McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids, страница 14

А11Ьои8Ь Ь (з Ггеииепя!у а яяга(8Ы1огъ аг6 ргосе6иге Го ячг!1е Йочгп 1Ье ег!иаг!опв оГ тороп Гог вузяетз оГшяегас6п8 рагбс!ея, с!азяса! рЬугзсв ргочЫея с!овей Гопп яо!и6опз го 6юве ег!иа6опв Гог оп!у воте оГ 1Ьове вуягетя, ап6 оп! у Гог сазез шчо!ч(п8 опе ог гчго !пйереп6епг раг6с1ея. Рог йгее ог тоге !пйерепдепг раг6с!ев, йе во-са!1е6 тапу Ьо6у ргоЫет, 1Ье ег!иая!опя оГ пюбоп пшзг Ье зо!чей птпепса!1у.

1п а вувяегп оГ ЯГ рагбс!ея, чче !п6!саге йе тавв оГ раг6с1е ! Ъу гп, апд йе роз!6оп оГ йе раг6с!е Ьу гЬе чесгог гс 1Г яче ияе а 6о1 го 6епоге 6!Йегепг!аг!оп иЬЬ гезресГ го 1!те, 1Ье ге!а6оп Ьегячееп ГЬе че1ос!Гу апс$ 1Ье пютепгит оГ й!з рагбс1е ы (4.15) г, = р,/гп, ТЬе ециа6оп оГ то6оп Гог йе рагбс!е ы (4.16) чгЬеге Е, (в ГЬе пе1 !огсе ехегяей оп раг6с!е 1 Ьу а11 йе оГЬег раг6с!ев ш 1Ье вувгет.

ТЫя Гогсе Ы 8!чеп Ьу йе пе8абче 8га6!епг оГ 1Ье йг рагбс1е рогепба1 епег8у Гипс!!оп (4.1) чг!й гевресГ Го ГЬе роя6оп оГ рагбс!е 1, (4.17) и ЫсЬ !я опе геавоп ччЬу !Г !в сопчетепг 1ЬаГ рояеп6а! Гипсбопз Ье ячг!6еп ш ап ехр1!сЬ!у 6!йегеп6аЫе Гопп. Еег ив ехапипе 1Ье то!!оп оГ а раг6си1аг а!от а!оп8 а рагбси1аг соог6!паге, вау х. 1Г яче 1спояч 1Ье роя6оп аг г!те г, х(г), йеп гЬе роя6оп аГГег а зЬогг гппе шяегча!, яГ, !в 8)чеп Ьу а яяапйаг6 Тау1ог вепев; (4.18) х(г+пг) = х(г)+х(г) й+х(г)пгя/2+ ..

ячЬеге йе 6ояз !п6!саге с$епчая!чез яч!ГЬ гезресг го 1!те. ТЬе птпепса! во1и6оп Го йе ег!иаГ!опз оГ то!!оп сопя!вгв оГ $споилп8 йе роз)6оп х(Г), чЫосЬу х(г), ап6 ассе1ега6оп х(г), ап6 та!г!п8 ви!гаЫе арргохппабопз Го ассоипя Гог йе сопяпЬи6опв апяп8 Ггот Ы8Ьег 6епча6чея, зо ГЬаг х(г+.!г) сап Ье са1си!агег) гч!1Ь геаяопаЫе ргес!в(оп. Са1си!аг!пц 1Ыя печч роя6оп аГ ГЬе еп6 оГ 1Ье гппе зяер сотр1егез опе сус1е оГ ГЬе ргоседиге яЬожп зсЬетая!са1!у !п 68иге 4.1, ап6 ГЬе ргосе6иге сап Ье гереагес1 Ьега6че!у го ргобисе йе гога! гга)есгогу.

ТЬе ассе!ега6оп !в, оГ соигве, 8!чеп Ьу Хеччгоп'з зесоп6 1аи (4.16), ячЫсЬ !з, Гог ГЬе опе с1!тепя!опа! саяе, х = Х„'/ги ячЬеге гп )в йе аяопнс тазв апо Г !я йе х сотропепг оГ йе го!а! Гогсе 62 7)|сиге!!са! тег)|одз асдп8 оп |Ье а|от аз а сопвег!иепсе оГ |Ье сотЬ~пед едес|в оГаП йе ойег а|оп|в. А1|Ьои8Ь (4.18) В ехас|, йе п8Ьг Ьапд вЫе оГ йе е|)цаг)оп В ап шйпде зепев |Ьа| пшв| Ье гпшсагед )п оп!ег Гог х(|+,зг) |о Ье де|егпипед.

Опе оГ |Ье Гипдатеп|а1 д!Йегепсев Ьег|чееп Й1Гегеп| пю!еси!аг дупаписв а18опйтв ы Ьо|ч йеу Ьапд1е й|в |гипсадоп. Рог|ипа|е!у, |Ьеге |в а чегу внпр!е |ея |о де|ептпе Ьо|ч |чеП апу а!8ог!|Ьт рег(оппв. Ву Хе|чгоп'в |Ыгд 1а|ч, |Ье пе| Гогсе асдп8 оп |Ье |о|а1 вув|ет оГ раг|!с1ев |в хего, во йе |о|а! епег8у оГ |Ье вув|ет (ро|епда! р!ив !дпедс) ав |чеП ав йе тотеп|шп вЬоц!д Ье сопвегчед.

ЯтаП Гйсгиаг!опв ог в!о|ч дпйв ш |Ье епег8у тау оссиг ав а сопвег1иепсе оГпцтепса! гоипйп8 еггогв, во епег8у сопвегча|юп ы ап ипрог|ап| |ев| оГ ап а18опйт'в регГоппапсе. ТЬе випр1ев| арргоасЬ ~чои!д Ье со |гцпса|е (4.18) айег |Ье зесопд де|дча|!ч, ргодисш8 |Ье е|!иацоп Гог п|одоп |ч!ГЬ сопв|ап| ассе!ега|юп. ТЫв В 8епегаПу а чегу роог арргохипадоп, Ьо|чечег, Ьесаиве Ь аяе|пр|в |о рго!ес! йе пю|юп Гог|чагд !п |ппе Ъавед епдге1у оп родоп, че1осду, апд ассе)его оп а| |Ье Ье81пи)п8 о( |Ье ш|егча1.

А чапе|у оГппргочетеп|в |о й|в арргохцпадоп аге ровяЫе апд аррепйх 1 81чев а вшптагу оГ |Ье те|Ьодв |Ьа| аге п|ов| сопипоп1у ивед Гог ш|е8га|ш8 |Ье е|1иадопв оГ тодоп. ТЬеве !пс1иде |Ье а!8оп|Ьтв дие |о Чег1е| (1967), Веетап (1976) апд Оеаг (1971), ав |чеП ав йе сопяга!пед Чег!ес ог 8НАКЕ те|Ьод (Вус)гаегс, Сксо|д ег Вегепдвеп, 1977; чап Оипв|егеп дс Вегепдвеп, 1977). ТЬе то!еси!аг дупаписв арргоасЬ ~чав ог!8!паПу дече1оред Гог япт!адп8 а|опнс |подои !п яп|р1е 1щц!дв. ТЬе Пгв! вув|ет |о Ье ггеасед |чав йа| оГ е1авдс Ьагд зрЬегев (А!дег ег чЧа!тчг!8Ы, !960), ГоПо|чед Ьу тоде!в оГ 1и!шд аг8оп |чЬове агота т|егас| йгои8Ь а !.еппагд-Успев ро|епда1 (ВаЬтап, 1964, 1966; Чег!ес, !967).

ТЬе Пгвг ро1уа|опис пю1еси!аг 1щц!д |о Ье ехапнпед |чав |чагег (ВаЬтап ег ЫИш8ег, 1971; Я|ППп8ег ег ВаЬтап, 1972, 1974). Ав соп|ри|егв 8ге|ч 1аг8ег апд Гаяег, 1| Ьесате ГеаяЫе |о иве то)еси1аг дупаписв |о випи)а|е тасгото1еси1аг вув|етв, Яагдп8 чдй Ьоч!пе рапсгеадс |гуряп шЫЬ||ог (ВРТ1), а япаП 81оЬи!аг ргосеш (МсСапипоп, 1976; МсСапппоп, ОеПп й Кагр!ив, 1977; чап Оипз|егеп ег Вегепдвеп, 1977). А чапе|у оГ ехрегппеп|а! сопйдопз сап Ье япш!а|ед Ьу пю1еси!аг дупаписв. ТЬе йгвд вцпи1адопв оп тасгото!еси1аг вуз|етв сСапипоп, 1976; МсСаттоп ег а1., 1977; чап Оипяегеп ег Вегепдвеп, 1977) |геа|ед йе Во!а|е|1 пю!еси1е чг!|Ьоиг апу ехрПсВ во)чеп| вцггоцпйпдя ТЬеве яти!адопв |чеге 1а|ег тод!Пед |о шс!иде яа|ег апд пе|8ЬЬопп8 рго|е!п пю1еси1ев, ав |чои!д Ье Гоипд ш а сгуяа! (чап Оипв|егеп е| а!., 1983).

То та)се |Ье тоде! вуяет, |чЬ|сЬ соп|а|па а| п|оя а Ге|ч |Ьоцзапд агота, 63 Мо!еса1аг гГупатГез р!а. 4.4. Рег!ог!1с Ьоип4агу соп41попв. А ьчо-г!ипепя)опа! ргоЫепг 1в ивед ав ап ехагпр!е, в1гЬ гереаг)пц вциаге Ьоипдзгу сепг!1гюпв. ТЬе вапгр!е вувгепг сои!а)пв Гоиг рагг)с!ея 1п а щизге (Ьеачу !1пе), 11 )в виггоип4е4 Ьу а репгк1!с аггау оГ 1гпааев оГ ГЬе опв)па! вувгепь. Оп!у опе шгегасйоп! в сопвЫеге4 Ьегвчееп а рагйси!аг раг6с!е Гзо!Ы с!гс!е) апд еасЬ оГ йе огЬег йгее рагйс!ев!и гЬе вувгепг (й у, апд К). 1и еасЬ сазе, гЬе гагегасйоп 1в га)сеп го Ье гЬаг вЬ)сЬ Ьав гЬе вЬоггевг гагегасгюп г!!в!ассе.

неге, опе 1пгегасйоп ь ичгь а геа! рагйс!е (Г), пЬ1!е ичо аге ипгЬ ипавев (У" апг! К'). гергеяеп! рагг оГ а зузгет оГ еввепйа11у )пйпйе ехгепй !! гв сопчепгюпа! !о сгеаге сор)ез оГ гЬе гпойе! гйаг гереаг рейогйса11у 1п ечегу о)гесг)оп. 1п йе товг сопнпоп саве, из)па а сиЬ)с аеогпе!гу ил!Ь репогйс Ьоипйагу сопг)11юпв, йе яагпр1е чо!шпе ъпй Ье а сиЬе ешЬегЫег! гп а сиЬ)с 1агйсе,4-',- еасЬ е1етеп! оГхчЬ)сЬ Рв ятр~~ ап пп (йаиге 4.4). ! о~м~ ь в р 'а мозгам Ь аз,' йе !гипса!ег! ос!аЬейгоп, вчЬ)сЬ яиЬгпапйа1!у гег!осев йе чо1шпе оГ ГЬе ,' вашр!е(Аг!ашя,!979). Регюгйс Ьоип ' ' аи !Ьа! а11 а!отя аге зиггоипг!ег! Ъ пе1 ЬЬогв, ейЬег ' оГ гЬе опп1 па затр1е), ог, 1ГгЬеу аге Ьеуопй йе Ьоипйагу оГ йе вагпр1е, ппапев, ) оГ йозе агота. Ноге йаг ччйеп ппаае агота аге ргезепг, !Ье ра)гвч)зе ' )пгегасвюп Ьегччееп азот Г апг) а!от,у гв оп! у !о Ье са!си!авег! Гог йе геа! 1 агогп У ог ччЬ| сйече г оГ 1 !в ипа зев гв пса геяг го азот Г.

ТЬ1 в пишпиип !шаде сопчепйоп циагапвеея ГЬа! гпи1йр!е )пгегас!юпв Ьегччееп авошз аге по! 1пс!иг!ег! (вес йциге 4.4). 64 ТЕеогегГса! тег8огГв Ав г!1всиввег! аЬоче, йе Гога! епег8у оГ йе вувгет Ье(п8 яппи!аяеЯ вч111 Ье сопвегчеЯ гТ йе пшпепса! шге8гаЯоп оГ йе ег!иагюпв оГ тороп В ассигаге епои8Ь. ТЫв 1в ггие Гог Гп сасио знпи!аЯопв оГ тасгогио1еси!ев ав ее!1 ав в(ти!агюпв 1пс!иГЯп8 во1чепг апд Яхег! репоГЯс Ьоипг!агу сопйг)опв. вагит ГЬе вгапйрошя оГ а вгаЯвЯса1 тесЬап(са! апа!ув)в, йе вувгет Ьеш8 в)ти!агед ипг!ег йе Гоге8ош8 сонг)111опв соггевропгЬ го йе писгосапотса1 епветЫе (Мс0иагг(е, 1976; Рг)ейпап, 1985а); 1Ьаг(в, йе вувяет Ьав а Яхт гога! епег8у, чо1ите апд пшпЬег оГ рагОс1ев.

