Отзыв ведущей организации (1150555), страница 2
Текст из файла (страница 2)
При исследовании систем с биологическими молекулами использовались вспомогательные биофизические методы. Все исследования проводились на современном оборудовании. Сформулированные результаты, выводы и положения, выносимые на защиту, не противоречат опубликованным литературным данным. Основные остоииства и ие остатки по со е жаиию иссе та ии Диссертационная работа Рабдано С.О.
выполнена на высоком профессиональном уровне. Автором проведен больпюй анализ литературных данных и место работы в современной научной картине ясно вытекает из него. Разработанные автором методики и подходы являются фундаментом для основного направления исследований в лаборатории биомолекулярного ЯМР СПбГУ. К недостаткам по содержанию диссертации можно отнести следующее: а Диссертация состоит из трех глав, которые посвящены исследованию трех различных систем с биологическими молекулами. По этой причине сложно отследить взаимосвязь между главами, кроме очевидной — развития методологии ядерного магнитного резонанса.
° Предложенная во второй главе изящная процедура коррекции базовой линии в сигнале динамического рассеяния света, не была в нужной мере обоснована. Скорее всего, проблему возникновения плато на базовой линии можно исключить более тщательной пробоподготовкой. Ф Ф Э В первой главе в разделе материалы и методы было бы уместно включить расширенное описание методов квантово-химических расчетов, а не имеющееся краткое, поскольку без дополнительных пояснений сложно оценивать правильность применяемых приближений. Кроме этого, не хватает описания программ и оборудования для компьютерного моделирования. Было бы полезным привести физическую интерпретацию полученных из квантово-химических расчетов значений координационных чисел для отдельных молекулярных групп аминокислот.
Неясно, что означает энергия активации переориентационного движения Р~О в гидратной оболочке СН~ группы при слабом (и неясно каком) взаимодействии между ними и как эта энергия может быть выше, чем в объемной воде, в которой действуют водородные связи, стр.
31: «энергия активации переориентационного движения была оценена в 20 и 23 кДж/моль для К~о и Кюнь На основе полученных данных можно сделать вывод, что переориентация молекул воды более затруднена в гидратных оболочках метиленовых групп в сравнении с объемной водой». На стр. 46: «Доказательства дисульфидной димеризации ККМ2 также были получены с помощью масс-спектрометрии» (стр. 46). Эти доказательства было бы хорошо привести в тексте диссертации, поскольку отсутствие этих результатов порождает вопросы к единственности интерпретации происходящих химических реакций, с участием домена ККМ2 белка ТОР-43„и его конформационных превращений при добавлении окислительного агента (перекиси водорода). В первой главе введена экзотическая единица измерения концентрации растворов — аквамоляльность, используемая лишь в достаточно старой литературе (количество моль растворенного вещества на 55.5 моль растворителя).
Такая единица измерения удобна при одновременной работе с растворами на основе Н~О и РтО, однако в данной работе затрудняет восприятие и не обоснована, поскольку во всех экспериментах используется исключительно тяжелая вода. В первой главе в системах не используется буфер, что может в температурных зависимостях приводить к изменению рН. По-видимому, это не будет существенно влиять на получаемые результаты, однако это обстоятельство не прокомментировано в тексте. В работе отсутствуют табулированные значения измеряемых скоростей релаксации, о которых можно судить лишь из графиков зависимостей.
Термин о-аминокислота плохо применим к а-аминокислоте глицин, Для домена ККМ2 белка ТОР-43 не указана аминокислотная последовательность, что вызывает неудобство при чтении манускрипта. Диссертация отличается небрежным представлением материала с описками и ошибками. Так подписи к рисункам на примере рис, 2-10, 2-11, 2-13, 2-14 перегружены обсуждениями, которые лучше вынести в текст. По части описок и ошибок см., например: стр. 22: «вода является -й субструктурой растворителя» пропущено 1; стр. 31: «Дейтроные» вместо дейтронные; стр.
50: «типичного неупорядоченных белков» пропущено для; стр. 71: «с уравнением (2)» д.б. с уравнением (2.2); 5 Отзыв на диссертацию обсужден на Ученом совете Отделения молекулярной и радиационной биофизики НИЦ «Курчатовский институт» — ПИЯФ 18 апреля 2018 г., протокол № 98. Отзыв подготовил ф К.А.
Шабалин ийаЬа1т 'кайарпр(пгсйги Ученый секретарь отделения молекулярной и радиационной биофизики НИЦ «Курчатовский институт» — ПИЯФ, к.ф.-м.н. А.Л.Коневега /сопечеда а1~аЭрпр1.пгсИ.г'и Руководитель Отделения молекулярной и радиационной биофизики НИЦ «Курчатовский институт» — ПИЯФ, к.ф.-м.н. Контакты ведущей организации: ФГБУ «Петербургский институт ядерной физики им. БЛ.
Константинова Национального исследовательского центра «Курчатовский институт». 188300, Ленинградская область, г. Гатчина, мкр. Орлова роща, д. 1. Тел.: +7 (81371) 460-25, Е-та11: Жгла)рпр|.огсз.ги. стр. 72: «уравнения (6)» д.б. уравнения (2.6); стр. 81: «полученной в для раствора»; стр. 92: «влияет только на результаты только первых»; стр.
101: «на Рисунок 3.4, 3.5, 3.6». стр. 114: в последних двух строках Таблицы 3.1 (столбец 2) указанную единицу измерения пс следует заменить на нс. ит.д. Высказанные замечания не являются принципиальными и не снижают общего положительного впечатления от диссертации. А достоверность результатов этой работы, несомненно, подтверждается тем, что они были опубликованы в международных высоко рейтинговых научных журналах и ' неоднократно представлены на профильных семинарах и конференциях.
В целом диссертационная работа, написанная Рабдано С.О., является завершенным научным исследованием, выполненным на высоком теоретическом и экспериментальном уровне, и производит хорошее впечатление. Публикации по теме диссертационной работы полностью отражают ее содержание. Отмеченные недостатки, на мой взгляд, не умаляют достоинств работы. Результаты работы обладают высокой научной актуальностью, новизной и потенциально имеют значительную практическую значимость. Считаю, что диссертация, представленная Рабдано С.О., удовлетворяет требованиям, предъявляемым к диссертациям (пункты 9- 14 "Положения о порядке присуждения ученых степеней", утвержденного постановлением правительства Российской Федерации №842 от 24 сентября 2013г.
в редакции от 30.07.2014), а ее автор заслуживает присуждения ученой степени кандидата физико-математических наук по специальности 01.04.11 — «Физика магнитных явлений». .
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
