Диссертация (1145883)

Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла

САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТНа правах рукописиДроздова Полина БорисовнаАНЕУПЛОИДИЯ КАК МЕХАНИЗМ ОБРАТИМОГОИЗМЕНЕНИЯ СУПРЕССОРНОГО ФЕНОТИПА (ISP) УДРОЖЖЕЙ SACCHAROMYCES CEREVISIAEСпециальность 03.02.07 — «Генетика»Диссертация на соискание учёной степеникандидата биологических наукНаучный руководитель:Доктор биологических наук, доцентГалина Анатольевна ЖуравлеваСанкт-Петербург — 20162ОглавлениеСтр.Введение . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .7Глава 1. Обзор литературыФакторы, обеспечивающие эффективную терминациютрансляции у дрожжей Saccharomyces cerevisiae, и ихвзаимодействие . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101.1. S. cerevisiae как объект генетики . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . 101.2. Общие сведения о процессе трансляции у дрожжей S. cerevisiae . . 151.2.1. Состав рибосомы и регуляция синтеза компонентоврибосомы . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161.2.2. Инициация трансляции . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211.2.3. Элонгация трансляции . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . 231.2.4. Терминация трансляции и рециклирование рибосом . . . . . 251.2.5. Деградация РНК с преждевременным стоп-кодоном . . . . . 261.3. Контроль эффективности терминации трансляции . . . . . . . . . . 281.3.1. Влияние последовательности и стабильности мРНК навероятность считывания стоп-кодона . . .

. . . . . . . . . . 281.3.2. Роль тРНК в считывании стоп-кодонов . . . . . . . . . . . . 291.3.3. Роль рРНК и рибосомных белков в считывании стоп-кодонов 311.3.4. Влияние изменений в белках, принимающих участие втерминации трансляции, на эффективность этого процесса . 321.3.5. Влияние белков, участвующих в других этапахтрансляции, на терминацию трансляции . . . . . . . . . . . . 341.3.6. Другие факторы, влияющие на считывание стоп-кодонов . .

341.4. Прионы дрожжей . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 361.4.1. Разнообразие и общие свойства прионов дрожжей . . . . . . 361.4.2. Связь [PSI + ] с терминацией трансляции . . . . . . . . . . . . 411.4.3. [NSI + ] и терминация трансляции . . . . . . . . . . . . . . . . 421.4.4. MOD5, [MOD+ ] и терминация трансляции . . . . . .

. . . . 4231.4.5. [ISP+ ] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 431.5. Заключение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49Глава 2. Материалы и методы . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 512.1. Штаммы . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 512.2. Среды и методы культивирования . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 532.3. Методы генетики дрожжей . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 552.4. Методы микроскопии . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 552.5. Методы работы с нуклеиновыми кислотами . .

. . . . . . . . . . . 562.5.1. Выделение ДНК . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 562.5.2. Выделение РНК . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 572.5.3. Плазмиды, конструирование и проверка плазмид . . . . . . . 572.5.4. ПЦР, обратная транскрипция и гибридизация ДНК . . . . . 602.5.5. Электрофорез нуклеиновых кислот . . .

. . . . . . . . . . . 612.5.6. Получение делеций генов с помощью гомологичнойрекомбинации . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 622.5.7. Секвенирование ДНК . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 632.6. Методы работы с белками . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 632.6.1. Выделение белков . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. 632.6.2. Определение активности кислой фосфатазы . . . . . . . . . 642.7. Анализ данных . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 642.7.1. Статистические методы . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 642.7.2. Анализ данных ОТ-ПЦР-РВ . . . . . . . . . . . . . . . . . . 652.7.3.

Анализ изображений . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 652.7.4. Обработка данных экспрессии генов, полученных пригибридизации с ДНК-микрочипом . . . . . . . . . . . . . . . 662.7.5. Работа с последовательностями нуклеиновых кислот . . . . 66Глава 3. Результаты . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . 683.1. Общая характеристика особенностей фенотипа и генотипаштамма 25-25-2В-П3982 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 683.1.1. Проверка известных данных об особенностяхгенотипического фона 25-25-2В-П3982 . . . . . . . . . . . . 7043.1.2. Анализ новых данных об особенностях генотипическогофона изучаемого штамма . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . 723.2. Влияние сверхпродукции Q/N-богатых регуляторовтранскрипции на изменение фенотипа клонов с Isp– на Isp+ . . . . . 763.2.1. Сверхпродукция Swi1p, но не другихаспарагин-глутамин-богатых регуляторов транскрипции,увеличивает частоту появления клонов Isp+ в потомствеклонов Isp– . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 773.2.2. Влияние сверхпродукции Swi1p на частоту появленияклонов Isp+ не связано с его агрегацией . . . . . . . . . . . . 793.2.3. Влияние сверхэкспрессии SWI1 на частоту появленияклонов Isp+ не связано с изменением уровня мРНК SFP1 . . 833.2.4. В потомстве трансформантов со сверхэкспрессией SWI1появляются автодиплоидные клоны .

. . . . . . . . . . . . . 843.3. Влияние Isp-статуса штамма и делеции гена SFP1 на экспрессиюбелок-кодирующих генов дрожжей . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 873.3.1. В клетках Isp+ , в отличие от клеток sfp1Δ, не сниженаэкспрессия мишеней Sfp1p . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . 893.3.2. В клетках Isp+ не изменена транскрипция большинствагенов биогенеза рибосом и генов рибосомных белков . . . . 903.3.3. Делеция гена CRF1 не влияет на проявление фенотипа Isp+923.3.4. Делеция и сверхэкспрессия гена RPS9A не влияют напроявление фенотипа Isp+ .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 943.3.5. Транскрипционные факторы, мишени которыхразличаются по уровню экспрессии в клонах Isp+ и Isp–. . 993.3.6. Функциональная классификация генов, экспрессиякоторых изменяется при делеции SFP1 или изменениифенотипа c Isp– на Isp+ .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1013.3.7. В клетках Isp+ активирована транскрипция генов белковклеточной стенки и генов, контролирующих импорт ионовжелеза . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1013.3.8. В клонах Isp– усилена экспрессия генов хромосом II и IX . 1033.4. Сравнительный анализ геномов клонов Isp+ и Isp– . . .

. . . . . . . 10553.4.1. Секвенирование геномов подтверждает данные овариабельной копийности хромосом II и IX . . . . . . . . . . 1053.4.2. Анализ кариотипа независимо полученных клонов Isp+ и Isp– 1063.5. Поиск связи между геном SFP1 и фенотипом Isp+ . . . . . . . . . . 1103.6. Поиск связи между обработкой GuHCl и изменением кариотипа . . 1123.7. Анализ отдельных генов, изменение числа копий которых можетобъяснять различие фенотипов Isp+ и Isp– . . .

. . . . . . . . . . . . 1163.7.1. Введение дополнительной копии his7-1 улучшает ростклонов Isp+ на среде без гистидина . . . . . . . . . . . . . . 1183.7.2. Доза гена sup45-400 не определяет различие фенотиповIsp+ и Isp– . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1183.7.3. Cверхэкспрессия некоторых генов тРНК и гена TEF2увеличивает эффективность нонсенс-супрессии . . . . .

. . 122Глава 4. Обсуждение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1244.1. Фенотип Isp+ и его связь с уровнем экспрессии различных генов . 1244.2. Связь фенотипа Isp– и кариотипа клона . . . . . . . . . . . . . . . . 1264.3. Идентичность штаммов, использованных различнымиисследователями в ходе изучения фенотипа Isp+ . . . . . . . . . . . 1314.4. Влияние GuHCl на появление клонов Isp–в потомстве клонов Isp+ . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1324.5. Участие гена SFP1 в изменении фенотипа с Isp– на Isp+ . . . . . . . 1344.6. Участие гена SWI1 в переходе от фенотипа Isp– к фенотипу Isp+ . . 1384.7. Нестабильность кариотипа исследуемых штаммов . . . . . . . .

. . 1394.8. Заключение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141Глава 5. Выводы . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142Список сокращений и условных обозначений . . . . . . . . . . . . . . . . 143Список литературы . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . 144Благодарности . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179Приложение А. Праймеры, использованные в работе . . . . . . . . . . . 1806Приложение Б. Гены с преждевременными стоп-кодонами в геномештамма 25-25-2В-П3982 . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . 182Приложение В. ORF, экспрессия которых различается в клонах Isp+и Isp– . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185Приложение Г. Список биологических процессов (Go biologicalprocess), участвующими в которых генамиобогащены списки DEG в каждом из попарныхсравнений . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186Приложение Д. Результаты сравнительной геномной гибридизации(aCGH) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1887ВведениеАктуальность темы исследования. Дрожжи Saccharomyces cerevisiae —модельный эукариотический объект, с помощью которого можно исследоватьмеханизмы многих процессов в клетке. Одним из таких процессов является терминация трансляции.

Характеристики

Тип файла PDF

PDF-формат наиболее широко используется для просмотра любого типа файлов на любом устройстве. В него можно сохранить документ, таблицы, презентацию, текст, чертежи, вычисления, графики и всё остальное, что можно показать на экране любого устройства. Именно его лучше всего использовать для печати.

Например, если Вам нужно распечатать чертёж из автокада, Вы сохраните чертёж на флешку, но будет ли автокад в пункте печати? А если будет, то нужная версия с нужными библиотеками? Именно для этого и нужен формат PDF - в нём точно будет показано верно вне зависимости от того, в какой программе создали PDF-файл и есть ли нужная программа для его просмотра.

Список файлов диссертации