . . . . . . . 143Список литературы . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . 144Благодарности . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179Приложение А. Праймеры, использованные в работе . . . . . . . . . . . 1806Приложение Б. Гены с преждевременными стоп-кодонами в геномештамма 25-25-2В-П3982 . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . 182Приложение В. ORF, экспрессия которых различается в клонах Isp+и Isp– . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185Приложение Г. Список биологических процессов (Go biologicalprocess), участвующими в которых генамиобогащены списки DEG в каждом из попарныхсравнений . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186Приложение Д. Результаты сравнительной геномной гибридизации(aCGH) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1887ВведениеАктуальность темы исследования. Дрожжи Saccharomyces cerevisiae —модельный эукариотический объект, с помощью которого можно исследоватьмеханизмы многих процессов в клетке. Одним из таких процессов является терминация трансляции.

Характеристики

Тип файла PDF

PDF-формат наиболее широко используется для просмотра любого типа файлов на любом устройстве. В него можно сохранить документ, таблицы, презентацию, текст, чертежи, вычисления, графики и всё остальное, что можно показать на экране любого устройства. Именно его лучше всего использовать для печати.

Например, если Вам нужно распечатать чертёж из автокада, Вы сохраните чертёж на флешку, но будет ли автокад в пункте печати? А если будет, то нужная версия с нужными библиотеками? Именно для этого и нужен формат PDF - в нём точно будет показано верно вне зависимости от того, в какой программе создали PDF-файл и есть ли нужная программа для его просмотра.

Список файлов диссертации

Анеуплоидия как механизм обратимого изменения супрессорного фенотипа (ISP) у дрожжей saccharomyces cerevisiae
Свежие статьи
Популярно сейчас
Почему делать на заказ в разы дороже, чем купить готовую учебную работу на СтудИзбе? Наши учебные работы продаются каждый год, тогда как большинство заказов выполняются с нуля. Найдите подходящий учебный материал на СтудИзбе!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
6390
Авторов
на СтудИзбе
307
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее