Диссертация (Моделирование структуры липополисахаридов и их роли в процессе патологического свертывания крови), страница 38

PDF-файл Диссертация (Моделирование структуры липополисахаридов и их роли в процессе патологического свертывания крови), страница 38 Физико-математические науки (33579): Диссертация - Аспирантура и докторантураДиссертация (Моделирование структуры липополисахаридов и их роли в процессе патологического свертывания крови) - PDF, страница 38 (33579) - СтудИзба2019-03-14СтудИзба

Описание файла

Файл "Диссертация" внутри архива находится в папке "Моделирование структуры липополисахаридов и их роли в процессе патологического свертывания крови". PDF-файл из архива "Моделирование структуры липополисахаридов и их роли в процессе патологического свертывания крови", который расположен в категории "". Всё это находится в предмете "физико-математические науки" из Аспирантура и докторантура, которые можно найти в файловом архиве МГУ им. Ломоносова. Не смотря на прямую связь этого архива с МГУ им. Ломоносова, его также можно найти и в других разделах. , а ещё этот архив представляет собой кандидатскую диссертацию, поэтому ещё представлен в разделе всех диссертаций на соискание учёной степени кандидата физико-математических наук.

Просмотр PDF-файла онлайн

Текст 38 страницы из PDF

Wadu-Mesthrige, et al. //Langmuir. — 2000. — Vol. 16, no. 6. — P. 2789–2796.[214] Nascimento, A. Jr. Hydration, ionic valence and cross-linking propensities of cations determine the stability of lipopolysaccharide (LPS) membranes / A. Jr. Nascimento, F. J. Pontes,R. D. Lins, T. A. Soares // Chem. Commun. (Camb.).

— 2014. — Vol. 50. — P. 231–233.[215] Murzyn, K. Structural properties of the water/membrane interface of a bilayer built of theE. coli lipid A / K. Murzyn, M. Pasenkiewicz-Gierula // J. Phys. Chem. B. — 2015. —Vol. 119. — P. 5846–56.[216] Kirschner, K. N. A glycam-based force field for simulations of lipopolysaccharide membranes:parametrization and validation / K.

N. Kirschner, R. D. Lins, A. Maass, T. A. Soares // J.Chem. Theory. Comput. — 2012. — Vol. 8. — P. 4719–4731.[217] Pontes, F. J. The effect of temperature, cations, and number of acyl chains on the lamellar tonon-lamellar transition in lipid-a membranes: a microscopic view / F. J. Pontes, V.

H. Rusu,T. A. Soares, R. D. Lins // J. Chem. Theory Comput. — 2012. — Vol. 8. — P. 3830–3838.[218] Kim, S. Bilayer properties of lipid A from various Gram-negative bacteria / S. Kim, D. S. Patel, S. Park, et al. // Biophys. J. — 2016. — Vol. 111, no. 8. — P. 1750–1760.[219] Piggot, T. J. Electroporation of the E.

coli and S. Aureus membranes: molecular dynamicssimulations of complex bacterial membranes / T. J. Piggot, D. Holdbrook, S. Khalid // J.Phys. Chem. B. — 2011. — Vol. 115, no. 45. — P. 13381–13388.191[220] Raetz, C. R. Biochemistry of endotoxins / C. R. Raetz // Annu. Rev. Biochem. — 1990.— Vol. 59. — P. 129–70.[221] De Felice, A. Structural and conformational study of the O-antigenic portion of thelipopolysaccharide isolated from Burkholderia gladioli pv. cocovenenans / A. De Felice,A.

Silipo, K. Scherlach, et al. // Eur. J. Org. Chem. — 2016. — P. 748–755.[222] Kang, Y. Bacteriophage tailspikes and bacterial O-antigens as a model system to study weakaffinity protein-polysaccharide interactions / Y. Kang, U. Gohlke, O. Engström, et al. // J.Am. Chem. Soc.

— 2016. — Vol. 138, no. 29. — P. 9109–9118.[223] Geyer, A. A glycosidic linkage constrained to the “Anti” conformation / A. Geyer, M. Müller,R. Schmidt // J. Am. Chem. Soc. — 1999. — Vol. 121, no. 26. — P. 6312–6313.[224] Höög, C. Oligosaccharides display both rigidity and high flexibility in water as determinedby 13C NMR relaxation and 1H,1H NOE spectroscopy: evidence of anti-phi and anti-psitorsions in the same glycosidic linkage. / C. Höög, C.

Landersjö, G. Widmalm // Chemistry(Weinheim an der Bergstrasse, Germany). — 2001. — Vol. 7, no. 14. — P. 3069–3077.[225] Jonsson, K. H. M. Studies on the conformational flexibility of �-l-rhamnose-containingoligosaccharides using 13C-site-specific labeling, NMR spectroscopy and molecular simulations: implications for the three-dimensional structure of bacterial rhamnan polysaccharides / K. H. M.

Jonsson, E. Säwén, G. Widmalm // Org. Biomol. Chem. — 2012. —Vol. 10, no. 12. — P. 2453.[226] Sarkar, A. Conformational preferences of the O-antigen polysaccharides of Escherichia coliO5ac and O5ab using NMR spectroscopy and molecular modeling / A. Sarkar, C. Fontana,A. Imberty, et al. // Biomacromolecules. — 2013. — Vol. 14, no.

7. — P. 2215–2224.[227] Miljkovic, M. Carbohydrates:Synthesis, mechanisms, and stereoelectronic effects /M. Miljkovic. — 2009. — P. 543.[228] Lycknert, K. Dynamics of the Escherichia coli O91 O-antigen polysaccharide in solution asstudied by carbon-13 NMR relaxation / K. Lycknert, G. Widmalm // Biomacromolecules.— 2004.

— Vol. 5, no. 3. — P. 1015–1020.[229] Jorgensen, W. L. Potential energy functions for atomic-level simulations of water and organicand biomolecular systems / W. L. Jorgensen, J. Tirado-rives // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.— 2005. — Vol. 102, no. 19. — P. 6665–6670.192[230] Kirschner, K. N.

GLYCAM06: A generalizable biomolecular force field. Carbohydrates /K. N. Kirschner, A. B. Yongye, S. M. Tschampel, J. González-Outeiriño // J. Comput.Chem. — 2008. — Vol. 29. — P. 622–655.[231] Sorin, E. J. Exploring the helix-coil transition via all-atom equilibrium ensemble simulations / E. J. Sorin, V. S. Pande // Biophys.

J. — 2005. — Vol. 88, no. 4. — P. 2472–2493.[232] Jorgensen, W. L. Development and testing of the OPLS all-atom force field on conformational energetics and properties of organic liquids / W. L. Jorgensen, D. S. Maxwell,J. Tirado-Rives // J. Am. Chem. Soc. — 1996. — Vol. 118, no. 45. — P. 11225–11236.[233] Boyle, N.

M. O. Open Babel: An open chemical toolbox / N. M. O. Boyle, M. Banck,C. A. James, et al. // J. Cheminform. — 2011. — Vol. 3, no. 1. — P. 1–14.[234] Granovsky, A. A. Extended multi-configuration quasi-degenerate perturbation theory: thenew approach to multi-state multi-reference perturbation theory / A. A. Granovsky // J.Chem. Phys. — 2011. — Vol. 134, no.

21. — P. 214113.[235] Connolly, M. L. Analytical molecular surface calculation / M. L. Connolly // J. Appl. Cryst.— 1983. — Vol. 16. — P. 548–558.[236] Bayly, C. I. A well-behaved electrostatic potential based method using charge restraints forderiving atomic charges: the RESP model / C. I.

Bayly, P. Cieplak, W. Cornell, P. A. Kollman // J. Phys. Chem. — 1993. — Vol. 97, no. 40. — P. 10269–10280.[237] Hess, B. GROMACS 4: Algorithms for highly efficient, load-balanced, and scalable molecularsimulation / B. Hess, C.

Kutzner, D. van der Spoel, E. Lindahl // J. Chem. Theor. Comput.— 2008. — Vol. 4, no. 3. — P. 435–447.[238] Nose, S. Constant pressure molecular dynamics for molecular systems / S. Nose,M. L. Klein // Mol. Phys. — 1983. — Vol. 50. — P. 1055–1076.[239] Parrinello, M. Polymorphic transitions in single crystals: a new molecular dynamicsmethod / M. Parrinello, A. Rahman // J.

Appl. Phys. — 1981. — Vol. 52. — P. 7182–7190.[240] Hess, B. LINCS: a linear constraint solver for molecular simulations / B. Hess, H. Bekker,H. J. C. Berendsen, J. Fraaije // J. Comput. Chem. — 1997. — Vol. 18. — P. 1463–1472.[241] Essmann, U. A smooth particle mesh Ewald method / U. Essmann, L. Perera,M. L.

Berkowitz, et al. // J. Chem. Phys. — 1995. — Vol. 103. — P. 8577–8593.193[242] Van Der Spoel, D. A systematic study of water models for molecular simulation: Derivationof water models optimized for use with a reaction field / D. Van Der Spoel, P. J. Van Maaren,H. J. C. Berendsen // J. Chem. Phys. — 1998. — Vol. 108, no. 24. — P. 10220.[243] Berendsen, H. J.

