McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids, страница 10

ВисЬ дече!ортепгз «з11 Ье рагдси1аг!у изей! ш гЬе яиду оГто1еси1 аг аььос!адопь; чападопз ш е!есгговГадс !пгегасг!опв р1ау а гпоге ргот!пеп! го!е йеге гЬап ш гЬе япа11 атрИгиде !пгегпа! тодопз оГ Ь!оро!утегз Ъесаиве оГ гЬе 8геагег зрада1 гап8е оГ сЬаг8е гИвр!асегпепи Рог во!игев гЬас аге !и ехгепз!че сопсас! «Ий зо1чепЬ зисЬ ав оИ8отегз ог гапдопь соИ ро1утегв, йе гповг ргопияп8 гоизев Го во!чеп! ачега8ед ро!епда!в оГгпеап Гогсе аге апа)увез оГ з!ти!аГ!опз гЬаС !пс1иде ехрИсЬ зо!чепГ (Мехе! ег а!., 1985) апд йе аррИсадоп оГ !пге8га! ес!иадоп гпейодз (Рек!! Й Кагр!из, 1985). ТЬезе гпейодв сап !и рппс!р!е ачоЫ вогпе оГ гЬе арргохппадопв (е.8., сопсегтп8 во!и!е зЬаре ог йе зрада1 согге!адоп оГ за1! юпв) гЬаГ оссиг !п 44 Тбеогеггга! гпейвЬ ргечоиз вчог$с.

Моге 8епега11у, а сотЫпаг!оп ог" йезе арргоасЬев и(1! Ье ча!иаЫе. Рог ехатр!е, гЬе апа1удс Ггатеччог1с песеявагу со ехсгасг розЫоп дерепдепг е!есггозгагк всгеепш8 !цпсг!опз вагит Ыпт1агюпв оГ тасгото1еси1ев !п и асег Ьав гесепг1у Ьееп езгаЪИзЬед (Регди, !98б). ВисЬ 1ипсдопз соц1д Ье ияед ав ейесгйе д!е!есгг!с соейс!епгз !п зиЬяег(иепг Ыти1адопв ийгЬоц! ехрИсИ во!чепп Апу гподе! росепда1 епег8у рипсдоп ич!1 сои!а!и арргохппадопв гЬа! гевгпсс !гз гап8е ог" ча!иИгу. ТЬцв, !п р1аптп8 а в!иду ог" Ъюгпо1еси1аг дупаписв, И !в песеввагу го сЬоозе а рогепг!а! !ипсдоп гЬаг га!1ЫЬ11у гергеяепгз Йе шгегасдопз шчо!чед !и йе врес!Ис ргосезвев ог" !пгегевИ Ьиз и ЫсЬ гпау аИо~ч сопвегчадоп оГ сотридп8 гезоигсев Ьу пе81есдп8 1езв ге1ечапг !пгегасг!опз. Рог ехатр!е, я!гас!ига! Йисгиадопв ог" попро!аг 8гоирв ГЬаг аге Ьипед !пз!де а 8!оЬи!аг Ь!оро1утег сап Ье геавопаЫу деяспЬед очег а ген рв Ъу а тоде! ш иЫсЬ гЬе во!чеп! виггоипгИп8з апд Сои1отЬ!с !пгегасдопв аге ггеагед чегу арргохппазе!у.

ТЬе дупаписз ог зисЬ 8гоцрв очег зЬогГ гппев ид!1 Ье дот)пасед Ьу со! Изюпв Ьегччееп йе согез ог" пе!8ЬЪодп8 агота гЬас 1еад го гапдот сИвр1асегпепгз !п гЬе д!Ьедга! ап8!ев. Очег 1оп8ег йпея, йе арргохппадопв ш йе ггеагтеп! ог" во1чепг ейесгз апд Сои!отЫс !пгегасг!опя гчои1д!еад го 81оЬа! гИзгогдопв оГ йе Ъюро1утег гЬас чгои!д а1гег ГЬе 1оса! 8еотеггу апд со!1ыюп дупаппсв. 1п адд!г!оп го зцсЬ сопггоИаЫе арргохппадопз, йеге аге ор соигяе ойег арргокппаг!опв, аввос!агед идй оиг!ппВед ипдегвгапгИп8 ог, ог аЫИгу го !пс!иде (е.8., дие го Ип!ге сотригадопа! гевоигсез), вите дега!1в ог" йе азот!с !пгегасг!опз. Роггипаге1у, еззппавев ог" йе геви!дп8 еггогв сап изиа!!у Ье ргоидед, !г" песеззагу Ьу гереадп8 са1си1адопв адй арргордаге чададопз ш йе тоде1 рогепг(а! Гипс!!оп (МсСапипоп ег а!., 1979).

Адд!г!опа! гИзсиззюп апд дега!!ед 1оппв ог" ровепг!а! епег8у Рипсгюпз ог" гЬе пю1еси1аг тесЬашсв суре гог Ьюро1угпегв Ьаче Ьееп 8!чеп Ьу !.!гвоп, На8!ег ег РаиЬег (1979); Вегепдвеп, Ров!та, чап Сипвгегеп ег Неппапв (1981); ВгооИв ег а!. (1983); 1.еигс (1983а); Неппапв ег а!. (1984); чч'е!пег ег а!. (1984); Хог8епзеп ег Бчгепзеп (1985); апд %е!пег, Ко1!тап, Х8цуеп дз Саве (198ба). 4.3 Ве1адопвЫр Ьезвчееп епег8у пййп1хадоп апд пю1еси)аг дупаткв Сотрцсег рго8гатз Гог епег8у пиппп!хаГ!оп апд гог то1еси1аг дупаписв Ьаче тапу Реагигев 1п сопппоп апд 8епега1!у изе тапу ог" йе яате вцЬгоиг(пез. Ве1оге ехапппш8 еасЬ ог" йезе а!8одйтз ш зоте дега!1, В чд!! Ъе иве!ц1 со сопвЫег йе Ъаяс ог8ап!надои вЫсЬ !я сотпюп со Ьой ор йет.

45 Епег!!у тГтттгагГон апгГ то!еси!аг йуиатссв Азот!с рсвН!опв (сосгг!!па!в Н!в! с ««««ю (Пвро!сяу Н!е! г!Н. 4.!. ЯсЬешаис Ноя сЬагг оГ а!аопгЬшв Гог еиегау пишпигаяоп аи4 шо!еси!аг Йуиаписз. Реашгез вЫсЬ арр1у ои1у со шо!еси!аг йуиаш1св аге !ис1сагес' Ьу азгепз!гв. РазЬе4 !1иев !исНсаге орНоиа! !ириг. ЕасЬ сус!е оГ епегау иии!инга!щи гергевепгв а р!сащ сопГогзйазюйврам, вЫ!е еасЬ сус!е оГ шо!ест!аг дупаписз гергевеизв а згер !и гпие. Р(аиге 4.1 а!чез а зсЬетпаг(с оиг!1пе оГ йе епегау ш(и!пигагюп апг) пю!еси1аг г)упаш(св а!аог(!1ппв.

Аг !Ье Ьеагг оГ гЬеве ргоагашз 1з а ве! оГ зиЪгоиНпез гЬас, а(чеп гЬе рояНоп оГечегу агош ш йе шог!е!, са1си!агев йе !о!а! рогепНа! епегау оГ йе зузгеш апд !Ье Гогсе оп еасЬ агош. ТЬе ппшпппп шГоппагюп пеейег! го гип йезе ргоагашв !пс1иг!ез а вгагг(пц вез оГ асош(с соогг!!пагев, МпсЬ сап Ье гЬове оЬ~ашед 1гош Х-гау сгузгаИодгарЬу ог аиу ойег ве! оГ шог!е1 соогг!1пагез, йе рагашегегз 1ог гЬе чапоив геппв оГ йе ро!епНа1 епегау Гипсгюп, апг! а г!евсг(р!!оп оГ йе шо1еси1аг горо!оау (йе соча1еп! в!гас!иге).

ТЬе ро!епйа! епегау йшс!!оп 1з г!!вспввег! 1п вес!!оп 4.2. %псе йе чапоив соча1епс впсегасНопз аге ехргеввед ш сеппв оГ !Ье шгегпа! соогг!1пагез (Ьопг!в, Ьопд апа!ез, апд согз(опв), Ь )з песеззагу со врес1Гу йе соча1еп! в!гас!иге Ьу !г!епг!Ту(па гЬе ра!гз оГ асошз 1п а!1 Ьопг!з, гпр1егв оГасошв г(ейшпа йе Ьопй апа1ез, апг1 г!наг!с!в оГ а!ошз г!ейи!па гогяопа1 гогагюпв аЬои! Ъопг)з. Ргоч!в!оп пшв! а1зо Ье шаде Гог 14епиГу1па йе агошв 1и Ьуг!гоаеп Ьопг!з !Г ап ехр!1с!г Ьуг!гоаеп Ъопг)!пав гегш и !ос! ис)ег3 1и гЬе рогепНа1 ГцпсНоп. Ойег 46 ТЬеогеггса! пгегЬодг сопипоп Геазигез )пс1иде йе изе оГрег!од)с Ьоипдагу сопд!г!опз, зо йаГ йе зппи1асед вувгет (з ейесдче1у рагГ оГ ап !пйшге зузгет; Гогсев оГ сопвгга!пЬ го Ьо1д йе вузгет 1п а рагдси1аг соп68игагюп ог точе 11 го~чагд а дИГегепг гаг8ег сопГоппаГ(оп; апд ргогдвюп 1ог оссагдопа!1у ад)ив!)п8 ров(гюпз, че1осйев, ог рагатезегз, ш огдег го та!пга(п ог сЬап8е гетрегагиге, ргезвиге, чо1ите, 1огсез оГ сопзггашС, ог огЬег ехгегпа11у сопгго11ед сопд111опз.

Епег8у т)п)т!газ(оп а18одгЬтз изе йе !при! дезспЪед !и йе ргечюиз рага8гарЬ апд йе Гас! ГЬаГ йе рогепда1 епег8у Гипсгюп (з ап ехрИс)Ь д1!Гегепг)аЪ|е Гипсгюп оГ йе Саггев)ап соогд(па!ев, со са1си1азе йе розепда! епег8у апд Ив 8гагИеп! (йЫсЬ 81чев йе Гогсе оп еасЬ а!ого) 1ог апу вез оГ азот)с роз(допз.

ТЫз !пГоппаг!оп сап Ье ивед со 8епегаге а печч зег оГ сооггИпасев 1п ап ейогГ со гедисе гЬе соса! росепда! епег8у апд, Ъу гереаг!п8 гЫз ргосезз очег апд очег, со оргпп(хе гЬе гпо1еси!аг в!гас!иге. 11 (в ГЬиз па!ига! ГЬаС йе Игвс аррИсазюпз оГ йезе а18одйгпз го ргоЫетв оГ тасгопю1еси1аг в!гас!иге ччеге Го азявг ш йе гейпетепс оГ тоде! яггисгигев оГ рергЫез (БсЬега8а, 1968) апд оГ гЬе сгувга1 яггисгигез оГ ргоге!пв (Ееч(сс й ЬгТвоп, !969; Ееч(18 1974) апд пис!е(с ас(дв (Уас1с ег а!., 1976). Моге гесепг1у, япи1аг ргоседигев со орг)т!хе Ъопд 1еп8йз апд Ьопд ап8!ез Ьаче Ьесоте а вгапдагд раг! оГ сгузга11о8гарЫс гейпетепГ ргоседигев (ХасЬ дг Г.еч(ГЬ 1978; Коппегг й Непдпс1своп, 1980).

1п айИгюп Со ГЬезе аррИсаг!опв со ргоЫетв оГ в!аде в!гас!иге, епег8у т!и!т)хаГ!оп теГЬодз сап ргочЫе зогпе !пГоггпаГ!оп оп дупапис ргосевзез. 1Г а пюде1 тасгопю1еси1е 14 деГоппед !п ззерз а!оп8 а сЬовеп геасг!оп сооггИпаге апд гЬе гезг оГ йе в!гас!иге !в ге!ахед Ьу т)п(т!кагюп ччЫ1е йе геасдоп соогйпаге !з Ье1д Ихед, йе чадагюп оГ сопГоппаг!опа! епег8у а!оп8 йе геасгюп соогд!паге зячез ап евйпаге оГ йе вЬаре оГ йе епег8у Ъагпег. Т)ив 1в йе Ьаяв Гог ГЬе агИаЬадс тарр!п8 тейод, гИзсиззед ш зесгюп 4.5. Мо!еси!аг дупаписв !в изед го апппаге йе пю!еси!аг пюде! дезспЬед аЬоче.

%псе опе Ьаз ров(г!опз апд Гогсез (Ггот и1исЬ Хечггоп'в весопд !ай ргоч(дез ассе1егагюпз), а11 гЬаг 1в песезвагу (в йас г(те Ъе ггеазед ехрИсИ!у апд гЬа! а зшгаЫе вез оГ шрда! че1осддев Ъе 8(чеп го йе агота. %Ьегеаз еасЬ сус1е оГ епег8у т(п!т!ха!!оп сап Ье гЬои8Ьг оГ ав а вгер ш сопГоппаг!оп зрасе, еасЬ сус!е оГ то1еси1аг дупаписз' адчайсев г)те гЬгои8Ь а чегу вта!1 згер, Аг. ЪуЬеп гЫз ргосезв !з гереасед тапу йпез, йе а!8опйгп пшпепса!!у !пге8гагев йе ег!иагюпв оГ пьодоп, ргоч(гИп8 а во1шюп со йе тапу Ьоду ргоЫет апд ргодис!п8 а вппи1азед гга)есгогу ш рЬазе врасе (!.е., гЬе врасе дейпед Ьу а!от(с розйоп апд тотепгит соогд)пагав). 11 зЬои!д Ье етрЬав)гед йаг иЬеп т!и!па!)оп ргоседигея апд гЬе Епет8у т!тт~гагюп аеИаЬадс тарр(п8 тейод (зесгюп 4.5) аге цвед го ехапипе зггцсгцга! !гааз!г!опя, йе епег81ез ГЬас аге са! сц!агед аге оп1 у арргохипадопз Го йе ГаииИаг гЬегтодупат!с Гцпсдопв. 1п гЬе аЬзепсе оГГЬеггпа! то!!оп, йеге !з по епсгор!с сопспЬцдоп со гЬе са!сц1асед епег8у.

ТЬе 1аггег !з гЬегеГоге пюге с!озе1у ге1агед со йе гЬепподупат(с шгегпа1 епег8у ог епйа1ру йап Го а Ггее епег8у, ЬШ доев по! шс)цде йе гегпрегагцге дерепдепг сопспЬцдопз со гЬезе Гцпсдопв. Рог в!аде тоде!в, йе чдЬгагюпа1 епггору апд ойег йеппа! сопЬИЬцзюпв сап Ье езгипагед Ггогп погта1 тоде апа1узев (вес!!оп 4.8). Мо1есц1аг дупаппсз, оп гЬе ойег Ьапд, ехр1огея гЬе сопГоппаг!опа! врасе !и а ГазЬюп йаг еИгес11у гебесгз ГЬе депаду оГ згагев, зо епггор!с апд огЬег ГЬеггпа1 е(Гесзз аге пагцгаИу шс1цдед.

Ав а сопвег!цепсе, 1гее епег8у д!(Гегепсез сап Ье дегептпед Ьу то!есц!аг дупат!св в!тц!аГ!опв оГ дИТегепг сопГоппагюпв а!оп8 а Ггапгддоп рагЬ- ччау (весдоп 4.8). 4.4 ЕиегИу пйдт(забои ггот а сотрцвадопа1 ч!еччро!иг, йе ргоЫет оГ ппшипгдп8 йе епег8у оГ а тоде1 тасгото!есц1аг вувгет ГаИз шсо гЬе Иепега! агеа оГ попИпеаг орйпЬзазюп ргоЫетвг О!чеп а вез оГ 1пдерепдепГ чапаЫев х = (х„х„х„..., х„) апд а врес!Иед оЪ)есдче Гцпсдоп ~' = Щг), гЬе гав!с !з Со Ипд ГЬаГ зеГ оГ ча!цев Гог йе 1пдерепдепГ чапаЫез, депозед х~, !ог ц ЫсЬ йе Гцпсгюп Ьаз !Гв пцшппцп ча1це $'(хв) = т!п(Ч(х)). !п гЬе сазе оГ а тоде! тасгото1есц1е сои!а!и!п8 й! азотз, йе 31Ч сотропепзз оГ х аге йе азот!с сооиИпагез апд $'!в йе рогепг(а! епег8у, са!сц1агед Ггогп ГЬе розепда! епег8у Гцпсдоп (вес!!оп 4.2).

1п гЫз вес!!оп чче 8!че а ЬдеГ очегч!ец оГ зогпе оГ ГЬе ргоседцгев !Ьаг Ьаче Ьееп дече(оред Гог попИпеаг орйп!ха!!оп, сопсепзгаГ!и8 оп д(всцвв(опв оГ йе ггчо а!8оиИЬтв шов! сопцпоп1у аррИед го епег8у ппп!т!ха!!оп ш тасгото1есц!аг гподе!ш8, пагпе!у йе згееревг дезсепг апд сощц8азе ИгагИеп! те!Иода. А Ьг!еГ д!зсцвв!оп оГ пюге роцегрц1 тейодв !я 8(чеп аг йе епд оГ гЫв вес!(оп. Рог йе за!се оГ с!апсу 1п йе д!всцвв!оп, !г ц!И оссааопаИу Ье сопчетеп! го с!ге аз ехатр!ез йе опе д(тепв!опа! апд гчго йтепз!опа! ргоЫетз. рог ГЬе 1аггег чче цосе гЬас ичо !пдерепдеп! чапаЫез ргодцсе ап епег8у зцгГасе гЬаз 1з апа!о8оцв го а Горо8гарЫса! тар.

1п гЬас саяе, розгдЫе !идерепдепс чаг1аЫез ъчоц1д Ъе !адгцг1е апд !оп8!гиде, апг1 ИпеИп8 гЬе иитпцип !з апа!о8оцв го 1осаип8 йе 1оччезг ро!из !и а 1апгИос)сед соцпсгу вцггоцпдед Ьу а топи!а(поцз Ьоп)ег (во йе 1оцевг ро!пс Ь !п ап !пзепог чайеу апд по! оп йе Ггопдег). Ве1оге ехагп!п!п8 йе чапоцв епег8у т(ппп!ха!!оп тегЬодз, И вЬоц1д Ье ро!исед оцг !Иааф !С 1з ехггете!у дИИсц!г со Ипд ГЬе 8!оЬа1 пппппцгп оГ 48 2)теогеттеа! тттетЬотГз а аепега! попИпеаг ГипсИоп «т!СЬ сеп ог пюге шйерепйепс чапаЫев. Ечеп пю!еси1аг вувтешв тч!СЬ ав Ге«ав Сеп атошз шау Ьаче сопгоппаИопа1 врасез СЬаС аге зо сошрИсатет) СЬат Ипйпа йе а!оЬа! пип(шиш !з а1пюзт ппровв!Ые.

Рог птасготпо!еси1ев, оп!у ап ехтгеше!у Ипу ГгасИоп оГ сопГоппатюпа! врасе сап Ье ехр1огед. Епегау ппшпикаИоп шейосЬ сап сЬегеГоге Ье ивет! со тейпе пю1еси!аг зсгисгигез тп йе вепзе оГеИдипа(шК йе тчогзс всепс. сопИ!с(з апс( афизс!па Ьопд 1епасЬв апс) Ьопд ап«1ез со ча!иев пеаг йетг гезресИче ортппа, апт) йеу сап ргоч!Ие СпГоппаИоп оп йе ге1аИче епегСС!ез оГ й(Гегепс сопГоппаИопв, Ьд1 СИИ аеттегаДч'тч(И пос ргоиисе всгиссигев сЬас аге,уегу гииегепс 1гош йе ш!иа1, иикеипес) вггистиге.

ЕхсерИопв Со СЫв пт1е аге гИзсизвес! аС СЬе епд оГ СЫв зесгюп. Апу сопС!пиоиз, сИйегепт!аЫе Гипстюп оГ йе !пдерепдепС чапаЫе х сап Ье ехрапдет) аз а Тау!ог зепев аЬоиС СЬе рошт х„ Ях) =Ях,)+(х — х,) Г(х,)+(х — х,)зГ'"(х,)/2+ ... (4.2) ТЬе аепегаИкат!оп оГ йтз ес)иат!оп 1готп СЬе опе гИптепяопа! Со йе птапу сИтпепяопа1 саве тес)и!гев йе гер!асептепС оГ х Ьу СЬе честог х апд йе !и!горист!оп оГ шатпсев Гог йе чапоиз бег!чат(чев, аз с)евсг!Ьес) ш втапт)агд Сехтв (ХасоЬу, Китча!й ет Рико, 1972). А Ст!чеп ортпптгаИоп тпеСЬод сап Ье с!авв!Иед Ьу тгв огт(ег, «тЫсЬ Св дейпед Ьу йе Ь!кЬевт огдег т)епчаИче йас тз изей тп йе птейод. ЪУе «ИИ Ъпейу гИзсизв опе кегой оп)ег шеСЬос) (аттй веагсЬ) апс1 опе весопс1 огс)ег шеСЬод (Хетчтоп)ГарЬзоп) апс) СЬеп Сигп Со С«о Игвт огдег шеСЬос!з (втееревт дезсепС апд соп)игнате кгас)!епС).