Рациональное конструирование соединений лидеров
Рациональное конструирование соединений лидеров
Целенаправленное конструирование эффективно в том случае, когда известны структуры как рецепторов, так и лигандов. Во-первых, этом случае применяется компьютерное совмещение полости рецептора или фермента и гипотетических молекул (компьютерное моделирование или docking) целью достижения как максимального совмещения размеров молекулы с размером полости рецептора, так и максимального взаимного связывания за счет учета водородных связей, электростатического притяжения, липофильных взаимодействий. Важным моментом докинга может являться поиск подходящего трехмерного молекулярного фрагмента в соответствующей структурной базе данных. Во-вторых, если субстратом рецептора или фермента является пептидная молекула, то можно по аналогии сконструировать не пептидную молекулу, которая выступила бы в качестве ингибитора данного фермента.