Главная » Просмотр файлов » Диссертация

Диссертация (1103954), страница 33

Файл №1103954 Диссертация (Моделирование структуры липополисахаридов и их роли в процессе патологического свертывания крови) 33 страницаДиссертация (1103954) страница 332019-03-14СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 33)

Структура агрегатов, образуемых ЛПС, а также конформационная подвижность ЛПС в составесистем с различной геометрией, может быть смоделирована при помощи построенных МДмоделей. Полученные в работе модели ЛПС-мембран и ЛПС-агрегатов могут быть использованы для моделирования их взаимодействия с различными антимикробными агентами, атакже для анализа роли различных составляющих частей молекулы ЛПС как в формировании структуры агрегатов, так и в устойчивости соответствующих бактериальных штаммов.Благодарности.Авторвыражаетблагодарностьсвоемунаучномуруководителю,А.Б. Рубину, за постановку задач и внимание к работе.

Автор горячо благодарит ДмитрияЗленко и Алексея Нестеренко за поддержку и помощь в работе и в подготовке диссертации,а также коллектив кафедры биофизики за создание благоприятной атмосферы для научныхисследований.Литература[1] Angus, D. C. Epidemiology of severe sepsis in the United States: analysis of incidence,outcome, and associated costs of care / D. C. Angus, W. T. Linde-Zwirble, J. Lidicker,et al. // Crit. Care Med. — 2001. — Vol. 29.

— P. 1303–1310.[2] Cohen, J. The immunopathogenesis of sepsis / J. Cohen // Nature. — 2002. — Vol. 420,no. 6917. — P. 885–891.[3] Corinne, A. Epidemiology of sepsis and infection in ICU patients from an internationalmulticentre cohort study / A. Corinne, C. Brun-Buisson, H. Burchardi, et al. // IntensiveCare Med.

— 2002. — Vol. 28, no. 2. — P. 108–121.[4] Morganti, R. P. Mechanisms underlying the inhibitory effects of lipopolysaccharide on humanplatelet adhesion / R. P. Morganti, M. H. M. Cardoso, F. G. Pereira, et al. // Platelets. —2010. — Vol. 21. — P. 260–269.[5] Zhang, G. Lipopolysaccharide stimulates platelet secretion and potentiates platelet aggregation via TLR4/MyD88 and the cGMP-dependent protein kinase pathway / G. Zhang,J. Han, E.

J. Welch, et al. // J. Immunol. — 2009. — Vol. 182, no. 12. — P. 7997–8004.[6] Esmon, C. T. The interactions between inflammation and coagulation / C. T. Esmon // Br.J. Haematol. — 2005. — Vol. 131, no. 4. — P. 417–430.[7] Mooberry, M. J. Procoagulant microparticles promote coagulation in a factor XI-dependentmanner in human endotoxemia / M. J. Mooberry, R. Bradford, E. L. Hobl, et al. // J.Thromb. Haemost. — 2016. — Vol. 14, no. 5. — P. 1031–1042.[8] Атауллаханов, Ф.

И. Пространственные аспекты динамики свертывания крови. I. Гипотеза / Ф. И. Атауллаханов, Г. Т. Гурия // Биофизика. — 1994. — Т. 39, № 1. —С. 89–95.169170[9] Guria, K. Spatial aspects of blood coagulation: Two decades of research on the self-sustainedtraveling wave of thrombin / K. Guria, G. Guria // Thromb. Res. — 2015. — Vol. 135,no. 3. — P. 423–433.[10] Panteleev, M. A. Hemostasis and thrombosis beyond biochemistry: Roles of geometry, flowand diffusion / M. A. Panteleev, N. M.

Dashkevich, F. I. Ataullakhanov // Thromb. Res.— 2015. — Vol. 136, no. 4. — P. 699–711.[11] Mann, K. G. Is there value in kineticmodeling of thrombin generation? Yes / K. G. Mann //J. Thromb. Haemost. — 2012. — Vol. 10, no. 8. — P. 1463–1469.[12] Hemker, H. C. Is there value inkineticmodeling of thrombin generation? No (unless.

. . ) /H. C. Hemker, S. Kerdelo, R. M. W. Kremers // J. Thromb. Haemost. — 2012. — Vol. 10,no. 8. — P. 1470–1477.[13] Ataullakhanov, F. I. Mathematical modeling and computer simulation in blood coagulation /F. I. Ataullakhanov, M.

A. Panteleev // Pathophysiol. Haemost. Thromb. — 2005. —Vol. 34. — P. 60–70.[14] Maas, C. Regulatory mechanisms of the plasma contact system / C. Maas, T. Renné //Thromb. Res. — 2012. — Vol. 129, no. SUPPL. 2. — P. S73–S76.[15] Frick, I.-M. The dual role of the contact system in bacterial disease / I.-M. Frick, L. Bjork,H. Herwald // Thromb. Haemost. — 2007. — Vol. 98, no. 2. — P. 497–502.[16] Nickel, K.

