Диссертация (1145980), страница 16
Текст из файла (страница 16)
Необходимо внедрение методовдетекции карбапенемаз в практику бактериологических лабораторий, а такжевести контроль за выполнением мер по борьбе с уже выявленнымивнутрибольничными вспышками.4.3 Носительство карбапенемаз и его роль в их распространенииБессимптомное носительство продуцентов карбапенемаз было выявленов стационарах, где ранее уже были зафиксированы штаммы-продуцентыкарбапенемаз явившиеся возбудителями инфекций.
Существенная долявыявленных A. baumannii заслуживает дополнительного исследования.Продуценты семейства Enterobacteriaceae были выявлены в 7,3% от общегоколичестваобразцов.Вданномслучае,этиданныедоказываютнеобходимость введения в практику выявления носителей карбапенемаз.Если обратиться в опыту Великобритании, то данный вопрос уже имеетварианты решения и проработанную стратегию принятия мер, но с большимтрудом экстраполируется на отечественную практику. Кратко можноперечислить основные меры по выявлению носителей карбапенемаз:1. Анализ на носительство продуцентов карбапенемаз при поступлениипациента с историей госпитализации в других странах, контакта с другиминосителями или госпитализацией в стационарах, где была зафиксированавнутрибольничная вспышка.1022. Госпитализация таких пациентов в отдельных палатах с отдельнымиванными комнатами и соблюдение всех правил личной гигиены.По нашим данным, фиксируемые вспышки продуцентов карбапенемаз встационарах также сопровождаются и бессимптомным носительством, чтоабсолютно коррелирует с литературными данными (Gupta et al.
2011).Выявлениебессимптомногоносительствапродуцентовкарбапенемазявляется ключевым звеном в борьбе с их распространением.4.4 Новый вариант генетического окружения гена blaKPC-2Передача плазмид между различными штаммами является важныммеханизмом, определяющим распространение детерминант резистентности.Эпидемиологии плазмид незаслуженно уделяется мало внимания, чтообъясняется, вероятно, относительной сложностью подходов для ихизучения.
На сегодняшний день, в базе данных «ГенБанк», представлены 33полностью отсеквенированных плазмиды несущих гены blaKPC-типа, включаяплазмиду, представленную в данном исследовании (GenBank: KP008371.1).Большинство плазмид относятся к IncFI и IncFII – группам несовместимости,т.е. являются способными к конъюгации. Из 33 записей, 25 включаютокружение гена blaKPC соответствующее изоформам транспозона Tn4401, 8включаютвариантынеканоническогоокружения.Плазмида,отсеквенированная в данном исследовании, является, на текущий момент,единственной несущей вариант генетического окружения, включающегоTEM-KPC–комплекс.Безусловно,наибольшийнаучныйинтереспредставляет перспектива отсеквенировать другие плазмиды, несущие TEMKPC-комплект, которые были выявлены с помощью секвенирования поСэнгеру, но, на сегодняшний день, представлены маленькой областьюпокрытия (от 1000 до 9000 п.о.) (Gomez et al.
2011, Chen et al. 2014,Chmelnitsky et al. 2014), не отражающей структуру мобильного элемента, атакже данные о самой плазмиде.103Суммирование найденной информации о случаях выявления вариантовTEM-KPC-комплексаговорито,вероятно,началеновоговиткараспространения гена карбапенемаз KPC-типа. Данный пример отражаетспособностью тех или иных генов не только менять локализацию схромомсомной на «плазмидную», но и менять структуру мобильногоэлемента на более подвижный и более эффективно обеспечивающийраспространение генов резистентности.104ЗаключениеПродуцентыкарбапенемазявляютсяважнейшимивозбудителямивнутрибольничных, и, в последнее время, внебольничных инфекций. Впоследние годы наблюдается тенденция к их быстрому распространению. ВРоссии циркуляции продуцентов карбапенемаз уделяется недостаточноевнимание.
В этой связи, очень важным является проведение мониторинга какуровня антибиотикорезистентности, так и клональной принадлежностиотдельных продуцентов карбапенемаз. На сегодняшний день сложно оценитьдинамику изменения частоты продуцентов карбапенемаз в связи сограниченной выборкой и коротким промежутком времени изучения даннойпроблемы. Можно предположить, что наименее благоприятная ситуацияскладывается в Санкт-Петербурге, так как именно в Санкт-Петербурге,впервые в России, были обнаружены продуценты KPC и NDM – типов, в томчисле в масштабах внутрибольничных вспышек.Анализируя молекулярную эпидемиологию продуцентов карбапенемаз,можно сделать вывод, что для разных типов генов карбапенемаз, мынаблюдаем разный эпидемиологический путь распространения. Если дляпродуцентов генов blaNDM-1 мы предполагаем единичные случаи импорта споследующим распространением единой генетической линии по несколькимстационарам Санкт-Петербурга, то для продуцентов генов KPC-типаситуация наблюдается обратная, что, вероятнее всего, свидетельствует омногократных случаях импорта, в том числе, удалось показать возможнуюсвязь плазмиды несущей blaKPC-2 (K.
