Osnovy_biokhimii_Nelson_i_Kokh_tom_3 (1123315), страница 18
Текст из файла (страница 18)
Яегг Вготг)щя. В!ото(. 5писг. 34, 379-398. Описание современных методов, включая геномику, в приложении к анализумеханизмов регуляции генов. чоп Н)рре1, Р Н. (2007) Ртов "яипр!е" ОХА-ргосе1п ииегасбопя со »Ье пгасгово1еси1аг вас!нпея оГ депе схргеяя)оп А пни. Яеп Вгорйуя. Влито(. 5гги с». 36, 79- 105.
Подробное описание биофизичсских закономерностей ДНК-белковых взаимодействий и их роли в регуляции генов. 1'шуляиин зкснрсгкии г виги оакгсрий Вагтгс)с, $. Е. й Вгеа$»ег, К. К. (2007) ТЬе ротег оГ пЬоячбссЬея: йясочеппд ге1гся Ггопг а Гояс чогЫ гип Ьу КХА во!есо)ея пгау !еа»$ со во»$сгп соон 1ог 118Ь»шд йяеаяе. 5сг. Ат.
()апоагу), 50-57. Сарр(пя, К. Е., Нал, К. В., й Стаи»пап, Е. А. (2007) ТЬс гпс пса се лчогЫ о1»ГЬоялч1»сЬея. Сигк Орги. Мггвио!. 10, 176-181. Соигяе, К. $, баа1, Т., Ваг»!е»С, М. Д., Арр!евап, $. А., й Кояя, ллг. (1996) гКХА сгашспрс(оп ап»$ дгоччЬ гасе — беренс)епс геди!асюп о1 пЬоюве яупсьеия 1п Еясуепсиа сой. Аппи. Веп Мгсюйюб 50, 645 — 677. ГасоЬ, Е й Моной ). (1961) Сепеск геди!асогу весйашявя 1п сйе яуп»Ьея1я о1 ргосевя. Г.
Мо1. Вю1. 3, 3 $8-356. В этой исторической статье представлены модель оперона и концепция матричной РНК, впервые изложенные этими авторами в Трудах Французской академии наук в 1960 г. ,Гоьпяоп, К. С. (1991) МесЬапнв о1 я!»е-ярес(Г(с ОХА вчегягоп ш Ьассспа. Сит. Оргп.
Сене». Оеп 1, 404 — 411. Ко!Ь, А., ВияЬу, 8., Вис, Н., багдея, Я., й Адьуа, 8. (1993) Тгапяспрсюпа! гедц1асюп Ьу сАМР ап»1 йя гесерсог ргосе(п. Аипи. Яеи Вгосйет. 62, 749-795. КогпЬу, Р. й Ярппдег, М. (2003) Вассепа( сгапя1аоопа1 сопсго1 ас асовк гсчо)шгоп. Тгепг»т Сепг». 19, 155-161. 8»огх, С., АГ»ич)а, Я., й %аяяаппап, К. М. (2005) Ап аЬопбапсе о( КХА гедо1асогя. Апии.
Веи Вгос)гет. 74, 199 — 217. В обзоре расслютрены и бактерии, и эукариоты. чсг!пЫег, %. С. й Вгеа$»ег, К. К. (2005) Кеди1асгоп о1 Ьассепа! депе ехргсшюп Ъу пЬояч йсЬея. Аппи. Яегг Мгсюую(. 59, 487-517. хапогяйу, С., Копал, К. Аг., й Яагяего, 1. Р. (1996) довс почи Сгапяспреюп апепиа»юп вссЬапнвя шед Ьу Ьас»епа.
В»ос)итге 78, 1017-1024. Рв л.иншя зкси1н сени гг гггггг:г) карин г Адапиь К. (2002) КХА1 ап»$ ге!асс»$ весЬапьвя ап»$ сЬе1г росепс1а! ояе 1ог с!легару. Сип: Орт. С)гет. Вго!. 6, 829 — 834. ВаяипгяаЬ, А., Споре»я»пей, К. 1..„й Е)ряЬГ»х, Н. $). (1998) КХА !осайхасюп(п г)сче1оргпепс.
Аипи. Ятг Вгосйет. 67, 335-.394. В)йгМипй Я. й биясагяяоп, С. М. (2005) ТЬе уеаяс вейасог сопгр!ех апг$1ш гедо1асюп. Тгелг(я В»ос)гет. 5сг. 30, 240-244. Сепг»с», Н. (2003) КХА шсег(сгепсе: сгаче!гпд в сЬе ссП аш) дашгпд 1цпссгопя? Тптг(я Селе». 19, 9-46. Сопалчау, К. С., Вгочег, С.
5., й Сопачау, $. ллг. (2002) Сепе ехргеяягоп — егггегд)пд го!ея о1 иЬгцгггсгп в сгапясп рскгп гедо1аооп, 5сгелсе 296, 1254 — 1258. Сопачау, К. С., Яа»о, 8., ТововопхЯа»о, С., хао, Т., й Сопачау, $. чК (2005) ТЬе пгавва1гап пгейасог совр)ех апб гш го!е гп сгашспрсюпа1 геди!айоп.
Тгет(я Вгосйет. 5с(. 30, 250-255. С)пдгая, А.-С., Каидь», В., й Бопепьегд, Х. (1999) е1Е4 !пй(а»гоп 1ассогя: еяессогя оГ вКХА гесгшсвепс со пЬояопгея ап»$ геди!асогя о1сгапя)асюп. Алии. Аео. В»ос)гет. 68, 913-963. Соог)псь,.). А. й Киде!, $. Е (2006) Хоп-сойпд КХА геди1асогя о1 КХА ро!увегаяе П сгапяспрсюп. Маг. Леи Мо1. Сед Вю1. 7, 12-616. бгау, Х. К. й 'ллг!сйепя, М. (1998) Сопсго! о1 »ганя)абоп гпг- Вайоп ш ашва1я. Алли. Втг Се!! Регг Вго1. 14, 399 — 458.
Наппоп, б $. (2002) КХА Гпсег1егепсе Ха»иге 418, 244 — 251. Каргапоч, Р, ч»гайпдьав, А. Т., й Сгпдегая, Т. К. (2007) Сено»не-ч Ые сгапяспрсюп ап»$ сье ппр1касюпя 1ог депоппс отдав»апов. Ага». Яегг Селе». 8, 413 — 423. О значении недавно обнаруженных уровней транскрипции большей части гсномной 7$НК млекопитающих.
Кеепе, 1. $). (2007) КХА гедо1опя: соогйпайоп о1 рояссгапяспрсюпа1 ечепск Хат. Вю. Сспес 8, 533 — 543. допросы и задачи ! 283 ( Кип, У.-Я. А 1ли, Я. Т. (2005) 1пгегасйопз Ьегсчееп епЬивм о1 Ргогорййа тес((агог апс( асичасог ргосе(пи Тгепс(и В(ос)сет.
усс. 30, 245 — 249. К(оие, К. 1. А ХЬапд, Т (2007) Кедсс!аг!оп о1ЬВсопе псейу1апоп Ьу ПетесЬуйвюайоп апс1 с1епсейу(айоп. Асаг. Яегс Мо1. Сей Всо( 8, 307-318. КогпЬегд, К. О. (2005) Мес(!асог апс! йе псес!сапып о1 Сгапаспргюпа! ассиайоп. Тгепй В!осйет. 5с(. 30, 236 — 239. Еидег, К. (2003) 5сгиссиге апс1 с(упаси!с Ьеьаыог о1 пис!еосотеи Сип. Орт. Репе!. Рег. 13, 127-135. РгисГЬовве, В., Оовре!, !Ч., А Састой, 5.