F. Crosstalk of the plasma contact system with bacteria / K. F. Nickel,T. Renné // Thromb. Res. — 2012. — Vol. 130, no. SUPPL.1. — P. S78–S83.[17] Morrison, D. Direct evidence for Hageman factor (factor XII) activation by bacteriallipopolysaccharides (endotoxins) / D. Morrison, C. Cochrane // J. Exp.

Med. — 1974. —Vol. 140. — P. 797–811.[18] Kalter, E. S. Activation of purified human plasma prekallikrein triggered by cell wall fractionsof Escherichia coli and Staphylococcus aureus / E. S. Kalter, W. C. van Dijk, A. Timmerman,et al. // J. Infect. Dis. — 1983. — Vol. 148, no. 4.

— P. 682–691.[19] Mueller, M. Aggregates are the biologically active units of endotoxin / M. Mueller, B. Lindner, S. Kusumoto, et al. // J. Biol. Chem. — 2004. — Vol. 279, no. 25. — P. 26307–26313.171[20] Bello, G. Characterization of the aggregates formed by various bacterial lipopolysaccharidesin solution and upon interaction with antimicrobial peptides / G.

Bello, J. Eriksson, A. Terry,et al. // Langmuir. — 2015. — Vol. 31, no. 2. — P. 741–751.[21] Sasaki, H. Aggregation behavior of an ultra-pure lipopolysaccharide that stimulates TLR-4receptors / H. Sasaki, S. H. White // Biophys. J. — 2008. — Vol. 95, no.

July. —P. 986–993.[22] Rietschel, E. T. Bacterial endotoxin: molecular relationships of structure to activity andfunction / E. T. Rietschel, T. Kirikae, F. U. Schade, et al. // FASEB J. — 1994. — Vol. 8.— P. 217–225.[23] Zgurskaya, H. I. Permeability barrier of Gram-negative cell envelopes and approaches tobypass it / H. I. Zgurskaya, C. A.

Lopez, S. Gnanakaran // ACS Infect. Dis. — 2015. —Vol. 1, no. 11. — P. 512–522.[24] Murray, G. L. Altering the length of the lipopolysaccharide O antigen has an impact on theinteraction of Salmonella enterica serovar typhimurium with macrophages and complement /G. L. Murray, S. R. Attridge, R. Morona // J. Bacteriol. — 2006.

— Vol. 188, no. 7. —P. 2735–2739.[25] Wu, E. L. Molecular dynamics and NMR spectroscopy studies of E. coli lipopolysaccharidestructure and dynamics / E. L. Wu, O. Engström, S. Jo, et al. // Biophys. J. — 2013. —Vol. 105, no. 6. — P. 1444–1455.[26] Wu, E. L. E.

coli outer membrane and interactions with OmpLA / E. L. Wu, P. J. Fleming,M. S. Yeom, et al. // Biophys. J. — 2014. — Vol. 106, no. 11. — P. 2493–2502.[27] Patel, D. S. Dynamics and interactions of OmpF and LPS: Influence on pore accessibilityand ion permeability / D. S. Patel, S. Re, E. L. Wu, et al. // Biophys. J. — 2016. — Vol.110, no.

4. — P. 930–938.[28] Kuttel, M. Comparative simulation of pneumococcal serogroup 19 polysaccharide repeating units with two carbohydrate force fields / M. Kuttel, M. Gordon, N. Ravenscroft //Carbohydr. Res. — 2014. — Vol. 390. — P. 20–27.[29] Clement, M.-J. Conformational studies of the O-specific polysaccharide of Shigella flexneri5a and of four related synthetic pentasaccharide fragments using NMR and molecular mod-172elling / M.-J. Clement, A. Imberty, A.

Phalipon, et al. // J. Biol. Chem. — 2003. — Vol.278, no. 48. — P. 47928–47936.[30] Kang, Y. Conformational diversity of O-antigen polysaccharides of the Gram-negative bacterium Shigella flexneri serotype Y / Y. Kang, S. Barbirz, R. Lipowsky, M.

Santer // J.Phys. Chem. B. — 2014. — Vol. 118. — P. 2523–2534.[31] Blasco, P. Conformational dynamics of the lipopolysaccharide from Escherichia coli O91revealed by NMR spectroscopy and molecular simulations / P. Blasco, D. S. Patel, O. Engstrom, et al. // Biochemistry. — 2017. — Vol. 56, no. 29. — P. 3826–3839.[32] Galochkina, T. Conformational dynamics of the single lipopolysaccharide O-antigen in solution / T. Galochkina, D. Zlenko, A. Nesterenko, et al. // ChemPhysChem. — 2016. —Vol. 17, no. 18. — P. 2839–53.[33] Davie, E. W.

