Главная » Просмотр файлов » Автореферат

Автореферат (1145985), страница 4

Файл №1145985 Автореферат (Молекулярное моделирование механизма активации протеинкиназы А Ia) 4 страницаАвтореферат (1145985) страница 42019-06-29СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 4)

Формирование излома B/C-спирали на местефрагмента π-спиралиПуть перехода в В-конформацию А-домена с мутационной заменойR209K3 отличается от путей перехода доменов белка дикого типа не более, чемпоследние различаются между собой, что полностью исключает участиеэлектростатического «переключателя» R209–D170–R226 в конформационномпереходе А-домена. Подтверждает этот вывод и отсутствие электростатического «переключателя» R209–D170–R226 во всех цАМФ-связывающихдоменах, кроме А-доменов протеинкиназ А. Последний факт выявлен в ходеанализа третичных структур цАМФ-связывающих доменов, размещенных вбазе PDB.3Положение боковой цепи K209 поддерживалось постоянным, как описано выше.15ЗАКЛЮЧЕНИЕПолученные нами данные позволили выделить электростатический«переключатель» цАМФ(O6)–A202(N-H)–G199(C=O), посредством которогоцАМФ передает информацию о своем связывании на гидрофобный«переключатель» L203–Y229 и этим запускает конформационный переход Адомена.

Предположение о ключевой роли данного «переключателя» в переходеА-домена из H- в В-конформацию согласуется с предложенным намимеханизмом функционирования Rp-цАМФS в качестве обратного агонистаПКА Iα.Проведенное исследование не подтвердило участие электростатического«переключателя» R209–D170–R226 в конформационном переходе А-домена,однако установило, что остаток в положении 209 влияет на склонность доменак формированию B-конформации. Замены аргинина в этом положении налюбой другой остаток приводят к уменьшению стабильности B-конформациии, как следствие, к увеличению значений константы активации ПКА Iα, чтоотмечено в экспериментальных работах.Простым описанием установленного механизма перехода А-домена RIαиз H- в В-конформацию может служить представление его в виде трехпоследовательных этапов.

На первом этапе (пункт 1 приведенной выше схемы)в ответ на связывание лиганда B-конформацию принимает ФСК. На второмэтапе (пункты 2 – 4), благодаря смещению N3A-мотива и упаковываниюбоковой цепи L203 в гидрофобный карман, поворачивается B/C-спираль, а в ееструктуре, вследствие стремления остатков L233 и M234 к более выгодномугидрофобному окружению, формируется виток π-спирали. На третьем,заключительном, этапе (пункт 5) в результате сближения боковых цепей R241 иE200 на месте витка π-спирали образуется излом, который разделяет B/Cспираль на отдельные B- и С-спирали.Последовательность событий, положенная нами в основу перехода Адомена RIα из H- в В-конформацию, является первым приближением к путиминимальной свободной энергии (ПМСЭ) этого перехода.

Его уточнение ипостроение профиля свободной энергии вдоль уточненного ПМСЭ являетсязадачей дальнейших исследований.Выводы1) цАМФ запускает переход А-домена регуляторной субъединицыПКА Iα из H- в В-конформацию посредством электростатического «переключателя» цАМФ(O6)–A202(N-H)–G199(C=O), передающего информацию освязывании цАМФ на гидрофобный «переключатель» L203–Y229.2)Электростатический«переключатель»R209–D170–R226незадействован в переходе А-домена регуляторной субъединицы ПКА Iα из H- вВ-конформацию. Однако аминокислотный остаток в положении 209 выполняетряд важных функций, к которым относятся: (а) фиксация лиганда в16связывающем сайте; (б) поддержание конформации β2β3-петли; (в) созданиестерически благоприятных условий для размещения A202 в положении,характерном для B-конформации, и стабилизация этого положения путемвзаимодействия с боковой цепью A202.

Аргинин в положении 209 наилучшимобразом совмещает выполнение всех перечисленных функций, что являетсяпричиной его инвариантности во всех цАМФ-связывающих доменах.3) Гидрофобный «переключатель» L203–Y229 представляет собойобязательный элемент механизма, лежащего в основе перехода А-доменарегуляторной субъединицы ПКА Iα из H- в В-конформацию. Движущей силойповорота B/C-спирали, происходящего при его переключении, является напервых этапах сохранение взаимодействия между Y229 и L203, а затемповышение энергии взаимодействия Y229 с β-субдоменом в целом.

В А-доменеПКА Iα, как и в ряде других цАМФ-связывающих доменов, для переходагидрофобного «переключателя» в состояние, соответствующее B-конформации,необходимо смещение N3A-мотива от фосфат-связывающей кассеты.4) Переход А-домена регуляторной субъединицы ПКА Iα из H- в Вконформацию происходит в три последовательных этапа. На первом этапе вответ на связывание лиганда B-конформацию принимает фосфат-связывающаякассета. На втором этапе происходит смещение N3A-мотива, поворот B/Cспирали и формирование в ее структуре витка π-спирали. На третьем этапе наместе витка π-спирали образуется излом, который разделяет B/C-спираль наотдельные B- и С-спирали.ПУБЛИКАЦИИ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИВ изданиях из списка ВАК1.

Рогачева, О. Н. Сравнительный анализ структуры и энтальпии гидролизамолекул цАМФ и цГМФ методами квантовой химии / О. Н. Рогачева,В. Е. Стефанов, Б. Ф. Щеголев // Вестн. С.-Петерб. ун-та. Сер. 3. Биология.2007. Вып. 2. C. 86–92.2. Рогачева, О. Н. Термодинамическая оценка активации протеинкиназы А Iα / О. Н. Рогачева, А. В. Попов, Е. В.

Савватеева-Попова,В. Е. Стефанов, Б. Ф. Щеголев // Биохимия. 2010. Т. 75, № 2. С. 286–296.3. Рогачева, О. Н. 3':5'-AMP-индуцированный конформационный переходрегуляторной субъединицы протеинкиназы А Iα запускается ключевымиостатками A202 и A326. Ч. I / О.

Н. Рогачева, Б. Ф. Щеголев, В. Е. Стефанов,Г. А. Захаров, E. B. Савватеева-Попова // Биохимия. 2012. Т. 77, № 5.С. 568–577.4. Рогачева, О. Н. Rp-3':5'-AMPS блокирует начальные стадии конформационного перехода регуляторной субъединицы протеинкиназы А Iα. Ч. II /О.

Н. Рогачева, Б. Ф. Щеголев, В. Е. Стефанов, E. B. Савватеева-Попова //Биохимия. 2012. Т. 77, № 5. С. 578–582.17В других изданиях1. Рогачева, О. Н. Расчет структуры молекул циклических нуклеотидов /О. Н. Рогачева // Политехнический симпозиум «Молодые ученые – промышленности Северо-Западного региона»: матер. конф., декабрь 2006 г., СанктПетербург. СПб: Изд-во Политех. ун-та, 2006. С. 199–200.2. Рогачева, О. Н. Изучение механизма диссоциации регуляторной икаталитической субъединиц протеинкиназы А Iα (ПК А Iα) / О. Н. Рогачева //12-я С.-Петерб. ассамблея молодых ученых и специалистов: ан.

работ.СПб.: Изд-во Рос. гос. гидрометеоролог. ун-та, 2007. С 44.3. Рогачева, О. Н. цАМФ и АТФ как природные регуляторы активацииПКА Iα / О. Н. Рогачева, А. В. Попов, Б. Ф. Щеголев, Е. В. Савватеева-Попова //Научное наследие академика Л. А. Орбели. Структурные и функциональныеосновы эволюции функций, физиологии экстремальных состояний: матер.Всерос. конф. 19-20 ноября 2008 г. Санкт-Петербург. СПб.: ВВМ, 2008.С. 136–137.4. Рогачева, О. Н. Исследование методами молекулярного моделированияроли связывания цАМФ и АТФ в процессе активации ПКА Iα / О.

Н. Рогачева //13-я С.-Петерб. ассамблея молодых ученых и специалистов: ан. работ.СПб.: Фонд «Гаудеамус», 2008. С. 45–46.5. Рогачева, О. Н. Термодинамическая оценка активации протеинкиназы А Iα (ПКА Iα). Анализ роли стэкинг-взаимодействия в связываниицАМФ регуляторной субъединицей ПКА Iα / О. Н. Рогачева, А.

В. Попов,Б. Ф. Щеголев, Е. В. Савватеева-Попова // Молекулярное моделирование: тез.6-й Всерос. конф. 8–10 апреля 2009 г. Москва / РАН. Отд. наук о Земле. Ин-тгеохимии и аналит. химии им. В. И. Вернадского. Моск. гос. ун-т. М., 2009.C. 102.6. Рогачева, О. Н.

Особенности взаимодействия Rp-цАМФS и Sp-цАМФS сцАМФ-связывающим сайтом B-домена протеинкиназы А Iα (ПКА Iα) /О. Н. Рогачева // Современная химическая физика: сб. тез. XXI симп.25 сентября – 6 октября 2009 г. Туапсе. М.: Парк-медиа, 2009. C. 239.7. Рогачева, О. Н. Квантово-химический анализ ингибированияпротеинкиназы А Iα Rp-цАМФS / О. Н. Рогачева, Е.

В. Савватеева-Попова,Б. Ф. Щеголев // XXI съезд Физиол. об-ва им. И. П. Павлова: тез. докл.19–25 сентября 2010 г. Калуга. М.–Калуга: БЭСТ-принт, 2010. C. 517–518.8. Рогачева, О. Н. Исследование механизма активации протеинкиназы А Iα /О. Н. Рогачева // 15-я С.-Петерб. ассамблея молодых ученых и специалистов:ан. работ / Правительство С.-Петербурга. Комитет по науке и высшей школе.2010. C. 98.9. Рогачева, О. Н.

Моделирование конформационных переходов цАМФсвязывающих доменов протеинкиназы А Iα (ПКА Iα) / О. Н. Рогачева,Е. В. Савватеева-Попова, Б. Ф. Щеголев // Молекулярное моделирование: тез.7-й Всерос. конф. 13–15 апреля 2011 г. Москва / РАН. Отд. наук о Земле. Ин-тгеохимии и аналит. химии им. В.

И. Вернадского. Моск. гос. ун-т. М., 2011.C. 131.1810. Рогачева, О. Н. Моделирование конформационного перехода А-доменарегуляторной субъединицы протеинкиназы А Iα / О. Н. Рогачева //Математическое и компьютерное моделирование в биологии и химии.Перспективы развития: труды междунар. конф. 28–30 мая 2012 г. Казань /Казан. (Приволжск.) федер.

Характеристики

Тип файла
PDF-файл
Размер
748,02 Kb
Предмет
Высшее учебное заведение

Список файлов диссертации

Молекулярное моделирование механизма активации протеинкиназы А Ia
Свежие статьи
Популярно сейчас
А знаете ли Вы, что из года в год задания практически не меняются? Математика, преподаваемая в учебных заведениях, никак не менялась минимум 30 лет. Найдите нужный учебный материал на СтудИзбе!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
6390
Авторов
на СтудИзбе
307
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее