Попов, Демин, Шибанова - Проблема белка. т.3. Структурная организация белка (947296), страница 71
Текст из файла (страница 71)
Чаздиес М., НетегЬу 6„5сйегайа Н.А. // СЬев. Яеч. 1994. Чо1. 94. Р. 2183-2239. 7. Еитг/ Я., Еугтй Н. // /. РЬуз. СЬев., 1954. Чо1. 58. Р. 110-115. . Ал/тлел СВ. !/ Бс/енсе. 1973. Чо!. 181. Р. 223-230. 739. !.еНтйа! С. Л /. СЬев. РЬуз. 1968. Чо/. 65. Р. 44 — 49.
140. Д/ег!аи/ег О.В., Я!лочч 5. // Аппо. Деч. В!осЬспс. 1973. Чо1. 42. Р. 135 — 201. !41. Бауэр Э.С. Теоретическая биология. Мс Лс ВИЭМ, 1935. 842. Еуплй Н., Еитгу Я., Брсйез Х МссЬапивз о! спгуте асбоп. Ва/с!веге: /. НорГбпз Пп!ч. ргет, !954. ИЗ. уелсЫ Ш.Р.
Л Сатен! азресп о! Ьсосйев!са1 епегйебсз. НХз Асад. Ргет, 1996. Р. 273-300. /44. Колй!акд О ЕЛ Адч. Епхупю!. 1960. Чо/. 22. Р. 45 — 97. 335. Волькенштейн М.В. Физика ферментов. Мс Наука, 1967. $46. Хургин Ю.И., Чернавский Д.С., Шпиль С.Э.
Л Молекуляр. биология. 1967. Т. 1. С. 419-424. М7. Блюменфельд Л А. Проблемы биологической физики. Мс Наука, 1974. М8. Клесов А.А., Березин И.В. Ферментатианый катализ. Мз Изд-во МГУ, 1980. 149. Фертт Э. Структура и механизм действия ферментов. Мз Мир, 1980. 150. 2калг!8 Я., Бгаео А., Вайс!в В. // Рпк.
Ыа!. Асад. Бс!. 1/5. !992. Чо1. 89. Р. 20-24. 151. Бйо!той д, Ко!гтй! А. //5с!енсе. !990. Чо1. 250. Р. 1121 — 1126. 152. 6!Игал К.О., 5сЬегайа Н.А. Л Бсгисвге апд ехргетюв !гов ргосегпз со пЬоювез / Ед. В.Н. Балла., М.Н. Залпа. 6шМег!апд: Адешпе ргекь 1988. Чо1. 1. Р. 67-150. 1$3. Бсйегайа НА. // явь!сна !п согпра!анапа! сЬев!ису / Ед. К.В. !др1соччв., П.В. Воуд. Н.у.: ЧСН РнЬЬ 1992. Чо!. 3.
Р. 73-!92, 154. Чаздиег М., 5сйегайа Н.А. Л Вюро1 угпегз. 1985. Уо1. 24. Р. 1437-1447. И5. О!Игал К.О., 5сйегайа Н.А. // /. Соври. СЬев. 1987. Чой 8. Р. 826-830. 1$6. Рысил МЛ. // Вюро!увегз. 1992. Чо/. 32. Р. 347 — 358. 157. Ча/да 5., Кагаойа Я, Ое Егз! С, ес а1. // Аппо. Деч. В!орЬуз. апд В!оепй. 1990.
Уо1. !9, Р. 69-87. !$8. Ча/да 5., Ре Епс С. // В!оро/увегз, 1990. Чо!. 29. Р. 1755-1772. !$9. Ватт!соеИ!ег Я.А., Кагазей 5Д,, Бйалдз ЕЛ.В.. Магзйай ОД, Л /. Согприс. АМед Мо!. Пез 1989. Чо/. 3. Р. 3-7. 180. Веигел О.О., Н!!та Н., Магзйай ОВ. // В!осЬев. РЬывасо1. 1990. Чо!. 40. Р. 173-180. 161. Чаздиег М, Бсйегайа Н.А // /. В!ово!. Бспгсс. Пуп. 1988. Чо!.
5. Р. 705-756. 362. Чаздиег М, 5сйегайа Н.А. // /Ьгд. Р 757 — 781. й. . Вгиссл!еп Я.Е, Набег Е., Ноюслу /. // Нгаиге. ! 988. Чо!. 335. Р, 564-569. . МеггоиюИ Н, Чаздиег М, 5сйега ха Н.А. /! /. СЬев. РЬуз. 1990. Чо1. 80. Р. 1248 — 1255. 8$5. О'Тсю!е ЕМ„Раной сосорои!ог А.2 // !Ыд. !992. 'до!. 85. Р. 8944-8950. 253 166 ОТаа)е ЕМ Рана/Пасаран!в А 2 П!Ьсд )993 Чо) 86 Р 3185 — 3191 )67 Ргет|/ас 5 П 1ЬМ !988 Чо) 77 Р ЗЗЯ5-ЗЗЯ9 168 Саге! Т Н|е/УС Ос/асс|/Н Уе/|ЬханВ //!Ь|4 !991 Чо) 83 Р 2473-2478 169 Саге/ Т Н|е) УС Ог/апс/Н е| а) //!Ь|4 Р 2479 — 2484 170 Вахе/еУ Саге/Т Ог/апс/Н Че!|Ььал В П В|оро)утегь 1993 Чо) 33 Р 1843-1849 171 Е| Х Бгбегаяа НА К Ргос На| Асьб Бс| )35 1987 Чо) 84 Р 6611-66!5 172 Е| 2 Бсаегаяа НА //3 Мо) 5|пьес 1988 Чо) !79 Р 333 — 350 173 Месгаро1т Н КахелЫий А й' КаьепЫи/Ь МН с| ь) П 1 СЬев РЬУс !953 Чо! 2! Р 1087-1095 174 Боинг/егь М //3 Соврт СЬев 1989 Чо) 10 Р 203-209 !75 РегяыалОМ КабегОУ П) Авег СЬст 5ос 1989 Чо1 1!! Р 4371-4378 )76 СбапЯ С Сиво И'С БП// И'С П!Ьсб Р 4379-4385 !77 Балль/егх М НаиЬ КН )уи У0 сс а1 //)Ьсб 1990 Чо! 112 Р 1419-)426 178 Кссбагс/ьНС.У й/с/!санса РВ ПСЬев Ось Ао|оваг Кемь 1994 Чо! 9 Р 1-9 179 Я|раКОК БсбегаяаНА //Вюро1угпегь 1988 Чо! 27 Р !283 — 1303 180 Я|раПО К БсЬегаяа НА //)Ьсд 1990 Чо! 30 Р 165-176 !81 К|роПОЯ УахдиегМУ 5сбегаяаНА П)Ьсд 1991 Чо) 31 Р 319 — 330 182 Р|е1а Е Бгбегаяа НА П )бсд )987 Чо! 26 Р 533-558 !83 Абаяуал К Талас М //! Мо) В|о) 1994 Чо) 235 Р 983-!002 !84 К|гараоисЬБ Се!апСО Уг ЧессЫМР //Бе|енсе 1983 Чо! 220 Р 671-680 !85 Чанс/егбс/с0 Еоше5С П! Соври РЬух 1984 Чо) 56 Р 259 — 266 186 Сеглу 1| //3 Орвпт ТЬеогу Арр) !985 Чо! 45 Р 41-45 !87 Аагн Е Кагх|У Яппи)ьтб аппеа!ш8 апб Войппапп тас)ппея СЬИЬетсг ЗЧс)еу !989 188 Вахи А РгагегЕН //Бе|енсе 1990 Чо! 249 Р 1409-1412 189 Весен|/хеп НУ С Роыта У Р М Сопле|ел Иг/ е| а) П 3 СЬеп| РЬус 1984 Чо) 81 Р 3684-3694 !90 ТаЬсах ОУ Магг/па СУ К/е|п МЕ //3 РЬУ| СЬет 1993 Чо1 97 Р !2959 — 12966 191 Иеи И'/ ВгипяегА Т БЬебе/УУ Игс/еу 0 С //3 Мо! Вю) 1990 Чо) 212 Р 737 — 761 192 ВсиняегА Т //!Ьсд 1988 Чо1 203 Р 803-8)б 193 №/яех М СганенЬогп А М Вгипяег А Т С/те С М // Рсо|е|п Вп8 1988 Чо) 2 Р 27-35 194 Н|!яеь М С!аге С М Сгаленбп|п А М П РЕВБ Еей 1988 Чо1 239 Р 129-134 195 Блом МЕ //3 Сотрв СЬет 1992 Чо) 13 Р 575 — 582 196 Блом МЕ П Ргопппя 5|во| Ропе| Сспс| 1993 Чо! 15 Р !83 — 190 197 И'|/хол Б Я Си| й' МояЬогпт У И' БсЬтий К Е // Те)гайебгоп 1.си 1988 Чо) 29 Р 4373-4377 )98 Кама| Н К|Ьисбс Т ОЬата|а У П Р|о|е|п Епй !989 Чо! 3 Р 85-92 199 )Ус!хал БК Си| )У //В|ори)утсгя 1990 Чо! 29 Р 225-235 200 НаУеетА ЧПа/ 5сбегаЯаПА //3 СотРВ СЬет 1991 Чей 12 Р 594-601 20! Мага!еь ЕВ Соедини Уиагег К Янис|а 0 П 3 Вюто! Б!гас| Суп 1991 Чо! 8 Р 721-730 202 Мага/еяЕВ Сагс/ипоуиа ег К Кате|а 0 //)Ь|4 !992 Чо! 9 Р 951-956 203 ВегяВА НеибаихТ //РЬуь Еси !991 Чо! 267 Р 249 — 252 204 Наньтанп СНЕ ОЬата|а У П 3 Сотрш СЬев !993 ЧсА !4 Р !333 — !339 205 Ргеубегя В Вгаип И' //!Ь|4 1991 Чо) !2 Р )065 — 107) 206 БЬ|нУК УЬанМ5 //Веро)увсгь 1991 Чо! 31 Р 177-189 207 Н|8аУ Со//ига У Сагн|егу П)ЬМ !992 Чо! 32 Р 33-42 208 Наяип Т Са Н //!Ьсб !985 Чо! 24 Р 527-546 209 СоВига У Н|яоУ Сагтег/ П Рсоюсп Бс| )993 Чо! 2 Р !502-!509 210 Еатбег|МН БгЬегаяаНА //3 Сотрш Сбст 1989 Чо! 10 Р 770-797 211 Еатбег| МН 5сЬегаяа НА //)Ьсд Р 798 — 816 212 ЕатЬепМН БсЬегаяаНА П)ЬМ Р 817 — 834 2!3 Сабеп Р Е Абагбапе/ Я М Кин|г /О Р/ессегссЬ ЯУ // В|осбет|ыгу 1986 Чо) 25 Р 266-271 214 СиггтВМ Ргехне//5К 5плпасап5 та! //Рго|с|пь Б!гас| Рипс| Сенс| 1991 Чо! 11 Р 111-122 215 Роля С 5 СаЬеп РЕ ПРАБЕВ 3 1993 Чо! 7 Р 783-790 216 ЯасйЬпхЬУ 5 //Ргос На) Асад Бс| !35 1993 Чо) 90 Р 644 — 649 2!7 Рптун ОВ ЯахЬсл А А П Вюрбус СЬев 1975 Чо) 3 Р 1 7 218 СоИен ГЕ Я|сбтондТ./ Ятс(та|де ГМ П/ Мо) В|о) 1979 Чо) !32 Р 275-288 и!9 Соаен ГЕ БтегнЬег8 МХЕ Тау!и| В|Я П Ь)а!иге 1980 Чо) 285 Р 378 — 382 220 Соаен ГЕ Котен РА Кипи (О с|а) //Бе|енсе !986 Чо! 234 Р 349-356 221 Соаен Г Е Кин|т (О П Рго|е|п| Бпос| Гипс| Пепе| 1987 Чо1 2 Р 162-170 222 Го|тета Я Сатен Р5 Матса Су ета) ПБтепсе 1992 Чо) 256 Р !673-168| 223 Бтттайд Яед(те(ВС Вота/ с|а) //3 Мо! Вю! 1992 Чо) 224 Р 899-904 224 Вта!тес МЯ Сооа В|У 2Иао В С с|*1 П) Вю) СЪет 1992 Чо1 267 Р 20371 — 20380 225 Вг!одатегА Рат!оитИУА СиюсйнаА //ГЕВБ Ьеи 1992 Чо! 309 Р 59-64 226 Спррен СМ П3 Сотри| СЬет 1982 Чо) 3 Р 471-476 227 Спррен С М П )Ь!д 1989 Чо) 10 Р 896 — 901 228 Бион МЕ Спррен С М П !п|етп 3 Рсриде апд Рго|тп Яет 1991 Чо) 38 Р 161-170 229 Рината ЕО Бсаегаеа НА П3 МО! ВЮ) 1987 Чо1 196 Р 697-709 230 Бсаа|И Я С Вегендтен НУ С То|да Л Е Синс|стен В'Г // !Ь|д 1993 Чо) 234 Р 751-7Ь3 231 /аии У Кете/ег Н В(анеу ХМ е| а1 //3 Рерпде апд Рто|ет Яе| 1989 Чо1 33 Р 281- 292 232 Нате! ТГ П Рго8г ВюРЬУт апд Мо) В|о) )991 Чо! 56 Р 43 — 65 233 Р|е!аЕ КотговюМУ БсаегадаНЛ П) РЬу| СЛет 1989 Чо) 93 Р 3339-3350 234 Коттгопкй У Рт/а Е СИегау|! Вд Бгаета8а Н А П 1Ь|д 1991 Чо) 95 Р 4113-4130 235 Кот!готт|тат 3 5саега8а Н А П1Ь|д 1992 Чо) 96 Р 7442-7451 236 Со!ВЬега Р Е Сепсис а18оп|Ьгна |п |еа|сЬ орши|гапон апд тасюпе 1еатп|п8 Веад|п8 (МА т) Аддпоп Ч/е|1еу !989 237 РандеаагТ АгВотР /(Рто|ет Еп8 1992 Чо) 5 Р 637-645 238 Ун8егЯ Мои!|т' //3 Мо! Вю) 1993 Чо! 231 Р 75-87 239 Био 5 П Рго|е|п Бс| 1993 Чо) 2 Р 762-770 240 Уидтон ЯБ Со!пн М Е Мета 3 С с| а1 //1л|етп 3 !)иап! СЬет 1992 Чо) 44 Р 277— 284 241 Уидтон Я 5 П) РЬу| СЬев 1992 Чо! 96 Р 10102-10109 242 5ин5 !.ноН Огне|ею ЯЕ Яе|н Я ПВ|орЬу| 1 1992 Чо) 62 Р104-110 243 ТиПегу Р Е|саеЬетт С На|сит 5 (атет) Я П 3 В|ото) Биит Руп 1991 Чо) 8 Р 1267-1274 244 МсСаггаИ Р Уитон Я 5 //3 Сотрш СЬет 1993 Чо| 14 Р 1385 — !392 245 /аСгаидБМ Меп КМ //3 СдоЬЫ Ортптаиоп 1993 Чо! 3 Р 49 — 55 246 Госсет| 5 //Бе|енсе 1993 Чо1 261 Р 872-890 247 Полон ЕМ П Природа 1994 Н' 6 С 59-67 Част ь 111 ОЛИГОПЕПТИДЫ Разработка термодинамической бифуркационной теории свертывания белковой цепи, физической теории структурной организации природноя аминокислотной последовательности, метода теоретического конформационного анализа, а также результаты расчета конформационных возможностей простейших производных двадцати стандартных а-аминокислот и болыпого числа молекул с двумя и тремя аминокислотныма остатками в цепи, представленные в первых двух частях книги, позволили перейти к изучению пространственного строения более сложных природных пептидных объектов.
Главная цель исследования заключалась я количественной оценке вкладов средних межостаточных взаимодействий в конформационную энергию олигопептидов постепенно увеличивающейся длины и выяснении роли этих взаимодействий в структурировании фрагментов белковой цепи. Глава 8 ПРОСТРАНСТВЕННАЯ СТРУКТУРА БРАДИКИНИНПОТЕНЦИРУЮЩИХ ПЕПТИДОВ Первыми природными объектами рассмотрения будут брадикининпо генцирующие пептиды (БПП).
Речь пока пойдет только об их конформацнонных возможностях; вопросы связи между структурой и биологическими свойствами, т.е. структурно-функциональной организации олигопептидоа. обсуждаются в следующем томе. Отметим лишь, что молекулы БПП усиливают и пролонгируют депрессорный эффект брадикинина на кровяное давление, ингибируют ферменты, расщепляющне кинин, а также являются эффективными ингибиторами пептидил-дипептидазы — фермента, катализирующего превращение ангиотензина 1 в повышающий кровяное давление ангиотензин П, Самыми эффективными представителями этой группы являются природные пента-, нона- и декабрадикннинпо.
тенцирующис пептиды, структурная организация которых вместе с некоторыми их синтетическими аналогами рассматривается ниже [1, 2]. Брядикининпотеицирующий пеитвпептид. Брадикинннпотенцируюшнй пентапептид <О)и' — 1.узз — тгр'-Ааа' — Ргоз (БППя) — самый активный природ 256 ! ! ! ! с К'1! ! ! с — <! ! 'с а / ч з)~ 1,к а, х с Ф7~х' с х4-г и а, Г! Р и с.!и !. Расчетная модель молекулы брадикиииипотендируюьдего пентапептида (Бппй Фый ингибитор ангиотензинобращающегося фермента.
Расчетная модель Молекулы с обозначением всех переменных параметров приведена на фис. 11!.1. Конформационный анализ БППз [3] включал независимое $' ссмотренне двух свободных трипептидных фрагментов: <С!и!-(.уззтру-!ч!НСо (!) и СОСО-Тгрз-А!а4-Ргоз (11). Начальные приближения фрагмента (11) формировались исходя из ! 8 ротамеров остатка Тгрз (с К-, М-, !.-формами основной цепи с углами у! = 60, !80, — 60' и (з — -90 и -90' боковой цепи), 84 оптимальных конформаций метиламида )ч!-ацетил-/,- Ргизина, попадающих в интервал 0-3,5 ккал/моль, и двух ротамеров С!и!(В, В). Конформации (1) с В-формой остатка пироглутаминой кислоты (<С!и') во всех случаях оказались более предпочтительныФаи соответствующим конформациям с В-формой остатка.
Поэтому приводимые данные касаются вариантов только с В-формой <С!и!. КонЗрормации фрагмента (1), отобранные для расчета пентапептида, попадают М интервал энергии от 0 до 5 ккал/моль. Выбор сравнительно больМюй величины критической энергии, устанавливающей границу между ионформациями, используемыми в последующем анализе структуры МППн и конформациями, исключаемыми из рассмотрения, обусловлен природой аминокислотных остатков фрагмента (1).
Дело в том, что входящие 4 него остатки обладают большой потенцией к разного рода стабилизнрующим взаимодействиям, которые в самом благоприятном случае ДВ могут быть реализованы более чем наполовину в пределах трипептиЛа (1). и Проблема белка, т 3 Габлш!40!! Энергегнчеекое рненреяеченне онтнмнльнык конформенна молекулы ПППя 2 7 1 11 1 6 6 10 6 5 6 10 3 20 12 45 0-1 1-2 2-3 3-4 4-5 5-6 6-8 >8 2 8 8 11 16 18 9 7 39 10 — 1 20 — 4 53 36 1! 3 44 12 12 5 12 8 5 5 Нулевые приближения второго трипептидного фрагмента БПП5, С"СО-Тгрз-А!а4-Ргоз (11) формировались на основе К-, В- и Ь-форм основных цепей остатков Тгрз и А!а4, шести состояний боковой цепи Т!р1 ()(! = 60, 180 н — 60', ,"(2 = 90 и — 90') н К(В)-формы Рго (К- и В-формы С-концевого остатка практически тождественны).
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
