Диссертация (Статистическая теория структуры хроматина), страница 19

PDF-файл Диссертация (Статистическая теория структуры хроматина), страница 19 Физико-математические науки (34251): Диссертация - Аспирантура и докторантураДиссертация (Статистическая теория структуры хроматина) - PDF, страница 19 (34251) - СтудИзба2019-03-14СтудИзба

Описание файла

Файл "Диссертация" внутри архива находится в папке "Статистическая теория структуры хроматина". PDF-файл из архива "Статистическая теория структуры хроматина", который расположен в категории "". Всё это находится в предмете "физико-математические науки" из Аспирантура и докторантура, которые можно найти в файловом архиве МГУ им. Ломоносова. Не смотря на прямую связь этого архива с МГУ им. Ломоносова, его также можно найти и в других разделах. , а ещё этот архив представляет собой кандидатскую диссертацию, поэтому ещё представлен в разделе всех диссертаций на соискание учёной степени кандидата физико-математических наук.

Просмотр PDF-файла онлайн

Текст 19 страницы из PDF

A Case of Telomere Subdiffusion, Biophysical Journal, 103: 1839-1847(2012).36.Kepten E, Bronshtein I, Garini Y, Improved estimation of anomalous diffusion exponents insingle-particle tracking experiments, Phys Rev E, 87: 052713 (2013).37.Luger K, Nucleosomes: Structure and Function, Ernst Schering Res Found Workshop, 57:29-46 (2006).38.Segal E, et al., A genomic code for nucleosome positioning, Nature, 442: 772-778 (2006).39.Morozov AV, Fortney K, Gaykalova DA, et al., Using DNA mechanics to predict in vitronucleosome positions and formation energies, Nucleic Acids Research, 37: 4707-4722(2009).40.Kulaeva OI, et al., Internucleosomal Interactions Mediated by Histone Tails Allow DistantCommunication in Chromatin, J Biol Chem, 287(24): 20248-20257 (2012).41.Iyer et al., Hierarchies in eukaryotic genome organization: Insights from polymer theoryand simulations, BMC Biophysics, 4:8 (2011).42.Thomas GH, Elgin SC, Protein/DNA architecture of the DNase I hypersensitive region ofthe Drosophila hsp26 promoter, EMBO J, 7:2191–2201 (1988).43.Schild C, Claret FX, et al., A nucleosome-dependent static loop potentiates estrogenregulated transcription from the Xenopus vitellogenin B1 promoter in vitro, EMBO J,12:423–433 (1993).10344.Krivega I, Dean A, Enchanser and promoter interactions-long distance calls, Curr OpinGenet Dev., 22(2): 79-85 (2012).45.A.R.

Leitch et al., In situ hybridization, BIOS Scientific, Oxford, UK (1994).46.P.R. Langer-Safer, M. Levine, D.C. Ward, Immunological method for mapping genes onDrosophila polytene chromosomes, Proc Natl Acad Sci (USA),79(14):4381-5 (1982).47.R. Amann, B.M. Fuchs, Single-cell identification in microbial communities by improvedfluorescence in situ hybridization techniques, Nat Rev Microbiol, 6(5):339-48 (2008).48.Z. Zhao et al., Circular chromosome conformation capture (4C) uncovers extensivenetworks of epigenetically regulated intra- and interchromosomal interactions, Nat Genet.,38(11):1341-7 (2006).49.M.

Simonis et al., Nuclear organization of active and inactive chromatin domains uncoveredby chromosome conformation capture-on-chip (4C), Nat Genet.,38(11):1348-54 (2006).50.M. Simonis, J. Kooren, W. de Laat, An evaluation of 3C-based methods to capture DNAinteractions, Nat Methods, 4(11):895-901 (2007).51.Boveri T. Die Blastomerenkerne von Ascaris megalocephala und die Theorie derChromosomen individualitat, Arch Zellforsch 3: 181–268 (1909).52.J. R.

Chubb, W.A. Bickmore, Considering nuclear compartmentalization in light of nucleardynamics, Cell 112(4): 403-6 (2003).53.J. D. Halverson, J. Smrek, K. Kremer and A. Y. Grosberg, From a melt of rings tochromosome territories: the role of topological constraints in genome folding, Rep ProqPhys 77(2):022601 (2014).54.A. Cournac, H. Marie-Nelly, M. Marbouty, R.

