Отзыв официального оппонента (Сравнительный анализ связывающей и эстеразной активности сывороточного альбумина человека, быка и крысы)

отзыв на диссертационную работу Шмурака Владимира Игоревича на тему «О1эаВнитс11ьный анализ СВязывак)щей и эстс11азной ак1'иВности сывороточного альбумина человека, быка и крысы»„представленную на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специалыюсти 03.01.04 — Биохимия Актуальность темы исследования Диссертационное исследование Шмурака Владимира Игоревича, выполненное под руководством доктора биологических наук Гончарова Николая Васильевича посвящено изучению функций мажорного белка сыворотки крови млекопитающих — альбумина. Основные функции сывороточного альбумина, такие как транспорт эндогенных и экзогенпых сослинсний и поддс1эжанис Осмотичсского даВлсния, изВесп1ы довоз!ыю давно и хО1эоню изучснь1, ФС1эмснта!ивная актиВнос1ь альбумина была показана не так давно, и на данный момент этот феномен малоизучсн. '!'см более нет исследований, посвященных межвидовому отличию характеристик связ1!В11ни11 и ~~~ив~~~~~ альбумина.

Тем Временем такис исследован!ия и полученные в них результаты необходимо учитывать при планировании токсикологических и фармакологических исследований на лабораторных животных, как на основном объекте доклинических испытаний. Этот факт., несомненно, определяет значительную актуальность темы диссертационного исследован ия 1Пму рака В.И. Обоснованность научных положений и выводов Научные положения, выносимые на защиту, обоснованы и логично связаны с целью исследования и полученными данными. Выводы, сформулированные по результатам диссертационного исследования, так же .

как и положения, выносимые на защиту, подтверждены большим объемом результатов полу'-!енных с испо!!Ьзованием современг!ых биофизических и биохимических методов исследования. Садлоу 1, а, по результатам молекулярного моделирования, продемонстрировал существенно более значительное сродство нстоксичных Р1ч ) изомеров к Туг 411 в сайте Садлоу П. Владимир Игоревич предложил оригинальную схему. и математическую модель для представления эстеразной активности альбумина, позволя)ощуго описывать сложныс с функциональной точки зрения белки, в структуре которых присутствует несколько разных сайтов, облада!ощих ферментативной или псевдоферментативной активностью. Результаты диссертационного исследования В.И. Шмурака могут быль использованы при проведении доклинических исследований фармпрепаратов, токсикологических исследованиях, а также при разработке Научная новизна, теоретическая и пракгическая значимость днссертацноннои работы Соискателем проведен сравнительный анализ сывороточных альбуминов разных видов животных, и выявленные структурно- функциональные особенности необходимы для планирования экспериментальных исследований, в том числе доклинических испытаний фармакоз!огических препаратов.

Автор внес существенный вклад в разработку и совершенствование методологии сочетаг!но! о анализа и яйсо и т и!го, что, безусловно, даст возможность всесторонне и более полноценно исследовать белковые структуры, обладающие важной биологической активностью, В качестве примера можно привести то, как используя подобную стратегию, наряду с другими соединениями диссертант исследовал взаимодействие альбумина со стереоизомерами зомана, специфическими ищ иб!ггорами сайтов Садлоу 1 и П и показал, что высокотоксичные Р1-) изомеры продуктивно взаимодеи*ствуют с сайтом новых соединений, модулирующих эффективность применяемой терапии, путем воздействия на альбумин как на мажорный белок сыворотки крови, изменяя его свойства.

Достоверность и объективиост!~ нолучеинь!х результа!Ов Соискате5гем сформу55и1эован!э! И5!'!ь научных ПОложепий, ВынОсимых на защиту. Достоверность научных положений обеспечена достаточным объемом экспериментальных исследований, проведенных на высоком методологическОм у1эое5пе, В сочети!Ни с сов1эеменными методами статистического анализа. Диссертант в своей работе применил как традиционные, так и совреме!щыс биохимические и биофизические методы. Структура и содержание работы Диссертация Шмурака Владимира Игоревича состоит из Введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов собственных исследований, и их обсуждения, заключения, Выводов и списка литературы, Структура и форма изложения материала диссертационной работы соответствует требованием ВЛК.

Работа изложена на 148 страницах, Ьиб55иографический список сот!Ср>кит 208 источников, из 198 работ зарубежных авторов. Важнейшие положения диссертационной работы иллюстрированы 40 рисунками и 2б таблицами. Основные результаты работы приведены в 15 научных публикациях, из них 10 статей в рецензируемых изданиях, рекомендованных ВЛК РФ. В обширном литературном обзоре описаны научные достижения, начиная с середины ХХ века и заканчивая современными данными, так или иначе касающиеся эстеразной и псевдоэстеразной активности альбумина. Приведены современные сведепия о принципах токсического действия фосфорорганических соединений 1ФОС), а также имеющиеся данные о взаимодействии альбумина с ФОС.

Описаны применяемые методы молекулярного моделирования. В главе «Материалы и методы» подробно описаны методы биохимического анализа и методы молекулярного моделирования. Хотелось бы особо отметить эффективное применение автором методов молекулярного моделирования и вполне адекватных версий программных продуктов 1-1урегС!тс1п 8.0, С~гогпасз, АН1одос1с4 в решении поставленных задач. К сожалению, до сих пор указанные методы весьма неуверещю применяют в анализе механизмов взаимодействия сложных эфиров с альбумином. Так, в единственной работой в этой области, Выполненной десять лет тому назад, докинг проводился только в сайт связывания '1 уг411, а метод молекулярной динамики вообще не использовался ее автором. В агом отношении прсдставлешгая Шмураком В.И.

диссертационная работа исключительна. В ней методом впервые молекулярного моделирования исследовано взаимодействие Туг150 и '1 уг411 альбумина с зоманом, вклкэчаюгцсе докинг в сайты Туг!50 и Туг411 и проверку стабильности комплексов методом молекулярной динамики. В главе «Результаты и обсуждение» приведены данные биохимических исследований, характеризующих связывающую и эстеразную активности альоумина с различными субстратами. Затем последовательно представлено сравнительное исследование связывающей и эстерааной активности альбумина человека, быка и крысы. Методами молекулярного моделирования проведен ИОиск саитОВ, ОтВстстВенных за эстеразну$0 актиВность альбумина„ и в заключительной части этого раздела представлен сравнительный анализ !и ийсо связывания параоксона с сывороточным альбумином человека и быка. В главе «Закл1очение» проводится краткий анализ представленных данных, после чего следуют выводы, которые полностью соответствуют поставленным задачам и результатам настоящего исследования.

Замечании и вопросы 1!ринципиальных замечаний к представленной диссертационной работе нет, однако при ознакомлении с научной работой возникли следукэ цие вопросы: 1) !!родуктивцая сорбция зомана в активном центре возможна только после депротонирования каталитического тирозина. Хотелось бы узнать точку зрения диссертанта на то, за счет чего может происходить депротонирование указанного тирозина. Как известно рКа свободного тирозина составляет примерно 10, В связи с этим возникает вопрос о том, имеются ли данные о влиянии связывания альбумином субстрата на величину рКа тирозина, и если таковыс имеются, то сколь значительно это влияние'~ 2) В диссертационной работе эксперименты !и тпо проведены с тремя видами альбумипа - с человеческим, бычьим и крысиным, в то время как расчеты ш,п! ~с» -- только с человеческим и бычьим.

!'":стес гвешю возникает вопрос, почему не были сделаны расчеты и я/к» с крысиным альбумином. Можно предположить, что препятствием в этом случае стало отсутствие данных ренгеноструктурного анализа, в связи с чем автор прибег к построению трехмерной структуры анализу с помогцью биоинформатики. Хотелось бы услышать о наиболее суп!ественных де~алых используемого им подхода и о дальнейших плана~ на завершение очень интересного расчетного эксперимента. 3) В работе диссертанта, по данным молекулярного моделирования сродство сайта Садлоу-! к и-нитрофснилацетату вьппс, чем сродство сайта Садлоу-2, в то время, как по данным экспериментов ы ий"о, получается наоборот.

Используя предложенную Вами очень оригинальную кинетическую схему, не могли бы Вы объяснить, с чем и в какой степени это может быть связано? Заключение Диссертационная работа Шмурака Владимира Игоревича, выполненная пол руководством доктора биологических наук Гончарова Николая 13асильевича, является законченной научно-квалификационной работой„в которой содержится решение задачи, имеющей большое значение для развития теоретических представлений и практических методов работы с альбумином и другими белками, имеющими несколько активных центров и обладающими неспецифическими ферментативными функциями.

Эти знания необходимы, в частности, при провелении доклиничсских испытаний, фармако- и токсикокинетических исследований. 11о своей актуальности, обьему выполненных исслелований, научной новизне, теоретической и практической значимости полученных данных представленная диссертационная работа 1Цмурака Владимира Игоревича соответствует всем требованиям и.

9 «11оложения о порядке присуждения ученых степеней»„ утвержденного постановлением Правительства Российской Федерации от 24,09.20! 3 г. №842, предъявляемым к диссертациям па соискание ученой степени кандидата биологических паук, а соискатель заслуживает присуждения искомой степени кандидата биологических наук по специальности 03.01.04-- биохимия. Доцент с возложением обязанностей заведующего кафедрой биохимии биологического факультета ФГ130У ВО «Санкт-Петербургский государственный университет», кандидат биологических наук з "Э- 11 1я'~.-"" В.Е.

Стефанов Адрес: 199034, Санкт-Петербург, Университетская наб. 7-9 Телефон: +7(921)5539076 ич11у1а йийыь Ж~'~~~~'.- "."' ' е-~па~~: ч5!айсоуйьльухи ИБЕРЯ В .