90531 (Аллельные варианты генов-кандидатов подверженности туберкулезу у русского населения Западной Сибири), страница 8
Описание файла
Документ из архива "Аллельные варианты генов-кандидатов подверженности туберкулезу у русского населения Западной Сибири", который расположен в категории "". Всё это находится в предмете "медицина" из , которые можно найти в файловом архиве . Не смотря на прямую связь этого архива с , его также можно найти и в других разделах. Архив можно найти в разделе "остальное", в предмете "медицина, здоровье" в общих файлах.
Онлайн просмотр документа "90531"
Текст 8 страницы из документа "90531"
Естественный отбор в теории популяционной генетики является важнейшим фактором эволюции, вызывающим адаптивные изменения в генетической структуре популяций. В случае формирования гаметического неравновесия между маркерами под воздействием естественного отбора, определенные комбинации аллелей разных локусов дают селективные преимущества их носителям и, следовательно, сохраняются при отборе и накапливаются в популяции [Алтухов Ю.П., 2003].
3.2 Анализ связи полиморфизма генов NRAMP1, IL12B, VDR, IL1B, IL1RN с туберкулезом
Туберкулез – инфекционное заболевание, обладающее клиническим полиморфизмом. Специфическая гранулема – субстрат болезни – может развиться в любом органе или ткани [Cтруков А.И., Кауфман О.Я., 1989; Ерохин В.В., Земскова З.С., 2003]. Современная классификация туберкулеза, в основу которой положено два признака: локализация процесса и клинико – рентгенологические особенности форм, насчитывает 23 основных клинических формы туберкулеза [Хоменко А.Г., 1996]. Такое разнообразие проявлений одного заболевания определяют множество факторов. Несомненно, в этом случае играют немаловажную роль свойства самой микобактерии туберкулеза, такие как вирулентность, резистентность к противотуберкулезным препаратам, а также массивность инфекции. От состояния естественных защитных сил организма (барьерная функция слизистой оболочки дыхательных путей и желудочно-кишечного тракта) также будет зависеть исход встречи человека и микобактерии туберкулеза.
Результаты современных генетических исследований не оставили сомнений в существовании наследственной предрасположенности к туберкулезу [Хоменко А.Г., 1996; Чуканова В.П., 2001; Hill A.V.S., 1999]. Они показали, что одной из причин, определяющих такое разнообразие клинических проявлений, является полиморфизм генов, чьи продукты экспрессии вовлечены в патогенез заболевания. В то же время, пока не ясно, какие именно варианты генов имеют решающее значение. В связи с этим важно изучить вклад конкретных сочетаний аллелей в развитие болезни.
В исследованной выборке 304 больных туберкулезом русских жителей г. Томска и Томской области проанализировано распределение генотипов и частот аллелей полиморфизма генов NRAMP1, IL12B, VDR, IL1B, IL1RN (табл. 10). Выявлено отклонение наблюдаемого распределения генотипов полиморфизма B/b гена VDR от ожидаемого при РХВ (χ2=6,95; р=0,008) за счет повышенной гетерозиготности (табл. 10). Учитывая неслучайный характер отбора индивидов в выборке, можно предположить наличие вероятного вклада гена VDR в патогенез туберкулеза. Для исследованных полиморфизмов генов NRAMP1, IL12B, IL1B, IL1RN в общей группе больных туберкулезом отклонение от РХВ не показано.
Известно, что у жителей Тувы больных туберкулезом выявлено отклонение от РХВ для полиморфизмов 1465-85G/A и D543N гена NRAMP1 за счет пониженного количества гетерозигот в обоих случаях и для полиморфизмов B/b и F/f гена VDR за счет повышенной гетерозиготности [Рудко А.А., 2004]. Таким образом, как для русских, так и для тувинцев, больных туберкулезом, характерно повышенное количество гетерозигот B/b гена VDR. Сравнение частот аллелей и генотипов у русских и тувинцев, больных туберкулезом, показало статистически значимые отличия для всех исследованных полиморфных маркеров (табл. 11). Максимальная степень отличий частот аллелей и генотипов показана для полиморфизма B/b гена VDR.
Таблица 10 Частоты аллелей и генотипов исследованных полиморфизмов у больных туберкулезом
Ген | Поли-морфизм | Гено-типы | N.O. | N.E. | Частота аллеля | χ2 (d.f.) | Hobs | Hexp | D |
NRAMP1 | 469+14 G/C | GG GC CC | 179 94 6 | 183,07 85,86 10,07 | G= 0,810 | 2,25 (1) | 0,337 | 0,308 | +0,095 |
D543N | DD DN NN | 263 14 1 | 262,23 15,54 0,23 | D= 0,971 | 1,28 (1) | 0,050 | 0,056 | -0,099 | |
1465-85 G/A | GG GA AA | 126 126 27 | 128,03 121,94 29,03 | G= 0,677 | 0,25 (1) | 0,452 | 0,437 | +0,033 | |
274C/T | CC CT TT | 163 122 14 | 167,82 112,37 18,81 | C= 0,749 | 2,01 (1) | 0,408 | 0,376 | +0,086 | |
IL12B | 1188A/C | AAACCC | 16210017 | 161,09101,8216,09 | A=0,760 | 0,05(1) | 0,358 | 0,365 | -0,018 |
VDR | B/b | BBBbbb | 4916876 | 60,37145,2687,37 | b=0,546 | 6,95*(1) | 0,573 | 0,496 | +0,157 |
F/f | FFFfff | 12413440 | 122,42137,1638,42 | F=0,641 | 0,12(1) | 0,450 | 0,460 | -0,023 | |
IL1B | +3953A1/A2 | A1A1A1A2A2A2 | 16910824 | 165,21115,5720,22 | A10,741 | 1,16(1) | 0,359 | 0,384 | -0,066 |
IL1RN | VNTR | A1A1 A1A2 A1A3 A1A4 A2A2 A2A3 другие | 158 100 10 1 25 4 1 | 152,43 110,16 11,53 0,43 19,90 4,17 0,38 | A1= 0,714 A2= 0,258 A3= 0,027 | 6,35 (6) | 0,385 | 0,422 | -0,088 |
Примечание. Обозначения см. табл. 6
Таблица 11 Сравнение частот аллелей и генотипов у русских и тувинцев с ТБ
Полимор-физм | Гено-типы | Частоты (%) | p | Ал-лели | Частоты | p | ||
русские | тувинцы | русские | тувинцы | |||||
NRAMP1 | ||||||||
469+14 G/C | GG GC CC | 179 (64,2) 94 (33,7) 6 (2,1) | 198 (85) 32 (13,7) 3 (1,3) | 0,000 | G | 0,810 | 0,918 | 0,000 |
D543N | DD DN NN | 263 (94,6) 14 (5) 1 (0,4) | 191 (80,9) 39 (16,5) 6 (2,6) | 0,000 | D | 0,971 | 0,892 | 0,000 |
1465-85G/A | GG GA AA | 126 (45,2) 126 (45,2) 27 (9,6) | 153 (65,7) 63 (27) 17 (7,3) | 0,000 | G | 0,677 | 0,794 | 0,000 |
274C/T | CC CT TT | 163 (54,5) 122 (40,8) 14 (4,7) | 190 (80,5) 45 (19,1) 1 (0,4) | 0,000 | C | 0,749 | 0,900 | 0,000 |
IL12B | ||||||||
1188 A/C | AA AC CC | 162 (58) 100 (35,8) 17 (6,2) | 90 (38,6) 102 (43,8) 41 (17,6) | 0,000 | A | 0,760 | 0,605 | 0,000 |
VDR | ||||||||
B/b | BB Bb bb | 49 (16,7) 168 (57,3) 76 (26) | 3 (1,3) 82 (35) 149 (63,7) | 0,000 | b | 0,546 | 0,812 | 0,000 |
F/f | FF Ff ff | 124 (41,6) 134 (45) 40 (13,4) | 125 (53,6) 102 (43,8) 6 (2,6) | 0,000 | F | 0,641 | 0,755 | 0,000 |
IL1B | ||||||||
+3953 A1/A2 | A1A1 A1A2 A2A2 | 169 (56,1) 108 (35,9) 24 (8) | 185 (79,1) 47 (20) 2 (0,9) | 0,000 | A1 | 0,741 | 0,891 | 0,000 |
Примечание. р – достигнутый уровень значимости при сравнении частот аллелей и генотипов
У русских с ТБ и здоровых по сравнению с жителями Тувы чаще наблюдали гомозиготный по аллелею В и гетерозиготный генотипы. Среди жителей г. Томска, больных туберкулезом, по сравнению с тувинцами статистически значимо чаще встретились аллели 469+14C, 1465-85A, 274T гена NRAMP1, f гена VDR, и +3953А2 гена IL1В, реже регистрировались аллели 543N гена NRAMP1 и 1188С гена IL12B. В целом можно отметить, что отличия в распределении генотипов и аллелей между русскими и тувинцами были идентичными у больных и здоровых: у русских с туберкулезом преобладали те же аллели генов, что и у здоровых.
При сравнении распределений генотипов и частот аллелей в выборках больных и здоровых лиц, живущих в г. Томске и Томской области, выявлены статистически значимые отличия для полиморфизма 274С/Т гена NRAMP1 и трех генов, принимающих участие в продукции интерлейкинов (табл. 12). Так, у больных туберкулезом статистически значимо чаще регистрировался гетерозиготный генотип 274С/Т гена NRAMP1 (OR=1,66, 95%CI:1,02–2,71; p=0,040). Лица, обладающие гомозиготным генотипом 274С/C чаще встречались среди здоровых (OR=0,54, 95%CI:0,33–0,87; р=0,010). Показаны отличия частот аллелей у больных и здоровых для полиморфизма +3953 А1/А2 гена IL1B (p=0,036) за счет повышения доли аллеля А2 у больных туберкулезом. В тоже время, не найдено отличий при сравнении распределения генотипов этого полиморфизма гена IL1В (табл. 12).
Различия по VNTR полиморфизму гена IL1RN в выборках больных и здоровых касались как частот аллелей, так и частот генотипов. Аллель А2 статистически значимо чаще встречался у пациентов с туберкулезом. При сравнении частот генотипов выявлено более высокое количество гетерозигот А1/А2 у больных туберкулезом по сравнению с контролем (OR=2,10, 95%CI:1,26–3,51, р=0,003) (табл. 12). В противоположность этому у африканцев гетерозиготы по аллелю А2 IL1RN статистически значимо реже встречались у больных туберкулезом, чем в контрольной группе [Bellamy R., Ruwende C., 1998].