Диссертация (1145825)
Текст из файла
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение"Институт экспериментальной медицины"На правах рукописиКулешевич Евгения ВладимировнаСтруктура острова патогенности XII стрептококков группы В03.02.03 – микробиологияДиссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наукНаучный руководитель: Суворов А.Н.,профессор, д.м.н.Санкт-Петербург20152Оглавление2Введение ........................................................................................................................... 41 Обзор литературы....................................................................................................... 111.1Стрептококки группы В ....................................................................................................................................
111.1.1 Заболевания, вызванные стрептококками группы В .................................. 111.1.2 Факторы патогенности стрептококков группы В ....................................... 131.2 Мобильные генетические элементы ..................................................................................................................... 191.2.1 Виды мобильных генетических элементов и способы их передачи ........ 191.2.2 Мобильные генетические элементы стрептококков группы В ................. 231.3 Острова патогенности ........................................................................................................................................... 251.3.1 Общая характеристика островов патогенности ..........................................
251.3.2 Острова патогенности стрептококков группы В ........................................ 291.4 Заключение по обзору литературы ................................................................. 322 Материалы и методы.................................................................................................. 352.1 Материалы исследования ........................................................................................................................................ 352.1.1 Характеристика используемых материалов ................................................
352.1.2 Оборудование ................................................................................................. 362.1.3 Объекты исследования .................................................................................. 372.2 Методы исследования ..............................................................................................................................................
382.2.1 Компьютерный анализ................................................................................... 382.2.Выделение геномной ДНК фенол-хлороформным методом........................ 382.2.3 Выделение геномной ДНК набором ДНК-экспресс................................... 392.2.4 Полимеразная цепная реакция......................................................................
392.2.5 Мультиплексная полимеразная цепная реакция......................................... 432.2.6 Масс-спектрометрия штаммов стрептококков группы В .......................... 442.2.7 Рестрикция ДНК............................................................................................. 452.2.8 Лигирование ДНК .......................................................................................... 452.2.9 Трансформация кишечной палочки ............................................................. 452.2.10 Схема создания слитой конструкции .........................................................
462.2.11 Секвенирование............................................................................................ 463 Результаты исследования .......................................................................................... 483.1 Определение серотипов СГВ с помощью мультиплексной ПЦР .......................................................................... 483.2 Молекулярно-генетическая организация и распространенность острова патогенности XII...................... 4933.3 Статистическая обработка результатов ПЦР с штаммами на гены острова патогенности,ассоциированного с геном sspB1.................................................................................................................................... 593.4 Масс-спектрометрический анализ штаммов стрептококков группы В..........................................................
613.5 Создание рекомбинантных конструкций для экспрессии и инактивации гена sspB1 ...................................... 633.6 Сравнительный анализ белков SspB1 и SspB1a с гомологичными белками других микроорганизмов ........... 693.7 Определение распространенности гена sspB1a ...................................................................................................
713.8 Определение области интеграции острова патогенности, ассоциированного с геном sspB1 ..................... 723.9 Сравнительный анализ острова патогенности, ассоциированного с геном sspB1, с островомпатогенности, ассоциированным с геном sspB1a ......................................................................................................
833.10 Анализ штаммов из Португалии и Анголы на наличие генов, ассоциированных с геном sspB1a ................. 854 Обсуждение ................................................................................................................. 88Заключение .................................................................................................................... 95Выводы ...........................................................................................................................
97Список сокращений ...................................................................................................... 98Список литературы ....................................................................................................... 994ВведениеАктуальность темыСтрептококки группы В (СГВ) или Streptococcus agalactiae, впервыевыделенные у коров, больных маститом, длительное время рассматривалисьисключительно как возбудители заболеваний животных. И лишь начиная с 90-хгодов XX века для научного сообщества стало очевидным, что СГВ способнывызывать тяжелые инфекции у человека [14].