Waterfall sequence for intrinsic blood clotting / E. W. Davie, O. D. Ratnoff //Science. — 1964. — Vol. 145. — P. 1310–1312.[34] McFarlane, R. G. The basis of the cascade hypothesis of blood clotting / R. G. McFarlane //Thrombos. Diathes. Haemorrh. — 1966. — Vol. 15. — P. 591–602.[35] McFarlane, R. G. An enzyme cascade in the blood clotting mechanism, and its function asa biochemical amplifier / R. G. McFarlane // Nature.

— 1964. — Vol. 202, no. 498-499.[36] Sperling, C. Blood coagulation on biomaterials requires the combination of distinct activation processes / C. Sperling, M. Fischer, M. F. Maitz, C. Werner // Biomaterials. — 2009.— Vol. 30. — P. 4447–4456.[37] Атауллаханов, Ф. И. Пространственные аспекты динамики свертывания крови. II. Феномелогическая модель / Ф. И. Атауллаханов, Г. Т.

Гурия, А. Ю. Сафрошкина //Биофизика. — 1994. — Т. 39, № 1. — С. 97–106.[38] Атауллаханов, Ф. И. Пространственные аспекты динамики свертывания крови. III. Росттромба in vitro / Ф. И. Атауллаханов, Р. И. Волкова, Г. Т. Гурия, В.

И. Сарбаш //Биофизика. — 1995. — Т. 40, № 6. — С. 1320–1328.[39] Ataullakhanov, F. I. Spatiotemporal dynamics of clotting and pattern formation in humanblood / F. I. Ataullakhanov, G. T. Guria, V. I. Sarbash, R. I. Volkova // Biochim. Biophys.Acta. — 1998. — Vol. 1425, no. 3. — P. 453–468.173[40] Ovanesov, M. V. Initiation and propagation of coagulation from tissue factor-bearing cellmonolayers to plasma: initiator cells do not regulate spatial growth rate / M. V.

Ovanesov,N. M. Ananyeva, M. A. Panteleev, et al. // J. Thromb. Haemost. — 2005. — Vol. 3. —P. 321–331.[41] Ovanesov, M. V. Hemophilia A and B are associated with abnormal spatial dynamics of clotgrowth / M. V. Ovanesov, J. V. Krasotkina, L. I. Ul’yanova, et al. // Biochim. Biophys.Acta — General Subjectsmica et Biophysica Acta - General Subjects.

— 2002. — Vol.1572, no. 1. — P. 45–57.[42] Ovanesov, M. V. Effect of factor VIII on tissue factor-initiated spatial clot growth /M. V. Ovanesov, E. G. Lopatina, E. L. Saenko, et al. // Thromb. Haemost. — 2003.— Vol. 2. — P. 235–242.[43] Tokarev, A. Spatial dynamics of contact-activated fibrin clot formation in vitro and in silicoin haemophilia B: effects of severity and ahemphil B treatment / A. Tokarev, Yu.

Krasotkina,M. Ovanesov, et al. // Math. Model. Nat. Phenom. — 2006. — Vol. 1, no. 2. — P. 124–137.[44] Dashkevich, N. M. Thrombin activity propagates in space during blood coagulation as anexcitation wave / N. M. Dashkevich, M. V. Ovanesov, A. N. Balandina, et al. // Biophys.J. — 2012. — Vol. 103, no. 10.

— P. 2233–2240.[45] Kastrup, Ch. J. Characterization of the threshold response of initiation of blood clotting tostimulus patch size / Ch. J. Kastrup, F. Shen, M. K. Runyon, R. F. Ismagilov // Biophys.J. — 2007. — Vol. 93, no. 8. — P. 2969–2977.[46] Runyon, M.

K. Propagation of blood clotting in the complex biochemical network ofhemostasis is described by a simple mechanism / M. K. Runyon, B. L. Johnson-Kerner,Ch. J. Kastrup, et al. // J. Am. Chem. Soc. — 2007. — Vol. 129, no. 22. — P. 7014–7015.[47] Runyon, M. K. Effects of shear rate on propagation of blood clotting determined usingmicrofluidics and numerical simulations / M. K. Runyon, Ch.

Характеристики

Список файлов диссертации

Свежие статьи
Популярно сейчас
Как Вы думаете, сколько людей до Вас делали точно такое же задание? 99% студентов выполняют точно такие же задания, как и их предшественники год назад. Найдите нужный учебный материал на СтудИзбе!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
7021
Авторов
на СтудИзбе
260
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее