Диссертация (1145883), страница 34
Текст из файла (страница 34)
W.Genetic interaction between yeast Saccharomyces cerevisiae release factorsand the decoding region of 18 S rRNA // Journal of molecular biology. —2001. — Vol. 305, no. 4. — Pp. 715–727.304. Vincent A., Liebman S. W. The yeast omnipotent suppressor SUP46 encodesa ribosomal protein which is a functional and structural homolog of theEscherichia coli S4 ram protein // Genetics. — 1992. — Vol. 132, no.
2. —Pp. 375–86.305. Volkov K. V., Aksenova A. Y., Soom M. J., Osipov K. V., Svitin A. V.,Kurischko C., Shkundina I. S., Ter-Avanesyan M. D., Inge-Vechtomov S. G.,Mironova L. N. Novel non-Mendelian determinant involved in the controlof translation accuracy in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 2002. —Vol. 160, no. 1. — Pp. 25–36.306. Wach A., Brachat A., Pöhlmann R., Philippsen P. New heterologous modulesfor classical or PCR-based gene disruptions in Saccharomyces cerevisiae //Yeast. — 1994. — Vol. 10, no.
13. — Pp. 1793–808.307. Wada M., Ito K. A genetic approach for analyzing the co-operative functionof the tRNA mimicry complex, eRF1/eRF3, in translation termination onthe ribosome // Nucleic acids research. — 2014. — Vol. 42, no. 12. —Pp. 7851–66.308. Wang P., Kim Y., Pollack J., Narasimhan B., Tibshirani R. A methodfor calling gains and losses in array CGH data // Biostatistics (Oxford,England). — 2005. — Vol. 6, no. 1. — Pp. 45–58.176309. Wang W., Czaplinski K., Rao Y., Peltz S. W.
The role of Upf proteins inmodulating the translation read-through of nonsense-containing transcripts //The EMBO journal. — 2001. — Vol. 20, no. 4. — Pp. 880–890.310. Wapinski I., Pfiffner J., French C., Socha A., Thompson D. A., Regev A.Gene duplication and the evolution of ribosomal protein gene regulation inyeast // PNAS U. S. A. — 2010. — Vol. 107, no. 12. — Pp. 5505–5510.311. Warner J. R.
The economics of ribosome biosynthesis in yeast // Trends inbiochemical sciences. — 1999. — Vol. 24, no. 11. — Pp. 437–40.312. Wei W. et al. Genome sequencing and comparative analysis ofSaccharomyces cerevisiae strain YJM789 // PNAS U. S. A. — 2007. —Vol. 104, no. 31. — Pp. 12825–30.313. Weiss W. A., Edelman I., Culbertson M. R., Friedberg E. C. Physiologicallevels of normal tRNA (CAGGln) can effect partial suppression of ambermutations in the yeast Saccharomyces cerevisiae // PNAS U. S.
A. —1987. — Vol. 84, no. 22. — Pp. 8031–8034.314. Welinder C., Ekblad L. Coomassie staining as loading control in Westernblot analysis // Journal of proteome research. — 2011. — Vol. 10, no. 3. —Pp. 1416–9.315. Wickham H. ggplot2: elegant graphics for data analysis. — Springer Science& Business Media, 2009.316. Wickner R. B. [URE3] as an altered URE2 protein: evidence for a prionanalog in Saccharomyces cerevisiae // Science. — 1994.
— Vol. 264, no.5158. — Pp. 566–9.317. Wickner R. B. Prions and RNA viruses of Saccharomyces cerevisiae //Annual review of genetics. — 1996. — Vol. 30. — Pp. 109–39.318. Wickner R. B., Taylor K. L., Edskes H. K., Maddelein M.-L., Moriyama H.,Roberts B. T. Prions in Saccharomyces and Podosporaspp.: Protein-BasedInheritance // Microbiology and Molecular Biology Reviews. — 1999.
—Vol. 63, no. 4. — Pp. 844–861.319. Winston F., Dollard C., Ricupero-Hovasse S. L. Construction of a set ofconvenient Saccharomyces cerevisiae strains that are isogenic to S288C //Yeast. — 1995. — Vol. 11, no. 1. — Pp. 53–55.177320. Wolfe K. H., Shields D. C. Molecular evidence for an ancient duplicationof the entire yeast genome // Nature. — 1997. — Vol. 387, no. 6634. —Pp. 708–13.321. Wolfe K. H. Origin of the yeast whole-genome duplication // PLoSBiology. — 2015.
— Vol. 13, no. 8. — e1002221.322. Woolford J. L., Baserga S. J. Ribosome biogenesis in the yeastSaccharomyces cerevisiae // Genetics. — 2013. — Nov. — Vol. 195, no.3. — Pp. 643–81.323. Xu Z., Norris D. The SFP1 gene product of Saccharomyces cerevisiaeregulates G2/M transitions during the mitotic cell cycle and DNA-damageresponse // Genetics. — 1998.
— Vol. 150, no. 4. — Pp. 1419–28.324. Yadavalli S. S., Ibba M. Chapter 1 – Quality control in aminoacyl-tRNAsynthesis: Its role in translational fidelity // Advances in Protein Chemistryand Structural Biology. Vol. 86. — 2012. — Pp. 1–43.325. Yamaguchi-Iwai Y., Ueta R., Fukunaka A., Sasaki R. Subcellular localizationof Aft1 transcription factor responds to iron status in Saccharomycescerevisiae // Journal of Biological Chemistry. — 2002.
— Vol. 277, no.21. — Pp. 18914–18918.326. Yona A. H., Manor Y. S., Herbst R. H., Romano G. H., Mitchell A., KupiecM., Pilpel Y., Dahan O. Chromosomal duplication is a transient evolutionarysolution to stress // PNAS U. S. A. — 2012. — Vol. 109, no. 51. —Pp. 21010–5.327. Yuen K. W. Y., Warren C. D., Chen O., Kwok T., Hieter P., Spencer F. A.Systematic genome instability screens in yeast and their potential relevanceto cancer // PNAS U. S. A. — 2007. — Vol. 104, no.
10. — Pp. 3925–30.328. Zadorsky S., Sopova Y., Andreichuk D., Startsev V., Medvedeva V.,Inge-Vechtomov S. Chromosome VIII disomy influences the nonsensesuppression efficiency and transition metal tolerance of the yeastSaccharomyces cerevisiae // Yeast.— 2015.— Vol. 32, no. 6.—Pp. 479–497.329. Zaman S., Lippman S. I., Zhao X., Broach J.
R. How Saccharomycesresponds to nutrients // Annual review of genetics. — 2008. — Vol. 42. —Pp. 27–81.178330. Zeevi D., Sharon E., Lotan-Pompan M., Lubling Y., Shipony Z., Raveh-SadkaT., Keren L., Levo M., Weinberger A., Segal E. Compensation for differencesin gene copy number among yeast ribosomal proteins is encoded within theirpromoters // Genome research. — 2011. — Vol. 21, no.
12. — Pp. 2114–28.331. Zhang H., Zeidler A. F. B., Song W., Puccia C. M., Malc E., Greenwell P. W.,Mieczkowski P. A., Petes T. D., Argueso J. L. Gene copy-number variationin haploid and diploid strains of the yeast Saccharomyces cerevisiae //Genetics. — 2013. — Vol. 193, no. 3. — Pp. 785–801.332. Zhang T., Lei J., Yang H., Xu K., Wang R., Zhang Z. An improvedmethod for whole protein extraction from yeast Saccharomyces cerevisiae //Yeast. — 2011.
— Vol. 26, October. — Pp. 795–798.333. Zhou C., Yang Y., Jong A. Mini-prep in ten minutes. // Biotechniques. —1990. — Vol. 8, no. 2. — P. 172.334. Zhouravleva G., Frolova L., Le Goff X., Le Guellec R., Inge-Vechtomov S.,Kisselev L., Philippe M. Termination of translation in eukaryotes is governedby two interacting polypeptide chain release factors, eRF1 and eRF3 // TheEMBO Journal. — 1995. — Vol.
