assignment (1186040), страница 2

Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 2)

 àðõèâå ñ çàäàíèåì íàõîäèòñÿmake_petsè èñïîëíÿåìûé êîäÄëÿ ðàáîòû ñ ïðîãðàììîé íåîáõîäèìî âûïîëíèòü íåñêîëüêî øàãîâ.>export PETSC_DIR=/home/basrav/pets-2.3.3-p15>export PETSC_ARCH=bgp-produtionÏîñëå ýòîãî ìîæíî êîìïèëèðîâàòü êîä> make -f make_pets pets_linsolpets_linsol..Êîä ðàáîòàåò ñ àéëàìè ìàòðèöû ñèñòåìû óðàâíåíèé, êîòîðûå ïîëó÷åíû ñ ïîìîùüþ îïèñàííîãî âûøå ãåíåðàòîðà.Âûáîð ìåòîäîâ ðåøåíèÿ ñèñòåìû óðàâíåíèé â ïðîãðàììå ìîæåò âûïîëíÿòüñÿ ñ èñïîëüçîâàíèåì ïàðàìåòðîâ êîìàíäíîé ñòðîêè. Ïðèìåð ïàðàìåòðîâ êîìàíäíîé ñòðîêè (ïàðàìåòðû êîìàíäûmpisubmit.bgäëÿ êðàòêîñòè íå óêàçàíû) äëÿ ìåòîäà ñîïðÿæåííûõãðàäèåíòîâ áåç ïðåäîáóñëîâëèâàíèÿ, ïîðîã òî÷íîñòè ðåøåíèÿτ = 1.0e − 05, ìàêñèìàëüíîå÷èñëî èòåðàöèé ìåòîäà 100mpisubmit.bg ... pets_linsol -- -f matrix -ksp_type g-p_type none -atol 1.0e-05 -rtol 0.0 -ksp_max_iter 100Ïðèìåð ïàðàìåòðîâ êîìàíäíîé ñòðîêè äëÿ ìåòîäà ñîïðÿæåííûõ ãðàäèåíòîâ ñ ïðåäîáóñëîâëèâàòåëåì ßêîáè, ïîðîã òî÷íîñòè ðåøåíèÿτ = 1.0e − 05,ìàêñèìàëüíîå ÷èñëî èòåðà-öèé ìåòîäà 100mpisubmit.bg ...

pets_linsol -- -f matrix -ksp_type g-p_type jaobi -atol 1.0e-05 -rtol 0.0 -ksp_max_iter 100Äëÿ âûâîäà íîðìû íåâÿçêè íà êàæäîé èòåðàöèè ðåøåíèÿ èñïîëüçîâàòü êëþ÷-ksp_monitor.-log_summary.Äëÿ âûâîäà èíîðìàöèè î ïðîèçâîäèòåëüíîñòè ïðîãðàììû èñïîëüçîâàòü êëþ÷Çàïóñê çàäà÷ íà Blue Gene/PÄåòàëüíàÿ èíîðìàöèÿ ïî êîìïèëÿöèè, çàïóñêó çàäà÷, îòëàäêå è àíàëèçó ïðîèçâîäèòåëüíîñòè íàõîäèòñÿ íà ñàéòåhttp://hp.m.msu.ru.Ïðèâåäåì ñõåìó îñíîâíûõ øàãîâ, êî-òîðûå ïîçâîëÿò áûñòðî íà÷àòü ðàáîòó.1. Êîìïèëÿöèÿ Cè-ïðîãðàììû, ñîäåðæàùåé òîëüêî MPI-âûçîâû>mpixl filename.

-o outfile2. Êîìïèëÿöèÿ Cè-ïðîãðàììû ñ MPI/OpenMP>mpixl_r -qsmp=omp filename. -o outfileÏðè ðåàëèçàöèè íà ÿçûêå C++ MPI èëè MPI/OpenMP êîäà ñëåäóåò èñïîëüçîâàòüêîìïèëÿòîðmpixlCèëèmpixlC_rñîîòâåòñòâåííî.3. Êîïèðîâàòü ïîëó÷åííûé èñïîëíÿåìûé àéë íà ïàðàëëåëüíóþ àéëîâóþ ñèñòåìó(çàïóñê çàäàíèé âûïîëíÿåòñÿ òîëüêî ñ íåå)>p outfile /gpfs/data/username/userfolder>d /gpfs/data/username/userfolder4. Ïîñòàíîâêà çàäà÷è â î÷åðåäü ñ ïîìîùüþ ñêðèïòàmpisubmit.bg.

Äëÿ âûïîëíåíèÿ çà-äàíèé ïðàêòèêóìà çàðåçåðâèðîâàíû îêíà âðåìåíè, â òå÷åíèå êîòîðûõ ïîñòàâëåííûåâ î÷åðåäü çàäà÷è áóäóò ðàáîòàòü. ×òîáû óçíàòü èíîðìàöèþ îá èìåþùèõñÿ îêíàõíóæíî âûïîëíèòü êîìàíäó>llqresID-----------------------fen1.23.rfen1.22.rfen1.21.rllqres,ïðèìåð:Owner---------loadlloadlloadlST Start Time Duration #Nodes #BG C-nodes-- ----------- -------- ------ ----------W3/15 17:552200512W3/14 20:551900512W3/15 12:101050512 äàííîì ïðèìåðå óêàçàíî, ÷òî íà ïëàòîðìå äîñòóïíî 3 îêíà âðåìåíè (óêàçàíûâðåìÿ íà÷àëà êàæäîãî îêíà, äëèòåëüíîñòü, ÷èñëî ïðîöåññîðíûõ óçëîâ).

 ïåðâîéêîëîíêå óêàçàí èäåíòèèêàòîð îêíà, êîòîðûé íåîáõîäèìî èñïîëüçîâàòü ñ êîìàíäîémpisubmit.bgäëÿ òîãî, ÷òîáû çàäà÷à âûïîëíÿëàñü â çàðåçåðâèðîâàííîì îêíå. Äëÿýòîãî íóæíî óñòàíàâëèâàòü ïðè çàïóñêå çàäà÷è ïåðåìåííóþ îêðóæåíèÿLD_RES_IDçíà÷åíèå èäåíòèèêàòîðà îêíà âðåìåíè. Áîëåå ïîäðîáíóþ èíîðìàöèþ ïî âûäåëåííûì îêíàì âðåìåíè ñì. ïî ññûëêåÂíèìàíèåhttp://hp.m.msu.ru/bgp/jobs/reservations.Åñëè íå èñïîëüçîâàòü ïàðàìåòð îêíà âðåìåíè, òî çàäà÷è íèêîãäà íå áó-äóò âûïîëíÿòüñÿ.Ïðèìåð çàïóñêà MPI-çàäà÷èoutfileíà 64 óçëàõ â ðåæèìå âûïîëíåíèÿVNè ìàê-ñèìàëüíûì ëèìèòîì âðåìåíè âûïîëíåíèÿ 30 ìèíóò, ïàðàìåòðû êîììàíäíîé ñòðîêèïðîãðàììûparameter1 parameter2:>LL_RES_ID=fen1.23.r mpisubmit.bg -n 64 -m vn-w 00:30:00 outfile -- parameter1 parameter2Ïðèìåð çàïóñêà MPI/OpenMP çàäà÷èSMPoutfileíà 16 óçëàõ â ðåæèìå âûïîëíåíèÿè çàïóñêîì äëÿ êàæäîãî MPI-ïðîöåññà òðåõ OpenMP-íèòåé, ìàêñèìàëüíûì ëè-ìèòîì âðåìåíè âûïîëíåíèÿ 30 ìèíóò, ïàðàìåòðû êîììàíäíîé ñòðîêè ïðîãðàììûparameter1 parameter2:>LL_RES_ID=fen1.23.r mpisubmit.bg -n 16 -m smp -e "OMP_NUM_THREADS=2"-w 00:30:00 outfile -- parameter1 parameter25.

Ïðîñìîòð ñòàòóñà çàäà÷è â î÷åðåäè:>llq6. Ïîñëå çàâåðøåíèÿ âû÷èñëèòåëüíûõ ýêñïåðèìåíòîâ íåîáõîäèìî óäàëÿòü èñïîëíÿåìûé àéë èç ðàçäåëà/gpfs/data/username,óäàëÿòü èç íåãî âõîäíûå äàííûå è âñåâûõîäíûå àéëû ïåðåíîñèòü â äîìàøíþþ ïàïêó. àçäåë/gpfs/data/usernameäîë-æåí ñëóæèòü òîëüêî äëÿ çàïóñêà çàäà÷ è íåîáõîäèìûõ äëÿ ýòîãî àéëîâ ñ âõîäíûìèäàííûìè.Ñïèñîê ëèòåðàòóðû[1℄ G.H. Golub and C.F. Van Loan. Matrix omputations. Johns Hopkins Univ Pr, 1996.[2℄ Y. Saad. Iterative Methods for Sparse Linear Systems. Soiety for Industrial Mathematis,2003.[3℄ Í. Ñ. Áàõâàëîâ, Í. Ï.

Æèäêîâ, and . Ì. Êîáåëüêîâ. ×èñëåííûå ìåòîäû. Ì: Íàóêà,1987.[4℄ Â. À. Áàõòèí. Êóðñ ëåêöèé ïî ïðîãðàììèðîâàíèþ íà mpi/openmp. 2010. URL//ftp.keldysh.ru/K_student/MSU2010/MSU2010_MPI_OpenMP.pdf.ftp:.

Характеристики

Список файлов лекций