Koszul and J. Mozziconacci, Normalizationof a chromosomal contact map, BMC Genomics, 13:436 (2012).55.M. A. Umbarger, J. Dekker, M. A. Marti-Renom et al, The three-dimensional architectureof a bacterial genome and its alteration by genetic perturbation, Cell, v.44, issue 2, p252264, (2011).56.T. B.

K. Le, M. V. Imakaev, L. A. Mirny and M. T. Laub, High-resolution mapping of thespatial organization of a bacterial chromosome, Science 342, 731 (2013).57.C. Molenaar, K. Wiesmeijer, et al., Visualizing telomere dynamics in living mammaliancells using PNA probes, EMBO J., 22(24): 6631-41 (2003).58.A.

Chertovich, P. Kos, Crumpled globule formation during collapse of a long flexible andsemiflexible polymer in poor solvent, J. Chem. Phys. 141, 134903 (2014).59.G. Bunin, M. Kardar, Coalescence Model for Crumpled Globules Formed in PolymerCollapse, Phys Rev Lett 115(8): 088303 (2015).10460.D.A. Meshkov, V.A. Ivanov, S.K. Nechaev and V.A. Avetisov, Relaxation dynamics of acrumpled globule, Chem Phys of Biol Proc, v.33, No.7, p.47-52 (2014).61.G. Peano, Sur une sourbe qui remplit toute une aire plane, Math.

Ann. 36, 157–160 (1890).62.D. Hilbert, Über die stetige Abbildung einer Linie auf ein Flächenstück, Math. Ann. 38,459–460 (1891).63.J. Shmrek, A. Y. Grosberg, A novel family of space-filling curves in their relation tochromosome conformation in eukaryotes, Physica A, v. 392, issue 24, p.6375-6388 (2013).64.H. Sagan, Space-Filling Curves, Springer-Verlag, Heidelberg (1994).65.Tamm M.V., Nazarov L.I., Gavrilov A.A., Chertovich A.V., Anomalous diffusion in fractalglobules, Phys Rev Lett, v.114, iss. 17, с.

178102 (2015).66.R.D. Schram, G.T. Barkema, H. Schiessel, On the stability of fractal globules, J Chem Phys138(22): 224901 (2013).67.T. Vettorel, A.Y. Grosberg, K. Kremer, Statistics of polymer rings in the melt: a numericalsimulation study, Phys Biol, 6(2): 025013 (2009).68.J.D. Halverson, W.B.Lee, G.S. Grest, A.Y.

Grosberg, K. Kremer, Molecular dynamicssimulation study of nonconcatenated ring polymers in a melt. II. Dynamics, J Chem Phys134(20): 204905 (2011).69.A. Rosa, R. Everaers, Ring Polymers in the Melt State: The Physics of Crumpling, PhysRev Lett 112, 118302 (2014).70.J.D. Halverson, W.B.Lee, G.S. Grest, A.Y. Grosberg, K. Kremer, Molecular dynamicssimulation study of nonconcatenated ring polymers in a melt.

I. Statics, J Chem Phys134(20): 204904 (2011).71.G. Parisi, N. Sourlas, Phys Rev Lett 46, 871 (1981).72.M. Barbieri, M. Chotalia, J. Fraser, L.-M. Lavitas, J. Dostie, A. Pombo, and M. Nicodemi,Complexity of chromatin folding is captured by the strings and binders switch model, Proc.Nat. Acad. Sci., 109, 16173 (2012).73.A.M. Chiariello, S. Bianco, A.

Piccolo et al., Polymer models of the organization ofchromosomes in the nucleus of cells, Modern Physics Letters B 29(09): 1530003 (2015).74.В.А. Каргин, Г.Л. Слонимский, Об определении молекулярного веса линейныхполимеров по их механическим свойствам, Журнал физической химии, т. 23, вып. 3,с. 563 (1949).75.P.E. Rouse, A Theory of the Linear Viscoelastic Properties of Dilute Solutions of CoilingPolymers, J Chem Phys 21, 1272 (1953).10576.B.H. Zimm, Dynamics of Polymer Molecules in Dilute Solution: Viscoelasticity, FlowBirefringence and Dielectric Loss, J Chem Phys 24, 269 (1956).77.J.

Shmrek, A.Y. Grosberg, Understanding the dynamics of rings in the melt in terms of theannealed tree model, Journal of Physics: Condensed Matter 27(6), 064117 (2015).78.A.Y. Grosberg, Annealed lattice animal model and Flory theory for the melt of nonconcatenated rings: towards the physics of crumpling, Soft Matter 10(4), 560-565 (2014).79.G. Ting, S.Panyukov, M.

