Автореферат (1102955), страница 4
Текст из файла (страница 4)
Скорее всего это обусловленонеоднородностью поверхности глобулярного белка. Во всех радиальныхраспределениях массовой плотности в гидратных оболочках можно выделить чётко выраженные максимумы, принадлежащие 1—, 2—, 3—, 4—гидратным оболочкам (что соответстует следующим значениям расстояния от поверхности белка: 2.9 Å, 4.2 Å, 5.5 Å, 6.8 — 7.1 Å).
Дальнейшиепики, возможно, являются результатом граничных эффектов, поэтому мыих не рассматриваем. Заметим, что второй, третий и четвёртый максимумы в гидратной оболочке коллагена слегка смещены на бóльшие расстояния, чем у глобулярного белка. А третий и четвёртый максимумы болеечётко выражены в случае коллагена. Возможно, это связано с различиями в топологии структуры гидратной оболочки, что обнаруживается присравнении валентных и торсионных углов.В заключении перечислены основные результаты, полученные в диссертации.ВЫВОДЫ∙ определены нижние оценки времени существования водных кластеров, построенных в рамках параметрической модели, с учётом тепловых колебаний∙ установлено, что гидратная оболочка белка может быть рассмотренакак система гексациклов атомов кислорода связанной воды∙ указан наиболее вероятный способ объединения гексациклов в гидратной оболочке — гексациклы соединяются по двум смежным вершинам∙ установлено различие распределения внутренних параметров сетокводородных связей объёмной воды и гидратных оболочек белков21∙ установлена периодичность в распределении плотности молекул воды в гидратной оболочке белкаПУБЛИКАЦИИ АВТОРА ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИИЗДАНИЯ ИЗ СПИСКА ВАК1.
Рубцова Е., Соловей А., Лобышев В. Статистические характеристикигидратных оболочек белков. Компьютерное моделирование // Вестник Московского университета. Серия 3. Физика, астрономия. — 2015.— № 5. — С. 33–38.2. Рубцова Е., Соловей А., Лобышев В. Распределение внутренних параметров структуры гидратной оболочки белков // Биофизика. —2014. — T. 59, № 6, C. 1071-1078ДРУГИЕ ПУБЛИКАЦИИ3.
Rubtcova E., Solovey A., Lobyshev V. Topology and geometry of proteinwater shell by computer modeling // Chemical and Biochemical Technology:Materials, Processing, and Reliability. – 2014. – С. 14-33.4. Рубцова Е.В. Исследование топологии гидратных оболочек белковс помощью компьютерного моделирования // 18-я МеждународнаяПущинская школа-конференция молодых ученых «Биология – наукаXXI века», секция «Математическая биология и биоинформатика»:Cб. тезисов / Пущино, 2014. — С.
184.5. Рубцова Е.В. Исследование топологии гидратных оболочек белковс помощью компьютерного моделирования [Электронный ресурс] //XXI международная научная конференция студентов, аспирантов имолодых ученых «Ломоносов-2014», секция «Физика»: Cб. тезисов /МГУ им. М. В. Ломоносова, Москва, 2014226. Рубцова Е., Соловей А., Лобышев В. Исследование топологии гидратной оболочки белков // Тезисы докладов ежегодной международной молодежной конференции ИБХФ РАН-ВУЗы, Москва, 2013. —С.
187-189.7. Рубцова Е.В. Исследование топологии гидратной оболочки белка //XX международная научная конференция студентов, аспирантов имолодых ученых «Ломоносов-2013», секция «Физика»: Cб. тезисов /МГУ им. М. В. Ломоносова, Москва, 2013 — С. 58.8. Рубцова Е.В. Исследование структуры связанной воды методом молекулярной динамики [Электронный ресурс] // XIX международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых«Ломоносов-2012», секция «Физика»: Cб. тезисов / МГУ им. М.
В.Ломоносова, Москва, 20129. Рубцова Е., Соловей А., Лобышев В. Исследование структуры связанной воды методом молекулярной динамики // IV Съезд биофизиков России, 20–26 августа 2012, Нижний Новгород. Материалы докладов. — Т. 2. — Нижегородский государственный университет имени Н.И. Лобаческого Нижний Новгород, 2012. — С. 122.СПИСОК ЦИТИРОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ1. D. I. Svergun, S.
Richard, M. H. J. Koch, Z. Sayers, S. Kuprin, and G.Zaccai. Protein hydration in solution: Experimental observation by x-ray andneutron scattering // Proc. Natl. Acad. Sci. 1998. Т. 95. № 5. С. 2267–22722. Chapman G.E., Danyluk S.S., McLauchlan K.A. a model for collagenhydration. // Proc. R. Soc. London. Ser. B, Biol. Sci. 1971. Т. 178. № 1053.С. 465 –763. Есипова Н.Г., Андреева Н.С., Гатовская Т.В., О роли воды в структуреколлагена // Биофизика, 1958, Т.3, №5, с.529-540234. Yujie Wu, Harald L.
Tepper, Flexible simple point-charge water model withimproved liquid-state properties // The journal of chemical physics. – 2006.– №. 1245. Edsall J.T., McKenzie H.A. Water and proteins. II. The location anddynamics of water in protein systems and its relation to their stability andproperties. // Adv. Biophys. 1983. Т. 16. С. 53–1836. Kuntz Jr I. D., Kauzmann W. Hydration of proteins and polypeptides //Advances in protein chemistry. – 1974.
– Т. 28. – С. 239.7. Pethig R. Protein-water interactions determined by dielectric methods//Annual review of physical chemistry. – 1992. – Т. 43. – №. 1. – С. 177-205.8. Шайтан К.В., Сарайкин С.С. Молекулярная динамика // Электронный ресурс. – 1999.9. Knuth D. E. The art of computer programming: sorting and searching //Pearson Education, 1998.
– Т. 3.24.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
