Диссертация (1145980), страница 15
Текст из файла (страница 15)
Высокаяспецифичность и чувствительность вместе с высокой скоростью выполненияанализов современных методов позволяет не только выявлять опасныепатогены, но и вести борьбу с их распространением. Эпидемиологиякарбапенемаз в России становится важным объектом исследований, особеннов Санкт-Петербурге и Москве, а также является большой проблемойздравоохранения.4.1 Сравнение внедрённых в практику методов детекциикарбапенемаз с аналогамиПерваяпубликация,посвященнаявариантамметодикдетекциикарбапенемазной активности с помощью масс-спектрометрии, вышла в 2011году (Hrabak et al. 2011), после чего последовал целый ряд предложенныхмодификаций (Burckhardt and Zimmermann 2011, Birgy et al. 2012, Sparbier etal. 2012).
Каждая из предложенных методик достойна внедрения в практику,97но, тем не менее, внедрение собственного протокола, основанного на анализеболее ранних работ позволило существенно упростить как пробоподготовку,так и сам процесс учёта результатов. К существенным упрощениям можноотнести использование матрицы HCCA, которая применяется в рутиннойидентификации видов бактерий бактериологическими лабораториями вместоDHA, что снимает необходимость дополнительных закупок реактивов.Использование стандартного протокола, используемого при идентификациимикроорганизмов, позволяет пользователям работать с данной методикой невдаваясь в подробности специфики различных характеристик настроекприбора. Также, важным элементом является использование лекарственнойформы меропенема, а не чистой субстанции, что делает данный протоколэкономическиболееэффективнымпосравнениюсаналогами.Перечисленные качества позволяют провести внедрение данного метода попредложенному протоколу в лаборатории, где уже используется MALDI-TOFмасс-спектрометрвышеперечисленныхдлярутиннойдостоинствахвидовойидентификации.сохраняютсяПрипоказателичувствительности и специфичности выше чем у модифицированного тестаХоджа.
К сожалению, адекватно сравнить чувствительность и специфичностьпредложенного протокола с его аналогами не представляется возможным, нопорядок этих значений ожидается аналогичный.В данной работе использовалось три варианта детекции геновкарбапенемаз с помощью ПЦР:Мультиплексная ПЦР с электрофоретической детекцией генов blaNDM,blaOXA-48 и blaKPC – типов, праймеры подобранны самостоятельно. Данныйвариант представляется наиболее экономичным, он позволяет выявлять геныосновных карбапенемаз, распространенных в регионе Санкт-ПетербургаМультиплексная ПЦР в реальном времени для детекции генов KPC-,OXA-48-, IMP-, NDM-, VIM-типов (готовые наборы производства ООО«Интерлабсервис»).
Наличие поставляемых в комплекте контролей даётвозможность не хранить контрольные культуры, а также уменьшает влияние98«человеческого фактора». Тем не менее, мишени в подобных наборахсформированы по схеме соответствующей систематике карбапенемаз, чтоявляетсяплюсомприсочетанииданнойметодикисметодикойдифференцировки карбапенемаз с помощью ингибиторов, но вынуждаетиспользовать два набора для изучения одной пробы, так как, например, генынаиболее распространенных карбапенемаз blaKPC-типа и blaNDM-типа не могутбыть выявлены в одной мультиплексной реакции из-за компоновки наборовТрадиционнаяПРсэлектрофоретическойдетекциейгеновсиспользованием праймеров из статьи (Poirel et al. 2011).
Данный вариантпозволяет выявлять максимальное количество генов карбапенемаз, включаяредкие, в том числе не описанные на сегодняшний день на территорииРоссиииневходящиевчисломишенейготовыхПЦР-наборовотечественного производства.Все перечисленные подходы являются вполне адекватными, нообладающими плюсами и минусами. По мнению автора, в арсеналелаборатории включившей в свою практику выявление и идентификациюгенов карбапенемаз у энтеробактерий уместны все три варианта ПЦР.Вполнеочевидно,чтонапрактикевозможноиспользоватьпоследовательное применение серии методов.И, наконец, предложенная в данной работе мультиплексная ПЦРпозволяет, на сегодняшний день, с учётом известного состава карбапенемазэнтеробактерий в Санкт-Петербурге, провести анализ с помощью однойреакции.
Такой подход, по мнению автора, наиболее экономическипривлекателен и не требует существенных временных затрат, но, безусловно,следует ожидать увеличения разнообразия карбапенемаз и иметь в запасеготовые ПЦР системы на все возможные мишени.4.2 Особенности эпидемиологии карбапенемаз в Санкт-ПетербургеПроблема карбапенемаз и эпидемиология отдельных генов карбапенемазявляется специфичной для каждого региона. Данных по ситуации в России99достаточномало,тутуместнопривестирезультатыисследования«Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacteriaceae встационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологическогоисследования МАРАФОН в 2011–2012 гг.
(М.В. Сухорукова и др. 2012)исследовательскаягруппа≪МАРАФОН≫НИИантимикробнойхимиотерапии ГБОУ ВПО СГМА Минздрава России, Смоленск, Россия». Вданномисследованиибыласобранаипроанализированаколлекциянозокомиальных изолятов Enterobacteriaceae из 25 стационаров 18 городовРоссии – Воронежа, Екатеринбурга, Ижевска, Казани, Кирова, Москвы,Мурманска, Нижнего Новгорода, Новокузнецка, Новосибирска, Омска,Санкт-Петербурга, Смоленска, Томска, Тюмени, Челябинска, Якутска иЯрославля. Изоляты анализировались в период 2011 – 2012 годов. Динамикароста устойчивости к карбапенемам представлена на рисунке 12.Рисунок 12.
Динамика устойчивости* к карбапенемам и продукциякарбапенемаз у нозокомиальных штаммов энтеробактерий в РФ поданным многоцентровых исследований НИИАХ/МАКМАХ.*% нечувствительных (умеренно резистентных и резистентныхизолятов) ** НД – нет данных.100Необходимо отметить, что в большинстве случаев увеличение МПК ккарбапенемным антибиотикам не связано с продукцией карбапенемаз, тем неменее, в коллекции 2011-2012 года наблюдается резкое увеличение долирезистентных штаммов продуцирующих карбапенемазы.
Сравнивая данныеполученные в этом исследовании с собственными результатами можнозаключить что ситуация в Санкт-Петербурге, в общем, коррелирует сдинамикой увеличения доли продуцентов карбапенемаз в России. Тем неменее, типовой состав карбапенемаз отличается. Доминирующим типомкарбапенемаз в исследовании «МАРАФОН» является OXA-48-тип, NDMкарбапенемазы представлены единичными случаями, а KPC не быливыявлены. В коллекции собранной в Санкт-Петербурге Доля OXA-48карбапенемаз существенно меньше доли NDM и KPC, что свидетельствует оразличной эпидемиологической ситуации в различных городах России, атакже может говорить о формировании отдельных неблагополучныхрегионов.Следует отметить, что для достоверной оценки частоты встречаемостипродуцентов карбапенемаз в Санкт-Петербурге, необходимо провестимасштабноеисследование,включающее,какминимум,четвертьстационаров, а также фиксированное число случайно отобранных изолятовиз каждого стационара, в противном случае, получить достоверную картинуне получится из-за доминирования штаммов-продуцентов из стационаров,гдеужезафиксированывнутрибольничныевспышкипродуцентовкарбапенемаз.
Также ситуация за три года могла измениться, например, геныKPC-типа в 2012 году в России ещё не были обнаружены, а в 2014 - 2015году были зафиксированы уже несколько внутрибольничных вспышек.Проведение масштабного исследования определения частоты продуцентовкарбапенемаз в Санкт-Петербурге с повторяемостью в один-два годаявляется прикладной эпидемиологической задачей для оценки динамикираспространения карбапенемаз. На основе собственных результатов, можнопредположить, что Санкт-Петербург, на сегодняшний день, претендует на101звание города с самой неблагополучной ситуацией распространениякарбапенемаз в России.Из нашего исследования следует, что для Санкт-Петербурга наиболееактуальными генами карбапенемаз являются NDM-, KPC- и OXA-48- типы,т.е.
гены, имеющие наибольшее значение как в Европе, так и другихрегионах мира (Gupta et al. 2011). Одной из причин формированиянеблагоприятной ситуации стали пропущенные первые случаи импортакарбапенемаз на территорию Санкт-Петербурга и отсутствие обозначеннойпроблемы в медицинском сообществе.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
