Равновесная структура и ее определение для некоторых биологически важных молекул, страница 2
Описание файла
PDF-файл из архива "Равновесная структура и ее определение для некоторых биологически важных молекул", который расположен в категории "". Всё это находится в предмете "химия" из Аспирантура и докторантура, которые можно найти в файловом архиве МГУ им. Ломоносова. Не смотря на прямую связь этого архива с МГУ им. Ломоносова, его также можно найти и в других разделах. , а ещё этот архив представляет собой докторскую диссертацию, поэтому ещё представлен в разделе всех диссертаций на соискание учёной степени доктора химических наук.
Просмотр PDF-файла онлайн
Текст 2 страницы из PDF
Н.М. Карасевым), Будапешта (M.Kolonits), Иванова (проф. Г.В. Гиричевым и в ряде случаев при участииавтора) и Осло (Н.-V. Volden). Очистка коммерческого препарата янтарнойкислоты произведена проф. В.В. Кузнецовым (Москва). Фотометрированиеили сканирование электронограмм, включая получение кривых интенсивности рассеяния электронов, в большинстве случаев выполнено автором.МВ спектр фумаровой кислоты был снят в университете г. Ганновер (prof.J.-U. Grabow, prof. К.Р.R.
Nair). Графический интерфейс для программсоздан в кооперации с профессиональными программистами. ЭГ анализвыполнен с использованием модифицированной норвежской программыКСЕD-25, а также UNEX, созданной к.х.н. Ю.В. Вишневским.По теме диссертации опубликовано 35 статей, две из них обзорногохарактера. Кроме этого, автором подготовлено восемь томов справочникаLandolt-Börnstein [1 - 8], последние четыре из которых изданы под его редакцией (вместе с профессорами К. Кучицу и М.
Танимото (Япония)) исоздана база данных MOGADOC (вместе с докторами Б. Штарк и Ю. Фогт(Германия)).Объём и структура диссертации: Диссертация содержит оглавление,введение, 7 глав и выводы, список цитируемой литературы, в которомпубликации автора отмечены жирным шрифтом. В работе 215 страниц, 63рисунка и 57 таблиц; библиография содержит 310 ссылок.ОСНОВНОЕ СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫВведениеОбосновывается актуальность темы диссертации, сформулированы целиработы, отмечена научная новизна и практическая значимость результатов.4Глава 1. Возможности и ограничения теоретических приближений,учитывающих колебательные эффекты в ЭГ анализе. Экспериментальное определение параметров равновесной конфигурации простыхмолекул с учетом ангармонических колебательных эффектовПроведен анализ возможностей определения и учета гармоническихи ангармонических колебательных эффектов, характеризующих различиямежду традиционной термически-средней (усредненной по всемколебательным состояниям при данной температуре) структурой rg (rа),являющейся геометрически несогласованной, и равновесной rе,соответствующей по физическому смыслу минимуму функции ПЭ.В рамках традиционного ЭГ метода, основанного на выражении дляприведенной молекулярной составляющей интенсивности рассеяния:(1.1)sM(s)теор= ( gij ( s ) / rij ,a ) exp[uij2s2/2] sin[s(rij,akijs2)],i jгде gij(s) - функция атомного рассеяния, uij - средняя амплитуда колебаний,rij,a - соответствует центру тяжести функции плотности вероятности Рij(r)/r(rij,g = rij,a + uij2/ rij,a) и kij - параметр асимметрии функции Рij(r)/r (фазовыйсдвиг), ангармонические колебательные поправки (rij,grij,е) кмежъядерным расстояниям rij,g оцениваются по соотношению (L.S.
Bartell,J. Chem. Phys., 1963, 38, 1827):(rij,grij,е) (3 / 2) а3u ij2 ,(1.2)где а3 константа ангармоничности функции Морзе двухатомной молекулы.Для определения агармонических констант a3,ij многоатомной молекулы в работе автора (J. Chem. Phys., 1991, 94, 7278) получено уравнение,связывающее их с величинами kij и uij:uij4,T 0 K4(1.3)kij (1 / 6)a3,ij uij ,T (T)[3 2 4 ]uij ,TНадежное определение kij требует очень высокой точности измерения интенсивности рассеяния, которая, однако, не всегда может быть достигнута.Для простых молекул с небольшим количеством атомов и высокойсимметрией равновесные длины связей и силовые постоянные могут бытьопределены непосредственно в результате анализа кривых sM(s), теоретические выражения для которых получены в гармоническом приближениипотенциальной функции с использованием прямолинейных (r eh структура(по физическому смыслу эквивалентна r 0α , rz и rh0); V.P.
Spiridonov et al. In:"Diffraction studies of non-crystalline substances", Budapest: Akadémiai Kiadó,1981, 159) и криволинейных (r che структура; А.Г. Гершиков, Ж. Структ.Хим., 1984, 25, 30) координат. Использование последних ведет к учету такназываемой кинематической ангармоничности. В ангармоническом приближении потенциальной функции с точностью до членов третьегопорядка (rе структура), выражение для sM(s)теор, полученное А.Г. Гершико5вым (Хим. Физика, 1982, (5), 587) в рамках теории возмущения первогопорядка, имеет вид:msM (s )= ( gij ( s) / rij ,e )exp s 2 z 2i jij2 Rij ( s )sin srij ,e Qij ( s )cos srij ,e ,где, опуская индексы ij,(1.4)s zre2 V 2re2 (1.5)(1.6)Q( s ) s z z 2 re U 2re s 3 V 2re ,где z и - параметры ангармоничности, z 2 , U и V - параллельные,перпендикулярные и перекрестные обобщенные средне-квадратичные амплитуды колебаний, соответственно.
Связь между линейными нормальнымикоординатами, в которых решается колебательная задача, и криволинейными координатами исходного гамильтониана учитывается при этом с помощью соотношений, полученных К. Кучицу и Е. Морино (Bull. Chem. Soc.Jpn., 1965, 38(5), 805).В работах автора (1985, 1986, 1988 и 1991 г.г.) по ЭГ исследованиюмолекул дигалогенидов переходных металлов IV периода (типа ХY2) показано, что гармоническое приближение неадекватно описывает экспериментальные данные, сильно занижая (r eh (Х−Y) до ~0.03 Å) или завышая(r che (Х−Y) до ~0.02 Å) длины связей по сравнению с равновесными величинами rе(Х−Y) (см. Табл.
1 и Рис. 1). Кроме этого, установлено, что длинысвязей r che (Х−Y) близки по величине к термически-средним rg(Х−Y) (см.Табл. 1 и Рис. 1), что указывает на компенсацию гармонической поправкив прямолинейных координатах кинематической ангармоничностью и зависимость r che величин от температуры, поскольку недоучтенные поправки на ангармоничность потенциальной функции зависят от температуры.Параметры равновесных конфигураций дигалогенидов Be, Mn, Fe,Co, Ni, Zn и Cd определены из ЭГ данных в терминах ангармоническойпотенциальной функции в криволинейных координатах, имеющей длялинейных молекул вид:V (1 / 2) f r [(rˆ1 re ) 2 + (rˆ2 re ) 2 ] f rr (rˆ1 re )(rˆ2 re ),(1.7) (1 / 2) f (re ) 2 (ˆ e ) 2 f rrr re1[(rˆ1 re )3 (rˆ2 re )3 ]где r̂1 , r̂2 и ̂ - мгновенные значения геометрических параметров, т.е.межъядерного расстояния r(X–Y) и угла Y–X–Y, re и e - равновесные значения геометрических параметров, fr и f - силовые постоянные растяженияи изгиба, соответственно, frr - силовая постоянная взаимодействия растяжение-растяжение и frrr - кубическая силовая постоянная.
Определенныедлины связей re и силовые постоянные frrr для всех исследованных молекулпредставлены в Табл. 1.Как показано на Рис.1, ангармонические колебательные поправки<zij>анг=r che re в подавляющем большинстве случаев в несколько раз преR( s ) 1 z 2 re2 U 2 r2e 22 26вышают погрешность ЭГ эксперимента, составляющую несколько тысячных долей ангстрема. Необходимость учета ангармонических колебательных эффектов при точном определении структурных параметров молекулы, таким образом, становится очевидной.Прекрасное согласие равновесной длины связи rе(BeF) = 1.374(4) Åс определенной методом колебательно-вращательной спектроскопиивысокого разрешения re(BeF) = 1.3729710(95) Å (C.I. Frum et al., J. Chem.Phys., 1991, 95, 1435) подтверждает надежность использованного приближения.Таблица11.
Длины связей r(ХY) (Å) и кубические силовые постоянные frrr(мдин Å ), определенные из ЭГ данных для некоторых молекул типа ХY2r chr ehrgrеfrrreMnF21.811(4)3.8(29)1.812(4) 1.797(6)FeF21.769(4)4.0(25)1.770(4) 1.755(6)CoF21.754(3)5.6(28)1.756(4) 1.738(6)NiF21.729(4)1.730(4) 1.715(7) а 5.9(57)CuF21.713(12)1.700(14) ZnF21.742(4)4.5 а1.743(4) 1.729(7)MnCl2 2.202(4)3.1(9)2.153(5) 2.196(4) 2.184(5)FeCl25.0(13)2.105(5) 2.145(4) 2.128(5)2.151(5)CoCl2 2.113(4)5.6(14)2.064(5) 2.105(4) 2.090(5)NiCl23.2(10)2.028(5) 2.070(4) 2.056(5)2.076(4)MnBr2 2.344(6)1.7(6)2.300(5) 2.347(5) 2.328(5)FeBr23.0(9)2.240(5) 2.294(8) 2.272(5)2.294(7)CoBr2 2.241(5)2.4(7)2.195(5) 2.241(5) 2.223(5)NiBr24.9(14)2.152(5) 2.196(5) 2.177(5)2.201(4)BeF24.6(22)1.374(4)1.386(3)BeCl2 1.798(4)1.796(4)1.791(5)2.4(21)1.784(4)BeBr2 1.944(6) б1.928(6) в CdCl2 2.284(4)2.279(4) 2.266(6)CdI22.582(5) г2.583(5) 2.569(5) д 3.0(9)SiCl22.089(4)2.081(4) 2.076(4) д 0.9(4)SiBr22.249(5) г2.239(5) 2.227(6)1.8(6)абОценено по данным для сходственныхмолекул.
N.I. Giricheva et гal.,вStruct. Chem., 2000, 11(5), 313). Оценено по д соотношению (1.2). I.Hargittai et al., J. Am. Chem. Soc., 1983, 105, 2895. e(ClSiCl)= 104.2(6)°,---------------------e(BrSiBr) = 103.1(4)°.Рис.1. Отклонения межъядерных расстоянийотrg, r eh и r cheравновесных rедля некоторыхмолекултипаXY2 (пунктирными линиямипоказана типичнаяпогреш7ность)------------В изменении равновесных длин связей rе(Х−Y) в ряду дифторидовпереходных металлов (для других дигалогенидов см. работу М. Hargittai,Inorg.