11 1в Ггециепг!у г)ев(гаЫе го в)ти)аге а вувгет аГ сопв1апя гегпрегагиге анги о!шпе (йе сапотса! епветЫе) ог Го в(ти!аге а вувгет ипдег сопГЯЯопв оГсопвСапг Гегпрегагиге апЯ ргеввиге (йе 1вогЬеппа! — ВоЬапс епветЫе), в)псе йеве аге 1Ье сопдйюйв ийдег Ийсййюзс ехрег!птепй'атгретГогшег!. %е поге йаг ГЯе гегпрегагиге 1в са!си!а!ей 1гот йе а!от(с че1ос111ев, ичй 3КаТ= Хтд.ч,/Х г-г вчЬеге lги !в Во11хтапп'в сопвгапЬ гп, апй ч, аге ГЬе пгавв анги че!ос(!у оГ а!от г', апй АГВ йе пшпЬег оГаготв. гог а йпи1аг)оп аг сопвяапя епег8у, йе гетрегагиге Яисгиаяев Яие го ГЬе вропяапеоив шяегсопчегв(оп оГ 1Ье ! )г(пенс апд рогепЯа! сотропепгв оГ 1Ье го!а! епег8у. Та-ЬоЫ (Ье гетрегагиге сопвяапЬ йе агопис че!освЯев сап Ье гевса!ег) ог ойегинве йз.~ю.тггвг~~,„, ...ь,м . '~и.~~~~в- . Яйсгиаге Ьу гевса11п8 гЬе !пгегагот(с йвгапсев апг! йе гереаг 5!гвгиапсев Гог 1Ье репойс Ьоипг!агу сот!11юпв.

Ргосейигез Гог ргорег!у вса11п8 йеве циапЯ11ев го тат!а(п сопвгапг гегпрегагиге апг!/ог ргеввиге Ьаче Ьееп Яече1орей Ьу Апг!егвеп (1980) апЯ Ьу Вегепг!веп ег а1. (1984), атоп8 ~.т~ а а ° мыл.р~ ы*з. ур Ь~ сг ЫЬЬ ~6й~~ В Ь тоЯопв !и а рагЯси!аг ге8(оп (Гог ехатр1е, йе Ь(пГЯп8 в)ге !п ап шчевЯ8агюп оГ шгегасЯопв Ьегччееп а тасгото)еси1е апЯ а Ь8апд) ъ(йонг (пчевЯп8 йе гевоигсев песеввагу Гог йпи!анп8 йе епЯге тасгопю1еси1е апг! Ьв во!чепГ виггоипйп8в. А вгиг!у висЬ аз 1Ыв сап Ье сагг(ег! оиг Ьу деЯпш8 а чо1ите сепяегей оп ГЬе ге8(оп оГ 1пвегевЬ гч11Ып и ЫсЬ йе поппа! то!еси1аг г!упат!св в)ти!агюп 1в регГогтед. ТЫв чо!шпе 1в виггоипдег! Ьу а ЪагЬ ге81оп, а вЬеН ~ИЫп вчЫсЬ агота точе ассогГЯп8 го вгосЬавЯс дупаписв Яегеппшей, е.8., Ьу йе 1.ап8еч)п ециагюп (3.3).

ТЬе Ьай ге81оп ы виггоипЯед, ш гигп, Ьу а гевегчо)г ге81оп, а 1аг8ег вЬе!1 гп вЫсЬ йе агота Ьаче по тогюп ог аге гер1асег) Ьу сопвягашш8 рояепЯа1в йаг асг оп йе рптагу апг) ЬагЬ аяотв. ТЬе оигеппозг гевегчо(г вегчев ав а Ьоипг!агу йаг ргезегчев 1Ье 8!оЬа! г!епв)гу апд очегая в!гас!иге, ччЫ!е йе Ьай ге81оп ассопнподаСев йе ЯисГианопв !и с1епв)Гу, Мо1еси!аг Нулаоисв 65 ягис|иге апд епег8у йа| оссиг ш йе ге81оп |чЬеге Ги1! то!еси1аг дупаписв Св сагпед оиС.