отзыв на автореферат к.б.н. Абдуллатыпова А.В. (Анализ данных атомно-силовой микроскопии с помощью компьютерного моделирования)
Описание файла
Файл "отзыв на автореферат к.б.н. Абдуллатыпова А.В." внутри архива находится в следующих папках: Анализ данных атомно-силовой микроскопии с помощью компьютерного моделирования, Документы. PDF-файл из архива "Анализ данных атомно-силовой микроскопии с помощью компьютерного моделирования", который расположен в категории "". Всё это находится в предмете "физико-математические науки" из Аспирантура и докторантура, которые можно найти в файловом архиве МГУ им. Ломоносова. Не смотря на прямую связь этого архива с МГУ им. Ломоносова, его также можно найти и в других разделах. , а ещё этот архив представляет собой кандидатскую диссертацию, поэтому ещё представлен в разделе всех диссертаций на соискание учёной степени кандидата физико-математических наук.
Просмотр PDF-файла онлайн
Текст из PDF
отзыв на автореферат диссертации Толстовой Анны Павловны «АНАЛИЗ ДАННЫХ АТОМНО-СИЛОВОЙ МИКРОСКОПИИ С ПОМОЩЬЮ КОМПЬЮТЕРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ», представленной на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук по специальности 03.01.02 — биофизика По результатам работы было опубликовано 2 статьи в рецензируемых журналах, 1 статья в нерецензируемом журнале, 1 публикация в сборнике трудов и 11 публикаций в материалах тезисов российских и международных конференций, что свидетельствует о хорошей апробации работы и ее высокой научной значимости.
Несмотря на сделанные замечания, диссертационная работа Толстовой А. П. удовлетворяет требованиям, предъявляемым к кандидатским диссертациям, и ее автор заслуживает присуждения ученой степени кандидата физико-математических наук по специальности 03.01.02 — «биофизика». Кандидат биологических наук, младший научный сотрудник Института фундамуяфлвнвгх.'Й)зс)блем 30,11.2015 биологии РАН ,:~' .;А' '4' 'Ф' Абдуллатыпов Азат Вадимович Г "-' '::. Ф~.~~й~дм:,~~~3. ик~л»; Представленный автореферат, характеризуя содержание и структуру исходной диссертационной работы Толстовой А.П., дает ясное представление о проблематике, актуальности, целях и конкретных задачах исследования. Работа посвящена применению методов компьютерного моделирования для уточнения данных, полученных методом атомно-силовой микроскопии.
Для моделирования были выбраны следующие объекты и процессы; 1) п70-субъединица РНК-полимеразы Езсйег1сЬ1а сой и ее олигомеризация в фибриллу; 2) синтетическая молекула бтарййе шой11ег (ОМ) и ей адсорбция на поверхность графита; 3) лизоцим куриного яйца и его адсорбция на поверхность слюды 4) фибриноген и его адсорбция на поверхность слюды. Автор успешно провел моделирование олигомеризации а70-субъсдиницы РНК- полимеразы, а также предложил модель образования фибриллы этого белка вида «бусина на нити», что вносит существенный вклад в понимание процесса олигомеризации белков и формирования фибрилл из глобулярных белков. Это может помочь в том числе и в исследовании фундаментальных принципов образования фибрилл амилондного типа.
Моделирование адсорбции лизоцима на поверхность слюды также вносит вклад в исследование образования амилоидных фибрилл. Помимо этого, работа автора позволила проводить коррекцию данных, полученных методом атомно-силовой микроскопии, то есть, внести поправки на ряд артефактов эксперимента. Достоверность полученных результатов не вызывает сомнений„выводы соответствуют поставленным задачам и обоснованы, Несмотря на высокий уровень работы, следует сделать ряд замечаний. Во-первых, из автореферата не ясно. чем лимитировалось время вычисления молекулярной динамики. Во- вторых, хотелось бы узнать, почему в одних случаях было выбрано силовое поле ОР1.В, а в других — силовые поля АтЬег99 и СНАКММ27.
Также работа не лишена опечаток и стилистических ошибок. .
