McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids, страница 13

1п саяея вЬеге!оса! в!гас!ига! сЬап8ев Ьаче Ьееп вгид)ед Ьу ад(аЪаг)с пзарр(п8, д1(Тегепг гази!!в Ьаче Ьееп оЬга)пед !п яиЪвеииепс вгид!ев гЬаг шаде ияе оГ пюге роч егГи! дупаписа1 ге!ахадоп гесЬпщиея. А дгашадс ехашр!е ь ргочгдед Ъу вгид(ев оГ йе Ъагпегв епсоипгегед Ьу ап оху8еп шо!еси!е ш пюч!п8 Ьегчгееп йе Ьеше россие! апд йе ехвепог оГшуо8!оЪ)п. ТЬе оп8!па! ад(аЬаГ!с са1си!агюпв ви88ея! йе оссиггепсе оГ я18п!йсапГ епйа!ру Ьагпегв (Сазе дг Кагр1ив, 1979), Ъив ГЬе дупапис са1си!абопв ви88ев1 1ЬаГ йе епйа!р(с сошропепГ оГ йеве Ьагпегв )в г)и(ге яша!1 ас 300 К (Саяе сг МсСапипоп, 1986).

Аррагепг!у, йе геви1гв оГ йе оп8)па! ад)аЬаг(с са!си!агюпв ге((есгед в!очч!у ге!ах!п8, д!впдЬиГед взгеввев Фа! чгеге !еГГ аГГег ге!ахаГ!оп оГ йе нида! попЬопдед гери!яоп Ьегчгееп И8апд апд ргоге)п. 1п са!си!агюпв оГ йе епег8у сов! оГ сгеадп8 ап 1псегса!агюп я)ге !п РХА, пшсЬ япа!!ег ча!иев ччеге 1оипд гчЬеп пю!еси!аг дупаписв чгав ивед 1пвгеад оГ епег8у ш(п(ш(ха!!оп шегЬодв 1о ге!ах йе пис!е!с ас(д (РгаЬЬа1сагап дг Нагчеу, 1985). Согпрапвопв висЬ ав ГЬеве ви88евГ ГЬаЬ (п!аг8е вуввешв, ад(аЬа11с шарр)п8 шау Ье шов! ивера! Гог авиа!!гаг!ие апа!уяв оГ вггисзига! сЬап8ев апд дегепп!па1!оп оГ иррег Ьоиий Гог йе аввос(агед епег8у сЬап8ея. 4.6 Хиппа) пмн3е авдув(в ТЬе ч(Ьга1!опа1 пюдев оГ шо!еси1аг шоГюп сап Ье ехс!Гед Ьу ГЬе аЪвогргюп оГ (пГгагед 1!8Ьг ог Ьу всаггепп о!' зЬогГег ~чаче!еп8йв идгЬ Фщчагйй й ~з рмтк ру ~ Г ВРИ~ сб г(иепг1у, !пГгагед аЬвогрдоп вресгговсору апд Кашап всаг1епп8 аге гЬе ивиа1 ехрепшепга! шегЬодя Гог в!иду(п8 пю!еси!аг ч(Ьгагюпв.

~е шгегр~,~рц~~ УД' ~ ~ а ~~ ~~6 МУ И~ й оГ чЪгазюп аге гевропгдЫе Гог гЬе чагюив реа)гв ! . Хоппа! Ба ГГЯГУ °" гз '~'Ь Ф* ЬЬ 1 а ~~у~ 58 ТЬеогег[са! [пейо[(в ч|Ьга[|опа! пю[юпв [и япаЦ пю!еси|ев (Ъ%!воп ег а!., 1955). ТЬе соп[- рапвоп оГ [Ье ехрептеп[аИу оЬвегчед Гге[|иепс!ев оГ Ватап апд ш1гагед аЪвогрдоп реа1[в чд[Ь йове са!си1а[ед Гог то|еси|аг тоде1в Ьав [гаеИИопаИу Ьееп опе оГ [Ье тов[ в[пп8еп[ [ев[в Гог йе ча|иев оГ [Ье Гогсе сопв[ап[в Гог Ъопд в[ге[сЫп8 апд ча1епсе ап8|е Ъепд|п8 йа[ аге ивед |п то|еси1аг тесЬап|св ро[епда| Гипс6опв 1И[е [Ьове оГ (4.1). ТЬеге аге [ччо й(Псе![!ев [и арр|у|п8 йеве тейодв [о тасгото!еси!аг вуз[етв.

Р!гз[, йе !изчез[ Гге[|иепсу тодев оГ |аг8е пю|еси|ез, «ЫсЬ гергевеп[ [Ье !аг8ев[ атрИ[иде соИесдче п[о[юпв, оссиг |п [Ье Гаг [пГгагед а[ (ге[|пепе!ев Ье!о[ч 200 ст ', ччЬеге оЬвегчед реа1[в аге 8епегаПу Ьгоад апд «еа1[ апд !(ау!е!8Ь вса[[епп8 Ье8|пв [о допипа[е. Бесопд, ав [чИ1 Ье д|зсиззед |п тоге де[аП Ье!о[ч, йе по[та! тоде апа1уяв оГ !аг8е пю|еси|ев В а сотри[адопаИу детапеИп8 ргоЫет Ьесаизе оГ йе 1аг8е [па[пеев йа[ аге тчо!«ед. ТЬд Г[гв[..ркаЫет |в БепегаИу а[[ас1[ед Ьу сагери| п[еавиге[пеп[в ияп8 ипргочед |пв[гшпеп[в (Вго[чп, Ег(игй, Бп[аП е[ Редсо|ав, 1972; Оепге! ег а!., 197б; Т[чагдоччй|, 1978; Ра[п[ег е[ МовЬег, 1979; Ра|п[ег, МовЬег д[ асада, 1981; !3[аЬе й Топипа8а, 1982) ог Ъу пеи[гоп [ппе-оГ-П|8Ы врес[говсору (Ваг[ипй, УоПев, Вегйои е[ Г)|апоих, 1982).

ТЬе весопд ргоЫет сап Ье а[[ас1[ед Ьу гедис|п8 йе пшпЬег оГ де8геев оГ Ггеедот «дй пюде|в ш ччЫсЬ 8гоирз оГ а[отв аге )ошед ш[о ч|г[иа1 ех[епдед а[отв апд яп[рИПед арргохппа[е ро[епда|в аге ивед [о девспЬе [Ье |п[егасдопв Ъе[[чееп [Ьеве рвеидоа[огпз (Хо8и[! е[ Со, ! 982; 1.ечу, Кагр1из, КивЫс1[ д[ РегаЫа, 1984а; Еечу, де |а Г.ик Во)ав 8[ Рпевпег, 1984Ь). А1[егпа[|че!у, опе сап иве врес|а1 [есЬпа8иев [о в[иду ве1ес[ед пюдев гайег [Ьап йе ГиП врес[гшп (Нагпвоп, 1984; Вгоо![в е[ Кагр!из, 1985). И' аде[[иа[е со[при[ег тепюгу !в ачаПаЪ|е, йе ивиа! попиа! тоде тейодв сап Ье арр![ед еИгес[|у [о то!еси|ев [ч![Ь пю1еси1аг же[8Ь[з ир [о вечега| [Ьоивапд (Вгоо1[в е[ Кагр1ив, 1983; Оо, Хо8и[! 8[ ХВЬИ[а«а, 1983; Ьеч![[, Бапдег д[ Б[егп, 1983, 1985; Т|дог, 1п1[ига, ВгооЬв д[ Кагр1ив, 1983).

ОщФщщащ ~ тейод |в аррИед [о 8 8 ч|Ъга[юпа! [подев [и [пасгото|еси!ев Ьав Ьееп 8|чеп Ъу Редсо!ав (1979), апд йе геадег вЬои1д геГег [о [Ье оп8!па1 ранга сйед т [Ье ргечюив рага8гарЬ Гог тоге де[аИед еИвсивяопв оГ йе ехрептеп[а| апд ГИеогедса! арргоасЬев. В|8огоив депчадопз оГ йе ге1ечап[ е[|иадопз аге ачаПаЫе |п тапу [ех[в оп с|авяса| тесЬатсв, висЬ ав Оо!дв[е(п (1980) апд Бупюп (1960). Хоппа! тоде апа!уяз !з йе т«1дгИтепвюпа| [геаипеп[ оГ соир!ед Ьаппоп|с овс[ а огв. о арр!у 1[ [о пю еси ев, И тив "йа[ [Ье а[о[ив аге ро[п[ тавзев, йа[ [Ье то1еси|аг сопГоппа[!оп |в а[ а |оса! иипнпит |и сопГогта[|опа! епег8у врасе, [Ьа[ йе ро[еп!|а! епегку |в а Фогта! тоНе аиа!ув(в 59 с1иадгабс Гипсгюп оГ гЬе соогд)па!аз изей го девспЬе йе пюбопв, апд (ш йе ивиа! ггеагшепгв) йаг 1пгегасдопв чдй гЬе зо1чепг аге пса!!а!Ые, Оп!у ГЬе йгвГ оЩязфдЫдирКдрд„) ф с<шгвее, геавоцаЫЕ Грг шасгопю!еси!ез щ за)ийш ТЬе сопГоппадопа! епегау зрасе вашр1ед ас ашЬГ еп! гешрегагигев Ьав а чету сошр!ех вЬаре чдй шапу пппппа, йе рогепда! оГгпеап Гогсе !з Ь!аЫу апЬаппопгс (все весдопв 5.2 апд 5.3), апд !огч Ггег)попсу со!!емче пюдопв аге оГгеп Ь!аЫу очегдашред апд йТГиз!че, гайег йап регюд)с, ш сЬагасгег.

Хопейе)еаза йе поппа! шоде пгейод 1з аягасдче Ьесаиве оГ !гв сопсерша! в)шрИс(гу, Ьесаиве ехас1 апа!уг1с во!и1юпв сап Ье оЬгашед Гог Йе ег!иапопв оГ пюдоп, апд Ьесаиве оГ !гз ргочеп васоева Гог япа!1 шо1еси!ев. Моде! йепподупаппс ргорегг!ев сап а1во Ье са1си!агед, ааа!и виЪ)есг 1о йе аввшпрбопв Ивгед аЬоче. ТЬе и!йпа1е ид!!гу оГ 1Ье поппа1 гооде ргоседиге Гог пгасгогпо!еси!ев ил!1 па!ига!!у дерепд оп Ьв аЬ!!Иу 1о ехр!Ып ехрепшеп1а! геви1!з апд оп !1в ргед!сг)че ройегв. ТЬе ег(иагюп оГ пюдоп Гог а випр1е опе дппепяопа! Ьаппошс овс1!!агог оГ шавв т апд гевгог)па Гогсе сопвгап! Гг сап Ье чгг!ггеп тх+ггх = 0 (4.11) ччЬеге х )а !Ье д!вр!асешепг Ггош йе пппппшп епегау роз!1!оп, апд гЬе доиЫе дог !з йе випр!!йед погагюп Гог йе весопд депчаг(че чдй гевресг Го йпе.

ТЬе во!шюп Го (4.11) !з а рапид!с опе ил!Ь ыпр!Иоде А: (4.12) х(г) = А яп(гог-д) гчЬеге д !з а рЬаве апа!е апд гЬе апаи!аг Ггес~иепсу 1в го = (/г/т)1 ТЫв опе Йшепяопа! пюде1 сап Ье аепега!!ход го гЬе пш!СЫппепвюпа! саве Гог а шасгошо!еси!е 1Т йе аввшпрдопв оГ йе ргечюив рагаагарЬ аге ваз!вйед. ТЪе в!па1е соогд!паге х 1в гер! асед Ьу а зег оГ соогд!пазов д, йаг сап Ъе со!!есгед !и!о а ЗФ-д)шепяопа! чесгог Ч (ччЬеге Ф 1з гЬе пшпЬег оГазошз).

ТЬе шавз !в гер!асед Ъу а ЗФ х ЗФ шагпх М ччЬове е!епгепгв аге а!чеп Ьу (4.13) 1п !Ыз ег!иаг)оп г„)в а чесгог врес1Ту!па йе роз)доп оГ асогп Гг. ТЬе Гогсе сопвгапг 1п (4 11) 1з а!во гер!асед Ъу а ЗФ х ЗФ шагпх, К, и Ьове е!егпепгв аге йе зесопд с1епчаг(чев оГ йе рогепда! епегау Р': 60 2утеогетка! тет(той ТЬе ши11!т)1шепвюпа! апа!о8ие то (4.11) !з, йеп (4.14) М (!+К т) = 0 Еогша1!у, йе во!ибоп то (4.14) герасев то а зепев оГ соогйпате ггапвГоппат!опв йат Гтгвт сопчегт йе ег(иайоп то а Гопп !п «ЬтсЬ тг Ьесошев ап ещепча!ие ргоЫеш апд йеп во!че йат ргоЫетп Ьу ехргевяп8 йе ег(иаВ оп ш а соотг(!пате вув!еш ш «тЬ!сЬ а!! йе шаспсев аге т(1 а8опа1.

ТЬе шатпх ет!иат!оп тЬеп герасев го а зет оГ !пдерепт(еп1!шеаг ег(иатюпв. ЕасЬ оГ йове ег(иатюпв гв япи! аг 1о а поппи!1хед Гопп оГ (4.11) ш чтЫсЬ тЬе шавв !в иш1у. ТЬе во!иВоп то тЫв вуяеш оГ ет!иатюпз Ь, тп апа!о8у «4й (4.! 2), а вет оГ репойс ГипсЕопв. 81х оГ йеве, соггевропт(!п8 Со ГЬе ггапв!аЕопа! апт1 готатюпа! Йе8геев оГ Ггеег)отп, Ьаче гего Ггег(иепс(ез, апд йе гепташ!п8 ЗАт — 6 теппв соггевропт) со йе поппа! шоов оГ тЬе вувзеш, еасЬ оГ «ЫсЬ Ьав а сЬагастепзЕс Ггег(иепсу. ЕасЬ поппа! пюре Ь а со!!есВче, рег!ог(!с пютюп, чч!1Ь а!! рагтз оГтЬе вуЯеш шоч4п8 ш рЬазе чч!1Ь еасЬ ойег. ТЬе шоВоп оГЗЬе итасгатпп(сап(е тв йе вирегров(!топ оГ а!1 йе поппа! тпойев.

Рог а 8!чеп тешрегатиге, 1Ье птеап я(иаге ашр1!тит(е оГ пюЕоп !п а рагт!си1аг шоде !в шчегве1у ргорог1!опа! го тЬе ейест!че 1огсе сопяапт Гог йат шоде, во тЬе тпогюп тепт!в то Ье т!опипатед Ъу йе !о«Ггег(иепсу ч!Ъгат!опв. Моч!п8 р!стигев Ьаче Ьееп 8епегатег! йат г1еркт йе па!иге оГ воше оГ йеве шоов тп Ьоч4пе рапсгеаВс тгуряп!пЫЬ!тот (ВгооЬв ет Катр!из, 1983), апд йат !г(епзтТу тЬе тподев соггевропт(1п8 Со ве8тпепта! птотюпв ш Гоиг рготешз (Ьеч!тт ет а!., 1985). 81ш!!аг 61шз г1етпопвггаСе !очч Ггег(иепсу ттч!вг(п8 апд Ьепт)!п8 шодез 1п !3ХА (ТЫог ет а!., 1983).

Е6всивяопв оГ йе тези!тв оГ поппа1 шойе апа!увез оГ рго1ешв апд пис!етс аси)з апд а сошрапвоп оГ йове гези!тв Ьой «т!1Ь шо!еси!аг дупаписв яши!аВопв апд тч(тЬ ехрегипепта! геяйз «4!1 Ье Гоипт! ш сЬаргег 5. 4.7 Мо1еси!аг 4упаппсз ТЫв зесЕоп учев ап очаг итечт оГ пю!еси!аг дупаш!св апд воше оГ)тз чапа!!опв. Адт!11!опа! !пГоппат(оп сап Ье Гоппер ш аррепт)1х 1, чтЬ!сЬ т)!всизвев а!тегпаЕче шегЬот)з оГ !пте8гат!п8 йе ет)иаг!опв оГ шотюп; аррепт)!х 2, тчЫсЬ 8!чез а втер-Ъу-втер девсг(рт!оп оГ Ьотч а сурка1 випи1аВоп тв сагпет) оиг; апй аррепг(!х 3, тчЬ!сЬ ехр!ашв йе шог(!йсаЕопв песеввату Гог регГопп!п8 пю1еси!аг дупаш!св ат сопвтап! сешрегатиге апй/ог ргеввиге. 1п шо!еси!аг шоде!з тЬат щпоге г(иаптиш т!упаш!са! е(Гас!в, еасЬ а!опт ы сопз!брегет) 1о Ье а ро!и! шавв «тЬове птоВоп 1в т!етепп(пей Ьу йе Гогсев ехегтег) ироп И Ъу аН йе ойег атошв, ав дезсг(Ьед Ьу йе ет!иат!опв оГ 61 Мо!еси!аг г)упатГся пюбоп оГ с1азв!са1 тесЬатсв.