McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids, страница 12

8!псе 1Ье аЬво!иге пипппшп саппос Ье геасЬед, апуччау, аИ йа1 ы ивиаИу гег!и!геИв а тейод 1ЬаС !з сараЫе оГеТйтпйагТп8 йе товг вегюив вгепс ргоЬ!еп~в айд 1ЪаТ сад"ргочдде а теавиге оГ 1Ье епег8у дИГегепсе Ьегячееп Пчо вггисгигев. Вой в1ееревг девсепг апд соп!и8а1е 8гагИепг аге ччеИ вшгед го йЬх Ав тепдопед аЬоче, попе оГ 1Ье сопипоп!у ивед т!и!т!гаг!оп а!8огЙ1ипв 8епегаге !аг8е соИесдче а1опмс д!вр!асетепгз, з)псе йеу до пог ейс!епг!у япш!аге йе ггапяшвяоп оГ Гогсев 1Ьгои8Ь 1Ье в!гас!иге.

Рог ргоЫетв ччЬеге висЬ соИесдче оИвр1асетеп1в пп8Ь1 Ье дегдгс, йеге аге гччо пшшпыагюп ргоседигев 1Ьаг сап Ье ивед. Опе арргоасЬ, ви)гаЫе 1ог 1Ье ргорег ГоЫш8 ог рас)дп8 оГ опе.зтаИ ге8юп дипп8Таг8е зсйе— деГоппагюпв оГ йе пю1еси!е, Ь йе рзеидодйедга1 а18оП11пп (Нагчеу й МсСаттоп, 1982). !п 1Ыв тейод 1Ье гпо!еси!е ы оИчгдед 1пго ге81опв Ъу соппесдп8 ра(гв оГ агота адй ч)ггиа1 Ьопдз (Вгапг дг Р!огу, 1965; О!воп ег Р!огу, 1972; О!воп, 1980) ччЫсЬ вегче аз йе ахея аЬои1 ячЫсЬ г181д гогадопв оГ 8гоирв оГ агота га1се р!асс.

Ву 1сеер!п8 йе пшпЬег оГ ч(ггиа! Ъопдв япаИ вЂ” аЬоиг а догеп ог 1евв — И Ьесотез ГеаяЫе го регГопп а 8гЫ яеагсЬ оп 1Ье сопГоппаг!опа! врасе дейпед Ьу 1Ьеве рвеидодгЬедга! гогадопв. ТЫв !оса! 8пд веагсЬ тейод Ье!рв со яе!есг ап нида! сопГоппагюпа! рошг Ггот ччЫсЬ го Ье81п вегюив т(тт!га1!оп. !п оиг !аг8е зса!е ЬепгИп8 в!иду оп сКХА, 1Ье сотЬ(пагюп оГ йе рвеидодГЬедга1 а18оддип чч(й вгееревг девсепг ччаз 1оипд го гедисе 1Ье гег!шгед сотригадоп йпе Ьу аЬои1 40% (Нагчеу й МсСапипоп, 1982). А зесопд ргоседиге, вшгаЫе Гог чегу ехгепя!че сопГоппадопа! сЬап8ев висЬ ав Го1ГИп8 ап епдге пю1еси1е, сотЫпея а роиегГи! пппитхег, йе чапаЫе 54 7)|еотег(са! и|егЬодг те||де и|е|Ьод (Е!е1сЬег, !972) «л|Ь а 'вой а|оп|' ро|епба! Гипсгюп.

М!и!т!га1!оп га)гев р!асс ш йе зрасе дейпед Ьу |ог|доп ап81ев, апд йе вой а|оп| ро|епда! а!!о|чв агота 1о рава йгои8Ь опе апойег. ТЬе те|Ьод чгав дече!оред Ъу !.еч!11 (!983с) !ог Го!д!п8 пюде! ргосе|ив !иго с|да! сопГогта1!опв зш1аЫе !ог Гигйег гейпетепг Ьу июге сопчеп|юпа! и|с йода. Е!па!!у, К вЬои!д Ье теп1юпед 1Ьа| |по!еси!аг дупаткв !з ап а!|егпадче |о епег8у т!п!т!ха1!оп Гог ор1!т!г!и8 пю!еси!аг пюде!в; й|в !з д!всиввед |п пюге дега|! !и вес|юп 4.7. 4.5 Ад!аЬаие тарр!п8 ТЬе зипр1ев| арр!ка1юп оГ епег8у т!пип!ха1!оп тейодв 1о ргоЫетв оГ |иасгоию!еси!аг дупаиисв Ьав Ъееп йе евдтадоп оГ епег8у сов|в Гог 1гаивйопв Ъегччееп 1чго ог июге сопГопиадоив оГ а 8!чеп ию!еси!е. !Г а вш|аЫе геасбоп соогд!па|с сап Ье дейпед |о девспЬе 1Ье чапа!!оп оГ сопГопиа|юп Ггоп| опе в|а|е 1о апо|Ьег, апд |Т а вш|аЫе йеогедса! тоде! Гог тодоп а1оп8 йе геас1юп соогд!паге сап Ье Гоипд, йеп йе дупагЫсв оГ |Ье вув1еи| Ггес!иепду Го!!о|ч д!гес1!у !гоги |Ье дерепдепсе оГ сопГоппадопа! епег8у оп 1Ье геас|юп соогд!паге.

Ав ап е!етеп|агу ехатр!е, сопвЫег |Ье го|а|юп оГа в|п8!е |уго|дпе пп8 йгои8Ь ап ап8!е оГ Ау' = !80' !и |Ье !п|епог оГ а рго1е!п. ТЫз пп8 Г!!р !з июде!ед ав ап асг!чагед ргосевв (О!азз1оие, Ьа!д!ег Й Еупп8, 1941; Веггу, К|се ег Коза, 1980). ТЬе геас|юп га|е соив|ап| !з арргохииа|е!у (4.!О) Гг = Яв ТГГ|) ехр ( — Лбаl(геТ) а г)пап|!1у ччЫсЬ сап Ье ргедк|ед |Г йе Ггее епег8у оГ ас1!ча|юп, |(С„ !з )споъчп. То ез|ипа|е |Ыв епег8у, |Ье гугов|пе |дп8 сап Ье го1а1ед !и !исгетеи|в оГ а Ге|ч де8геев, «дй епег8у т!пип!хадоп ивед |о ге!ах |Ье в|епс в|геввев йа1 аге 8еиега|ед.

ТЬе |гап|д|юи в|а|с |ч!!! соггезропд |о йе сопГопиа1юп Гог ччЫсЬ йе епег8у !з а тахппшп, апд йе д!ГГегепсе Ьегччееп й!в епег8у апд йа| оГ йе шйа! сопГоппадоп !в ивед ав ап ез1ипа1е оГ иС,. !п йе Ъ|оию!еси1аг агеа, епег8у т!п!т!гаг!оп |чав Гггз1 ивед |о ев|ипа|е йе Ье!8Ыв оГепег8у Ьаг|дегв !и в1ид!ев оГсопГоппа|юпа! сЬап8ев оГ вша!! рер|Ыез (БсЬега8а, 1968).

ТЬе соппес|юп Ье|ччееп зисЬ Ьагг!егв апд гасе сопв|ап|з вав Гггвг ехр!о!|ед Гог рго1етв |п а в|иду оГ |уго|дпе пп8 ()!рз !п Ьо|дпе рапсгеадс сгур|дп |пЫЪ|сог Ьу Ое!!п й Кагр!из (1975); йа| в|иду апд зиЬве|!иепг гейпетепгв аге девспЬед ш сЬар|ег 6. А зесопд с1авв оГргоЫетв 1ЬаС сап Ье вгид!ед Ъу со|прап п8 йе ге1а||че еиег8!ев оГ д!(Гегепг сопГоппадопв !в йе !аг8е вса!е Ьепд!п8 оГ рго|е!пв апд пис!ек ас!дз.

!Г |Ье е(Гесг!че епег8у ргой!е а!оп8 йе геасдоп соогд!па1е !з пеаг!у г!иадга1!с, йе гев|опп8 Гогсе сап Ье са!си!агед аид Ай1аЬаг(с гпаррт8 55 гпогюп а!оп8 гЫв соогйпаге сап Ье ехат)пег! Ьу г)1(уиз(че тоде!в йа! ияе йе Ьап8еч)п ециаг)оп (зесгюп 3.1). ТЬе йгвг ргоЫет го Ье вгиг((ед Ьу гЫв тегЬог! и аз 1Ье Ып8е Ьепб)п8 тогюп ог" !увогуте (МсСапппоп, Ое))п, Кагр!ив 8г чч'о1упез, 1976); гЬаг арр)1сапоп апд 1Ье вгийу ог" огЬег ргояе(п вувгетв Ъу йе вате ргоседиге )в девсг(Ьег( (п вася!оп 7.2. ?.еч)11 (1978) ччав йе йгвг !о ехапнпе виисгига! дегоппагюпв (п а пис!е!с асЬ1 ив)п8 епег8у т(пишгагюп; 1Ьаг 1пчев08аг)оп апд ойег пис!ек асЫ згийев аге г)евсг!Ьед ш зесгюп 7.3.

ТЬе са!си!агюп ог" ейесг(че епег8у спаяв Гог Ггапз(иопв Ьу 6)вр1асетепг а1оп8 а геасгюп соого!па!е го!!овей Ъу ге!ахаиоп 1з гегеггед Со аз а0(аЬагк тарр(п8. ТЬ!в пате депчев Ггот ап аввитрпоп ппр!)сЬ ш 1Ье изе ог" висЬ епег8(ев 1п йвсивз!опв ог" оупат)св, пате1у айаг йе ге! аха!юп ргог)исег) Ъу епег8у т)пип)хагюп ччои!д оссиг гарЫ!у (агЬаЪаг(са)1у) оп йе Гиле вса!е ог" йе Ггапз!Гюп г)иг(п8 асгиа! купат)св. ТЬе геви10п8 епег8)ев аге регЬарз Ьевг йои8ЬГ ог" ав гои8Ь арргохппаГ(опв Со 1Ье епгЬа!рк сотропепГ о(йе рояепя(а( ог теап апогее. ТЬе рояепиа! огтеап гогсе 1в а гипс!(оп ог" йе геасг)оп соогйпа!е; Гог еасЬ ча1ие ог" 1Ыв соогг()паяе, Ь зрес(йев йе (гее епег8у ог" 1Ье вувгет соггевропйп8 го а йеппа1 ачега8е очег а1! соогйпагев ойег йап 1Ье геас!)оп соог5(па!е (сЕ вес!)опв 2.! апд 4 8). 1гйе тогюп а!оп8 1Ье ойег соогйпагев !з гавяег 1Ьап 1ЬаГ а1оп8 йе геас!юп соогйпаяе, йе ро!епба! ог" теап (огсе (з 1Ье ггие ейесгйе епег8у гог йе ггапз)гюп Ьесаиве йе вувгетагк Гогсе а!оп8 ГЬе геасГ(оп соогг)(паге (п йе !1исгиаг)п8 то!еси!е (з 1Ье пе8абче 8гайепГ ог" 1Ь!в рогепиа! (МсЯиагг)е, 1976; Гг)едтап, 1985а).

Ечеп ччЬеп йезе 1!те зса1ев аге по! верагагед, йе рогепг)а! ог" теап апогее (апг) 1Ье айаЬаис тарр(п8 арргох)тагюп го 11) )з изей! )п девспЪ!п8 йе ргоЬаЫ111у ог" оссиггепсе ог" ййегепг ча!иев ог" йе геасг)оп соогйпаге (вес!)оп 6.2). Ав йвсивзей ш зесЕоп 4.3, йе епег8у оЬГа(пей Ьу айаЪ|1)с тарр)п8 1з поГ ехасг!у йе вате ав йе рояепиа! ог" теап апогее, Ьоиечег. ТЬе ай(аЪ|1)с таррш8 ргосейиге )з вгга)8Ы(опчагд. ТЬе пю1еси!аг тог)е! (з ге!ахи Ьу ехгепвве пнпЬпааабоп го ргодисе а вяагг)п8 сопГогта!юп.

1! (в ГЬеп г)е(опием )п а вепев ог" зта1! всерв (ге!аг)че а!от)с г))вр1асетепгз ог" О.! пт ог!евв аге Гур)са1), мй епег8у т)п(т)хасюп аггег еасЬ вяер Го ргодисе з!гисгигев ччЬове епег8)ев аге сотрагег( го йове ог" йе зяагг(п8 сопГоппа1юп. Рог 1аг8е дегоппаиопз гег)и)г)п8 тапу вяерв, ргоЪ|етв апве )г" 1Ье епег8у пмпптгаЕоп тейойв саппог гепюче йе ассити!а!ей вягеввев ейс(еп11у епои8Ь 1о ргог1исе вггисгигез Фа! аге гги1у сотрагаЫе го 1Ье вяагг)п8 сопгоппаг)оп. чче Ьаче оЬ~тчег) Гог ехатр!е, йаг тойе!в ог" ГКХА ГЬаГ Ьаче Ьееп Ьепг йгои8Ь ап8!ев 8геаяег йап 30' Ьаче сопгоппаяюпв ъЬове епег81ев сопчег8е а! г)1йегепГ га1ев ипдег епег8у пипптгаЕоп, Ьесаиве й(!егепг ге8(опв оГ йе пюйе1в аге аг 56 Т/теогеттса! птег/!ае(в Кететепее епетзу (И/пто!) 200 560 !640 !720 !800 1880 !960 2040 о Е .ч !20 8 Я 80 В и! 40 0 0 ! 2 3 4 5 6 ВХ (А) е18.

4.3. Езтппабоп оГ тЬе епет8етгс соз! Гот ЬепгВп8 а тВЬ(Аппе !пот)е1, ияп8 Пчо птетЬот)з то птопЬог йе Ое8гее оГ тейпептеп! оГ йе зтгистиге (Тип8 ет а!., 1984). 150 зтерз оГ в!еврея т)евсеи! тп(п(пт(гатюп ате вЬотчп, апд тЬе епег8у с8!Тетепсе Ьепнееп йе Ьепт впй ипЬеп! вттистигез Ь р!от!ей Гог тЬе теГетепсе епегву юпетЬот1 (епет8у т)1(Тетепсе пз геГегепсе епег8у, ситче зтатттп8 а! йе иррет п8Ь! впт1 ОезсепгВп8 то йе !отчет !еГ!) апт! Гот йе а!опас Ееч(в!(оп птетЬот) (епегау т!(йегепсе гв гоо! гпеап щиаге т8зр!асептеп! дипп8 гейпептепт, ))Х, ситче зтатт)п8 а! иррег !еГ! ап0 йезсепгВп8 то тЬе )очтег т(8Ь!). ВотЬ ситчез геасЬ а р!атеаи, апт1 йе (вз! 20 ротптз оГ евсЬ ситче ате изет! то езтппате йе йпз! епет8у т!1(Тетепсе.

!п йи рагт)си!ат ехвтпр!е, тЬе ге(егепсе епег8у тпетЬо0 8(чез 5.4 И/пю! ап0 тЬе а!опас т)(зр!асеитепс птетЬо0 8(чез 7.4 (т)/тпо!. (Соруп8Ь! © 1984, УоЬп %1!еу 8т 8опз, 1пс. Керт(атей Ьу ретпиззюп.) т!гавпсаПу т!1(Тегеп! !ечс!з оГ гейпетпеп!. %ге Ьаче т!ечс!орет! !что гпс!Ьот)в Гог т!ейп108 йе т)е8гсе оГ гейпептеп! оГ пю!еси!аг птот)е!в (Тип8, Нагчеу сс МОСапшюп, 1984).

Опе, !Ье гсГегспсе епсг8у гпе!Ьот), са!си!а!ез !Ье спег8у оГ а гсГсгепсс ге8(оп Гаг Ггогп йе я!е оГ ппрозет! т)сГоппаиопв. ТЬе о!Ьсг, !Ье а!опис т)еч(а!!Оп гпс!Ьот), са!си!а!ез !Ье гоо! гпсап я!иаге дсч)а!!Оп оГ йе а1опис роя!1опз Ггогп !Ье)г в!аг!108 роз!!(опв 1ог йовс а!Опта !п !Ье геГегепсе гс8!Оп. Е!йег йе геГсгспсе епег8у ог йе геГетепсе тпеап вт(иагс т!ен!а!(оп сап Ье ивет) ав а рагатпе!ег !о тпопЬог геГ!по!пес!, в!псе йе соп!оппа!юп оГ йе геГетепсе ге8!оп !в по! а8тсстет) Ьу йе 57 1Уогпга! тосе ала1уягв ппровед деГоппа1юп. ЮгЬ е)йег оГ йеяе ав ап 1пд)сасог, йе епег8у д)йегепсе Ьегчгееп а де!оппед апд ап ипдеГоппед яггис1иге ас япи1аг 1ече!я оГ гейпешепг сап Ье ассигаге!у девепшпед. Ап ехашр!е оГ висЬ а де1епшпадоп гв вЬоип 1п 68иге 43.

АпогЬег шегЬод Гог гво1адп8 йе зша!! епег8у сЬап8ев аввос)агед «41Ь а 8(чеп деГоппадоп 1гогп йе епег8у сЬап8ев оГ 8!оЬа! ге!ахагюп Ьав Ьееп девспЬед Ъу Вгиссо!еп', Кагр1ив й МсСапппоп (1986). ТЫв арргоасЬ, ччЫсЬ шалея иве оГ Ьаппошс сопвгга(пг Гогсев го сои!го! 81оЬа! ге1ахадоп, Ьав Ьееп ивед го вйду Ь~п8е Ьепд!п8 ш 1увохуше. ТЬе ргоЫеш оГ 1падеииаге геГгпешепг а1во апвев !п вгид(ев оГ!оса! взгис1ига! !гааз(1)опв. Ав д!всиввед )п яесГюп 4.4, епег8у пипппгаазюп а18опйшв ге!ах !аг8е, !оса!1гед вггеввев г(и)сЬ!у Ьш шау ге! ах де!оса!1гед ввгевзев (е.8., дие Го е!авдо гччвдп8, Ьепд!п8 ог ехрапвюп оГ а 1аг8е рагГ оГ а шасгопю!еси!е) чесу в!очг!у.