Отзыв на автореферат к.ф.-м.н. Хахалина А.В. (1102944)

Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла

ОТЗЫВ на автореферат диссертации РУБЦОВОЙ Екатерины Владимировны «Исследование топологии гидратных оболочек белков», представленную к защите на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук по специальности 03.01,02 — биофизика. Диссертация Рубцовой Е.В. посвящена теоретическому исследованию топологии гидратных оболочек различных типов белков. Актуальность тематики диссертации связана с разработкой новых методов исследования структуры водных сред и накоплением знаний о ее влиянии на биологически значимые молекулы.

Влияние свойств биологической воды на процесс функционирования макромолекул является актуальной задачей в связи с тем, что изменение структуры воды в живых системах способствует нарушению их функционирования и может приводить к появлению различных видов заболеваний. В процессе работы над темой, Рубцовой Е.В. освоены сложные готовые профессиональные программные пакеты международного уровня 1ХАМВ, БО1 ХАТЕ, НурегС1зет, библиотека СбА1, бгопзаз), а также написаны собственные программы на языках Руйоп„С++, Мат1аЬ, С помощью метода молекулярной динамики проведены расчеты вероятных конфигураций белков коллагена ~тройная спираль) и убиквитина в окружении различного количества молекул Н~О при различных температурах Наиболее значимые результаты, по моему мнению, полученные Рубцовой Е.В., следующие: 1.

В случае объемной воды число молекул с «валентным» углом 60-75 оказывается болыпе, чем в гидратной оболочке исследуемых белков. 2. Периодический характер распределения плотности молекул Н.О в гидратной оболочке белка. Однако, работа Рубцовой Е.В. не лишена недостатков. К ним относятся следующие: 1, Не указана темпе1затура проведения измерений, выполненных в главах 2, 3, 5, что не позволяет провести сравнительное сопоставление полученных результатов, 2, На стр.

16 приведено «...сеть водородных связей может быть рассмотрена как структура гексациклов, так как в гидратных ооолочках ~~~~еду~~~х структур б~л~е 95% ~~~~куя воды принадлежат, по ~райнеЙ мере, к одному гексациклу». Данное предположение необходимо подтвердить пространственным распределением молекул воды, не вошедших ни в одну структуру гексациклов водного окружения исследуемых белков. Если они наход~~~~ в ~е~~~редс~вен~~й олизости от ра~~~~ряемоЙ белковой молекулы, то их роль в структуре гексациклов существенна, а если они находятся на периферии системы и определяются ограничениями на размер системы (граничными условиями), то их ролью в формировании структуры с~тки водородных связей можно пренебречь.

3. На с гр. 18 написано «Оказалось, ч*о для гид1затных оболоч~~ рассматриваемых белков эта величина составляет 7%, а для объемной воды - 12%. 1 Данные оценки сохраня|от значения для нескольких структур каждого белка, что свидетельствует о значимом характере данного минимум в гидратных оболочках Оелков».

Не понятен смы~л с~она «нескольких». Нужно дать более точную характеристику количества структур каждого белка. Из автореферата не ясно„ сколько структур каждого белка было использовано в численных экспериментах. 4. На стр. 18 содержится следующее утверждение «Молекулы воды в графе, вергцинами которого являются молекулы кислородов, а ребрами - водородные связи, представлют собой топологически различные частицы, так как каждая молекула воды может образовать до четырех водородных связей, если учитывать возможноть образовани~ бифуркатных св~зеЙ - то до 5-6».

Судя по приведенном~: в автореферате рис. 12, комментирующим данное утверждение, оно не верно. На рисунке изображены совершенно одинаковые с точки зрения топологии молекулы воды с одинаковыми длинами ковалентных связей О-Н и углами Н-О-Н. Утверждение автора нужно относить к образуемым молекулами воды графам, а не к самим молекулам Н2О.

5. НЙ стр. 15 в предложении «... было установлено наличи~ гексациклов в гидратных оболочке белков» есть опечатка в слове «оболочке». Однако выше приведенные замечания не снижают высокого научного ~ровня работы Рубцовой Е.В. В целом диссертационная работа, как об этом можно судить по ЙВтореферату, удОВлетВоряет всем требОваниям, предъявляемым к кандидатским диссертациям, а ее автор, РУБЦОВА Екатерина Владимировна заслуживает присвоения ей ученого звания кандидат физико-математических наук по специальности 03,01.02 — биофизика. Каидидат физико-математических наук, Старший научный сотрудник физического факультета МГУ ~адрес: 119991, Москва, ГСП-1, Ленинские горы, д.1, стр.2) Ученый секретарь Ученого совета физического факультета МГУ„ доктор физико-математических на профессор .

Характеристики

Тип файла PDF

PDF-формат наиболее широко используется для просмотра любого типа файлов на любом устройстве. В него можно сохранить документ, таблицы, презентацию, текст, чертежи, вычисления, графики и всё остальное, что можно показать на экране любого устройства. Именно его лучше всего использовать для печати.

Например, если Вам нужно распечатать чертёж из автокада, Вы сохраните чертёж на флешку, но будет ли автокад в пункте печати? А если будет, то нужная версия с нужными библиотеками? Именно для этого и нужен формат PDF - в нём точно будет показано верно вне зависимости от того, в какой программе создали PDF-файл и есть ли нужная программа для его просмотра.

Список файлов диссертации