Большинство исследователейотносят эти бактерии к условно-патогенным микроорганизмам [6], которыевызывают в определенных условиях целый ряд заболеваний [14]. Инфекция СГВу беременных может приводить к тяжелым патологиям новорожденных в формесепсиса, менингита и пневмонии. Смертность новорожденных при развитиизаболеваний достигает 4-6%[128].
СГВ также являются причиной многихзаболеваний взрослых людей, а именно пневмонии, перитонита, артрита,менингита,эндокардита,абдоминальногоабсцесса,кистозногофиброза,некротизирующего фасциита, инфекций урогенитального тракта, кожи, мягкихтканей и костей [46; 62; 86; 92; 115; 116; 117; 118].Установлено, что СГВ вызывают заболевания у самых различных видовмлекопитающих: крупного рогатого скота, собак, кошек, слонов, кур, верблюдов,лошадей,обезьян,нутрий,хомяков,мышей,морскихмлекопитающих,крокодилов, лягушек и различных рыб [32, 34, 92,100]. Таким образом, СГВобладают способностью колонизировать различные экологические ниши иявляются причиной развития инфекционного процесса как у людей, так иживотных, что во многом обусловлено особенностями генетической организациистрептококков группы В, содержащих в геноме множественные мобильныегенетические элементы.Мобильные генетические элементы (плазмиды, транспозоны, бактериофаги иострова патогенности) вносят существенный вклад в формирование вирулентногофенотипа патогенных микроорганизмов.
Острова патогенности характеризуются5целым рядом структурных и генетических особенностей, в частности, наличиемгенов патогенности и генов, кодирующих системы секреции [17, 66]. Они могутмигрировать как в пределах одного генома, так и участвовать в генетическомобмене. Острова патогенности участвуют в эволюции бактерий, способствуявыживанию микроорганизма в организме хозяина. Миграция островов приводит кобразованию высоковирулентных эпидемических штаммов бактерий за счетполучения генов патогенности от других бактерий.
На острове патогенности XIIСГВ локализован ген sspB1, кодирующий поверхностный адгезин, относящийся ксистеме секреции V типа, а также кластер генов, кодирующих систему секрецииIV типа. Высказано предположение, что продукты генов sspB семейства влияютна развитие внутриутробной инфекции в организме плода или новорожденныхдетей и могут способствовать адгезии СГВ к эпителию мочеполового тракта [4;41]. Присутствие гена sspB1, а также генов других факторов патогенности наданном острове патогенности может усиливать вирулентность СГВ, способствуяформированию эпидемически актуальных штаммов.
Однако информации оборганизации данного острова патогенности и его распространенности средиштаммов СГВ в научной литературе недостаточно. Учитывая тот факт, что островпатогенности XII по всем имеющимся признакам относится к мобильнымгенетическим элементам, способным влиять на степень патогенности бактерии, внастоящей работе была поставлена задача изучения распространенности иорганизации острова патогенности XII в геноме стрептококков группы В.Степень разработанности темыСтрептококки группы В обладают широким набором различных факторовпатогенности, что определяет различия в вирулентности отдельных штаммов, приэтом многие гены, кодирующие факторы патогенности, локализованы намобильныхгенетическихэлементах.Полногеномноесеквенированиестрептококков группы В позволило установить, что в состав генома этих бактерийпомимо «коровой» части входят разнообразные мобильные генетические6элементы.
Характеристики
Тип файла PDF
PDF-формат наиболее широко используется для просмотра любого типа файлов на любом устройстве. В него можно сохранить документ, таблицы, презентацию, текст, чертежи, вычисления, графики и всё остальное, что можно показать на экране любого устройства. Именно его лучше всего использовать для печати.
Например, если Вам нужно распечатать чертёж из автокада, Вы сохраните чертёж на флешку, но будет ли автокад в пункте печати? А если будет, то нужная версия с нужными библиотеками? Именно для этого и нужен формат PDF - в нём точно будет показано верно вне зависимости от того, в какой программе создали PDF-файл и есть ли нужная программа для его просмотра.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