C. Molecular dynamics with coupling to an external bath / H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, A. DiNola, J. R. Haak // J. Chem. Phys. — 1984. — Vol. 81. —P. 3684–3690.[244] Jo, S. CHARMM-GUI: A Web-based Graphical User Interface for CHARMM / S. Jo,T. Kim, V. G. Iyer, W. Im // J. Comput. Chem. — 2008. — Vol.

29, no. 11. —P. 1859–1865.[245] Eisenhaber, F. The double cube lattice method: efficient approaches to numerical integration of surface area and volume and to dot surface contouring of molecular assemblies /F. Eisenhaber, P. Lijnzaad, P. Argos, et al. // J. Comp. Chem. — 1995.

— Vol. 16. —P. 273–284.[246] Schrodinger, L. L. C. The PyMOL molecular graphics system, version 1.3r1. — 2010.[247] Nesterenko, A. M. Molecular-dynamic simulation of phospholipid bilayers: Ion distributionat the surface of neutral and charged bilayer in the liquid crystalline state / A. M. Nesterenko,Yu. A. Ermakov // Biochemistry (Moscow) Suppl. Series A. — 2013. — Vol. 6, no.

4. —P. 320–328.[248] Pautsch, A. Structure of the outer membrane protein A transmembrane domain /A. Pautsch, G. E. Schulz // Nature Struct. Biol. — 1998. — Vol. 5, no. 11. — P. 1013–1017.[249] Wu, E. L. CHARMM-GUI Membrane builder toward realistic biological membrane simulations / E. L. Wu, X. Cheng, S. Jo, et al. // J. Comp. Chem. — 2014. — Vol. 35, no. 27.— P. 1997–2004.[250] Guixà-González, R.

MEMBPLUGIN: studying membrane complexity in VMD / R. GuixàGonzález, I. Rodriguez-Espigares, J. M. Ramı́rez-Anguita, et al. // Bioinformatics. — 2014.— Vol. 30, no. 10. — P. 1478–1480.[251] Eswar, N. Comparative protein structure modeling using Modeller / N. Eswar, B. Webb,M. A. Marti-Renom, et al. // Cur. Protoc. Bioinformatics. — 2006. — Vol. 5. —P. 5.6.1–5.6.30.194[252] Humphrey, W.

VMD: visual molecular dynamics / W. Humphrey, A. Dalke, K. Schulten //J. Mol. Graph. — 1996. — Vol. 14, no. 1. — P. 33–38.[253] van der Walt, S. The NumPy array: A structure for efficient numerical computation /S. van der Walt, S. C.

Colbert, G. Varoquaux // Comp. in Science & Engineering. — 2011.— Vol. 13, no. 2. — P. 22–30.[254] Hunter, J. D. Matplotlib: A 2D graphics environment / J. D. Hunter // Comp. in Science& Engineering. — 2007. — Vol. 9, no. 3. — P. 90–95.[255] Symbols for specifying the conformation of polysaccharide chains // Pure Appl.

Chem. —1983. — Vol. 55, no. 8. — P. 1269–1272.[256] Dabrowski, J. Conformational mobility of oligosaccharides: experimental evidence for theexistence of an “anti” conformer of the Gal�1-3Glc�1-OMe disaccharide / J. Dabrowski,T. Kozar, H. Grosskurth, N. Nifant’ev // J. Am. Chem. Soc. — 1995.

— no. 117. —P. 5534–5539.[257] Landersjö, C. Conformational flexibility of carbohydrates: a folded conformer at the phidihedral angle of a glycosidic linkage / C. Landersjö, R. Stenutz, G. Widmalm // J. Am.Chem. Soc. — 1997. — Vol. 119, no. 37. — P. 8695–8698.[258] Chorin, A. Numerical solution of the Navier-Stokes equations / A. Chorin // Math. Comput.— 1968. — Vol. 22, no. 104. — P. 745–762.[259] Strang, G. Computational Science and Engineering. 1st ed. / G.

Strang. — : WellesleyCambridge: Press, 2007.[260] Jucker, B. Polymer interactions between five gram-negative bacteria and glass investigatedusing LPS micelles and vesicles as model systems / B. Jucker, H. Harms, A. Zehnder //Colloids Surf., B. — 1998. — Vol. 11, no. 1-2. — P. 33–45.[261] Lugtenberg, B. Molecular architecture and functioning of the outer membrane of Escherichiacoli and other Gram-negative bacteria / B Lugtenberg, L Van Alphen // Biochim.

Свежие статьи
Популярно сейчас
А знаете ли Вы, что из года в год задания практически не меняются? Математика, преподаваемая в учебных заведениях, никак не менялась минимум 30 лет. Найдите нужный учебный материал на СтудИзбе!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
5259
Авторов
на СтудИзбе
421
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее