Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 4)

Критериями удовлетворительного решения, соответствующего оптимальному набору базисных спектров, являются следующие условия:

1. Сумма коэффициентов должна находиться в диапазоне от 0.96 до 1.05 (или, по крайней мере, от 0.90 до 1.10).

2. Значение содержания произвольной структурной формы в исследуемом белке ( ) должно быть выше - 0,05.

3. Воспроизведение анализируемого спектра на основе выбранного набора базисных спектров должно быть лучше, чем при использовании полного их набора.

4. Более предпочтительным является набор, содержащий большее число базисных спектров.

5. Более предпочтительными являются те белки, спектры которых ближе к анализируемому спектру.

На практике в большинстве случаев удовлетворительных результатов удается достичь при исключении из исходного набора всего трех или четырех белков, причем среднеквадратичная ошибка при воспроизведении анализируемого спектра составляет меньше 0.2 единицы . Если несколько наборов базисных белков оказываются удовлетворительными в одинаковой степени, то результаты, полученные на их основе, усредняются.

В заключение можно отметить, что метод "выбора переменных" является мощным средством анализа спектров КД белков в ситуациях, когда другие распространеннные методы дают заведомо неверные результаты.

Сравнение различных методов анализа спектров КД.Поскольку все методы анализа спектров КД имеют чисто эмпирический характер, каждый из них нуждается в экспериментальной проверке на белках с известными рентгеноструктурными данными. Обычно подобная проверка проводится на белках, включенных в базисный набор для данного метода. При этом белки поочередно исключаются по одному из этого набора, а их спектры анализируются на основе спектров оставшихся белков. После этого результаты, полученные для каждого типа вторичной структуры, сравниваются со значениями, полученными при рентгеноструктурном анализе, с помощью подсчета коэффициента корреляции между этими двумя наборами данных, определяемого следующим выражением:

.(1.2.22)

Здесь и - экспериментальный и рассчитанный наборы данных, n - число белков в базисном наборе. Значения коэффициента корреляции r лежат в диапазоне от - 1 до 1, причем значеия r, близкие к 1, свидетельствуют об успешном предсказании, характеризующимся достаточно высокой точностью. Значения r, близкие к 0 или - 1, говорят о случайном совпадении или полном несоответствии рассчитанных и экспериментальных данных.

Ниже приведены значения коэффициентов корреляции для четырех рассмотренных методов: метода "эталонных спектров" [2,3], метода "регуляризации" [4], метода "ортогональных спектров" [5,6] и метода "выбора переменных" [7]:

метод	диапазон,	коэффициент корреляции r
	нм				+	-изг.	Ост.
[2,3]	190-240	0.85	-	-	0.25	-0.31	0.46
[4]	190-240	0.96	-	-	0.94	0.31	0.49
[5,6]	190-260	0.98	0.40	0.00	-0.27	0.18	0.24
[7]	190-260	0.95	0.57	0.47	0.45	0.54	0.69
[4]	178-260	0.96	0.23	0.39	0.12	0.51	0.64
[5,6]	178-260	0.98	0.55	0.63	0.54	0.30	0.61
[7]	178-260	0.97	0.78	0.67	0.76	0.49	0.86

1.3 Работа с пакетом программ STRUCTURE по анализу спектров КД белков

Пакет программ STRUCTURE разработан в институте белка РАН (1991-1992 К.С. Василенко). Он предназначен для анализа спектров кругового дихроизма белков и определения их вторичной структуры. Алгоритм анализа спектров основан на методах, описанных выше. Пакет STRUCTURE состоит из следующих программ и вспомогательных файлов:

• STRUCTURE (файл structur.exe) - программа, обеспечивающая интерфейс для всех программ пакета, позволяющая также создавать и редактировать файлы данных в универсальном для всех программ формате.

• CONTIN (файл contin.exe) - программа, определяющая вторичную структуру белка методом "регуляризации" [4].

• PROVCD (файл provcd.exe) - программа, осуществляющая проведение статистического теста для программы CONTIN.

• DEF_CLASS (файл def_clas.exe) - программа, определяющая тип третичной структуры белка.

• CDESTIMATE (файл cdestima.exe) - программа, определяющая вторичную структуру белка методом "эталонных спектров" [3].

• VARSELEC (файл varselec.exe) - программа, определяющая вторичную структуру белка методом "ортогональных спектров" с процедурой "выбора переменных" [7].

• RUN.BAT - командный файл, используемый для запуска программ пакета в условиях недостаточного объема оперативной памяти.

• *.DAT - файл, содержащий спектр КД белка, а также данные о его вторичной структуре (если они известны).

• *.GRP - файл, содержащий список базисных спектров КД (принадлежащих одной из базисных групп).

• *.STR - файл, содержащий набор структурных типов (элементов вторичной структуры белка).

После запуска файла structur.exe на экране появляется главное меню программы, состоящее из следующих пунктов:

1. File - создание и редактирование файлов данных;

2. Group - создание и редактирование групп базисных спектров КД белков;

3. Calculate - выбор метода анализа, анализируемого спектра, группы базисных спектров, запуск вычислений и просмотр результатов;

4. Options - выбор набора структурных типов;

5. Setup - изменение цветового оформления окон программы;

6. Quit - выход из программы.

В нижней части экрана располагаются три окна, содержащие информацию об анализируемом спектре КД (Protein), а также о выбранных для анализа группе базисных спектров (Group) и наборе типов вторичной структуры белка (Structures).

Создание и редактирование файлов данных. Создание и редактирование файлов данных осуществляется с помощью команд меню File/Create и File/Edit соответственно. В файл необходимо внести следующую информацию:

• Комментарий длиной не более 45 символов (пункт меню Comment).

• Идентификатор длиной не более 7 символов, который становится именем файла и автоматически приобретает расширение.dat (пункт меню Identificator).

• Содержание в белке (относительные доли) различных типов вторичной структуры по данным рентгеноструктурного анализа (пункт меню Structure data). Эти данные необходимы только в случае использования вводимого спектра в дальнейшем в качестве базисного.

• Диапазон и шаг по длинам волн, а также сам спектр КД (пункт меню Spectrum). Для программы CDESTIMATE диапазон анализируемого спектра не должен быть шире, чем 240 - 190 нм, а шаг должен быть равен 1 нм или больше. Для программы CONTIN число точек в анализируемом спектре не должно превышать 51. Для программ CONTIN, VARSELEC и PROVCD диапазон анализируемого спектра не должен быть шире диапазона базисных спектров, а шаг должен совпадать с шагом базисных спектров.

После ввода всей перечисленной выше информации необходимо сохранить ее с помощью пункта меню Save. При необходимости можно построить введенный спектр КД на экране в графическом виде с помощью пункта меню View.

Команды меню File/Load и File/Delete используются соответственно для добавления новых спектров в список рабочих спектров, запоминаемых программой, и для удаления из него ненужных спектров. Для добавления нового спектра с помощью команды Load необходимо указать имя файла, в котором он хранится (предварительно его надо записать в текущий каталог). При удалении какого-либо спектра из списка с помощью команды Delete соответствующий ему файл не удаляется, поэтому его всегда можно будет включить обратно в список с помощью команды Load.

Создание и редактирование групп базисных спектров. В программе STRUCTURE уже существует 6 предопределенных групп базисных спектров, соответствующих различным методам анализа спектров КД. Эти группы имеют следующие имена:

• PG_3_16.GRP и PG_4_16.GRP - базисные наборы, состоящие из 16 спектров, использованные для анализа авторами метода "регуляризации" [4] (Provencher & Glockner), предназначенные для определения вторичной структуры по 3 и 4 структурным классам соответственно (смотри ниже);

• PG_3_20.GRP и PG_4_20.GRP - базисные наборы, содержащие те же самые 16 спектров, что и в двух предыдущих наборах, плюс 4 спектра денатурированных белков;

• HJ_16.GRP и HJ_22.GRP - базисные наборы, состоящие из 16 и 22 спектров соответственно, использованные для анализа авторами метода "ортогональных спектров" [7] (Henessey & Johnson), предназначенные для определения вторичной структуры по 5 структурным классам (смотри ниже).

В программе предусмотрена возможность создания собственных групп базисных спектров. Для этого необходимо воспользоваться командой главного меню Group/Create, позволяющей выбрать из списка существующих спектров те, которые вы хотите включить в свой базисный набор. Аналогичным образом осуществляется редактирование групп базисных спектров (команда главного меню Group/Edit). Удаление группы базисных спектров осуществляется с помощью команды главного меню Group/Delete.

Выбор набора структурных типов. В программе STRUCTURE предопределены следующие 3 набора типов вторичной структуры белка:

Provencher 3 (PG3.STR)	ALFA_hl (-спираль) BETA_sh (-структура) Remain (остальные типы)
Provencher 4 (PG4.STR)	ALFA_hl (-спираль) BETA_sh (-структура) BETA_tn (-поворот) Remain (остальные типы)
Johnson 5 (HJ.STR)	ALFA_hl (-спираль) BETA_Ash (антипараллельная -структура) BETA_Psh (параллельная -структура) BETA_tn (-поворот) Other (остальные типы)

Набор All structures (FULL.STR) содержит дополнительные типы вторичной структуры белка, однако он ни с одной из предопределенных групп базисных спектров не используется.

Каждая группа базисных спектров соответствует одному из выше перечисленных наборов структурных типов. Это соответствие выглядит следующим образом:

PG_3_16.GRP и PG_3_20.GRP - Provencher 3;

PG_4_16.GRP и PG_4_20.GRP - Provencher 4;

HJ_16.GRP и HJ_22.GRP - Johnson 5.

При выборе одной из групп базисных спектров необходимо выбрать соответствующий набор типов вторичной структуры белка. Выбор нужного набора структурных типов осуществляется с помощью команды главного меню Options/Structure types.

Запуск вычислений. Для начала вычислений необходимо воспользоваться командой главного меню Calculate. В появляющемся меню нужно выбрать один из предлагаемых методов вычислений. В появляющемся после этого списке имеющихся белковых спектров необходимо выбрать анализируемый спектр. Если для расчетов были выбраны программы CONTIN, VARSELEC, PROVCD или DEF_CLASS, то необходимо также выбрать группу базисных спектров, на которой будут основаны вычисления. После этого производится запуск вычислений.

Характеристики

Список файлов книги