90531 (590018), страница 7
Текст из файла (страница 7)
У русских г. Томска по сравнению с тувинцами аллели b гена VDR и А1 гена IL1RN встречались реже, а аллель 1188А гена IL12B – чаще. Кроме того, рассматриваемые популяционные группы статистически значимо различались по частотам аллелей и генотипов полиморфизмов 469-14G/C, D543N гена NRAMP1 и F/f гена VDR. Так, у русских чаще, чем у тувинцев наблюдали аллель 543D и реже аллель 469+14G гена NRAMP1. Индивиды, гомозиготы и гетерозиготы по аллелю f гена VDR, чаще встречались среди жителей г. Томска. Распределение генотипов полиморфизма 1465-85G/A гена NRAMP1 и +3953A1/A2 гена IL1B в исследованных популяционных группах не отличалось, однако частоты аллелей этих полиморфизмов были статистически значимо ниже у русских. Лишь для варианта 274С/Т гена NRAMP1 не найдено отличий по частотам аллелей и генотипов у русских и тувинцев.
К настоящему времени накоплены результаты многочисленных исследований роли генов-кандидатов туберкулеза в патогенезе заболевания у представителей различных этнических групп. Это позволило провести сравнительный анализ частот генотипов между русскими г. Томска и другими изученными популяциями мира. Найдены статистически значимые отличия русских от других этносов по частотам аллелей генов NRAMP1, VDR, IL12B (табл. 8).
Частота аллеля 469+14G NRAMP1 у жителей г. Томска оказалась статистически значимо ниже, чем у африканцев из Гамбии, но выше, чем у китайцев [Bellamy R. et al., 1998; Liu W. et al., 2004]. Самым широко исследованным полиморфизмом гена NRAMP1 оказался D543N. Во все изученных популяциях этот генный маркер был низко полиморфным. Русские отличались по частоте аллелей D543N от коренных жителей Башкирии, у которых аллель 543N вообще не обнаружен [Имангулова М.М. и др., 2004]. При сравнении с другими исследованными популяциями (китайцы, корейцы, японцы, татары, гамбийцы) статистически значимых отличий для этого полиморфного варианта не показано (рис. 2, табл. 8) [Имангулова М.М. и др., 2004; Bellamy R. et al., 1998; Ryu S. et al., 2000; Gao P. S. et al., 2000; Liu W. et al., 2004].
Рис. 2. Частоты аллелей гена NRAMP1 у русских г. Томска и в других популяциях мира (по данным литературы). * – р < 0,05
Таблица 8 Частоты аллелей генов-кандидатов туберкулеза в различных популяциях мира в сравнении с русскими г. Томска
| NRAMP1 / 469+14 G/C | ||||||||||
| Популяции | Китайцы | Гамбийцы | ||||||||
| Частота ал. χ2 (p) | G=0,785 3,83 (0,050) | G=0,934 18,65 (0,000) | ||||||||
NRAMP1 / D543N | ||||||||||
| Популяции | Китайцы | Корейцы | Японцы | Гамбийцы | Татары | Башкиры | ||||
| Частота аллеля χ2 (p) | D=0,981 1,84 (0,175) | D=0,925 2,38 (0,123) | D=0,933 1,30 (0,254) | D=0,948 0,16 (0,690) | D=0,983 0,94 (0,333) | D=1,00 5,57 (0,018) | ||||
VDR / F/f | ||||||||||
| Популяции | Китайцы | Индийцы (Лондон) | ||||||||
| Частота аллеля χ2 (p) | F=0,604 0,01 (0,935) | F=0,806 20,28 (0,000) | ||||||||
| IL1B / +3953A1/A2 | ||||||||||
| Популяции | Индийцы (Лондон) | |||||||||
| Частота аллеля χ2 (p) | A1=0,794 0,05 (0,825) | |||||||||
| IL1RN / VNTR | ||||||||||
| Популяции | Индийцы (Лондон) | |||||||||
| Частота аллеля χ2 (p) | A1=0,719 A2=0,241 A3=0,039 A4=0 7,15 (0,067) | |||||||||
| IL12B / 1188A/C | ||||||||||
| Популяции | Англичане | Камерунцы | Греки | Ирландцы | ||||||
| Частота аллеля χ2 (p) | А=0,835 0,06 (0,812) | А=0,625 18,37 (0,000) | А=0,7890,98 (0,323) | А=0,802 0,23 (0,629) | ||||||
Примечание. χ2 – критерий использован для сравнения частот аллелей; р – достигнутый уровень значимости
Рис. 3. Частоты аллелей полиморфизма F/f гена VDR, +3953A1/A2 гена IL1B, VNTR гена IL1RN у русских г. Томска и в других популяциях (по данным литературы). * – р < 0,05
Не показано различий при сравнении частот аллелей полиморфизма F/f гена VDR у русских г. Томска и китайцев [Liu W. et al., 2004]. Однако при сравнении с индийцами Лондона найдены статистически значимые отличия [Wilkinson R.J. et al., 2000]. В исследованной выборке русских аллель F гена VDR встречался реже (рис. 3, табл. 8).
Для полиморфных вариантов +3953А1/А2 гена IL1B и VNTR гена IL1RN не выявлено отличий частот аллелей у русских и индийцев Лондона. Аллель 1188А гена IL12B у жителей г. Томска встречался чаще, чем у камерунцев (χ2 =18,37 р=0,000). Не выявлено различий в распространенности этого маркера при сравнении с англичанами, ирландцами и греками (рис. 4, табл. 8) [Hall M.A. et al., 2000].
Установленные различия частот аллелей сравниваемых генов между русским населением г. Томска и другими популяциями мира свидетельствуют об этнической специфичности генов-кандидатов подверженности к туберкулезу. Возможно, это является одной из причин дифференциальной распространенности ТБ в этнических группах. Интересными представляются выявленные отличия по частотам аллелей для всех анализируемых маркеров у русских г. Томска при сравнении с жителями Тувы. Кроме того, известно, что по частотом аллелей рассматриваемых генов тувинцы значительно отличались не только от русских, но и от представителей иных популяционных групп [Рудко А.А. и др., 2003]. Вероятно, этот факт обусловлен длительной изоляцией тувинцев от других этносов, что привело к формированию уникального генофонда [Пузырев В.П. и др., 1999].
Рис. 4. Частоты аллелей полиморфизма 1188А/С гена IL12B у русских г. Томска и в других популяциях мира (по данным литературы). * – р < 0,05
Известно, что между неаллельными генами, расположенными близко на хромосоме, может возникнуть неравновесие по сцеплению в силу того, что в процессе мейоза кроссинговер между ними происходит реже, чем между далеко расположенными локусами. К тому же, под воздействием факторов популяционной динамики (естественного отбора) "сцепленными" могут оказаться гены, локализованные на разных хромосомах [Животовский Л.А., 1984]. Поэтому был проведен анализ гаметического неравновесия между исследованными полиморфными вариантами.
Известно, что гены NRAMP1, IL1B и IL1RN расположены на длинном плече второй хромосомы, ген VDR – на двенадцатой, а ген IL12B – на пятой хромосоме. У русских г. Томска установлено, что в неравновесии по сцеплению находятся четыре пары полиморфизмов гена NRAMP1: 469+14G/C и 274C/T, 469+14G/C и 1465-85G/A, 274C/T и 1465-85G/A, D543N и 1465-85G/A (табл. 9). Во всех случаях неравновесия в фазе притяжения были часто встречающиеся аллели.
Полиморфизм 274С/Т расположен в третьем экзоне гена, а 469+14G/C – в четвертом интроне. Такая локализация их в гене легко обьясняет наблюдаемое между ними сцепление (+0,104). Полиморфизм 1465-85G/A и D543N находятся в 13 интроне и 15 экзоне соответственно, что обусловливает неравновесие по сцеплению между ними (+0,017). Сила сцепления между полиморфизмом 1465-85G/A и вариантами 469+14G/C, 274C/T была примерно на одном уровне и составила +0,078 и +0,085, соответственно. Интересным представляется тот факт, что пары полиморфизмов гена NRAMP1, оказавшихся в неравновесии по сцеплению, были идентичны у тувинцев и русских [Рудко А.А., 2004]. Кроме того, у жителей г. Томска, в фазе притяжения оказались аллели гена VDR: b и F, сила сцепления между ними составила +0,053.
Аллельный вариант F/f гена VDR у русских оказался в фазе отталкивания с полиморфизмами 469+14G/C, 274C/T, 1465-85G/A гена NRAMP1, мера неравновесия для них была –0,040, -0,039, -0,058, соответственно. Во всех случаях в фазе отталкивания оказались часто встречаемые аллели.
Таблица 9 Неравновесие по сцеплению между парами исследованных полиморфных вариантов генов у русских г. Томска
| Ген | NRAMP1 | IL12B | VDR | IL1B | IL1RN | |||||||||
| Ген | Полимор-физм | 469+14G/C | 274C/T | 1465-85 G/A | D543N | 1188 A/C | F/f | B/b | +3953 A1/A2 | VNTR | ||||
| NRAMP1 | 469+14 G/C | - | +0,104 | +0,078 | +0,078 | -0,009 | -0,040 | -0,012 | -0,030 | +0,002 | ||||
| 274C/T | 70,39 | - | +0,085 | +0,002 | -0,019 | -0,039 | -0,003 | -0,026 | +0,003 | |||||
| 1465-85 G/A | 29,94 | 29,79 | - | +0,017 | -0,041 | -0,058 | -0,027 | -0,014 | +0,016 | |||||
| D543N | 1,54 | 0,085 | 4,69 | - | +0,001 | -0,010 | -0,005 | -0,001 | +0,013 | |||||
| IL12B | 1188A/C | 0,505 | 1,88 | 7,08 | 0,029 | - | +0,011 | +0,016 | +0,018 | -0,000 | ||||
| VDR | F/f | 6,12 | 4,92 | 7,68 | 1,05 | 0,361 | - | +0,053 | -0,012 | +0,008 | ||||
| B/b | 0,465 | 0,03 | 1,47 | 0,221 | 0,730 | 4,65 | - | +0,006 | -0,010 | |||||
| IL1B | +3953 A1/A2 | 5,88 | 3,63 | 0,747 | 0,017 | 1,85 | 0,371 | 0,104 | - | -0,023 | ||||
| IL1RN | VNTR | 0,024 | 0,042 | 0,890 | 3,08 | 0,001 | 0,162 | 0,217 | 2,65 | - | ||||
Примечание. Над центральной диагональю указаны значения меры неравновесия по сцеплению (D), под диагональю – соответствующее значение χ2 для теста на неравновесие по сцеплению. Выделены величины, для которых достигнутый уровень значимости составил 5% и менееТ
64
акже в фазе отталкивания находились аллели 1465-85G гена NRAMP1 и 1188А гена IL12B, 469+14G гена NRAMP1 и +3953А1 гена IL1B, мера сцепления для них была –0,041 и –0,030.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