pneumoniae ST273) с регионом Китая иВьетнама. В других случаях, были зафиксированы внутрибольничныевспышки, вызванные представителями одной генетической линии.Описанный в данном исследовании гипотетический мобильный элемент,несущий ген blaKPC-2, представляет как фундаментальный интерес, с точкизренияэволюциимобильныхгенетическихэлементов,такиего105эпидемиология является вопросом имеющим прикладное значение в связи свыявленными особенностями его распространения, выражающимися вотсутствии видового предпочтения внутри семейства энтеробактерий.Выявление новых мобильных элементов, являющихся на сегодняшний деньминорными, но, тем не менее, выявляемыми в разных странах позволяет приих детальном анализе получить данные о их микроэволюции, а также даётшанс выявить закономерности определяющие распространение общественнозначимых детерминант резистентности.Таким образом, проведённые генотипические исследования позволиливыявить связь Российских изолятов-продуцентов карбапенемаз с другимигенетическими линиями, циркулирующими на земной шаре.
Заложеныосновыдлянаблюдениязараспространениемпродуцентов карбапенемаз на территории России.имикроэволюцией106Выводы1. ОбнаруженыпредставителиK.pneumoniae,продуцирующиекарбапенемазы, которые относятся к следующим генетическимлиниям: NDM-тип у генетических линий K. pneumoniae ST340, ST147 иST101; KPC-тип - у ST258, ST11 и ST273; OXA-48-тип - у ST147 иST395.2. Установлен факт бессимптомного носительства пациентами отделенийреанимации и интенсивной терапии продуцентов карбапенемаз.3. Разработан оптимизированный алгоритм выявления продуцентовкарбапенемаз,включающийфенотипическуюдетекциюкарбапенемазной активности с помощью масс-спектрометрии, а такжемолекулярную детекцию генов карбапенемаз с помощью ПЦР.4. Описан новый гипотетический мобильный элемент несущий ген blaKPC2,фланкированный повторами Tn3-типа и включающий помимо генакарбапенемазыдвафосфотрансферазы.генаblaTEM-типаигенмакролид-2-1071.
Практические рекомендацииПрианализерезультатовоценкиантибиотикочувствительностиграмотрицательных бактерий – возбудителей госпитальных и внебольничныхинфекций необходимо выявлять изоляты, подозрительные на продукциюкарбапенемаз.К подозрительным следует относить изоляты в отношении которыхМПК (или диаметр зоны задержки роста, при использовании дискодиффузионного метода), хотя бы одного карбапенемного антибиотикапревосходитзначение«эпидемиологическойточкиотсечения»,рекомендуемых EUCAST.Дляверификациипродукцииподозрительнымиизолятамикарбапенемаз и наличия у них соответствующих генов следует использоватьфенотипические методы (тест Ходжа, масс-спектрометрию) и молекулярныетесты (традиционную ПЦР или ПЦР в реальном времени).Для оценки эпидемиологической ситуации и обоснования мероприятийпосдерживаниюраспространенияантибиотикорезистентностивмедицинских учреждениях среди пациентов следует проводить скрининг набессимптомное носительство продуцентов карбапенемаз.108Список сокращенийESBL – extended spectrum b-lactamaseCPE – carbapenem-producing enterobacteriaST – sequence typeMLST- multi locus sequence typingMBL – metallo-b-lactamaseEDTA - Ethylenediaminetetraacetic acidCG – clonal groupCC – clonal complexBLAST – basic local alignment toolSNP – small nucleotide polymorphismSLV – single locus variantDLV – double locus variantmg/ml – мили грамм на миллилитрCLSI - Clinical laboratory standards instituteEUCAST - The European Committee on Antimicrobial Susceptibility TestingECDC - European Centre for Disease Prevention and ControlTAE - Трис-ацетатный буферAMP – ампициллинCTX – цефотаксимCSL - цефоперазон-сульбактамCAZ - цефтазидимCAZ/CC - цефтазидим-клавуланат109FEP - цефепимFEP/CC - цефепим-клавуланатATM – азтреонамERT - эртопенемIMI – имипенемMER – меропенемDOR – дорипенемBIA – биапенемGEN - гентамицинAMK – амикацинTYG – тигециклинPOL – полимиксинFOS фосфомицинCIP – ципрофлоксацинSXT - триметоприм-сульфометаксозолCHL – хлорамфениколПСБ – пенициллин-связывающий белокМПК – минимальная подавляющая концентрацияЭДТУ - Этилендиаминтетрауксусная кислотаМг/л – мили грамм на литрПЦР – полимеразная цепная реакцияДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота110БлагодарностиАвторвыражаетблагодарностьзаруководство,всестороннююподдержку и бесценные советы на всех этапах выполнения работы научномуруководителюдокторумедицинскихнаук,профессоруСергейВладимировичу Сидоренко («ФГБУ НИИДИ ФМБА России», СанктПетербург).
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