14, no. 16. — Pp. 4065–4072.335. Zhu C. et al. High-resolution DNA-binding specificity analysis of yeasttranscription factors // Genome research. — 2009. — Vol. 19, no. 4. —Pp. 556–66.336. Zhu J., Pavelka N., Bradford W. D., Rancati G., Li R. Karyotypicdeterminants of chromosome instability in aneuploid budding yeast // PLoSGenet.
— 2012. — Vol. 8, no. 5. — e1002719.179БлагодарностиАвтор приносит искреннюю благодарность своему научному руководителю, Галине Анатольевне Журавлевой, за чуткое и внимательное руководство,предоставленную свободу действий и полезные советы, Людмиле НиколаевнеМироновой за руководство в бакалавриате и магистратуре и неоценимую помощь в работе над текстом, а также Элине Александровне Радченко и ТатьянеМихайловне Рогозе за введение в тему и помощь в освоении методов.Хочу также поблагодарить Станислава Александровича Бондарева, Андрея Георгиевича Матвеенко, Олега Витальевича Тарасова и Сергея Георгиевича Инге-Вечтомова за обсуждение результатов. Я признательна Татьяне Михайловне Рогозе и Полине Витальевне Липаевой за помощь в проведении экспериментов, Андрею Георгиевичу Матвеенко за бесценные методические советы,Павлу Владимировичу Добрынину и Гайку Симаковичу Тамазяну за помощь ванализе данных, Юлии Викторовне Соповой за помощь в поиске литературыи штаммов, Елене Игоревне Степченковой, Елене Викторовне Самбук и Андрею Михайловичу Румянцеву, а также всем сотрудникам нашей лабораторииза полезные советы.
Отдельное большое спасибо Михаилу Владимировичу Белоусову, Ольге Васильевне Бондаревой, Станиславу Александровичу Бондареву,Антону Николаевичу Гуркову, Анне Сергеевне Жук и Олегу Витальевичу Тарасову за помощь в работе над текстом.Хочу поблагодарить Томаса Питеса за предоставленную возможность выполнять эксперименты в его лаборатории и всесторонную помощь в организации этих экспериментов, а также выразить признательность Маргарет Доминскаи Энтони Моору за помощь в освоении методов.Я признательна преподавателям ЭБЦ «Крестовский остров», кафедры генетики СПбГУ и Института биоинформатики за знания и навыки и благодарнамоей семье и Антону Николаевичу Гуркову за понимание и бесконечное терпение.Приношу глубочайшие извинения коллегам, которых я не упомянула, нобез которых эта работа выглядела бы иначе.Приложение АПраймеры, использованные в работеПоследовательность 5’→3’CAAGTCGTCAAGTCCATCTCGTAGACAAGCCGACAACCTCCAACATCTCCATTCGGTGGAAAATCAGCACAATTATTCTTCAGCTAGAAGAAACGCTGCTAGATGAAAAATGATCCGTGATTTGACGATCCAAGACTAGCATGTAAGCTTGAACATACTTGACATTGGCGCTACTACAGTTATGACTGCCGTGTCGGTAACGACCTTAGTGTTCCCTTATACAGAGACTTGGAAATTCAAATTGGGCTAACTTCAAAATGTTCAAGGAAATTGAGACCAAGAGCTGTAGTGAAAGGATTGATAACATTTAACTGAACAGCAGCGGTATAGTACGGAATAAAAAAGTCTTTTAAACGGATCCCCGGGTTAATTAApFA6-CRF1_del_r TCATATTTTCCTTTAAAAGACGATAATGATTCTTCTGGAATATCAAATAACATCGATGAATTCGAGCTCGCRF1_inner_fCCGACAATACCACAGTCCTTCGCRF1_r_downTCCAAGTTGATCTTCGCTGACИспользованиеИсточникCankorur-Cetinkaya et al., 2012ОТПЦР-РВPlocik, Guthrie, 2012Е.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
