отзыв на автореферат д.б.н. Плесковои С.Н. (Анализ данных атомно-силовой микроскопии с помощью компьютерного моделирования)

отзыв на автореферат диссертации «Анализ данных атомно-силовой микроскопии с помощью компьютерного моделирования» Толстовой Анны Павловны. Диссертация представлена на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук по специальности 03.01.02 — «Биофизика» Диссертация Толстовой Анны Павловны посвящена применению компьютерного моделирования для анализа экспериментальных данных, полученных методом атомно- силовой микроскопии (АСМ).

Сочетание теоретического и практического подхода позволяет обогатить методологическую базу как компьютерного моделирования, так и АСМ. Цель работы сформулирована четко, задачи поставлены корректно. Основное внимание в работе уделяется вопросам исследования участков структуры белка, о которых в настоящее время отсутствует информация в базах данных. Не менее интересными представляются изучение минимизации энергии протеинов и моделирование адсорбции амилоидных фибрилл на модифицированных подложках.

Соискателем получен ряд оригинальных экспериментальных результатов методом АСМ, который использовался для верификации результатов моделирования. Наиболее ' интересным результатом, полученным Толстовой А.П. является создание полноатомных молекулярных моделей адсорбированных белков фибриногена и лизоцима. Разработанный алгоритм может лечь в основу моделирования взаимодействий между другими протеинами и модифицированными подложками. Судя по автореферату, Толстова А.П.

в своей диссертационной работе тщательно подошла к решению поставленных задач. В частности, для анализа пропусков в структуре белка автором использовалось внушительное количество структур из банка данных, для моделирования подложек Толстова А.П. разработала собственную параметризацию для силового поля, а при моделировании фибриллообразования и -субъединицы РНК- 7« полимеразы Е.сой комбинировалось большое число возможных вариантов взаимного расположения мономеров и димеров белка.

Основными результатами диссертационной работы Толстовой А.П. являются получение молекулярных моделей протофибрилл и'"-субъединицы РНК полимеразы Е.со!1; сравнительный анализ данных АСМ и молекулярной динамики достроенных белков с использованием методов предсказания структуры отсутствующих фрагментов белков; моделирование часто используемых в АСМ подлозкек: графита, слюды, ГМДС- слюды и ~рафита, покрытого ОМ.

Полученные в диссертационной работе результаты и выводы представляются оригинальными и хорошо обоснованными, Диссертация прошла хорошую апробацию: основные результаты работы были опубликованы в 15 работах !вклк1чая две публикации из списка ВАК). Таким образом работа Толстовой А.П. представляет собой законченное научное исследование, содержащее новое решение актуальной научной задачи. Судя по автореферату, диссертационная работа Толстовой Анны Павловны соотвегствует всем требованиям ВАК для квалификационных работ, представляемых на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук, а сама Толстова А.П. заслуживает присвоения искомой степени.

Доктор биологических наук, ведущий научный сотрудник лаборатории «Биохимии и молекулярной биологии» федерального государственного автономного образовательного учреждения высшего образования «Национальный исследовательский Томский государственный университет», Российская Федерация, 634050, г, Томск, пр. Ленина, 36, 89063505280, 11!е4оуа«8!шп1хи„ваяв.!зц.гп.

Плескова Светлана Николаевна 23.11.20! 5 .