отзыв на автореферат д.ф.-м.н. Галзитскои О.В. (Анализ данных атомно-силовой микроскопии с помощью компьютерного моделирования)

ОТЗЫВ на автореферат диссертации Толстовой Анны Павловны «Анализ данных атомно-силовои микроскопии с помощью компьютерного моделирования» на соискание ученой степени кандидата физика-математических наук по специальности 03.01.02 — «Биофизика» Доктор физико-математических наук, Руководитель группы био информатики Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института белка Российской академии наук (ИБ РАН), г.

Пущино, ул. Институтская д.4, 142290, тел. 8903б75015б, о аЫ1йче а. го1гез.ги, въяве.рго1гез.гп. сана Валериановна ,.""Ъ. ' ОВМФ ',~фФ тская Ок 2015 Галзи 26.11. В автореферате Толстовой А.П. описаны результаты исследования п остранственной структуры белков а~~-субъединицы РНК-полимеразы Е. сой, Р тр фибриногена человека и лизоцима из куриного яйца методами молекулярной динамики и атомно-силовой микроскопии (АСМ).

В первом случае Толстова А.П. получила модель двух димеров о~~-субъединицы, а также исследовала влияние ионной силы на структуру свободной о7О-субъединицы. Для второго белка, фибриногена, Толстова А.П. построила модель адсорбции на различные поверхности, на которых по данным АСМ белок принимает разную пространственную структуру. На основе моделирования и АСМ- сканирования белка лизоцима Толстова А.П. разработала методику сравнения данных АСМ и молекулярной динамики. Суть ее в том, чтобы имитировать зондовое сканирование модели адсорбированного белка, а затем сравнивать модельное и экспериментальное изображения АСМ. Большое внимание было уделено вопросам применимости метода молекулярной динамики к совместной трактовке данных с данными АСМ, Для этого Толстова А.П. провела ряд дополнительных экспериментов.

Замечания по автореферату. Нельзя назвать фибриллой комплекс, состоящий из двух димеров (Рис.б). На рисунке 4 отсутствует рисунок (б), а на рисунке 7 вместо Д приводится рисунок Г. В автореферате не сказано какой рдЬ файл был использован для моделирования лизоцима и фибриногена. Актуальность работы состоит в том, что предложен метод совместного анализа данных атомно-силовой микроскопии н молекулярной динамики, который позволяет уточнить структуру нерасшифрованных областей белка. Все основные результаты Толстовой А.П. получены впервые, выводы обоснованы и заслуживают высокон оценки. Материалы диссертации были представлены на международных конференциях, основные результаты опубликованы в 15 работах, в том числе в 2 статьях из списка ВАК.

Диссертация Толстовой А.П, является законченным научным трудом н соответствует всем требованиям ВАК для квалификационных работ на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук. .