Osnovy_biokhimii_Nelson_i_Kokh_tom_3 (1123315), страница 2
Текст из файла (страница 2)
Еопя, М., де Зоила, $..)., А С)!Ьегг, ')Ч. (1995) Ечо!иск>п оГ сйе )псгоп-ехоп зсгиссигс о( еи)сагуос1с Вспез. Сит Орт. Сепег. Рею) 5, 774 — 778. МсЕасЬегп, М. 1., Кгаиз!сорГ, А., сю В)ас!сЬигп, Е. Н. (2000) те 1 отегсз апд йссг сон сго1. А пп и.
Веп Сепг). 34, 331 -358. Ясьт!д, С. ч(ю. (1996) А1и: зспксиге, опйш, ечо!ис)оп, мйп!6- сансе апд Гипссюп оГ опе-сспй о( Ьшпап РХА. Рюд. Аюис!еюс АсЫ Вея Мо! Вю!. 53, 283-319. Ту!ег-Ят!сь, С. А Нопд!а, С. (2000) Ману рас)и со йе сор о1 йе тоипташ: дсчегзе ечоьн)опагу зо!ивопч Со сс)игоп)еге зсгиссиге. Сел 102, 5-8.
Современные данные о разнообразии центромерпых структур у разных организмов. Чейз, 1..К., Матеуа1с, М. К., А Хай!ап, Ч. А. (2003) бессшй Со йе еп)1: Се!отегше ассею )п уеазт апд Ьптапа Хаг. Яеюс Мо!. Сел Вш!. 4, 948 — 959. Сисрхснпра.ш.тнюп) и 11)поп.иын риты Вегяег, Я. М.
(1998) Туре П РХА сороношсгазез. Сит Орт. 5ггисс. Вюй 8, 26-32. Во!ев, Т. С., )ЧЬ!се, ). Н., А Соггагеяю, Х. К. (1990) 5сгиссиге о( р!ессопеппсайу сирегсойед РХА. !. Мо!. Вю!. 213, 931-951. ОГ> основных свойствах сверхспирализованной ДНК. СЬапюроих, ).,). (2001) РХА Соросзотегазсз: зСгисСиге, Ь)песк>п, апд п)есйапвп). Алли. Яеп Вйкйет. 70, 369-413. Прекрасный обзор классов топоизомераз. Саге)а Н. С., бгаузоп, Р., Нап, Ь., 1папЫаг, М., Копдеч, т., Хе!зоп, Р.С., РЬПйрв, К., )Ч!дот, ЧС)., А СЧ!88!пз, Р А, (2007) Вю)ойсса) сопзейиепсез о1 118Ьс!у Ьепс РХА: йе ойег 1йе о( а тасгопю! ее и !аг се! еЬпту. В)ори)утет 85, 115-130. Понятное описание физических основ укладки ДН К. 1еЬоичсг, Я.
(1990) ТЬгои8Ь йе )ооЫпй 8)аак сье дсзсочегу о! зи реггей ед РХА. Тгелдг Викйетп. 5сй 15, 202 — 207. Краткая и интересная историческая заметка. Ротпиег, Ч. (2006) Торовоп)егазе 1 юпЬ)Ь)гога: сатреоСЬсс1па апд Ьеуопд. Аюаг. Веп Сансет 6, 789 — 802. ')Чапй,.). С. (2002) Сейи)аг го1ез о( РХА йрююотегачеч: а )по!еси!аг регчресвче. Хаг. Вею) Мо!.
Сел Вюо!. 3, 430-440. Когпьеей, К. Р. (1974) СЬготаб п зсгисси ге: а ге рва бпй шпс о( ЬюзСопез апд РХА. 5аелсе 184, 868 — 871. Классическая статья, в которой представлена субъединичная модель хроматина. Вопросы и задачи !31(~ Вопросы и задачи 1.окада, А. А Н!гапо, Т. (2005) Оупапцс шо!есц!аг Ьп!сегк о( йе Вепоше: йе йгзс с!есас!е о( 5МС ргосешк. Сепек Опс 19, 1269-1287. )к(азшуСЬ, К. Гя Наеппй, С. Н. (2005) ТЬе ксгцсспге ап(1 (ппспоп о( 5МС апс! Нести совр!ехез.
Аппи. Вегг В(осйет. 74,595 †6. Капдо, О.Я. (2007) СЬго(паса зсгцссогс !п сЬе Вепопнсз ега. 7гепдз Сене(. 23, 67 — 73. Описание методов визуализации, которые примсцялисьлля изучения молификации нуклеосом, определения местоположения нуклеосом и лругих аспектов строения хромосом в масштабах гсномов. Каппа, К.
й Ке!пЬегя, 1). (2005) Нйсопе чаг!апск шесс йссг шассЬ. Ха(. Вег. 44о1. Сей Вв( 6, 139-149. дейв!, Е., Еопдц(е-М!ССепдогг, и, СЬеп, Ен ТЬМсгвш, А., Не!д, и, Мооге, 1. К., %апВ, !. Х., А %Ыош, !. (2006) А Ве пот к соде 1((г лис!соко(пс рок! О оп ш8. Мание 442, 772 — 778.
ТЬапЬ(сЫег, М., %апВ, Б. С., А ВЬар!го, 1.. (2005) ТЬс Ьассепа! ппс!сок!: а МВЫу огйашхсс! апс! дупапис кспкспге. 1. Се(1. В(ос(свт. 96, 506-521. %Ушап, С. Еч Капааг, К. (2002) СЬгошозоше о(кап!хагй(п: геасЫпй оцс соса Ьгас с поп псодс!к Сигс В(о1 12, К446-К448. Хоров(ий краткий обзор строения и функций 5МС- белков. 1. Упаковка ДНК в вирусах. Молекулярная масса ДНК бактериофага Т2 составляет 120 10в; эта молекула ДНК упакована в головку бактериофага длиной 210 пм.
Подсчитайте длину ДНК (определите молекулярную массу, зная, что в геноме 650 пар нуклеотидов) и сравните ее с размером головки Т2. 2. ДНК фага М13. Нуклеотидный состав ДНК фага М13: 23% А, 36 'в Т 21,'о О, 20% С. Что паскповании этих данных можно сказать о ДНК фага М!3? 3. Геном Мусор1ааспа. Полный геном самой маленькой бактерии Мусор1азпа йепйайисп состоит из 580 070 и, н, и организован в виде кольцевой молекулы ДНК. Определите молекулярную массу и длину (в релаксированном состоянии) этой молекулы.
Чему равно Сйо хромосомы Мусор1аяпа? Если о = — 0,06, чему равно Ей? 4. Размер генов эукариот. Фермент, выделенный из печени крысы, содержит 120 аминокислотных остатков и кодируется геном, размер которого 1440 п. н. Объясните связь между числом ами- нокислотных остатков в ферменте и числом пар нуклеотидов в его гене. 5. Порядок зацепления. Молекула замкнутой кольцевой ДНК в релаксированпой форме имеет Ы = 500. Оцените приблизительно число пар нуклеотидов в этой ДНК, Как изменяется порядок зацепления (увеличивается, уменьшается, не изменяется, нельзя определить), если:(а) белковый комплекс присоединен к пуклеосоме; (б) одна нить ДНК разорвана; (в) к раствору ДНК добавлены ДНК-гираза и АТР; (г) двойная спираль депатурировапа нагревом? 6.
Топология ДНК. В присутствии зукариотического конденсина и топоизомеразы типа П ьй релаксированной замкнутой кольцевой ДНК не изменяется. Однако в ней появляется множество узлов. Образование узлов требует разрыва ДНК, прохождения участка ДНК через разрыв и лигирования под действием топоизомеразы. Учитывая, что топоизомеразная реакция должна сопровождаться изменением порядка зацепления, объясните сохранение величины Сй. 7.
Плотность суперскрученной ДНК. Ьактериофаг )ч инфицирует Е. со1с, интегрируя свою ДНК в бактериальную хромосому. Успех такой рекомбинации зависит от топологии ДНК Е. со16 Если плотность сверхвитков ДНК Е. сой о > — 0,045, вероятность интеграции менее 20?ы если о < -0,06 — вероятность превышает 70'.4. Установлено, что длина плазмидной ДНК, выделенной из культуры Е. сой, составляет 13 800 п.
н., а Ей = 1222. Рассчитайте о для этой ДНК и предскажите вероятность того, что бактериофаг Х сможет инфицировать эти клетки. 8. Изменение порядка зацепления. (а) Чему равно Сй кольцевой двухцепочечной молекулы 25.1 Релликация ДНК [дв[ менных биохимических технологий. Многие ценные открытия в области метаболизма ДНК были сделаны на клетках Езсйенсй(а сей, поэтому для объяснения основ метаболизма обычно в качестве примера служат хорошо известные ферменты этой бактерии. Беглый взгляд на некоторые важные гены на генетической карте Е, сой (рис.
25-1) позволяет представить себе сложность фермептных систем, участвующих в метаболизме ДНК. Прежде чем перейти к детальному изучению процесса репликаэщи, сделаем короткое отступление и поговорим о принятых сокращениях названий бактериальных генов и белков, поскольку со многими из них нам предстоит встретиться в этой и последующих главах. Аналогичные договоренности используются и в обозначениях эукариотических генов, хотя конкретное сокращение может зависеть от вида организма, и единого правила для всех эукариотических систем не существует. КЛЮЧЕВЫЕ ДОГОВОРЕННОСТИ.
Бактериальные гены обычно обозначают тремя строчными буквами курсивом, и, как правило, название отражает функцию этих генов. Например, г(па, игл и тес гены означают репл иканию ДН К, устойчивость к поражающему действию УФ-облучения и рекомбинацию соответственно. Если несколько генов отвечают за одну и ту же функцию, они дополнительно обозначаются буквами А, В, С и т. д., например г1паА, дпаВ, днам что обычно указывает на порядок их открытия, а не порядок участия в цепи реакций. ° Использование сокращений в названиях белков монсе очевидно. В ходе генетических исследований обычно выделяют и характеризуют белковые продукты каждого гена.
Многие бакгериальные гены были идентифицированы и названы до того, как выяснилось значение их белковых продуктов. Иногла оказывается, что продукт гена — это уже известный белок, и его приходится переименовывать. Однако часто бывает, что продукт гена еще неизвестен и обладает активностью, которую нельзя описать обычным названием фермента. КЛЮЧЕВЫЕ ДОГОВОРЕННОСТИ. Бактериальные белки часто сохраняют названия соответствукнцих генов. Названия белков Е, сей пишутся прямым шрифтом с заглавной буквы, например белковые пролукты генов дпаА и кесА называются ПпаА и КесА соответственно. ° 25.1.
Репликация ДНК Задолго до установления структуры ДН К ученых удивляла способность организмов воссоздавать самих себя и способность клеток образовывать много идентичных копий крупных и сложных макромолекул. Рассуждения на эту тему концентрировались вокруг концепции матрицы — структуры, которая позволяет молекулам соединяться в определенном порядке и образовывать макро- молекулу с уникальной последовательностью и функцией. В 1940-е гг.
уже сложилось представление о том, что носителем генетической информации является ДНК, но только когда Джеймс Уотсон и Фрэнсис Крик установили ее структуру, стало понятно, каким образом ДНК играет роль матрицы для репликации и передает генетическую информацию: дело в том, что одна ее цепь комплементарна 'другой'. Основания образуют пары по определенным правилам, и каждая цепь является матрицей для новой цепи с предсказуемой комплемснтарной последовательностью (см. рис.
8-14, 8-15 в т. 1). ф Нуклеотиды: строительные блоки нуклеиновых кислот Было доказано, что основные свойства процесса репликации ДНК и каталитические механизмы этого процесса в значительной степени идентичны у всех видов организмов. Именно это единство механизмов мы постараемся подчеркнуть в нашем обсуждении, продвигаясь от общих основ процесса репликации к ферментам репликации Е. сой и, наконец, к репликации:эукариот. Основные принципы репликации ДНК В ранних исследованиях репл икации бактериальной ДНК и ее ферментов было установлено несколько базовых принципов, на которых основан синтез ДНК у всех живых существ. Репликация ДНК полуконсервативна.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
