Заключение диссертационного совета (Молекулярно-механическая модель динамики микротрубочки)

ЗАКЛЮЧЕНИЕ ДИССЕРТАЦИОННОГО СОВЕТА Д 501.002.11,СОЗДАННОГО НА БАЗЕ ФЕДЕРАЛЬНОГО ГОСУДАРСТВЕННОГОБЮДЖЕТНОГО ОБРАЗОВАТЕЛЬНОГО УЧРЕЖДЕНИЯ ВЫСШЕГООБРАЗОВАНИЯ «МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТИМЕНИ М.В. ЛОМОНОСОВА», ПО ДИССЕРТАЦИИ НА СОИСКАНИЕУЧЕНОЙ СТЕПЕНИ КАНДИДАТА НАУКАттестационное дело № __________________Решение диссертационного совета от «17» ноября 2016 г. №44Оприсуждении Захарову Павлу Николаевичу, гражданину РоссийскойФедерации, учёной степени кандидата физико-математических наук.Диссертация «Молекулярно-механическая модель динамики микротрубочки»по специальности 03.01.02 – «Биофизика» принята к защите 14 сентября 2016года, протокол № 39, диссертационным советом Д 501.002.11, созданным набазе Федерального государственного бюджетного образовательногоучреждениявысшегообразования«Московскийгосударственныйуниверситет имени М.В.

Ломоносова», 119991, Российская Федерация,Москва, Ленинские горы, д. 1, в соответствии с приказом о созданиидиссертационного совета No773/нк от 5 ноября 2013г. Министерстваобразования и науки Российской Федерации.Соискатель, Захаров Павел Николаевич, 1986 года рождения. В 2010 годуокончил Федеральное государственное бюджетное образовательноеучреждениевысшегообразования«Московскийгосударственныйуниверситет имени М.В. Ломоносова», по специальности «Биохимическаяфизика». В том же году поступил в аспирантуру Федеральногогосударственного бюджетного учреждения «Центр теоретических проблемфизико-химической фармакологии» Российской академии наук (ЦТП ФХФРАН).Диссертация выполнена в лаборатории «Физиологии и биофизики клетки»ЦТП ФХФ РАН.Научный руководитель: Директор ЦТП ФХФ РАН, доктор биологическихнаук, профессор Атауллаханов Фазоил Иноятович.1Официальные оппоненты:1. Аветисов Владик Аванесович, доктор физико-математических наук,руководитель лаборатории «Теории сложных систем» Федеральногогосударственного бюджетного учреждение науки «Институтхимической физики им.

Н.Н. Семенова» Российской академии наук(ИХФ РАН).2. СмоляниновВладимирВладимирович,докторфизикоматематических наук, главный научный сотрудник лаборатории«Исследованийбиомеханическихсистем»Федеральногогосударственного бюджетного учреждения науки «Институтмашиноведения им. А.А. Благонравова» Российской академии наук(ИМАШ РАН).дали положительные отзывы на диссертацию.В отзыве В.А. Аветисова отмечено, что работа является законченнымисследованием, выполненным на высоком уровне, в котором решены всепоставленные задачи. Замечания, связанные с существующими в работенеточностями, носят некритический характер и не влияют на высокуюоценку диссертации в целом. В отзыве В.В. Смолянинова отмечено, чтодиссертационнаяработаП.Н.Захароваявляетсяисследованием,выполненным на высоком уровне. Опечатки, связанные с оформлениемформул, не влияют на положительную оценку работы.

Оба официальныхоппонента указывают, что диссертационная работа П.Н. Захаровазаслуживает присуждения степени кандидата физико-математических наукпо специальности 03.01.02 - БиофизикаВедущая организация:Институт математических проблем биологии РАН – филиал Федеральногогосударственного учреждения «Федеральный исследовательский центрИнститут прикладной математики им.

М. В. Келдыша Российской академиинаук» (ИМПБ РАН - филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН) в своемположительном заключении, подписанном заведующим «Лабораториеймолекулярной динамики» к.ф.-м.н. Балабаевым Николаем Кирилловичем, изаместителем руководителя филиала по научной работе д.ф.-м.н., доцентомУстининым Михаилом Николаевичем, указала, что:2Диссертационная работа П.Н. Захарова«Молекулярно-механическаямодель динамики микротрубочки» является актуальным научнымисследованием;Работа написана хорошим языком, ясно изложен материал;Выводы являются обоснованными и достоверными, подтверждаютсяприведенным в работе фактическим материалом, сравнением ссуществующими данными, использованием широко апробированныхнаучных методов;В диссертации решены все поставленные задачи;Автореферат полностью отражает содержание диссертации;В отзыве отмечено, что присутствует небольшая нечеткость в описаниимодели, связанная с отсутствием явного указания, какие независимыепеременные в явном виде использовались автором при численной реализацииметода броуновской динамики, а также присутствуют терменологическиенеточности.

Однако в отзыве также отмечается, что данные замечания неснижают общий положительный уровень проведенного диссертантомисследования.Диссертационная работа П.Н. Захарова заслуживает присуждения степеникандидата физико-математических наук по специальности 03.01.02 БиофизикаВыбор ведущей организации и оппонентов обосновывается ихавторитетностью и компетентностью в областях, имеющих непосредственноеотношение к диссертационной работе, таких как локомоторная активностьклеток,организацияцитоскелета,молекулярно-динамическоемоделирование, молекулярные нано-машины.Соискатель имеет 8 опубликованных работ по теме диссертации, 3 работыопубликованы в рецензируемых научных изданиях, рекомендованных ВАК, 5работ в материалах российских и международных конференций.

Вопубликованных работах соискателя отражены все основные результатыдиссертации и положения, выносимые на защиту.Наиболее значимые научные работы по теме диссертации, включая тезисыконференций:31)Zakharov P., Gudimchuk N., Voevodin V., Tikhonravov A., AtaullakhanovF., Grishchuk E. Molecular and Mechanical Causes of Microtubule Catastropheand Aging // Biophys. J., -2015, -vol. 109, -no.

12, -pp. 2574–25912)Захаров П.Н., Аржаник В.К., Ульянов Е.В., Гудимчук Н.Б.,Атауллаханов Ф.И. Микротрубочка — динамически нестабильныйбиополимер со спонтанными переключениями между фазовыми состояниями// Успехи физических наук, -2016, -Том 186, -вып. 8, -сс. 853–868.3)Gudimchuk, N.B., Zakharov P.N., Ataullakhanov F.I., Grishchuk E.L.Microtubule catastrophe as a multi-step sequence of reversible events // The FEBSJournal.

2014. – V. 281 (suppl. 1). - P. 629.4)П.Н.Захаров, Н.Б.Гудимчук, Е.Л.Грищук, Ф.И.Атауллаханов.Компьютерное моделирование динамики микротрубочек: анализ процесса«старения» и возникновения катастроф. // Сборник тезисов докладов Vмеждународной конференции «Математическая биология ибиоинформатика» (ICMBB14). – 2014. – P.111-112.5)P. Zakharov, N. Gudimchuk, V. Voevodin, A. Tikhonravov, F.Ataullakhanov, E. Grishchuk.

Multiple Reversible Molecular Events at theMicrotubule Tip Drive the Age-Dependent Microtubule Catastrophes //Biophysical Journal. -2015. – V. 108. – Issue 2 (suppl.1), -P. 509a.На автореферат диссертации поступили следующие отзывы:1. От главного научного сотрудника, руководителя группы «Физиологиицитоскелета» Федерального государственного бюджетного учреждениянауки «Институт белка» Российской академии наук (ФГБУН Институтбелка РАН), доктора биологических наук, профессора НадеждинойЕлены Сегреевны. В отзыве отмечено, что наличие хорошейкомпьютерноймодели должнопомочь изучениюсвойствмикротрубочек, а так же во многих других аспектах, таких кахразработка фармпрепаратов и исследование свойств отдельных белков,ассоциированных с микротрубочкой.2.

От заведующего лабораторией НИИ Физико-химической биологии им.А.Н. Белозерского Федерального государственного бюджетногообразовательного учреждения высшего образования «Московскийгосударственный университет имени М.В. Ломоносова», докторабиологических наук, профессора Воробьева Ивана Андреевича. В4отзыве отмечено, что научные положения, представленные вдавтореферате, основаны на тщательном анализе большого количестваданных, а актуальность, научная новизна и личный вклад диссертантане вызывают сомнения3. От ведущего научного сотрудника лаборатории «Аккустическоймикроскопии»Федеральногогосударственногобюджетногоучреждения науки «Института биохимической физики им.

Н.М.Эммануэля» Российскойакадемии наук,доктора физикоматематических наук Кононенко Вадима Леонидовича. В отзывеотмечено, что в диссертационном исследовании П.Н. Захарова полученряд существенных результатов, необходимых для пониманиянаномеханики клеточного митоза.4. От старшего научного сотрудника лаборатории компьютерного иматематического моделирования биологических систем Федеральногогосударственного бюджетного образовательного учреждения высшегообразования«Московскийфизико-техническийинститут(государственныйуниверситет)»Ph.D.БарсеговаВалерияАбулевича. В отзыве отмечено, что с помощью полученной моделиудалось воспроизвести динамическую нестабильность микротрубочки,продемонстрирована важность влияния конфигураций, связанных собразованиемискривленныхпротофиламентовнаконцемикротрубочки, на процесс «старения».5.