Диссертация (1145980), страница 2
Текст из файла (страница 2)
aeruginosa, первые сообщения обобнаружении у этих бактерий карбапенемаз VIM-типа относятся к 2006 г(Черкашин Е.А, и др. 2006). Позднее были опубликованы данные ораспространениинатерриторииРоссии,КазахстанаиБелоруссиигенетических линий P. aeruginosa, продуцирующих VIM-2 карбапенемазы(Edelsteinetal.Enterobacteriaceae2013).былоОраспространенииизвестногораздокарбапенемазменьше.OXA-48средибыли8обнаружены в Смоленске, а VIM-4 - в Москве (Shevchenko et al. 2012). ВСанкт-Петербурге карбапенемазы NDM-1 обнаружены одновременна в трехлабораториях, включая лабораторию, где выполнялась данная работа(Ageevets et al. 2013, Barantsevich et al.
2013, Pavelkovich et al. 2014).9Цель исследованияОценить распространение и охарактеризовать клональную структурупредставителей семейства Enterobacteriaceae, продуцирующих ферментыкарбапенемазы в Санкт-ПетербургеЗадачи исследования1.
Выявить и охарактеризовать с помощью мультилокусного сиквенстипирования клональность продуцентов карбапенемаз семействаEnterobacteriaceae в Санкт-Петербурге, выявить их связь сглобальными генетическими линиями.2. Оценитьналичиепациентовбессимптомнойотделенийреанимацииколонизацииикишечникаинтенсивнойтерапиипродуцентами карбапенемаз.3. Оптимизировать методы MALDI-TOF масс-спектрометрическойдетекции карбапенемазной активности грамотрицательных бактерийи ПЦР детекции наиболее актуальных генов карбапенемаз.4.
Выявить локализацию и расшифровать структуру генетическогоокружения гена blaKPC-2 у изолята Klebsiella pneumoniae №565 –первого описанного продуцента карбапенемазы KPC-типа в России.Научная новизнаВпервыенатерриторииРоссийскойФедерациивыявленораспространение бактерий семейства Enterobacteriaceae, продуцирующихкарбапенемазы групп NDM и KPC. Изоляты K. pneumoniae, несущие генblaNDM-1, выявлены в пяти стационарах Санкт-Петербурга, в трёх стационарахизоляты относились к генетической линии ST340, а в двух к – ST101 и ST147.Выявленные продуценты blaOXA-48 относятся к K. pneumoniae ST147 и ST395.Продуценты blaKPC-2 относятся к K. pneumoniae ST258, ST15 а также ST273.Продукция карбапенемазы КРС у K. pneumoniae ST273 описана впервые.Средибактерий-продуцентовкарбапенемазыNDM-1K.pneumoniae10генетическойлинииобнаруженыST340втрёхстационарах,чтосвидетельствует в пользу гипотезы о единичных эпизодах импорта генов вРоссию.
Разнообразие клональных групп продуцентов КРС карбапенемаз(ST258, ST15 и ST273) позволяет предположить множественность случаевимпорта этих бактерий на территорию Российской Федерации.Эпидемический процесс распространения продуцентов карбапенемазпроявляется как в виде бессимптомной колонизации желудочно-кишечноготракта, достигающей у пациентов отделений реанимации 50%, так ислучаями клинически выраженных инфекций.Установлено, что у изолята K. pneumoniae 565 (ST273) ген blaKPC-2находится в составе нового гипотетически мобильного генетическогоэлемента – составного транспозона, фланкированного Tn3 – повторами.Данный мобильный элемент локализован на плазмиде, включающей дваучасткарегуляциидвухгруппнесовместимости:IncFIIиIncR.Полногеномный сиквенс плазмиды несущей данный элемент депонирован вбазу данных «ГенБанк» (GenBank Acession number KP008371.1).Получены факты, позволяющие предположить импорт карбапенемазКРС-типа из Юго-Восточной Азии.При анализе результатов полногеномного секвенирования восьмиизолятов-продуцентовдетерминантыкарбапенемаз,резистентностикбыливыявленыb-лактамам,кдополнительныеаминогликозидам,фторхинолонам, МЛС (макролид-линкозамид-стрептограмин), сульфонамидуитриметоприму,чтосвидетельствуетоэффективномнакоплениидетерминант резистентности нозокомиальными изолятами, что приводит к ихмножественной устойчивости.Теоретическая значимость работыПолученные данные дополняют картину глобального распространениядетерминант устойчивости в микробных популяциях.
В ходе исследования11были обнаружены как пандемически распространённые генетические линиинесущие детерминанты резистентности, как, например, клональная группы K.pneumoniae ST258, так и новые генетические линии, как ST273. Отдельнораспространение в Санкт-Петербурге доминирующей генетической линии K.pneumoniae относящейся к сиквенс-типу 340 (ST340) является примеромвспышки, вероятно, связанной с единственным случаем импорта, нораспространившейся на несколько лечебно-профилактических учрежденийСанкт-Петербурга.Практическая значимость работыПрианализерезультатовоценкиантибиотикочувствительностиграмотрицательных бактерий – возбудителей госпитальных и внебольничныхинфекций необходимо выявлять изоляты, подозрительные на продукциюкарбапенемаз.К подозрительным следует относить изоляты, в отношении которыхМПК (или диаметр зоны задержки роста, при использовании дискодиффузионного метода), хотя бы одного карбапенемного антибиотикапревосходитзначение«эпидемиологическойточкиотсечения»,рекомендуемых EUCAST.Дляверификациипродукцииподозрительнымиизолятамикарбапенемаз и наличия у них соответствующих генов следует использоватьфенотипические методы (тест Ходжа, масс-спектрометрию) и молекулярныетесты (традиционную ПЦР или ПЦР в реальном времени).Для оценки эпидемиологической ситуации и обоснования мероприятийпосдерживаниюраспространенияантибиотикорезистентностивмедицинских учреждениях среди пациентов следует проводить скрининг набессимптомное носительство продуцентов карбапенемаз.Выявление в стационарах Санкт-Петербурга бактерий семействаEnterobacteriaceae,продуцирующихкарбапенемазы,обосновывает12необходимость изменения существующих стандартов этиотропной терапии ипрофилактики широкого круга инфекций различной локализации.Одним из резервуаров продуцентов карбапенемаз в человеческойпопуляции являются пациенты отделений реанимации, среди которыхчастота бессимптомной колонизации желудочно-кишечного тракта можетдостигать 50%.Для быстрого выявления продуцентов карбапенемаз была разработанаметодика детекции карбапенемазной активности с помощью MALDI-TOFмасс-спектрометрии.
Создан протокол анализа на основе опубликованныхзарубежных работ, который по скорости выполнения и стоимости превзошёланалоги.Внедрение результатов работы в практикуЗначениеполученныхрезультатовподтверждаетсятем,чторазработаны и внедрены рекомендации по детекции карбапенемазнойактивности у клинических изолятов, определены перспективы практическогоиспользования новых знаний о детекции карбапенемазной активности, атакже о эпидемиологической ситуации распространения карбапенемазопродуцирующих штаммов на территории Санкт-Петербурга.
Созданаэффективная система профилактического обследования пациентов наносительство карбапенемаз. Результаты исследования внедрены в работуФГБУ НИИ ДИ ФМБА России. Результаты исследования получены насертифицированном оборудовании согласно рекомендациям производителей,а также с использованием предусмотренных контрольных образцов.Связь работы с научными программамиГрант РФФИ (Российский фонд фундаментальных исследований).Название проекта: “Молекулярная и микробиологическая характеристика13грамотрицательных бактерий, продуцирующих карбапенемазы” на срок2014-2016. Номер проекта: 14-04-00563. Участие в проекте - исполнитель.Перспективы дальнейшего изученияПолученные в исследовании данные не дают полного представления ораспространениипродуцентовкарбапенемазвстационарахРоссии.Необходимо провести исследование с большой выборкой на носительствопродуцентов карбапенемаз среди пациентов отделений интенсивной терапии,хирургии, ожоговых отделений и др., где наиболее часто применениеширокого спектра антибиотиков и где распространение продуцентовкарбапенемаз наиболее характерно и приводит к наиболее серьёзнымпоследствиям.
Необходимо сформировать систему делающую анализизолятов со сниженной чувствительностью к карбапенемным антибиотикамобязательным для всех лечебно-профилактических учреждений.Изучение микроэволюции и внутривидовой филогении основныхпродуцентов карбапенемаз, например, K. pneumoniae – продуцентов blaNDM-1,относящихся к ST340, позволит понять механизмы, пути и скоростьраспространения и адаптации подобных изолятов в регионах где ранееподобные явления не были описаны.Личное участие автора в получении результатовВсе этапы экспериментальной части диссертационной работы, а такжелитературный обзор выполнены самостоятельно.
Отдельные части работы –MLST типирование и полногеномное секвенирование были проведены всотрудничестве с сотрудниками ФГБУ «НИИ ФХМ ФМБА России», а такжеработы по трансконъюгации и трансформации проведены совместно с СанктПетербургским филиалом ФГБУН Институт общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН.14Положения, выносимые на защиту1. Начиная с 2011 г. в медицинских учреждениях Санкт-Петербургациркулируют и формируют эндемичные очаги грамотрицательных бактерии– продуцентов глобально распространенных карбапенемаз: NDM-, KPC- иOXA-48-типов.2. Для сдерживания распространения карбапенемаз необходимобыстрое выявление бактерий-продуцентов на основании анализа фенотипаподозрительных изолятов и детекции генов резистентности молекулярнымиметодами.3.ВглобальномраспространениикарбапенемазгруппыКРСпринимает участие новый вариант гипотетического мобильного элементанесущий гены blaKPC-2, blaTEM-1, mphA.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
