Для студентов МГТУ им. Н.Э.Баумана по предмету ДругиеВычислительные методы для оценивания геномных сборок вирусовВычислительные методы для оценивания геномных сборок вирусов
2024-06-152024-06-15СтудИзба
Курсовая работа: Вычислительные методы для оценивания геномных сборок вирусов
Описание
Содержание
4.2. Использованные технологии и детали реализации . . . . . . 30 Заключение................................. 32 Списоклитературы ............................ 33
2
Введение
Основной целью данной работы являлось создан
| Введение................................... | 3 | ||
| 1. | Обзорный раздел по предметной области . . . . . . . . . . . . . . | 4 | |
| 1.1. | Геномигеномнаясборка.................... | 4 | |
| 1.2. | Методы оценивания геномных сборок . . . . . . . . . . . . . | 5 | |
| 1.2.1 Метрики........................... | 5 | ||
| 1.2.2 Утилиты........................... | 8 | ||
| 1.3. | Особенности геномов и геномных сборок вирусов . . . . . . | 9 | |
| 1.4. | Существующиеподходы .................... | 9 | |
| 1.5. | Выводы.............................. | 10 | |
| 2. | Проведенные исследования существующих методов . . . . . . . | 11 | |
| 2.1. | Тестовыеданные......................... | 11 | |
| 2.2. | Поискнаилучшихштаммов . . . . . . . . . . . . . . . . . . | 11 | |
| 2.3. | Наивныйподход......................... | 12 | |
| 2.4. | Проблемы исследованных методов . . . . . . . . . . . . . . | 13 | |
- Разработанныеметоды......................... 14
| 3.1. | Наивныйподход......................... | 14 |
| 3.2. | Подход не использующий длину штамма . . . . . . . . . . . | 17 |
| 3.3. | Использование вспомогательной информации . . . . . . . . | 20 |
| 3.4. | Подходспредподсчетом .................... | 23 |
| 3.5. | Результатыработыметодов. . . . . . . . . . . . . . . . . . . | 26 |
- Результаты................................ 28 4.1. Разработанное расширение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
4.2. Использованные технологии и детали реализации . . . . . . 30 Заключение................................. 32 Списоклитературы ............................ 33
2
Введение
- 50-х годов ученые изучают организмы путем анализа их геномов – так называемых совокупностях наследственного материала, содержащихся в клетках. С того времени было разработано множество различных техник для этого, но к сожалению, полностью извлечь информацию о геноме из орга-низма до сих пор невозможно с технологической точки зрения. Зато можно получить его фрагменты, а потом попытаться воссоздать геном по этим фраг-ментам. Этот процесс называется сборкой генома. Обычно этим занимаются биоинформатики и для этого существует и придумывается много различных алгоритмов. Но все эти алгоритмы нужно уметь сравнивать между собой, чтобы понимать, в каких случаях лучше применить одни, а в каких другие. При этом различные виды организмов могут сильно отличаться между собой, из-за чего для них могут применяться разные методы по сборке генома и последующей его оценке. Отсюда возникает естественная задача написания программы, которая будет оценивать качество сборки геномов для опреде-ленных видов организмов, учитывая их различные особенности.
Основной целью данной работы являлось создан
Характеристики курсовой работы
Предмет
Учебное заведение
МГТУ им. Н.Э.БауманаСеместр
Просмотров
1
Размер
544 Kb
Список файлов
Вычислительные методы для оценивания геномных сборок вирусов.doc
Tortuga
15 июня 2024 в 07:53
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