Rubinstein, Self-Similar Conformations and Dynamics inEntangle Melts and Solutions of Nonconcatenated Ring Polymers, Macromolecules, 49(2),pp 708-722, 2016.80.N.A. Spenley, Scaling laws for polymers in dissipative particle dynamics, Europhys. Lett.,49, 534 (2000).81.F. Lahmar and B. Rousseau, Influence of the adjustable parameters of the DPD on theglobal and local dynamics of a polymer melt, Polymer, 48, 3584 (2007).82.P.

Nikunen, I. Vattulainen, and M. Karttunen, Reptational dynamics in dissipative particlesimulations of polymer melts, 75, 036713 (2007).83.Dixon J. E., Selvaraj S., et al., Topological domains in mammalian genomes identified byanalysis of chromatin interactions, Nature, 485, 376 (2012).84.Sexton T., Yaffe E., Kenigsberg E., et al., Three-Dimensional Folding and FunctionalOrganization Principles of the Drosophila Genome, Cell, 148, 458 (2012).85.J. Dekker, M.A. Marti-Renom and L.A.

Mirny, Exploring the three-dimensionalorganization of genomes: interpreting chromatin interaction data, Nat. Rev. Genet., 14, 390403 (2013).86.A. Cournac, H. Marie-Nelly, et al., Normelization of a chromosomal contact map, BMCGenomics, 13, 436 (2012).87.Imakaev M. V., Tchourine K. M., Nechaev S.

K., Mirny L. A., Effects of topologicalconstraints on globular polymers, Soft Matter, 11, 665-671 (2015).88.Filion G. J., van Bemmel J. G., et al., Systematic protein location mapping reveals fiveprincipal chromatin types in Drosophila cells, Cell, 143(2), 212-224 (2010).89.Л. Д. Ландау, Е.М. Лифшиц, Статистическая физика, Часть 1, Наука, (1976).90.C. D. Sfatos, A. M. Gutin and E. I. Shakhnovich, Phase diagram of random copolymers,Phys. Rev. E, 48, 465 (1993).91.M. Mezard, G. Parisi and M. Virasoro, Spin glass theory and beyond, World Scientific,Singapore (1987).10692.G.

H. Golub and C. F. Van Loan, Matrix Computations, Johns Hopkins Studies in Math.Sciences, 4th edn (1996).93.J. W. Aleksander, Topological invariants of knots and links, Trans. Amer. Math. Soc.(1928)94.Newman MEJ, Analysis of weighted networks, Phys Rev E, 70:056131 (2004).95.Lancichinetti A, Fortunato S, Limits of modularity maximization in community detection,Phys Rev E 84:066122 (2011).96.Granell C, Gomez S, Arenas A, Hierarchical multiresolution method to overcome theresolution limit in complex networks, Int J Bifurcat Chaos 22(07):1250171 (2012).97.Arenas A, Fernandez A, Gomez S, Analysis of the structure of complex networks atdifferent resolution levels, New J Phys 10(5):053039 (2008).98.Fortunato S, Community detection in graphs.

Phys Rep 486(3-5):75–174, (2010).99.Newman MEJ, Modularity and community structure in networks, P Natl Acad Sci103(23):8577–8582 (2006).100. KrzakalaF, Moore C, Mossel E, et al. Spectral redemption in clustering sparse networks, PNatl Acad Sci 110(52):20935–20940 (2013).101. ArenasA, Diaz-Guilera A, Kurths J, et al. Synchronization in complex networks, Phys Rep469(3):93–153 (2008).102.

Д.П.Сетна, Статистическая механика: энтропия, параметры порядка и сложность,Научный мир, 2013103. Mezard104. A.M, Montanari A, Information Physics and Computation, Oxford:OUP (2009).Karatrantos, N. Clarke, R.J. Compostob, and K.I. Wineyb, Polymer conformations inpolymer nanocomposites containing spherical nanoparticles, Soft Matter, 9, 3877 (2013).105. A.A. Aksyuk, M. G. Rossmann, Bacteriophage Assembly, Viruses, 3(3): 172–203 (2011).107.

Свежие статьи
Популярно сейчас
Зачем заказывать выполнение своего задания, если оно уже было выполнено много много раз? Его можно просто купить или даже скачать бесплатно на СтудИзбе. Найдите нужный учебный материал у нас!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
5173
Авторов
на СтудИзбе
436
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее