Главная » Просмотр файлов » Д.Г. Кнорре, С.Д. Мызина - Биологическая химия

Д.Г. Кнорре, С.Д. Мызина - Биологическая химия (1128707), страница 32

Файл №1128707 Д.Г. Кнорре, С.Д. Мызина - Биологическая химия (Д.Г. Кнорре, С.Д. Мызина - Биологическая химия) 32 страницаД.Г. Кнорре, С.Д. Мызина - Биологическая химия (1128707) страница 322019-05-11СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 32)

41, если предположить, что степень насыщения кислородом является ответом системы, ее возрастанию как раз и способствует увеличение числа кооперативно функционирующих субъедншщ. уравнение Хилла может быть легко преобразовано к виду Согласно этому выражению зависимость ответа от концентрации лиганда в координатах 16()2/(Я вЂ” )2)), 1х[Ц должна быть линейной, причем тангенс угла наклона ее должен быть равен н. Поскольку людель является упрощенной, то и реальная зависимость, получаемая из эксперимента, как правило, не является линейной. Однако средний наклон этой зависимости в известной мере дает представление о степени кооперативности рассматриваемой системы'.

Для количественного рассмотрения подобных процессов необходим анализ многоступенчатых равновесий. В качестве иллюстрации общего подхода ниже приведен анализ двусубъединичной системы. Если обе субъединицы идентичны, то ступенчатое связывание лнганда описывается копстаптаьш равновесия С учетом уравнения материалыюго баланса для всех трех форм,бпополнмера — Р, РС и РСх — выражения для концентраций Р1, и РС запишутся в вилье [р)]Л<Л»[1][Р] (3.26) где а! и аэ — коэффициенты пропорциональности между величинами ответа и концентРациами РС и РЬз гоответственпд.

По аналогии с первым типом кооперативных взаимодействий можно ввести параметры /) и 7, характеризующие влияние присутствия па димере одной молекулы лиганда на сродство ко второй молекуле того же лигапда и на величину ответа. При этом следует учесть, что в отсутствие кооперативности отношение констант ассоциации должно быть Равно Л1/Ла — — 4, так как пРисоединение лнганда к Р должно идти в даа раза быстрее, чем к Р1, поскольку идет по двум центрам, а диссоциация Р1з должна идти вдвое быстрее, чем Р!., поскольку может диссоцнировать любая нз двух лсолекул С. Поэтому вместо констант ассоциации Л1 " Ла можно ввести константы 2Л' и ()Л/2.

1!место коэффициентов пропорциональности а| и аз следует ввести коэффициенты а и та. Выра;кения для степени 'яполнения биополимера .чигандом и для величины ответа в этих обозначениях запишутся в виде (ГРЦ 2ГР11!/ГР1 = ГР1 . [ ] .. ! ].'. (3.29) Такой подход может быть без труда распространен па биополимеры с произвольным числом субъединиц, но при этом будет соответственно возрастать число параметров, необходимых для описания равновесия и величины ответа. Это затрудняет использование такого строгок го подхода для систем с большим Т числом субъединиц, а в некоторых случаях практически полностью его Ф? кн обесценивает.

-Н Промежуточное положение между весьма упрощенным уравнением Хилла и строгим рассмотрением многоступенчатых равновесий занимает модель, -Н предложенная Моно, Уайменом и Шнапле, известная как симметричная модель с согласованным переходом. Эта модель учитывает уже упоминавшееся и Л 3.9 полоз ание, что коцформацпопное изменение, вызываеллое присоединением я~уганда, происходит в результате аго влияния па предсущесУвуюнгее равновесие ме;лду двумя формами биополцмера. Предполагается, что одна пз нпх, форлла Т (от англ. "нн лу 4.?к, -Е 1 нл,::.' нс тг Атил -Б ! Е [тц.+ !1 [В~]. !'[Р)л= нн! (12 лй!! АЛ [ц (1 + А' [Ц )и' + АВ[Ч (! + Ай[!.))пч Л'(! + Ат Е )" + (1 + АВ[ц )и рис. 42, Охемнтиче«кае изображение мелели ((а!1с — плотная), обладает более согласованных переходов для биаплщимера, ппзкплл сродством к лш аиду, чем пютаящгга иэ четырех <убъединнц форма !1 (релакспршиппая) В основу модели положен постулат о сохрппоипп спммсгрнп структуры бпополимера при конформациоппом переходе, т.е.

предполажеппс, юи и каждой данной частице биополимера все субъедпппцы находятся либо в форме Т, либо и форме В. В этом случае поведение системы описывается всего тремя параметрамп— константами соответствулощих равновесий А, Л и Л', выражения для которых (3.1), (3.2), (3,3) приведены в предлядуплелл параграфе. Читателю предоставляется возможность самостоятельно вывести выра>каппе, оппсывюощее завпспллость степени заполнения бпополимера лпгандом от концентрации свободного лнгапда, которое имеет вид Задачи 3П. Пользуясь структурой инсулина, приведенной на рис. 3, и ориентировочными начениями рлУ амннакислатных остатков, приведенными в табл.

3.1, оцените заряд инсудина при значениях РП, 3, 7 и !О. 3.2. Найдите число гидрафабных остатков отдельно в А- и В-цепях инсулина. 3 3, В состав белков плазмы крови входит белок апалипоп!ютеид, ответственный за транспорт воданерастваримых липидав. В палипептидной цепи этого белка содержится участок, способный сворачиваться в сл-спираль: -Уа1 — Бег-01п — Туг — Р11е — С!п — Т!лг — Уа! — Т)и — Авр-Туг-С1у-Еув-Авр-Ееп — Мес— -01ц — (.ув — Уа1 — адуе†Нзабразите распределение боковых радикалов аминокислот относительно поверхности цилиндра, описывающего о-спираль. Какое значение может иметь эта распределение для функции белка? 3.4.

Дадекапептид амипакислатнай паследавательпастлл -Нзй' — А1а1 — Уа1т — А1аз — А!ан — Л1ал Уа1в — Л1ат Уа1л — Веан — Л!а1а Л1ап— -Уа1~з-СОО имеет структуру о-спирали. Как измепитсл вторичная структура даннога пептида, если сделать следующие замены аминокислот; 1) А1ал на Ьеп, Уа)г, на !!е; 2) А1ал на Тгр; 3) А1аз на Тгр, Уа1а на Тгр; 4) Уа1т на Аг3, Уа1з на !,ув; 5) Уа1т на Вуэ, Уа!е на С1п? 35.

Определена первичная структура трНК )ьса! ц специфичная к тнрозпну: 5'РССОССССООССССЛССОкеОСССЛЛАСССЛ-ССАСЛСЮСВСВАЛЛУСССССССЛССЛСССЛССОССЛЛ ССТлАССААОССООСССССАССАССА †0'* Нарисуйте структуру этой т-!лНК в виде 4клевернага листву. Обозначения минорных нуклеатидав те же, чта и на рнс. 28.

В чем наиболее существенное отличие пространственной структуры тРНК, специфичной к тиразпну, ат тРНК, специфичной к фенилалапину, данной на рис. 28? 3.6. Для исследования влияния химической мад1к!лика|лип гетерациклав на стабнльн'леть дуплекса нуклеиновых кислот синтезировали декаалкгопуклеатид РСРТРСРАРТРТРЛРСРСРЛ, камплсментарный участку адпацепачечнай дЕН(. декаалнгануклеатид перел образованием дуплекса подвергали модификации различными хнлшческими агентам н: 1 В вадна-спиртовом растворе прн РО 7 и 37'С правадвш модификацию Н-ацетокси-Н- ацетил-2-аминафлуаренам ИзСС(0)0 /~ /~ н сс(0) ' Ддя наглядности на рис. 42 представлена схелла, полозп ппая в основу спммет- 1 Для кааткагтп изабпннлнаие ааааап саъ н ь» на и и который реагирует с гуанином по С вЂ” 8 гегероцикла. Напишите формулу продукта модификации.

Как эта модификация повлияет на стабильность образуемого дуплекса? 2. При обработке нуклеиновых кислот водорастворимым карбодиимидом [й-циклогексил-Н '-<метил морфол инип 1-этилкарбо дни мнд] СН, НаеС Н СНтСН7 Н+ О и идет электрофильная атака атома С карбодиимидной группы на атом й группировки -СО-НН вЂ”. Какие гетероциклы в данном декануклеотиде будут модифицироваться? Напишите формулы модифицированных нуклеотидов. Как изменится стабильность дуплекса? 3. При обработке цитозина аминами в присутствии гидросульфита происходит реакция переаминирования. Как будет влиять на стабильность дуплекса переаминирование одноэамещенным (!<Нз8) и двузамещенным (1<1!Хз) аминами? Изобразите комплементарные пары модифицированного цитозина с гуанином.

4. При синтезе данного деканунлеотида использовали 2-аминопронзводное аденина. Как это может повлиять на стабильность образуемого дуплекса? Изобразите комплементарную пару модифицированного аденина с тимином. 3.7. Двуцепочечная кольцевая ДПК содержит в своей структуре фрагмент такой последовательности: 5 — рСрСРТРАРСрТрТРСрАрСрЛРСрТрСРЛРАРСРАРАРТРТ вЂ” 3' 3' — СРСрАрТрСрАРЛрСрТРСРТРСРАРСрТРТРСРТРТРАРАР 5' При обработке такой кольцевой структуры бромацегальдегидом, реагирующим с аденином по реакции (г11,2), и глиоксалем, реагирующим с гуанином по реакции О Н нсо (~ О ' Н 4. (,,д-.ОН Н ! Н Получены следующие экспериментальные данные: 1 2 3 4 5 38,5 57,9 156,3 295,5 395,0 гд опыта.................. Концентрация внесенного ['"С]-аргинина, мкМ....... Концентрация [ыс] -а!тгннина в отсеке, не содержюцем фермента, мкМ..............

18,5 27,9 76 3 145 5 195 Сколько [ыс]-аргинина связалось с аргини6-трннеинтетаэой? Представьте результаты в координатах Скэчерда и вычислите значения константы ассоциации и число центров связывания. 3,9, Как правило, не все части узнаваемого лнганда в равной мере существенны для его связывания с биополимером, поэтому можно сконструировать аналог лиганда, содержащий химически реакционноспособные группы. В этом случае эа образованием специфического комплекса РХ биополимера Р с реакционноспособным аналогом лиганда Х может последовать химическая реакция между аналогом и какой-либо группой биополимера часто с образованием ковалентной связи.

Поскольку зто происходит в результате сближения реакционносцособной группы аналога и модифицируемого фрагмента биополимера, т.е. за счет сродства (аффинности) биополимера к аналогу, такая модификация названа аффинной модификацией. Напишите простейшую схему аффинной модификации. Сделав допущения, что а) концентрация комплекса РХ является квазиравновесной, т.е. по ходу всего процесса выполняется соотношение [Р] [Х] [РХ] где Хх — кокстанта диссоциации комплекса РХ; б) реагент введен в большом избытке по отношению к биополимеру, т.е. [Х]о >[Р]о, выведите кинетическое уравнение для накоп- ления продукта модификации РЕ. Как будет выглядеть зависимость начальной скорости модификации от концентрации реагента? модификации гетероциклов не наблюдается.

При переводе структуры в сверхспиралнзованное состояние наблюдается модификация 11-апенина и 10'- и 12'-гуанинов. Объясните причину модификации и нарисуйте возможную третичную структуру фрагмента. 38. Взаимодействие аргинил-тРН К-синтетаэы из Е со( ( с субстратом арги пином, содержащим радиоактивную метку ["С]-аргннпна, исследовали с использованием метода равновесного диапиза. Дпалнз проводили в кювете, разделенной на два равных по объему отсека целлюлозной мембраной, прошщаемой для аргинина и неп1юнпцаемой для фермента. В кювету заливали раствор субстрата различной концентрации в стандартном буфере. Далее в один из отсенов к1оветы вносплп раствор фермента в стандартном буфере, !<онцентрация фермента во всех опытах бьнщ постоянной, равной 6,5 мкМ.

После проведения диализа и установления равновесия определяли концентрацию аргннина в отсеке, не содержащем фермент. ГЛАВА 4 ФЕРМЕ!!ТЫ 4.1. ОКСИДОРЕДУКТАЗЫ В настоящее время число различных известных реакций, каталнзируемых ферментами, составляет около двух тысяч и число их непрерывно возрастает. Для того чтобы ориентироваться в этом множестве биохимических превращений, нужна некоторая систематика. Она создана Международным союзам па биохимии (1псегвас!опа1 Нв!он а( В!ос!~ев!агу, 1СВ) и рекомендована к повсеместному использованию, Согласно этой классификации все ферменты подразделяют на шесть хлассое.

Характеристики

Тип файла
DJVU-файл
Размер
8,82 Mb
Тип материала
Высшее учебное заведение

Список файлов книги

Свежие статьи
Популярно сейчас
Зачем заказывать выполнение своего задания, если оно уже было выполнено много много раз? Его можно просто купить или даже скачать бесплатно на СтудИзбе. Найдите нужный учебный материал у нас!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
6451
Авторов
на СтудИзбе
305
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее