McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids, страница 11

ТЬе сопсертиаИу зппр1евт «ау оГ 1осаИпк йе пип!шиш оГ 1'(х) тв Со зсап йе зрасе с)ейпес) Ьу х тп геки1аг шсгетпептв оГх„геки!аг шсгешептв оГ х„апд зо оп. Рог СЬе С«о с)!шепяопа! ргоЫешв, СЫв (з ес!и!ча!епС Со !ау!па а апт) очег йе зигГасе апй р!с)ппц йат кгЫ рошт ат тчЫсЬ г'(х) (з а пишппип. ТЬе аЬ|1Ьу оГ Иив аг!с) зеагсЬ ргосес!иге Со 1осате йе к1оЬа! пшппшш с)ерема оп йе Ипепевв оГ йе С)г!СС апс) СЬе гоиаЬпезв оГ йе вигГасе.

Ап ЬегаИче ргоседиге сап Ье езсаЪИвЬес) Ъу Ьек!пп!па «!й а ге!аИче!у соагзе 11г!с) апс) из!па виссевяче1у Йпег апс(з Со ехапипе йе пе!кЬЪогЬоос! оГ йе пишпппп !осагес) Ьу йе ргеч(сиз сус!е. Ечеп Гог ргоЫешв оГ вшаИ сИшепв!опаИСу, ипс) зеагсЬ шеСЬодв аге оп1у ивер«1 Гог зигГасев «Ий пеаг!у шопотошс ЬеЬач!ог атчау Ггош СЬе пишппип. Рог зигГасез «Ий пш!Ир1е !оса! пппппа ог Гог ргоЫешз тч!СЬ шапу с)еагеез оГГгеес(отп, сЬезе ше0юс)з аге !пе(Ис(епс апд сап сопчегае со Га!зе пипппа; ассоггИпа1у, йеу аге гаге!у изей ш епегау ш!и!ш!каИоп втит)!ев оп шасгопю1еси!ев. ТЬе Хетчсо~-КарЪвоп птейос1 Сз а зесопт) с)епчаС!че шеСЬотС СЬас Сз Ьазей оп йе аввшпрИоп йат, Сп йе геа!оп оГ СЬе ш!п(пипл, СЬе епегау Еаег8у т!тт!гат!оп дерепдз арргохппасе1у сртайгайса!1у оп йе !пйерепйепт чапаЫез. Рог йе опе дппепяопа1 сазе, )г(х) ш тЬе пе18ЬЬогЬоой от" тЬе пипппшп 1з аззшпей то Ье от" йе 1опп т'(х) = а+Ьх+сх' тчЬеге а, Ь апй с аге сопзтаптз.

ТЬе йгзт Сччо депчайчез аге: 'т"(х) = Ь+2сх Р (х) = 2с (4.3) (4.4) Ас йе пппппшп, 1"(х») = О, апд х' сап Ъе са1сц1атед агою (4.3), х» = -Ь!'2с (4.5) БцЬзйгцйп8 (4.3) апд (4.4) тпто (4.5) 81чез (4.6) х» = х- !"(х)!'1'"(х) !т" йе зузтепт 1з аг тЬе ротпт х, апд 1т" йе 6гзт тъчо депчайчез аге (спосчп аг тЫз ро(пт, (4.6) ргесВсгз тЬе 1осайоп от" йе ппшппцп. ТЫз ге!айопзЫр сап Ье 8епега1!гед Со тЬе шц!11й)шепа)опа1 саве српте еая!у (ЛасоЬу е! а!., 1972), апд В зегчез аз йе Ъаз)з Гог тЬе Хетчтоп — КарЬзоп шетЬод.

тот сртайгайс епег8у зцгтасез, по Йегатюп В песеззагу. Рог попс!цадгайс Ъцг тпопогоптс зцгтасез, йтз шейод апсНтз пюй1 Всат!опз Ьаче тч(дезргеад цй!!Су. ТЬеге аге тЬгее геазопз тчЬу В Ьаз гаге!у Ьееп цзей ш ргоЫешз от" шасготпо1есц1аг епег8у пцшпцгатюп. Р(гзт, йе ЬгВЫу попс!цадгат!с сЬагасгег от" йе епег8у зцгГасе апд йе ргезепсе о('пш!йр1е!оса! пцпппа гепйег йе зцттасе цпзшсаЫе Гог ехапцпайоп Ьу тЬе Хетчтоп-КарЬзоп а18опйш. Мозг шасгошо!есц1аг арр!!сатюпз от" тЬе шейой Ьаче Ьееп Со сотпр1еге а ппшпцгайоп тЬат тчаз тшйатед Ьу апойег шетЬод; йе Вгзт ргоЫеш тЬеп с)оез пот апзе. Бесопй, тЬе ротепгта1 епег8у йпстюп (зесйоп 4.2) тз ехргеззес1 ш сеппз от" а ппхтцге о('тптегпа1 соогйпатез (е.8., Ъопй 1еп8йз апй ап81ез) апй Сагтезтап соогй)пагез, апй оп1у гесепт!у Ьаче сопчеп!епт апа!уйс шеСЬойз Ьееп йече1оред 1ог са1сц1айп8 СЬе зесопд йепчайче шаспх (Вгоо1сз ет а!., 1983; Х8цуеп йс Сазе, 1985).

ТЫп1, а!СЬоц8Ь йе зесопс1 йепчайче птатпх сап Ье арргохппагей пшпепсаПу ог са1сц!асед апа1уйса!1у, тс !з песеззагу со !пчегс 1т (ес1цатюп 4.6), а чету ййсц!т ргоЫеш Гог шасгопю1есц!аг зузгешз ччЬеге йе шапйх в!аг8е (ЗЬт х ЗЩ апй Ггес)цепс!у !!!-сопд(Попей, Опе шоййсаг(оп, айортес1 Ьаяз зет Хетт!оп-ВлрЬзоп (АВХК) ш!шш!хатюп, !з шсогрогатес1 шсо йе СНАКММ рас1са8е от" рго8гашз Гог шасгопю!есц1аг шесЬашсз (Вгоо1сз ет а!., 1983). Бгзг огйег птейос)з тгцпсате (4.2) а(сег йе зесопд Сепп, ша)с!п8 цзе от" ш!оппайоп аЬоцс йе !оса1 з!оре оГ тЬе ротепйа1 епег8у зцгтасе (йе йгзт Епеуу тдЬ!тдгаГдоп Вгеерезв деясер1 гя а сопзегчаг!че а!аогЬ!ип !и йе яепве йа1 !1 1пев го Ьеаг! д!оииед!!у г!ои пЫ!1 чпгЬоиг егозя!пи !оса1 Ьагпегв 1о веагсЬ Гог с!еерег пеагЪу пипипа.

рЬуз!са!!у, Ь ша!сев чегу !пш1е4.,рег(игЬайопв 1о йе д д( д ~ ~ д д .д~ Ъд~Д дкЗ.Оддд д дйддд ддпипес( Ьу йе !агиевг шгегагопис Гогсев, в!серея! г!евсепг сап е!пп(паге йе йогвг вГепс сопГ!!свв апг! Ьппа Ъойг)!епийв апд! Ьопд! апи!ез го ча!иев пеаг йеп сапошса! ча!иев, Ьиг !1 чл1! пог ргос)исе йе со!!емче шогюпв (соггезропйп~ го гчеа!г Гогсев оп шапу агошя) йа1 аге песеяяагу го депегаге ор1!шиш очега!1 в1егеосЬеписа1 в1гисшгев. 11п(а попсопчегиепг шейог! апд! (з иаг1!си!аг!у !пейс(епг Гог ши!1к)ппепз!опа1 ргоЫешв йаг !пчо!че итеаи!аг рогеп1!а1 вигГасез чч!1Ь шапу 1оса! пипппа, висЬ ав 1Ьояе сЬагасгег!в1!с оГ шасгошо!еси!аг епегау са!си(а1юпв. А иепега!!у пюге ейс(еп1 г!евсеи! 1есЬпк)ие !в 1Ье сопЩаге игад!!Еиг а1яог!1Ьш.

чч'Ьегеав звеерев1 г)евсеи! сЬоояев 1Ье д!евсеи! дЬгесСюп Ъазег! епг)ге!у оп йе игайепг а1 йе сиггеп1 вгер, сощииаге игад!!ЕП1 сопьЬ!пев !пГоппа1!оп оп йе сиггепг дгайепг ипй йаг Ьаведх оп йе Огас!!еп1в а! ргеч!оив в1ерз. %е ид!11 г!евспЬе й з шейод Гог 1Ье !и|о д!!гпепв!опа! саяе, чг!1Ь оп1у а Гедч гешаг1св аЪоШ йе ши!1к$ипепз!опа! саве. Моге д)ева!1ед г!езсг(р1!опв аге ача1!аЫе !п йе ог!и(па! !Ьегагиге (Невгепев й В1!еГГе1, 1952; Р!е1сЬег дх Рзхчез, 1964) апд !п в1апг!агг! 1ехгв (Р!хоп, 1972; Р!егсЬег, ! 972; дасоЬу ег а!., 1972; Р!егсЬег, 1980). ТЬе сощииаге игад)!епг шейог! !з г!ер!егере всЬешаг!са!!у !п йииге 4.2 (ог а 1идо д)!шепз!опа! с!иад!гаг!с епегуу Гипс!!оп. БГагв(па 1гош 1Ье !и!1!а! ро!п1 А, ччЬеге йе дгайеп1 гя ии 1Ье йгвг веагсЬ йгесг!оп 1з га!сеп 1о Ье а!опт йе пека!!че игайепг, вЫсЬ 1в а!опи йе !ше АВдЯ.

ТЬе ш!питпп ча(ие оГ йе епегиу а!опа й!в яеагсЬ йгесг!оп оссигв а1 йе ро!пг В, ччЬеге йе пеиаг!че игад(!епг и, !в а!опи йе 1!пе ВС. %Ьегеаз вгеерев1 г$еясепг чдои!д) Самосе йе пех1 згер )п йаг йгес1юп, сощииа1е игад!!епг га)сев 1Ье яесопд! веагсЬ г!1гесгюп го Ье а 1!пеаг сошЬ(пагюп оГ 1Ье сиггепг игайеп1 апд 1Ье ргеч!оив веагсЬ Йгесгюп, (4.9) Кв+ Ьввв-д чдЬеге йе рагашевег Ь„!з а йе!иЫ!па ГасСог ег!иа! Со йе гагю оГ 1Ье зд!иагев оГ йе шарп(гиг!ев оГ 1Ье сиггепг апд ргеч4оиз цгаг!!епг, 11 сап Ъе ргочеп йаг, Гог.ах!иаФаг!с яигГасе 1Ье веагсЬ г!!гесгдоп врес!йег( ьу йеяе !Раз сии.ед!иаг!опя ид!11 раяз 1ЬгоиаЬ йе пипиишп оп 1ье л1Ь вгер Гог ап ад(ипепз!опа! яигГасе, ая |опд ая йе пипппшп а!опа еасЬ зиссеяядче 52 Тйеогегсеа1 псе!по~се рсй.

4.2. Кергезепсассоп оГ райз Го!!очес! Ьу сййегепс епегйу ппп!ппзайоп а1йоийпп оп а ЬуросЬейеа! сч о оппепзсопа! росепйа! зпгГаее. ТЬе ппп!ппип сз ас О, апсС сЬе е!йрзез гергезепс еопсоигз оГ росепйа! епегйу, зрасесС ас есспа! спсеггаЬ. Бсзгйпй Ггопс роси! А, сЬе расЬ йас згоп!сС Ье сассеп Ьу зсеерезс ссезеепс чйЬ ап спйпссезппа! зсер зсге ь и!епйса! со сЬас вЫсЬ згоп!гС Ье Го!1овес$ Ьу часег йочлпй сСочпЫ11, гергезепсей Ьу йе Ьеачу епгзспй йпе. гос!агйег зсер з!зез, осйегепс расЬз чоп!й Ье Го!!очей Ьу зсеерезс оезсепс апд еоп!ийасе йгас11епг; зее Сехг Гог а пюге йесайей сС!зсчззюп. веагсЬ и!гесс!оп Ы Гоппй. ТЬив, Гог йе счю йииепзюпа! саве 1п ййиге 4.2, !Г йе йгвс вСер йоев Ггогп А Со В, йе весопс! веагсЬ с!!гесиоп ч41! рава сЬгопйЬ сЬе гп!псисшп ас О. Ечеп !Г сЬе всер юге 1в пос орйпипи, йе еоп!ийасе йгао!епс спесЬой чй!1 вгй1 усе!сС а веагсЬ с!!гас!сои йаС 1в ворог!ос Со СЬаС оГ вСееревС йевсепС.

!Г, Гог ехапср!е, йе йгвс всер !и ййиге 4.2 веге 1агйег сЬап сЬе орйпппп, аггсч!пй ас ро!пс г), всеерезс оевсепс чюи!6 Го!!озг йе йгаййепс 1п йе с!1гесг!оп 0Е, чЫ!е йе !авС Ссчо ецпайопз зепи!о ргойисе а веагсЬ с!!гесгюп в, ш СЬе сС!геег!оп г)е, згЫеЬ развея пспсЬ пеагег СЬе пмвппип. Ав а сопвес!пеппе, сЫв а!дог!СЬсп Ы пспсЬ гпоге еГйссепс сЬап всееревс ссевсепс, а Гас! йас Ы йепега!!у сгпе гейагсС!евв оГ йе с11гпепвсопа!1су оГсЬе ргоЫесп ог йе па!иге оГ йе росепйа! впгГаее. Опе гпос!!йсайоп оГ СЬе сои!ийаге йгао!епг асйогсСЬги вЬоп!сС Ье псеп- Еиег8у пзоииигаг!оп 53 Иопед. Рог 1Ье и гИтепгдопа! саве, 1Ье тегЬод илИ п ЬрБ~Ы ЫЬЦ ЙО.! ц 1Й~ ц 1 ° «Ь Ь~ег~Ь~.М ' Г 1 ° Ю д(гесг(опв, з(псе 1Ье П8Ь1 Ьапд з)де оГ(4.9) дерепдв оп йе ргечюиз веагсЬ д(гесгюп, в„„гагЬег йап оп йе ргеч)оив 8гад!еп1, 8„,.

То ргечепг йи ассшпи!адоп оГ еггогв, 1Ьеа!цог)йгп (в т1еггир1ед апд..гезе1 ечегу ги,. вгерв, члй аг < п, Ъу Ьагдп8 йе веагсЬ д(гесг!оп оп йе сиггепг 8гаеИеп1 оп!у, зегдп8 6 = 0 1п (4.9) (г!егсЬег д! Кеечев, 1964). А!йои8Ь а18одйтв йаг аге вИИ тоге роюегГи! апд е(Ис(епг аге ачаИаЫе Гог попИпеаг орйп(хаг!оп (Р!хоп, 1972; Р!егсЬег, 1972; УасоЬу е! а!., 1972; Р!егсЬег, 1980), йеу Ьаче по1 Ъееп чдде!у изед 1п тасгопю!еси!аг епег8у пиппшхадоп. 1п рагг, 1Ь!з В Ьесаиве в1еерев1 дезсепг апд соп)и8а1е 8гаддепг сап 8епегаИу гево!че 1Ье ччогзг в1едс сопИ(сзв т тоде! вггисгигев. ТЫв а!во гейесгз йе Гас! йаг ечеп йе пювг роиегГи! а!8ог11Ьтв вои!д печег Ье аЫе го Ипд йе 81оЪа! пипипшп Гог сотр!ех яувгетв идгЬ Ьипдгедв оГ де геев оГ дохи ллд д чеху !аг8е апд ип1споип пшпЬег оГ !оса! пипипа.