Планирование и дизайн комбинаторного синтеза
Планирование и дизайн комбинаторного синтеза
Паукообразные молекулы
Для нахождения новых лидеров методом комбинаторного синтеза необходимо генерировать большое число различных структур.
В общем, лучше всего синтезировать “паукообразные” молекулы, называемые так, потому что они содержат центральный фрагмент (называемый центроидом или подпоркой (scaffold)), который имеет различные щупальца (заместители).
Эти щупальца содержат различные функциональные группы, которые могут быть использованы для нащупывания положений мишени, с которыми эта паукообразная молекула может вступить во взаимодействие. Шанс успеха повышается, если щупальца равномерно распределены вокруг центроида и ощупывают все трехмерное пространство вокруг молекулы.
Еще более успешным может быть получение молекул, которые имеют различные функциональные группы, находящиеся на различном расстоянии от центроида.