В. (2007) Епсегд!пд рг!пс!р!еч о( геди1асогу ечо!ийоп. Рюс. Асаг(. Аеас(. 5сс. Р5А 104, 8605-86! 2. Кееие, 1. С. (2003) Вача! сгапаспрс!оп (ассогк Сиге Оргп. Оепег. Ргс. 13, 114 — 118. К)чега-Роваг, К. А ЗасИе, Н. (1996) Ггов дгас(!епсс со зсг!Реч (п Рюсврййа етЬгуодепеиа 6йспд сп йе дари Тгепй Сепег. 12, 478 — 483. ЯаЬа, А., чч!Сгвеуег, 1., А Саипв, В. К. (2006) СЬговайп гетос1е1с од: йе !пс(иисг!а! гечо1игюп о1 РХА агоипс1 Ьсисопек А)аг. Весс Мо!. Се!!. В)о1. 7, 437 — 447. Яаипс(еги, А., Саге, Е.
1., сй 11и, 3. Т. (2006) ВгеаЬ(пд Ьагг(егч со сгапчспрс!оп е!опдасйоп. Наг. Яесс Мо!. Сг11 Вго1 7, 557-567. ЯЬаЬЬаа!ап, М. сг. ос Сгипиге(п, М. (2007) Гипс!!опч о(и(геирес!Вс Ь!згопе асесу!апоп ап6 с!еасегу!агсоп. Аппи. Яегс Всос)сет. 76, 75-100.
Яспсйй К. (1999) Еипбавепсайу с!!1(егепс 1од!с о1 депе геди!асти сп еи1сагуосез ав! ргссЬагуогек Се11 98, 1 — 4. ТЬоспаи, М. С. А СЫапд, С.-М. (2006) ТЬе депега1 сгапт спрйоп тасыпегу апс1 депега! со1асгоги СВГ. Веи ВвсЬет. Мо!. Вю1. 41, 105 — 178. 'ччасегЬоиае, Р М.
лс Ней!всей, С. А. (2003) Ехр1оппд р1апс депогпеи Ьу КЫА-!пс(псе6 депе чйепс!пд. Асаг. Яегс Оепег. 4. 29 — 38. Вопросы и задачи 1. Влияние стабильности мРНК и белка на регуляцию. Предположим, клетки Е. со1г растут в среде, где единственным источником углерода служит глюкоза.
Затем в среду добавляют триптофан. Клетки продолжают расти и делиться каждыс 30 мин. Опишите качсствснныс изменения во времени уровня активности триптофансинтазы в клетках при следующих условиях: а) мРНК триптофана стабильна (медлснно разрушается на протяжении многих часов). б) мРНК триптофана быстро расщепляется, но трсиптофансинтаза стабильна.
в) мРНК триптофана и триптофансинтаза быстро разрушаются. 2. Отрицательная регуляция. Опишите возможное влияние на рсгуляцисо генов 1ас-оперона следующих мутаций: (а) в 1ас-операторе дслетирована большая часть 06 (б) мутация гена 1ас1, инактивирующая рспрсссор; (в) в промоторс изменена область вокруг позиции — 10. 3. Специфичность связывания ДНК с регуляторными белками. Типичный бактериальный рспрсссорный белок в 10'-10и раз эффективнее связывается со специфическим участком ДНК (оператором), чем с неспецифической последовательностью ДНК. Для обеспечения эффективной репрессии достаточно 10 молекул рспрсссора на клетку.
Предположим, в клетке человека есть очень похожий рспрессор с такой жс специфичностью к своему участку связывания. Сколько копий рспрессора нужно, чтобы достичь такой жс эффективности репрессии, как в бактериальной клетке? Подсказка. Гсноьс Е. со1г содержит около 4,6 млн и, нх гаплоидный геном человека — около 3,2 млрд и, н.
4. Концентрация репресеора в Е. со11. Константа диссоциации комплекса рспрсссор — оператор очень низкая (около 10 т М). Клетка Е. сой(объем 2. 10 "мл) содержит 10 копий репрессора. Вычислите клеточнусо концентрациго белка-рспрессора. Сравните зту величину с константой диссоциации комплекса рспрсссор-опсратор. Каков смысл этого результата? 5. Катаболитиая репрессия. Клетки Е. сой растут в среде с лактозой, но без глюкозы. Укажитс, повлияют ли псречислснныс ниже изменения или условия на зкспрессиго 1ас-оперона (усилят, ослабят или нс вызовут изменений). Возможно, полезно изобразить модель, описывающую каждую ситуациго.
а) Добавление глюкозы в высокой концентрации. б) Мутация, предотвращасощая отсоединение 1.ас-рспрсссора от оператора. в) Мутация, полностью инактивирусощая !3-галактозидазу. г) Мутация, полностью инактивирующая галактозидпермсазу. 1' м ! Часть 111. 28. Регуляция экспрессии генов д) Мутация, препятствующая взаимодействию СЕР с участком связывания вблизи промотора.
6. Атгенюация транскрипции. Как изменится транскрипция ггр-оперона Е. сой при следующих изменениях в лидерном участке мРНК триптофана? а) Увеличение расстояния (числа оснований) между геном лидерного пептида и последовательностью 2. б) Увеличение расстояния между последовательностями 2 и 3. в) Удаление последовательности 4. г) Замена двух кодонов Тгр в гене лидерного пептида на кодоны Ннь д) Удаление участка связывания рибосомы в гене лидсрного пептида. с) Изменение нескольких нуклеотидов в последовательности 3, в результате чего она может спариваться с последовательностью 4, но не с последовательностью 2. 7.
Репрессоры и репрессия. Как может повлиять на 308-ответ в Е. сой мутация гена !ехА, которая предотвращает автокаталитическое расщепление белка 1.ехА? 8. Регуляция путем рекомбинации. Что произойдет с клетками, если рекомбиназа Н1п в системе фазовой вариации у 5а!топе!!гт станет более активной и будет осуществлять рекомбинацию (инверсию ДНК) несколько раз в каждой клеточной генерации? 9. Инициация транскрипции в клетках эукариот. В грубом экстракте из экзотического гриба была обнаружена новая активность РНК-полимеразы. Эта РНК-полимераза инициирует транскрипцию с единственного специализированного промотора. При очистке полимеразы ее активность постепенно снижалась, а чистый фермент был полностью неактивным, если только в реакционную смесь не добавляли грубый экстракт. Объясните эти наблюдения.
10. Функциональные домены в регуляторных белках. Биохимик заменил ДНК- связывающий домен дрожжевого белка Оа!4 ДНК-связывающим доменом 1.ас-репрессора и обнаружил, что сконструированный белок нс ре- гулирует транскрипцию генов САЕ в дрожжах. Изобразите схему функциональных доменов белка Оа!4 и химерно~о белка. Почему химерный белок не регулирует транскрипцию генов бАЕ? Что нужно изменить в последовательности ДНК, с которой связывается химерный белок, чтобы он мог активировать транскрипцию генов САЕ? 11. Модификация нуклеосом при активации транскрипции. При подготовке участков генома к транскрипции происходит ацетилирование и метилирование специфических аминокислотных остатков гистонов в соответствующих нуклеосомах.
Когда транскрипция завершена, необходимо вернуть модифицированные остатки в прежнее состояние. У млекопитающих метилирование остатков Агя в гистонах снимается под действием пептидиларгининдеиминаз. Однако в результате этой реакции образуется не неметилированный аргинин, а цитруллин. Каков второй продукт этой реакции? Предложите возможный механизм. 12.
Механизмы наследования в развитии. Яйца дрозофилы с генотипом Ьсгу,4ст! могут развиваться нормально, но взрослые насекомые с таким генотипом нс производят жизнеспособного потомства. Объясните этот факт. Биохимия в интернете 13. ТАТА-связывающий белок и ТАТА-бокс. Чтобы исследовать взаимодействие между факторами транскрипции и ДНК, войдите в базу данных Г!гзс01апсе в )шо! на сайте Ъгср;//11гзс81апсе. )шо1,ог8 и загрузите файл РОВ П) !ТОН. Этот файл моделирует взаимодействия между ТАТА- связывающим белком человека и участком двухцепочечной ДНК. Когда структура загрузится, выберете опцию "Бр(п", чтобы молекула перестала вращаться.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
